View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17125_high_11 (Length: 397)

Name: NF17125_high_11
Description: NF17125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17125_high_11
NF17125_high_11
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-375)||(36630474-36630851)
chr4 (101-372)||(36642258-36642519)
chr4 (106-373)||(36910715-36910978)
chr4 (102-372)||(36635595-36635859)
chr4 (243-367)||(35969486-35969610)
chr4 (43-285)||(18365469-18365703)
chr4 (43-285)||(36597222-36597455)
chr4 (102-367)||(18361188-18361441)
chr4 (101-369)||(18084221-18084480)
chr4 (102-367)||(36601486-36601741)
chr4 (101-369)||(36664529-36664788)
chr4 (330-372)||(18365382-18365424)
chr4 (330-372)||(36597500-36597542)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (248-372)||(35336923-35337047)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (248-372)||(42601686-42601810)
chr1 (153-216)||(42601610-42601673)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 36630851 - 36630474
Alignment:
Q  1 aggtgcagccgaggcagatgccgcggcagaagcaggagcaaaagcagactca---gcacaagcaggtgcaacaaagaaagaggcaggcgtggtaacttgt 97  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  36630851 aggtgcagccgaggcagacgccacggcagaagcaggagcaaaagcagactcatcagcacaagcaggtgcaacagagaaagaggcaggcgtggcaatttgt 36630752  T
Q  98 gagcgatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcattta 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36630751 gagcgatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcattta 36630652  T
Q  198 aaattatctaagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttggctcccttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggtaa 297  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36630651 aaattatctaagcttagattgtcaaaaaaataattaccacacttggctcccttatgacttttaaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggtaa 36630552  T
Q  298 tttgttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatggcaggtaat 375  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36630551 tctgttgtgatgttaacttcagccgacgacgggttttgtcgcaagaagtcaactattccatcaggtatggcaggtaat 36630474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 101 - 372
Target Start/End: Original strand, 36642258 - 36642519
Alignment:
Q  101 cgatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcatttaaaa 200  Q
    |||||| |||| |||||  | ||||||||||||||| ||||||| |||||||       ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  36642258 cgatagctgatgatcttagcgccctttatagattctacaacctgcttagtaa-------caaacaatcacaaactcttcttatggttgtttcatttgaaa 36642350  T
Q  201 ttatctaagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttggctcccttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggtaattt 300  Q
     |||||||||| ||||| ||        ||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||| |    
T  36642351 ctatctaagctgagattctcaaaag---aattaccacactcagctcccttatggattttaaataacaacctgcttaagattaaaacaatccgagtaatct 36642447  T
Q  301 gttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatggcaggt 372  Q
    || | |||||||||||| || |||| || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  36642448 gtaaagatgttaacttccgcagacggtgagttttgtcgcaagaagtctactattccattaggtatggcaggt 36642519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 106 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 36910978 - 36910715
Alignment:
Q  106 gttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcatttaaaattatc 205  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  36910978 gttgataatcttcgcgccctttatagattctacaacctgtttagtaa-------caaccaattacaaactcttcttatggttgtgtcatttaaaattatc 36910886  T
Q  206 taagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttggctcccttatgatttttaaataa----ctacctgcttaagattaaaacaacctgggtaatttg 301  Q
    |||||| ||||| ||        ||||| ||||||  |||||| |||| |||||||||||    |||||||||||||||||||| ||     ||||| ||    
T  36910885 taagctcagattctcaacaaaa-aattaacacactcagctcccatatggtttttaaataactagctacctgcttaagattaaaataaataaagtaatctg 36910787  T
Q  302 ttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatggcaggta 373  Q
    || ||||||||||||| || || |  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36910786 ttgtgatgttaacttccgctgagggcgagttttgtcgcaagaagtcaactattccatcaggtatggcaggta 36910715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 102 - 372
Target Start/End: Original strand, 36635595 - 36635859
Alignment:
Q  102 gatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcatttaaaat 201  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||||   || | |||||||||||||||    
T  36635595 gatagttgataaccttcgcaccctttatagattcttcaacctgtttagcag-------caaccaatcacaaactctt---atcgttgtttcatttaaaat 36635684  T
Q  202 tatctaagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttggctcccttatgatttt-----taaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggta 296  Q
    |||||||||||||||| ||        ||| | |||| |  | | |||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  36635685 tatctaagcttagattctcaaaaaaaaaat-atcacattcagtttccttatgatttgatttataaataactacctgcttaagattaaaacaagccgggta 36635783  T
Q  297 atttgttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatggcaggt 372  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||    | |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  36635784 atttgttgtgatgttaacttcggcggattgcgagttttgacgcaagaattcaactattccatcaggtatgggaggt 36635859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 243 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 35969610 - 35969486
Alignment:
Q  243 gctcccttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggtaatttgttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaag 342  Q
    |||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||  || |||| |||||| |||||||||||| |||  || || |||||||| ||||    
T  35969610 gctcacttatggttttcaaataactacctccttaagattaaaacaatttgagtaaattgttaggatgttaacttccgccagcggtgagttttgtcgcaag 35969511  T
Q  343 aagtcaactattccatcaggtatgg 367  Q
    || |||||||||||||| |||||||    
T  35969510 aaatcaactattccatctggtatgg 35969486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 43 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 18365703 - 18365469
Alignment:
Q  43 agcagactcagcacaagcaggtgcaacaaagaaagaggcaggcgtggtaacttgtgagcgatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacc 142  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| || ||| ||||| ||  | || ||||||  | ||| || | |||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  18365703 agcagactcagcagaagcaggtgcgacagaggaaggggcagacgcagaaaattgtgaatggtagctggtcatcttcgctccctttatggattcttcaacc 18365604  T
Q  143 tgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcatttaaaattatctaagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttg 242  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| || ||||| ||||| ||||| ||        |||||||||||| |    
T  18365603 tgtttagtaa-------caaccaatcacaaactcttcttatggttgttaaatttgaatttatcaaagctcagattctcaaaaaaa-aattaccacactcg 18365512  T
Q  243 gctcccttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaa 285  Q
    | | ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  18365511 gttaccttatggtttttaaataactacctgcttgatattaaaa 18365469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 43 - 285
Target Start/End: Original strand, 36597222 - 36597455
Alignment:
Q  43 agcagactcagcacaagcaggtgcaacaaagaaagaggcaggcgtggtaacttgtgagcgatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacc 142  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| || ||| ||||| ||  | || ||||||  | ||| || | |||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  36597222 agcagactcagcagaagcaggtgcgacagaggaaggggcagacgcagaaaattgtgaatggtagctggtcatcttcgctccctttatggattcttcaacc 36597321  T
Q  143 tgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcatttaaaattatctaagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttg 242  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| || ||||| ||||| ||||| ||        |||||||||||| |    
T  36597322 tgtttagtaa-------caaccaatcacaaactcttcttatggttgttaaatttgaatttatcaaagctcagattctcaaaaaa--aattaccacactcg 36597412  T
Q  243 gctcccttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaa 285  Q
    | | ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  36597413 gttaccttatggtttttaaataactacctgcttgatattaaaa 36597455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 102 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 18361441 - 18361188
Alignment:
Q  102 gatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcatttaaaat 201  Q
    |||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||       |||||||||||||   ||||||||| |||||||||  ||||    
T  18361441 gataattgataatatttgcaccctttatagattcctcaacctgtttagtaat-------aaccaatcacaaa---ttcttatggttgtttcatt--aaat 18361354  T
Q  202 tatctaagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttggctcccttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggtaatttg 301  Q
    || ||||||| |||||           ||||| ||||||  ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |||   |  |||| ||    
T  18361353 tagctaagctgagattcgagaaaaaaaaattaacacactcagctcccttatggttttcaaataactacttgcttaagattaaatcaattcgaataatctg 18361254  T
Q  302 ttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatgg 367  Q
    ||| |||||||||||  |||| || ||  |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18361253 ttaagatgttaactttggccgtcggtgaatttttttgcaagaagtcaactattccatcaggtatgg 18361188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 18084480 - 18084221
Alignment:
Q  101 cgatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatgg-ctgtttcatttaaa 199  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||       || ||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| ||    
T  18084480 cgatagctgatgatcttcgcaccctttatagattctgcaacctgtttagtaa-------cagccaatcacaaactcttcatatggtttgtttgatttcaa 18084388  T
Q  200 attatctaagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttggctcccttatgatttttaaataactacctgcttaaga-ttaaaacaacctgggtaat 298  Q
    ||   |||| || ||||| ||        |||||||||||   ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  | | | |||    
T  18084387 atatactaaactcagattctcaaaaa---aattaccacacacagctcccttaagatttttaaatacctacctgcttaggatttaaaacatgc-gagaaat 18084292  T
Q  299 ttgttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatggca 369  Q
     |||  ||||||||||||| || || |  | |||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||    
T  18084291 ctgtggtgatgttaacttccgctgatggcgagttttgtcgcaagaagtcaaccataccgtcaggtatggca 18084221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 367
Target Start/End: Original strand, 36601486 - 36601741
Alignment:
Q  102 gatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcatttaaaat 201  Q
    |||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||       |||||||||||||   ||||||||| |||||||||  ||||    
T  36601486 gataattgataatatttgcaccctttatagattcctcaacctgtttagtaat-------aaccaatcacaaa---ttcttatggttgtttcatt--aaat 36601573  T
Q  202 tatctaagcttagattgtcnnnnnnntaatt-accacacttggctcccttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggtaattt 300  Q
    || ||||||| |||||           |||| | ||||||  ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |||   |  |||| |    
T  36601574 tagctaagctgagattcgagaaaaaaaaattaaacacactcagctcccttatggttttcaaataactacttgcttaagattaaatcaattcgaataatct 36601673  T
Q  301 gttatgatgttaacttcagccgacgatg-ggttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatgg 367  Q
    |||| |||||||||||  |||| || ||   |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36601674 gttaagatgttaactttggccgtcggtgaattttttttgcaagaagtcaactattccatcaggtatgg 36601741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 369
Target Start/End: Original strand, 36664529 - 36664788
Alignment:
Q  101 cgatagttgataatcttctcaccctttatagattcttcaacctgtttagtaattagtatcaaccaatcacaaactcttcttatgg-ctgtttcatttaaa 199  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||       || ||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| ||    
T  36664529 cgatagctgatgatcttcgcaccctttatagattctgcaacctgtttagtaa-------cagccaatcacaaactcttcatatggtttgtttgatttcaa 36664621  T
Q  200 attatctaagcttagattgtcnnnnnnntaattaccacacttggctcccttatgatttttaaataactacctgcttaaga-ttaaaacaacctgggtaat 298  Q
    ||   |||| || ||||| ||        |||||||||||   ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  | | | |||    
T  36664622 atatactaaactcagattctcaaaaa---aattaccacacacagctcccttaagatttttaaatacctacctgcttaggatttaaaacatgc-gagaaat 36664717  T
Q  299 ttgttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatggca 369  Q
     |||  ||||||||||||| || || |  | |||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||    
T  36664718 ctgtggtgatgttaacttccgctgatggcgagttttgtcgcaagaagtcaaccataccgtcaggtatggca 36664788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 330 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 18365424 - 18365382
Alignment:
Q  330 gttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatggcaggt 372  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18365424 gttttgtcgcaggaagtcaactattccatcaggtatgggaggt 18365382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 330 - 372
Target Start/End: Original strand, 36597500 - 36597542
Alignment:
Q  330 gttttgtcacaagaagtcaactattccatcaggtatggcaggt 372  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36597500 gttttgtcgcaggaagtcaactattccatcaggtatgggaggt 36597542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 248 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 35337047 - 35336923
Alignment:
Q  248 cttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggtaatttgttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtc 347  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| | ||| |||||| ||||||||||||  ||||||| || |||||||  |||||||||    
T  35337047 cttatggtttttaaacaactacctgcttaatattaaaataacccgtgtactttgttgtgatgttaactttcgccgacggtgagttttgttgcaagaagtc 35336948  T
Q  348 aactattccatcaggtatggcaggt 372  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  35336947 aactattccatcaggtatgggaggt 35336923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 248 - 372
Target Start/End: Original strand, 42601686 - 42601810
Alignment:
Q  248 cttatgatttttaaataactacctgcttaagattaaaacaacctgggtaatttgttatgatgttaacttcagccgacgatgggttttgtcacaagaagtc 347  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||| ||||| ||| ||||||||  ||||||    |||||||| |||||| ||    
T  42601686 cttatggtttttaaataactacctgcttaagatcaaaagaactcgggtaatctgttaagattttaacttccaccgacggcaagttttgtcgcaagaaatc 42601785  T
Q  348 aactattccatcaggtatggcaggt 372  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||    
T  42601786 aactattccatcgggtatgggaggt 42601810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 216
Target Start/End: Original strand, 42601610 - 42601673
Alignment:
Q  153 ttagtatcaaccaatcacaaactcttcttatggctgtttcatttaaaattatctaagcttagat 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  42601610 ttagtaacaaccaatcacaaactcttcttatggttgtttcatttgaaattatctaagctcagat 42601673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University