View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17131_low_1 (Length: 818)

Name: NF17131_low_1
Description: NF17131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17131_low_1
NF17131_low_1
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (16-803)||(3215513-3216300)
chr5 (25-657)||(3207586-3208218)
chr5 (15-657)||(3201602-3202244)
chr5 (98-389)||(3219101-3219392)
chr5 (120-521)||(3178870-3179271)
chr5 (120-521)||(3239569-3239970)
chr5 (283-525)||(3225685-3225927)
chr5 (283-521)||(3230933-3231171)
chr5 (262-389)||(3224189-3224317)
chr5 (120-521)||(3220537-3220938)
chr5 (120-215)||(3230770-3230865)
chr5 (120-215)||(3225522-3225617)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (278-314)||(46215262-46215298)
chr1 (282-333)||(139416-139467)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 780; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 803
Target Start/End: Original strand, 3215513 - 3216300
Alignment:
Q  16 atagaaaatgatggataattaagctgtgcttgtggtatgctctttatatcagagcatttcactttctgttgcaaaataattccaacatgtctatcagtgt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215513 atagaaaatgatggataattaagctgtgcttgtggtatgctctttatatcagagcatttcactttctgttgcaaaataattccaacatgtctatcagtgt 3215612  T
Q  116 aattcaaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215613 aattcaaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagt 3215712  T
Q  216 ggcaaataaatcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagcg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215713 ggcaaataaatcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagcg 3215812  T
Q  316 ggagaccaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattgaggtacctgaaatgatgttgtatggtggtatat 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215813 ggagaccaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccactgagatgtggacaagacattgaggtacctgaaatgatgttgtatggtggtatat 3215912  T
Q  416 tgttgtccaatgatacaggccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcagaattcctgggctttcttggtttggtcctcttga 515  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3215913 tgttgtccaatgatacatgccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcagaattcctgggctttcttggtttggtcctcttga 3216012  T
Q  516 tgaaaagtaagctacttgaggggcattgggatttccaataacagttccattgaataaaatcgtggccattggtgttgaagttgagtttatataatctttg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3216013 tgaaaagtaagctacttgaggggcattgggatttccaataacagttccattgaataaaatcgtggccattggtgttgaagttgagtttatataatctttg 3216112  T
Q  616 atggataaaccagcagagtaacttacaagtgcagcaggtagattgtcttgaacatcggattttggatcaaaaccttgaagtttactattcatgaggatca 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3216113 atggataaaccagcagagtaacttacaagtgcagcaggtagattgtcttgaacatcggattttggatcaaaaccttgaagtttactattcatgaggatca 3216212  T
Q  716 tggcagatccaccagcgtctttaactgcttgagctttcgctgcttgtgaaacaagtccaccttcctcacacaaaactacctttccctt 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3216213 tggcagatccaccagcgtctttaactgcttgagctttcgctgcttgtgaaacaagtccaccttcctcacacaaaactacctttccctt 3216300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 657
Target Start/End: Original strand, 3207586 - 3208218
Alignment:
Q  25 gatggataattaagctgtgcttgtggtatgctctttatatcagagcatttcactttctgttgcaaaataattccaacatgtctatcagtgtaattcaaac 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  3207586 gatggataattaagctgtgcttgtggtatgctctttacatcagagcatttcactttttgttgcaaaataactccaacttgtctatcagtataattcaaac 3207685  T
Q  125 cacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagtggcaaataa 224  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3207686 cacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcatttgcttttgaagggttgacatgtccagcaccagtggcaaatac 3207785  T
Q  225 atcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggagaccaa 324  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||||||  || |||||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  3207786 atcagctggtagaattctttggtccaaaataggcttaccttgaagattaacctgattagcagttgtcatgattgcggattttatagcagctggagaccaa 3207885  T
Q  325 tctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattgaggtacctgaaatgatgttgtatggtggtatattgttgtcca 424  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||  | | || | || | ||||| |    
T  3207886 tctggatgagagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacatgacattgaggtacctgaaattatgttaaacgatgatgtactattgtcta 3207985  T
Q  425 atgatacaggccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcagaattcctgggctttcttggtttggtcctcttgatgaaaagta 524  Q
    |||||| ||||||| | || |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||| ||||||||||||||  |    
T  3207986 atgatataggccatcccgcaagaatgttcaatccaggcccaagtatgtctggtttcagaattccagggcttgctttgcttggacctcttgatgaaaatga 3208085  T
Q  525 agctacttgaggggcattgggatttccaataacagttccattgaataaaatcgtggccattggtgttgaagttgagtttatataatctttgatggataaa 624  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||  ||||    
T  3208086 agcaacttgaggggcattgggatttccaatgacagttcctttgaataaaattgtggccattggtgtggaagttgaatttatataatcttggatgtttaaa 3208185  T
Q  625 ccagcagagtaacttacaagtgcagcaggtaga 657  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  3208186 ccagcagagtaacttacatgcacagcaggtaga 3208218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 657
Target Start/End: Original strand, 3201602 - 3202244
Alignment:
Q  15 aatagaaaatgatggataattaagctgtgcttgtggtatgctctttatatcagagcatttcactttctgttgcaaaataattccaacatgtctatcagtg 114  Q
    |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||     
T  3201602 aatagaaattgatgggtaattaagttgtgcttgtggtatgctctttacatcagagcatttcactttttgttgcaatataattccaacttgtatatcagta 3201701  T
Q  115 taattcaaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccag 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  3201702 taattcaaaccacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtccagcaccag 3201801  T
Q  215 tggcaaataaatcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagc 314  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||  || || || |||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  3201802 tggcaaatacatcagctggtagaagcctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgc 3201901  T
Q  315 gggagaccaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattgaggtacctgaaatgatgttgtatggtggtata 414  Q
     || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||  | | || | ||    
T  3201902 tggtgaccaatctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacctgcaattatgttaaacgatgatgta 3202001  T
Q  415 ttgttgtccaatgatacaggccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcagaattcctgggctttcttggtttggtcctcttg 514  Q
     | ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || | |||| |||||||    
T  3202002 ctattgtctaatgatataggccatcctgctagaatgttcaatccaggtccaattatgtctggtttcagaattccagggcttgttttgcttggacctcttg 3202101  T
Q  515 atgaaaagtaagctacttgaggggcattgggatttccaataacagttccattgaataaaatcgtggccattggtgttgaagttgagtttatataatcttt 614  Q
    |||||||  |||| |||||||||| |   |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3202102 atgaaaatgaagcaacttgaggggaaagtggatttccaataacagttcctttgaataaaattgtggccattggtgttgaagttgagtttatataatcttt 3202201  T
Q  615 gatggataaaccagcagagtaacttacaagtgcagcaggtaga 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  3202202 gatggataaaccagcagagtaacttacatgcacagcaggtaga 3202244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 98 - 389
Target Start/End: Original strand, 3219101 - 3219392
Alignment:
Q  98 caacatgtctatcagtgtaattcaaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggtt 197  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  3219101 caacttgtatatcagtataattcaaaccacccaagtaaggaacaatgtcatttggttcaatgtcataaacaagtcctggatcgtttgctttcaaatggtt 3219200  T
Q  198 gacatgtccagcaccagtggcaaataaatcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgatt 297  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  3219201 gacatatccagcaccagtggcaaataaatcagctggtttaagcctttggtctaaaatagcttttccttgaagattaaactcataagcagttgtcatgatt 3219300  T
Q  298 gctgattttatagcagcgggagaccaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattgaggtacc 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||    
T  3219301 gctgattttatagcagcgggagaccgatctggatgagaatttttcaacagtgctgcaattccattgagatgaaaacaagacattgaggtacc 3219392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 120 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 3179271 - 3178870
Alignment:
Q  120 caaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagtggca 219  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| || ||||| || |||||   ||| || |||||||| |||||||| |||    
T  3179271 caaaccacacagataaggaacgtaatcttctggttgaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaacaggattaacatgtcctgcaccagtagca 3179172  T
Q  220 aataaatcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggag 319  Q
    || | |||||| |||  ||||||||| ||||| ||||   | ||    || || |    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  3179171 aaaacatcagcaggtgaaagtctttgatccaatataggaatcccgccgaggttgagagtattagcagttgtcatgattgctgattttattgcagctggcg 3179072  T
Q  320 accaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattgaggtacctgaaatgatgttgtatggtggtatattgtt 419  Q
    ||||||| ||||||||  |||| | ||  |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || || ||| | |||    | |||||  | |||||    
T  3179071 accaatcaggatgagaacttttgatcaatgcagcaatgccactgagatgaggacaagacattgaagtgccagaagtaatggcaaaaggtggagtcttgtt 3178972  T
Q  420 gtccaatgatacaggccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcagaattcctgggctttcttggtttggtcctcttgatgaa 519  Q
    ||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| |||||||| || |||| |||| ||||||||||||| |||    
T  3178971 gtcaattgaaacaggccatgcagctagaatgttgacacctggaccaatgatgtctggtttaagaattccaggactttgttggcttggtcctcttgaagaa 3178872  T
Q  520 aa 521  Q
    ||    
T  3178871 aa 3178870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 120 - 521
Target Start/End: Original strand, 3239569 - 3239970
Alignment:
Q  120 caaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagtggca 219  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| || ||||| || |||||   ||| || |||||||| |||||||| |||    
T  3239569 caaaccacacagataaggaacgtaatcttctggttgaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaacaggattaacatgtcctgcaccagtagca 3239668  T
Q  220 aataaatcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggag 319  Q
    || | |||||| |||  ||||||||| ||||| ||||   | ||    || || |    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  3239669 aaaacatcagcaggtgaaagtctttgatccaatataggaatcccgccgaggttgagagtattagcagttgtcatgattgctgattttattgcagctggcg 3239768  T
Q  320 accaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattgaggtacctgaaatgatgttgtatggtggtatattgtt 419  Q
    ||||||| ||||||||  |||| | ||  |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || || ||| | |||    | |||||  | |||||    
T  3239769 accaatcaggatgagaacttttgatcaatgcagcaatgccactgagatgaggacaagacattgaagtgccagaagtaatggcaaaaggtggagtcttgtt 3239868  T
Q  420 gtccaatgatacaggccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcagaattcctgggctttcttggtttggtcctcttgatgaa 519  Q
    ||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| |||||||| || |||| |||| ||||||||||||| |||    
T  3239869 gtcaattgaaacaggccatgcagctagaatgttgacacctggaccaatgatgtctggtttaagaattccaggactttgttggcttggtcctcttgaagaa 3239968  T
Q  520 aa 521  Q
    ||    
T  3239969 aa 3239970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 283 - 525
Target Start/End: Original strand, 3225685 - 3225927
Alignment:
Q  283 gcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggagaccaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattg 382  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||  |||| | ||  |||||||| || || || || ||||||||||| |    
T  3225685 gcagttgtcatgattgccgattttatagcggctggtgaccaatcaggatgagaacttttgatcaatgcagcaataccacttaggtgaggacaagacatcg 3225784  T
Q  383 aggtacctgaaatgatgttgtatggtggtatattgttgtccaatgatacaggccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcag 482  Q
    | ||||| ||||  ||||   | | ||| || |||||||| |  || |||| |||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| ||    
T  3225785 aagtacccgaaacaatgtcaaaagctggaattttgttgtctacagaaacagcccatgcagctagaatgttgacacctggaccaatgatgtctggtttaag 3225884  T
Q  483 aattcctgggctttcttggtttggtcctcttgatgaaaagtaa 525  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  3225885 aattcctggactttcttggcttggtcctcttgaagaaaagtaa 3225927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 283 - 521
Target Start/End: Original strand, 3230933 - 3231171
Alignment:
Q  283 gcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggagaccaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattg 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||  |||| | ||  |||||||| || || || || |||||||||||||    
T  3230933 gcagttgtcatgattgctgattttatagcggctggcgaccaatcagggtgagaacttttgatcaatgcagcaataccacttaggtgaggacaagacattg 3231032  T
Q  383 aggtacctgaaatgatgttgtatggtggtatattgttgtccaatgatacaggccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcag 482  Q
    | ||||| ||||  |||||  | | ||| || |||||||| |  || |||  |||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| ||    
T  3231033 aagtaccggaaacaatgttaaaagctggaattttgttgtctacagaaacaccccatgcagctagaatgttgacacctggaccaatgatgtctggtttaag 3231132  T
Q  483 aattcctgggctttcttggtttggtcctcttgatgaaaa 521  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  3231133 aattcctggactttcttggcttggtcctcttgaagaaaa 3231171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 262 - 389
Target Start/End: Original strand, 3224189 - 3224317
Alignment:
Q  262 ccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggagaccaatctggatgagagtttt-tcaacagagcagcaattccg 360  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||     
T  3224189 ccttgaagattaacctcatatgcagttgtcatgattgccgattttatagcagacagagaccaatctggatgatagttttatcaacagtactgcaattcca 3224288  T
Q  361 ctgagatgtggacaagacattgaggtacc 389  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3224289 ctgagatgagaacaagacattgaggtacc 3224317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 120 - 521
Target Start/End: Original strand, 3220537 - 3220938
Alignment:
Q  120 caaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagtggca 219  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||   ||| || |||||||| |||||||| |||    
T  3220537 caaaccacacagataaggaacataatcttctggttcaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaacaggattaacatgtcctgcaccagtagca 3220636  T
Q  220 aataaatcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggag 319  Q
    || | |||||| ||   ||| ||||| ||||  |||| | | ||    || || |    ||  ||||||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  3220637 aaaatatcagccggcaaaagcctttgatccagtataggtatcccgccgaggttgagagtatttgcagttgtcatgattgctgattttatagcggctggtg 3220736  T
Q  320 accaatctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccgctgagatgtggacaagacattgaggtacctgaaatgatgttgtatggtggtatattgtt 419  Q
    ||||||| || |||||  |||| | ||  |||| ||| || || || || |||||||||||||| ||||| ||||  |||||  | | ||| || |||||    
T  3220737 accaatcagggtgagaacttttgatcaatgcagaaataccacttaggtgaggacaagacattgaagtaccggaaacaatgttaaaagctggaattttgtt 3220836  T
Q  420 gtccaatgatacaggccatgctgctagaatgttcactccaggtccaattatgtctggtttcagaattcctgggctttcttggtttggtcctcttgatgaa 519  Q
    ||| |  || |||  |||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  3220837 gtctacagaaacaccccatgcagctagaatgttgacacctggaccaatgatgtctggtttaagaattccaggactttcttggcttggtcctcttgaagaa 3220936  T
Q  520 aa 521  Q
    ||    
T  3220937 aa 3220938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 215
Target Start/End: Original strand, 3230770 - 3230865
Alignment:
Q  120 caaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagt 215  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||  |||| || |||||||| ||||||||    
T  3230770 caaaccacaaagataaggaacataatcttctggttcaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaaaaggattaacatgtcctgcaccagt 3230865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 120 - 215
Target Start/End: Original strand, 3225522 - 3225617
Alignment:
Q  120 caaaccacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagt 215  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||   ||| || |||||||| ||||||||    
T  3225522 caaaccacatagataaggaacataatcttctggttcaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaacaggattaacatgtcctgcaccagt 3225617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 278 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 46215298 - 46215262
Alignment:
Q  278 cataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagc 314  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46215298 cataagctgttgtcatgattgctgattttatagcagc 46215262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 333
Target Start/End: Original strand, 139416 - 139467
Alignment:
Q  282 agcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggagaccaatctggatga 333  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  139416 agcagttgtcatgatagcggattttatagctgcaggtgaccaatctggatga 139467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University