View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17131_low_19 (Length: 361)

Name: NF17131_low_19
Description: NF17131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17131_low_19
NF17131_low_19
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (103-353)||(7277923-7278173)
chr8 (202-353)||(392278-392429)
chr8 (65-329)||(7284437-7284702)
chr8 (188-333)||(3581440-3581574)
chr8 (21-101)||(7275047-7275140)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (65-334)||(6138215-6138483)
chr1 (65-347)||(52022131-52022415)
chr1 (196-353)||(6139817-6139973)
chr1 (188-353)||(5397346-5397506)
chr1 (188-334)||(2595259-2595403)
chr1 (228-336)||(43834973-43835081)
chr1 (188-329)||(43835086-43835224)
chr1 (196-299)||(43635711-43635811)
chr1 (71-175)||(3742486-3742591)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (81-353)||(35429755-35430026)
chr5 (65-333)||(41341059-41341326)
chr5 (208-353)||(7400443-7400588)
chr5 (128-353)||(35428219-35428446)
chr5 (238-333)||(18009216-18009311)
chr5 (189-351)||(30921576-30921736)
chr5 (208-335)||(7658990-7659112)
chr5 (72-121)||(7659192-7659241)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (65-353)||(32342084-32342371)
chr6 (65-336)||(21118257-21118533)
chr6 (72-342)||(14766245-14766515)
chr6 (215-336)||(21118694-21118815)
chr6 (213-353)||(14763809-14763949)
chr6 (217-334)||(20727499-20727614)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (65-353)||(17730898-17731187)
chr3 (65-353)||(19032129-19032418)
chr3 (209-342)||(38183082-38183215)
chr3 (65-353)||(3371407-3371700)
chr3 (72-341)||(1026810-1027079)
chr3 (197-324)||(49582635-49582767)
chr3 (65-175)||(43979395-43979506)
chr3 (199-275)||(3372378-3372455)
chr3 (265-334)||(21344714-21344783)
chr3 (82-175)||(40195709-40195803)
chr3 (65-120)||(21344530-21344585)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (188-347)||(14508733-14508892)
chr4 (209-331)||(10549993-10550115)
chr4 (196-342)||(31322586-31322733)
chr4 (188-335)||(41848300-41848447)
chr4 (196-353)||(31327202-31327359)
chr4 (65-150)||(45676560-45676648)
chr4 (285-334)||(45676670-45676719)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (72-335)||(5448701-5448964)
chr7 (72-335)||(5439691-5439954)
chr7 (188-342)||(15588610-15588764)
chr7 (65-333)||(5447699-5447969)
chr7 (188-333)||(5438813-5438959)
chr7 (66-353)||(15589620-15589909)
chr7 (70-112)||(15588536-15588578)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (200-353)||(20594618-20594771)
chr2 (242-353)||(4660118-4660228)
chr2 (196-335)||(31073645-31073786)
chr2 (67-149)||(33300954-33301036)
chr2 (65-114)||(20594860-20594909)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 103 - 353
Target Start/End: Original strand, 7277923 - 7278173
Alignment:
Q  103 aacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaattattactatggaannnnnnnnnacaacacgtagact 201  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |         ||||||| ||||||    
T  7277923 aacgtggaaactttaaaactggataaaaaaccacgaccgttgtctaaaccgacaaccagaaaatgattactatgggatttttttt-acaacacatagact 7278021  T
Q  202 tctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgca 301  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  7278022 tctctcactctcaccccaatgctccagtacaatcatactctcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataagcttaaagtgctactgactggtgca 7278121  T
Q  302 tctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  7278122 tctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagtcatggtcctcccattgct 7278173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 202 - 353
Target Start/End: Original strand, 392278 - 392429
Alignment:
Q  202 tctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgca 301  Q
    |||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  392278 tctctcactcacaacccaatgccccaatacaaccacactctcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataagcttaaagtgctactaactgatgta 392377  T
Q  302 tctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||| |||||||||| ||| || |||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  392378 tctaaaaacaaagaaactacgttcaatatatagccttggtcttccccttgct 392429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 65 - 329
Target Start/End: Original strand, 7284437 - 7284702
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaa 163  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || | ||||||| ||||||||||||| |||| ||||  ||||| || || ||||||||||| || |||||| | |    
T  7284437 gaagaagaaaaataagcataatcataacacaagaatataacgtggaaacttcaaaattggagaaaaaatcatgatcgttgtctaaaccgacaaccaaaga 7284536  T
Q  164 attattactatggaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaact 263  Q
    |||||||||||| ||         ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |   ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  7284537 attattactatgtaatttttttt-acaacacatagacttctctcattctcaccccaatgccccactacagcatcactctcacaaaacaaatatttaaact 7284635  T
Q  264 aagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaag-aacctaggtccaata 329  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||| |||||| |||| |||||||| || ||||||||||||    
T  7284636 aagtcagatataagtttaaagtggtactaattggtgcgtctaaaaacaaagaaatctaggtccaata 7284702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 188 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 3581574 - 3581440
Alignment:
Q  188 acaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgc 287  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||  |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||           ||||||||||    
T  3581574 acaacacatagacttatctcactcaccccccaatgccccgatacaaccacactctcacaaagaaaatatttaaactaag-----------cttaaagtgc 3581486  T
Q  288 tactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatata 333  Q
    |||| |||  |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3581485 tactcactattgcatcaaaaaacaaagaacctatgtccaatatata 3581440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 101
Target Start/End: Original strand, 7275047 - 7275140
Alignment:
Q  21 caatacaaaagattaagggtgttcaataaaatcctatatgttag-------------gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaata 101  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7275047 caatacaaaagattaacagtgttcaataaaatcctatatgttaggaaacaaagtgctgaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaata 7275140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 65 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 6138483 - 6138215
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaa 163  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||  |||||| ||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |    
T  6138483 gaagaagaaaaatatacacaatcacaacacaagaatataacgtggaaactccaaaactagagaaaaaaccacgaccgttgtctaaaccgacaaccagaga 6138384  T
Q  164 attattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaac 262  Q
    |||||||||||| |||         ||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  6138383 attattactatgtgaaaattgtt--acaccacatagacttctctaactctcaccc-aatgccccaatacacccacactctcacaaagcaaatatttaaac 6138287  T
Q  263 taagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatag 334  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  6138286 taagtcagatataagcttaaagtgctactgactggtgcatcaaaaaacaaagaaactaggttcaatatatag 6138215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 65 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 52022415 - 52022131
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaa 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||  ||||| | |  |||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||    
T  52022415 gaagaagaaaaataagcacaatcacaacacaaggatataacgtggaaactccaaaaccgaag-aaaaaccatgaccattgtctaaaccgacaaccagaaa 52022317  T
Q  164 attattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccc--ca-gtacaaccatactttcacaaagcaaatattta 259  Q
    ||||||| |||| |||         ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  || | ||||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  52022316 attattattatgtgaaatctttt--acaacacatagacttctctcactctcatcccaatgcccggcacgcacaaccacactctcacaaaacaaatattta 52022219  T
Q  260 aactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccc 347  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  52022218 aactaagtcagatatgagcttaaagtgctaatgactggtgcatctaaaaacaaagaaactaggttcaatatatagccttggtcttccc 52022131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 6139973 - 6139817
Alignment:
Q  196 tagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaact 295  Q
    ||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || | ||     
T  6139973 tagacttctctaactctcacct-aatgtcccagtacacccacactctcacaaagcaaatatttaaactaagttagatataagcttaaagtgttattgacc 6139875  T
Q  296 ggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  6139874 ggtgcatctaaaaacaaagaaactatgttcaatatatagccttggtcttccccttgct 6139817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 5397506 - 5397346
Alignment:
Q  188 acaacacgtagacttctctcactctcac-cccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtg 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||| |||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  5397506 acaacacatagacttctctcactctcacgcccaatgtcccggtgcaaccacactctcacaaaataaatatttaaattaagttagatataagcttaaagtg 5397407  T
Q  287 ctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
     |||      ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  5397406 ttac------gtgcatctaaaaacaaagaacctaggtctaatatatagccttggtcttccctttgct 5397346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 188 - 334
Target Start/End: Original strand, 2595259 - 2595403
Alignment:
Q  188 acaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgc 287  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| ||| |||||||| | | | ||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||||  |    
T  2595259 acaacacatagacttctatcactctcaccttaatgctccaatacaaccacattcttacaaaacaaatatttaaactaagtcacatataagctcaaagcac 2595358  T
Q  288 tactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatag 334  Q
    |||| ||  ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  2595359 tactgac--gtgcatctaaaaacaaagaacctaagtctaatatatag 2595403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 228 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 43835081 - 43834973
Alignment:
Q  228 gtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaa 327  Q
    ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||| |||| |||||||  |||| |||||| ||||| |||    
T  43835081 gtacaaccacactatcacaaaacaaatatttaaaccaagtcagatgtaagtttaaagtgctactgactgatgcatcttaaaactaagaacttaggttcaa 43834982  T
Q  328 tatatagcc 336  Q
    |||||||||    
T  43834981 tatatagcc 43834973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 188 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 43835224 - 43835086
Alignment:
Q  188 acaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgc 287  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||   || || ||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||||||| |    
T  43835224 acaacacacagacttctctcactctcaccccaatg--acaatataaccacactctcacaaagcagatatttaaaccaagtcagatacaagcttaaagttc 43835127  T
Q  288 tactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaata 329  Q
    || | | ||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||    
T  43835126 taatgattggtgcatct-taaacagagaacttaggttcaata 43835086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 196 - 299
Target Start/End: Original strand, 43635711 - 43635811
Alignment:
Q  196 tagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaact 295  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||    |||||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  43635711 tagacttctctcactctcacct-aatgccccaatacaaccacactctcacaaatcaaatatttatc--aagtcagatataagtttaaagtgctactaagt 43635807  T
Q  296 ggtg 299  Q
    ||||    
T  43635808 ggtg 43635811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 71 - 175
Target Start/End: Original strand, 3742486 - 3742591
Alignment:
Q  71 gaaaaataagcacaatcacaat-ataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcgcaaccagaaaattatt 169  Q
    ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| |||||  ||||   ||  ||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||||    
T  3742486 gaaaaataaacacaatcacaaacacaagaatataacgtgaaaactcaaaaatcagagaaaaaaccacgaccgttgtctaaaccacaaccaaagaattatt 3742585  T
Q  170 actatg 175  Q
    ||||||    
T  3742586 actatg 3742591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 81 - 353
Target Start/End: Original strand, 35429755 - 35430026
Alignment:
Q  81 cacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaattattactatg-gaa 178  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||  |||||| ||  |||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||  |||    
T  35429755 cacaatcacaacacaagaatataacgtggaaactccaaaactagaggaaaaaccacgaccgttatctaaaccgacaaccagagaattattactatttgaa 35429854  T
Q  179 nnnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaac 278  Q
             ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35429855 aattatt--acaacacatagacttctctaactctcaccc-aatgccccagtacacccacactctcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataagc 35429951  T
Q  279 ttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||| | ||||| |||| |||||    
T  35429952 ttaaagtgctactgactggtgcttctaaaaacaaagaaactaggttcaatatatagtcttggtcttccccttgct 35430026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 65 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 41341326 - 41341059
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaa 163  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||  |||||  ||  |||||||| |||||||||||||| || |||||| | |    
T  41341326 gaagaagaaaaataaacacaatcacaacacaagaatataacatggaaactccaaaaccagaggaaaaaccatgaccgttgtctaaaccgacaaccaaaga 41341227  T
Q  164 attattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaac 262  Q
    |||||||||||| |||         ||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  41341226 attattactatgtgaaaattgtt--acaacacatagacttctctaattctcaccc-aatgccccagtacacccacactctcacaaagcaaacatttaaac 41341130  T
Q  263 taagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatata 333  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||    
T  41341129 taagtcagatataagcttaaagtgctactgactggtgcatctaaaaacaaagaaactaggtttaatatata 41341059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 208 - 353
Target Start/End: Original strand, 7400443 - 7400588
Alignment:
Q  208 actctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctaca 307  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |    
T  7400443 actctcacctcaatgccccaatacaatcacactctcacaaaacaaatatttaaactaagtcagatataagcttaaagtgctactgaccggtgcatctaaa 7400542  T
Q  308 aacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||| |||||    
T  7400543 aacaaagaacctaggttcaatatatagtcttggtcttccccttgct 7400588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 128 - 353
Target Start/End: Original strand, 35428219 - 35428446
Alignment:
Q  128 aaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaattattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||         ||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| |||    
T  35428219 aaaaaccacgaccgttgtctaaaccgacaaccagagaattattactatgtgaaaattgtt--acaacacatagacttctctaactctgaccc-aataccc 35428315  T
Q  226 cagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaa---cctagg 322  Q
     |||||| ||| |   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    |||||    
T  35428316 tagtacacccacaacctcacaaaacaaatatttaaactaagtcagatataagcttaaagtgctactgactggtgcatctaaaaacaaagaaattactagg 35428415  T
Q  323 tccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    | |||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  35428416 ttcaatatatagccttggtcttcccattgct 35428446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 238 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 18009311 - 18009216
Alignment:
Q  238 actttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatata 333  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  18009311 actttcacaaagaaaatatttaaactaagtcaaatataagtttaaagtgctactgactggtgcatttaaaaacaacgaatctaggtccaatatata 18009216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 351
Target Start/End: Original strand, 30921576 - 30921736
Alignment:
Q  189 caacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgct 288  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  ||||||||      
T  30921576 caacacatagacttctctcactctcaccctaatgacctagtacaaccacgctctcacaaagcaattatttaaactaacttagatataagtttaaagtg-- 30921673  T
Q  289 actaactggtgcatct-acaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttg 351  Q
     ||||   ||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||||||    
T  30921674 -ctaatgtgtgtatctaaaaaacaaagaacctacgtccaatatataacattggtcttccctttg 30921736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 208 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 7659112 - 7658990
Alignment:
Q  208 actctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaa--cttaaagtgctactaactggtgcatcta 305  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||      |||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||     
T  7659112 actctcaccctaatgcctcagtacaaccacactttca------aaat-tttaaactaagtcagatatataagcttaaagtgctactaactggtacatctg 7659020  T
Q  306 caaacaaagaacctaggtccaatatatagc 335  Q
     ||||||||||||||  | |||||||||||    
T  7659019 aaaacaaagaacctaaattcaatatatagc 7658990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 7659241 - 7659192
Alignment:
Q  72 aaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaac 121  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||    
T  7659241 aaaaataagcataatcacaacacaagaatataatgtggaaactttaaaac 7659192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 65 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 32342371 - 32342084
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaa 163  Q
    ||||||||||||||| || |||||| | | ||||||| ||||||||||||  |||| ||||  ||||||||| | ||||||||||| |  |||||| | |    
T  32342371 gaagaagaaaaataaacataatcactacacaagaatataacgtggaaactccaaaattggag-aaaaaccactatcgttgtctaaaccaacaaccataga 32342273  T
Q  164 attattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaac 262  Q
    |||||||||||| |||         ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  32342272 attattactatgtgaattttttt--acaacacataaacttctctcactctcacccgaatgccccagtacaaccacactctcacaaaacaaatatttaaac 32342175  T
Q  263 taagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  32342174 taagtcagatataagcttaaagtgttactgaccggtgcatctaaaaacaaagaacttatattcaatatatagccttggtcttccctttgct 32342084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 65 - 336
Target Start/End: Original strand, 21118257 - 21118533
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataag--cacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccaga 161  Q
    |||||||||||||||   ||||||||| | | ||||||| ||||||||||||  ||||  | |  ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |    
T  21118257 gaagaagaaaaataaaaacacaatcactacacaagaatataacgtggaaactccaaaatcgaagaaaaaaccacaaccgttgtctaaatcgacaaccaaa 21118356  T
Q  162 aaattattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtaga---cttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatt 257  Q
     ||||||||||||| |||         ||||||| ||||   ||||| | |||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||| | ||||||    
T  21118357 gaattattactatgtgaaaattttt--acaacacatagagtacttctttaactctcaccccaatgccccagtacacacacactctcacaaaactaatatt 21118454  T
Q  258 taaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagcc 336  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  21118455 taaactaagtcagatataagcttaaagtgctattgactggtgcatctaaaaacaaagaaactaggttcaatatatagcc 21118533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 72 - 342
Target Start/End: Original strand, 14766245 - 14766515
Alignment:
Q  72 aaaaataagcacaatcacaat-ataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaattatt 169  Q
    |||||||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||     
T  14766245 aaaaataaacacaatcacaaacacaagaatataacgtggaaactccaaaatcggagaaaaaaccacgaccgttgtctaaaccgacaaccagagaattatc 14766344  T
Q  170 actatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtc 268  Q
    | | || |||         ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  14766345 attttgtgaaaaatttt--acaacacatagacttctctcactcacaccc-aatgccccaatacagccacactctcacaatgcaaatatttaaactaagtc 14766441  T
Q  269 agatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtc 342  Q
    ||||| || |||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||| |||||    
T  14766442 agatacaagcttaaagtgctattgactagtgcatctaaaaacaaaaaaactaggttcaatatatagccttggtc 14766515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 215 - 336
Target Start/End: Original strand, 21118694 - 21118815
Alignment:
Q  215 ccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaag 314  Q
    ||||||||||||||||||  || ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  21118694 ccccaatgccccagtacacacacactctcacaaaactaatatttaaactaagtcagatataagcttaaagtgctactgactggtgcatctaaaaacaaag 21118793  T
Q  315 aacctaggtccaatatatagcc 336  Q
    || |||||| ||||||||||||    
T  21118794 aaactaggttcaatatatagcc 21118815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 213 - 353
Target Start/End: Original strand, 14763809 - 14763949
Alignment:
Q  213 caccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaa 312  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  14763809 cacccccatgccccagtacacccacactctcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatacaagcttaaagtgctactgactggtacatctaaaaacaa 14763908  T
Q  313 agaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||| |||| | ||||| |||||  ||||| |||| |||||    
T  14763909 agaaactagattcaataaatagctttggtcttccccttgct 14763949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 217 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 20727614 - 20727499
Alignment:
Q  217 ccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaa 316  Q
    ||||| |||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| | | | ||||||||| ||||||||||    
T  20727614 ccaataccccagtacaaccacact--cacaaagaaaatatttaatctaagtcagatataagcataaagtgctattgattagtgcatctaaaaacaaagaa 20727517  T
Q  317 cctaggtccaatatatag 334  Q
    | ||||| ||||||||||    
T  20727516 cataggttcaatatatag 20727499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 65 - 353
Target Start/End: Original strand, 17730898 - 17731187
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaa-ccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaa 162  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||  ||||| |||  ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||     
T  17730898 gaagaagcaaaataaacacaatcacaacacaagaatataacgtggaaactccaaaaccggaggaaaaaaccacgaccgttgtctaaaccgacaaccagag 17730997  T
Q  163 aattattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctca-ccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaa 260  Q
    ||||||||||||| |||         | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || ||| |||||||| ||||||||||    
T  17730998 aattattactatgtgaaatttttt--agaacacatagacttctctcactctcacccccaatg-cccagtacactcacactgtcacaaagaaaatatttaa 17731094  T
Q  261 actaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||| |||||| |||||||||||| ||| | |||| |||||    
T  17731095 actaagtcagatataagcttaaagtgctactgactggtgcatctaacaataaagaaactaggttcaatatatagccttggccttccccttgct 17731187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 65 - 353
Target Start/End: Original strand, 19032129 - 19032418
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaa-ccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaa 162  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||  ||||| |||  ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||     
T  19032129 gaagaagcaaaataaacacaatcacaacacaagaatataacgtggaaactccaaaaccggaggaaaaaaccacgaccgttgtctaaaccgacaaccagag 19032228  T
Q  163 aattattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctca-ccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaa 260  Q
    ||||||||||||| |||         | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || ||| |||||||| ||||||||||    
T  19032229 aattattactatgtgaaatttttt--agaacacatagacttctctcactctcacccccaatg-cccagtacactcacactgtcacaaagaaaatatttaa 19032325  T
Q  261 actaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||| |||||| |||||||||||| ||| | |||| |||||    
T  19032326 actaagtcagatataagcttaaagtgctactgactggtgcatctaacaataaagaaactaggttcaatatatagccttggccttccccttgct 19032418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 209 - 342
Target Start/End: Original strand, 38183082 - 38183215
Alignment:
Q  209 ctctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaa 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  38183082 ctctaaccccaatgccccagtacacccacactctcacaaagcaaatatttaacctaagtcagatataagcttaaagtgctactgactggtgcatctaaaa 38183181  T
Q  309 acaaagaacctaggtccaatatatagccatggtc 342  Q
    |||||||| |||| | |||||||||||| |||||    
T  38183182 acaaagaaactagattcaatatatagccttggtc 38183215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 65 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 3371700 - 3371407
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaa 163  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| | | ||||||| |||| |||||||  ||||| |||  ||||||||| | |||||||| || || |||||||| |    
T  3371700 gaagaagaaaaataatcgcaatcactacacaagaatataacgaggaaactccaaaaccggagaaaaaaccactatcgttgtcttaaccgacaaccagaga 3371601  T
Q  164 attattactatggaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaact 263  Q
    ||||||||||||  |         || |||| ||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |    
T  3371600 attattactatgtgaattttttttaccacacatagacttctttcactcccacctcaatgtcccaggacaaccacactctcacaaagcaaatatttaaatt 3371501  T
Q  264 aagtcagatataaac----ttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    ||||||||||||||     ||||||| ||| | |||| |||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3371500 aagtcagatataaataagtttaaagttctattgactgatgcatctaaaaacaaggaacctaggtttaatatatagccttggtcttccctttgct 3371407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 72 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 1027079 - 1026810
Alignment:
Q  72 aaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaattatta 170  Q
    |||||||| ||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||  |||||  ||  |||||||||||||| |||||||| || |||||||| | ||||||    
T  1027079 aaaaataaacacaatcactatacaggaatataacgtgtaaactccaaaaccagagaaaaaaccacgaccgctgtctaaaccgacaaccagagagttatta 1026980  T
Q  171 ctatggaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcag 270  Q
     || | ||         ||||||| || |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||| ||| |||    
T  1026979 gtacgtaaaaaatttt-acaacacataaacttctgtcacttgcaccccaatgccccagtacaaccacactctcagaaagaaaatatttaaacaaagacag 1026881  T
Q  271 atataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggt 341  Q
    |||||| |||| ||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||| ||||    
T  1026880 atataagcttatagtactattgactggtgcatctaaaaacaaagaacctacgttcgatatatagccttggt 1026810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 197 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 49582767 - 49582635
Alignment:
Q  197 agacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaa------agcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctac 290  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||| ||||||      |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  49582767 agacttctctcactctcactccaatgctccggtacaaccacactatcacaatcacaaagcaaatatttaaactaagttagatat-aagttaaagtgctac 49582669  T
Q  291 taactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtc 324  Q
    | |||  |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  49582668 tgactaatgcatctaaaaacaaagaacttaggtc 49582635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 43979506 - 43979395
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaa 163  Q
    ||||||||||||||| |||||| || | | ||||||| ||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||| |||||| || |||||||| |    
T  43979506 gaagaagaaaaataaacacaataactacacaagaatataacgtggaaactccaaaactggagaaaaaaccacgaccgttatctaaaccgacaaccagaga 43979407  T
Q  164 attattactatg 175  Q
    ||||||||||||    
T  43979406 attattactatg 43979395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 199 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 3372455 - 3372378
Alignment:
Q  199 acttctctcactctca-ccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatata 275  Q
    |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3372455 acttctctcactcttatccccaatgccgcagtacaaccacactcacacaaagcaaatatttaaactaagtcagatata 3372378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 334
Target Start/End: Original strand, 21344714 - 21344783
Alignment:
Q  265 agtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatag 334  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  21344714 agtcagatatacacttaaagtgctactgattggtgcatctaaaaacaaataacctaggttcaatatatag 21344783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 82 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 40195803 - 40195709
Alignment:
Q  82 acaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaattattactatg 175  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| |  |||||  ||  ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  40195803 acaatcacaatacaagaatataacgtggaaattccaaaaccagagaaaaaaccacgatcgttgtctaaaccgacaaccagagaattattactatg 40195709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 120
Target Start/End: Original strand, 21344530 - 21344585
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||| |||||    
T  21344530 gaagaagaaaaataagcacaatcacaacacaagaatataacgtgaaaactctaaaa 21344585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 188 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 14508892 - 14508733
Alignment:
Q  188 acaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgc 287  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  14508892 acaacacatagacttctctcactctcaccccatggccctagtacaaccacactctcacaaagcaaatatttaaactaggtcagatataagcttaaagtgc 14508793  T
Q  288 tactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccc 347  Q
    |||| |||||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  14508792 tactgactggtacatctaaaaactaagaacctaggttcaatatatagccttggtcttccc 14508733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 209 - 331
Target Start/End: Original strand, 10549993 - 10550115
Alignment:
Q  209 ctctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaa 308  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  10549993 ctctcacccaaatgctccagtacaaccacactctcacaaaacaaatatttaaactgagtcagatataaacttaaagtgctactgactggtgcatctaaaa 10550092  T
Q  309 acaaagaacctaggtccaatata 331  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  10550093 acaaagaacctaggttcaatata 10550115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 196 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 31322733 - 31322586
Alignment:
Q  196 tagacttctctcactctcaccccaa-tgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaac 294  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |     
T  31322733 tagacttttctcactctcaccccaaatgccccagcacaaccactctcccacaaagaaaatatttaaactaagtcagatataagcttaaagtgccattgaa 31322634  T
Q  295 tggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtc 342  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  31322633 tggtgcatctaaaaacaaagaacctaggtccaatatataaccttggtc 31322586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 188 - 335
Target Start/End: Original strand, 41848300 - 41848447
Alignment:
Q  188 acaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgc 287  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||    
T  41848300 acaacacatagacttctctcactctagccccaatgttccagtacaaccacactttcataaaacaaatatttaaactaaatcagatataagctaaaaatgc 41848399  T
Q  288 tactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagc 335  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  41848400 tactgactgatgcatctaaaaacaaagaaccaaagtcgaatatatagc 41848447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 31327359 - 31327202
Alignment:
Q  196 tagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaact 295  Q
    |||||||||||||| ||||||| | | ||| ||||||| || | | ||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31327359 tagacttctctcacactcaccctattaccctagtacaatcacaatctcataaaataaatatttaaattaagtcagatataaacttaaagtgctacttact 31327260  T
Q  296 ggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||| || || ||| | |||||||||||  ||||||||||  ||||| | ||||||||    
T  31327259 ggtgtatataaaaatagagaacctaggttgaatatatagcattggtctttcctttgct 31327202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 150
Target Start/End: Original strand, 45676560 - 45676648
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactg---gattaaaaaccacgaccgttgtctaaa 150  Q
    ||||||||||||||| |||||| | || | ||||||| |||||||||| ||||||| ||   ||  |||||||||||||||||||||||    
T  45676560 gaagaagaaaaataaacacaattataacacaagaatataacgtggaaaatttaaaattggaagaaaaaaaaccacgaccgttgtctaaa 45676648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 285 - 334
Target Start/End: Original strand, 45676670 - 45676719
Alignment:
Q  285 tgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatag 334  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45676670 tgctactggctggtgcatctaaaaacaaagaacctaggttcaatatatag 45676719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 72 - 335
Target Start/End: Original strand, 5448701 - 5448964
Alignment:
Q  72 aaaaataagcacaatcacaa-tataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaattatt 169  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||  ||||| | |  |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||     
T  5448701 aaaaataaacacaatcacaaatacaagaatataatgtggaaactccaaaaccgtagaaaaaaccatgaccgttgtctaaaccgacaaccagagaattatc 5448800  T
Q  170 actatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtc 268  Q
    |||||| |||         ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||     
T  5448801 actatgtgaaatttttt--acaacacatagacttctatcactctcaccc-aatgccccagtacacccacactctcacaaagaaaatatttaaactaagtt 5448897  T
Q  269 agatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagc 335  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  5448898 agatataagcttaaagtgctactgactggtgcatctaaaaacaaagaaactaggttcaatatatagc 5448964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 72 - 335
Target Start/End: Original strand, 5439691 - 5439954
Alignment:
Q  72 aaaaataagcacaatcacaa-tataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaattatt 169  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||  ||||| | |  |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||     
T  5439691 aaaaataaacacaatcacaaatacaagaatataacgtggaaactccaaaaccgtagaaaaaaccatgaccgttgtctaaaccgacaaccagagaattatc 5439790  T
Q  170 actatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtc 268  Q
    |||||| |||         ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||     
T  5439791 actatgtgaaatttttt--acaacacatagacttctatcactctcaccc-aatgccccagtacatccacactctcacaaagaaaatatttaaactgagtt 5439887  T
Q  269 agatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagc 335  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||    
T  5439888 agatataagcttaaagtgctactgactggtgcatctaaaaacaaataaactaggttcaatatatagc 5439954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 188 - 342
Target Start/End: Original strand, 15588610 - 15588764
Alignment:
Q  188 acaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgc 287  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  15588610 acaacacatagacttctctcactcttaccccaatgccccagtacaaccaaactctcacaaaacaaatatttaaactaagtcaaatataagcttaacgtgc 15588709  T
Q  288 tactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtc 342  Q
    |||| || |||||||||| ||||||||||| ||    |||||||||||| |||||    
T  15588710 tactgacaggtgcatctaaaaacaaagaacgtaccatcaatatatagccttggtc 15588764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 65 - 333
Target Start/End: Original strand, 5447699 - 5447969
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaat-ataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaa 162  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||  | ||||||| || ||||||||| |||||| |||  |||||| || ||| ||||||||| || ||||||||     
T  5447699 gaagaaaaaaaataaacacaatcacaaacacaagaatataatgtggaaactctaaaaccggagaaaaaactactaccattgtctaaaccgacaaccagag 5447798  T
Q  163 aattattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaat-gccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaa 260  Q
    |||||| |||||| |||         ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  5447799 aattatcactatgtgaattttttt--acaacacatagacttctctcactctcaccccaaacgccccagtacacccacactctcacaaaacaaatatttaa 5447896  T
Q  261 actaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatata 333  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||| ||| || |||||||||    
T  5447897 actaagttatatataagcttaaagtgctattgactggtgcatctaagaacaaagaaactatgttcaatatata 5447969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 188 - 333
Target Start/End: Original strand, 5438813 - 5438959
Alignment:
Q  188 acaacacgtagacttctctcactctcaccccaat-gccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtg 286  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  5438813 acaacacatagacttctctcactctcaccccaaacgccccagtacacccacactctcacaaaacaaatatttaaactaagttatatataagcttaaagtg 5438912  T
Q  287 ctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatata 333  Q
    ||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||    
T  5438913 ctattgactggtgcatctaaaaacaaagaaactatgttcaatatata 5438959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 353
Target Start/End: Original strand, 15589620 - 15589909
Alignment:
Q  66 aagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaaatcg-caaccagaaaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||    | ||||||| ||| ||||||||  ||||| | |  |||| ||| ||||||| |||||| || |||||||| ||    
T  15589620 aagaagaaaaataagcacaatcattgcacaagaatataacttggaaactccaaaaccgaagaaaaacccatgaccgttttctaaaccgacaaccagagaa 15589719  T
Q  165 ttattactatg-gaannnnnnnnnacaacacgtagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaact 263  Q
    || |||||||| |||         | ||||| | || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||| || ||    
T  15589720 ttgttactatgtgaaattttttacataacacatggaattctctcactctcacgccaattccccagtacaaccatactgacccaaagcaaatattgaacct 15589819  T
Q  264 aagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  15589820 aagtaagatataagcttaatgtgctactgacctgtgcatctaaatacaaagaacctagattcaatatatagccttggtcttccccttgct 15589909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 112
Target Start/End: Original strand, 15588536 - 15588578
Alignment:
Q  70 agaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  15588536 agaaaaataagcacaatcacaacacaagaatataacgtggaaa 15588578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 200 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 20594771 - 20594618
Alignment:
Q  200 cttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtg 299  Q
    ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| || | || ||||    
T  20594771 cttctctcattctcaccccaatcctccagtacaaccacactctcacaaaacaaatatttaaactatgtcagatataagcttagagtgttattgaccggtg 20594672  T
Q  300 catctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggtcctccctttgct 353  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||| |||||    
T  20594671 catctaaaaataaagaacctaggttcaatatatagtcttggtcttccccttgct 20594618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 242 - 353
Target Start/End: Original strand, 4660118 - 4660228
Alignment:
Q  242 tcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaactggtgcatctacaaacaaagaacctaggtccaatatatagccatggt 341  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||    
T  4660118 tcacaaaccaaatatttaaactaagtcagatataatcttaaagtgctactgaccggtgcatc-aaaaacaaagaaactaggttcaatatatagcattggt 4660216  T
Q  342 cctccctttgct 353  Q
    | |||| |||||    
T  4660217 cttccccttgct 4660228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 196 - 335
Target Start/End: Original strand, 31073645 - 31073786
Alignment:
Q  196 tagacttctctcactctcaccccaatgccccagtacaaccatactttcacaaagcaaatatttaaactaagtcagatataaacttaaagtgctactaact 295  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||    
T  31073645 tagacttctctcactctcaccctaatgccccagtataaccacaccctcacaaaacaaatatttaaactaagttagatataagtttaaaatgctactgact 31073744  T
Q  296 ggtgcatctacaaa--caaagaacctaggtccaatatatagc 335  Q
    | ||||  || | |   ||||||||||||| |||||||||||    
T  31073745 gttgcagttaaatatttaaagaacctaggttcaatatatagc 31073786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 149
Target Start/End: Original strand, 33300954 - 33301036
Alignment:
Q  67 agaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaactttaaaactggattaaaaaccacgaccgttgtctaa 149  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||    
T  33300954 agaagaaaaataaacacaatcacaacacaagaatataacgtgaaaactttaaaatcggaggaaaaactacgaccgttgtctaa 33301036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 20594909 - 20594860
Alignment:
Q  65 gaagaagaaaaataagcacaatcacaatataagaatacaacgtggaaact 114  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||    
T  20594909 gaagaagaaaaataaacacaatcacaacacaagaatataacgtgaaaact 20594860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University