View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17132_high_6 (Length: 414)

Name: NF17132_high_6
Description: NF17132
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17132_high_6
NF17132_high_6
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (24-375)||(11780115-11780467)
chr1 (45-217)||(10424593-10424765)
chr1 (45-127)||(1624838-1624920)
chr1 (69-128)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (33-375)||(17158540-17158886)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (27-368)||(14977470-14977814)
chr6 (160-331)||(11776308-11776482)
chr6 (160-208)||(24353638-24353686)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (27-348)||(12101751-12102070)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (45-331)||(5781902-5782191)
chr5 (45-331)||(19069420-19069709)
chr5 (57-154)||(17763963-17764060)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (50-209)||(16311640-16311799)
chr3 (50-209)||(18488424-18488583)
chr3 (50-209)||(18492634-18492793)
chr3 (65-228)||(19829018-19829181)
chr3 (79-209)||(16314031-16314161)
chr3 (79-209)||(18495025-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (61-217)||(17459431-17459587)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 24 - 375
Target Start/End: Original strand, 11780115 - 11780467
Alignment:
Q  24 acatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacat 123  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780115 acatcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagctcctgtgggcgcgaatgattatgttccacat 11780214  T
Q  124 catccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcacttcatc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  11780215 catccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgcttcactctctcagaatgcatttcatc 11780314  T
Q  224 atgcaa-ccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgt 322  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11780315 atgcaatcggggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgt 11780414  T
Q  323 tgacgacaatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 375  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780415 tgacgacaatgatgtcctgggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 11780467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 45 - 217
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  45 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 144  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  145 catcgtcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcac 217  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  || ||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||| ||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 127
Target Start/End: Original strand, 1624838 - 1624920
Alignment:
Q  45 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatc 127  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | |||| ||||  ||| ||||||||||||||    
T  1624838 gatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcgggctcgaactattgtgttccacatcatc 1624920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 69 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  69 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 128  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 33 - 375
Target Start/End: Original strand, 17158540 - 17158886
Alignment:
Q  33 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 132  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17158540 tgcttaacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaactactaggggtgcgaatgattatgctccacatcatccgaga 17158639  T
Q  133 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctcc-actctctcagaacgcacttcatcatgc---a 228  Q
    | || | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||   |    
T  17158640 gtgtcgcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgcgactgatcccactctctcagaatgcacttcatcgtgcgcaa 17158739  T
Q  229 accgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacga 328  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  17158740 actaggaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaggtgttgacga 17158839  T
Q  329 caatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 375  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  17158840 caatgacgtcttgggcatagggactgtcaactgagaagtaacaactg 17158886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 27 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 14977814 - 14977470
Alignment:
Q  27 tcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcat 126  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||||    
T  14977814 tcatcatgctaaacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggggtcgaatgattatgttccacatcat 14977715  T
Q  127 ccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcacttcatcat- 225  Q
      || ||||| | |||||||||||||||     || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |     
T  14977714 aagatagcgtagcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcggaatgcacgtcatcgtg 14977615  T
Q  226 -gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgtt 323  Q
     |||||  |||| ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | ||||||| ||| || | ||| ||||| |||||||||    
T  14977614 cgcaactggggacacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactatcaaacatgttgtgtaatgggaagctaaaagatgtt 14977515  T
Q  324 gacgacaatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagta 368  Q
    || ||||| || ||||| |||| ||||||| |||| |||||||||    
T  14977514 gatgacaaagacgtcctgggcacagggaccatcatctgagaagta 14977470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 160 - 331
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776482
Alignment:
Q  160 ggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 256  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  257 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 331  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 11776482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 160 - 208
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  160 ggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 208  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 27 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 12102070 - 12101751
Alignment:
Q  27 tcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattat----gttccaca 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    ||||||||    
T  12102070 tcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctcccgggggcgcgaatgattatatatgttccaca 12101971  T
Q  123 tcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcacttcat 222  Q
    |         |  | | ||||||||||||| | |   |||||||||||||| |||||||||||| ||| |  |||||| ||||||||| | |||| ||||    
T  12101970 t---------gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtgtttgctccgctctctcaggatgcacgtcat 12101880  T
Q  223 catgcaacc---gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaaga 319  Q
    | ||||      |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12101879 cgtgcacaattggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgttaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaga 12101780  T
Q  320 tgttgacgacaatgatgtcctaggcatag 348  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  12101779 tgttgacgacaatgacgtcataggcatag 12101751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 331
Target Start/End: Original strand, 5781902 - 5782191
Alignment:
Q  45 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 144  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||    
T  5781902 gatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggatcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaa 5782001  T
Q  145 catcgtcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 241  Q
    |||| || ||    |||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||| |  |||||  |||||||||     
T  5782002 catcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaac 5782101  T
Q  242 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 331  Q
     || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5782102 ctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 5782191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 45 - 331
Target Start/End: Original strand, 19069420 - 19069709
Alignment:
Q  45 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 144  Q
    |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  || || ||   |||||    
T  19069420 gatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcgggatcgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaa 19069519  T
Q  145 catcgtcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 241  Q
    |||| || ||     |||||||||||||| | ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||| ||||| |  |||||  |||||| ||     
T  19069520 catcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataac 19069619  T
Q  242 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 331  Q
     || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19069620 ctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 19069709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 57 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  57 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 154  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311640
Alignment:
Q  50 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 149  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  150 tcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctca 209  Q
    || || ||  ||||||||||| || ||||||||||| ||||| | || |||||| |||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctca 16311640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488424
Alignment:
Q  50 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 149  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  150 tcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctca 209  Q
    || || ||  ||||||||||| || ||||||||||| ||||| | || |||||| |||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctca 18488424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492634
Alignment:
Q  50 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 149  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  150 tcaactacatggttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctca 209  Q
    || || ||  ||||||||||| || ||||||||||| ||||| | || |||||| |||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctca 18492634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 65 - 228
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  65 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 164  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  165 tccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcacttcatcatgca 228  Q
    |||||||||||| | |||||| | ||| || ||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314031
Alignment:
Q  79 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactccccccg 178  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| || ||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  179 cgatgtcggatgcgactgctccactctctca 209  Q
     |||||| ||||| | || |||||| |||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctca 16314031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495025
Alignment:
Q  79 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactccccccg 178  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| || ||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  179 cgatgtcggatgcgactgctccactctctca 209  Q
     |||||| ||||| | || |||||| |||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctca 18495025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  61 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 160  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  161 gttctccaactccccccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaacgcac 217  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||| ||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University