View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17134_high_3 (Length: 762)

Name: NF17134_high_3
Description: NF17134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17134_high_3
NF17134_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-746)||(6990889-6991614)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 6991614 - 6990889
Alignment:
Q  1 gaatgaaggttttttggatagaaaatgtggagcatcagtggcatgatgcgctggatccttgtcttgtgtgcgccaatgaattggaagaacgttaaaattc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  6991614 gaatgaaggttttttggatagaaaatgtgtagcatcagtggcatgatgcgctggatccttgccttgtgtgcgccaatgaattggaggaacattaaaattc 6991515  T
Q  101 tagaaggtgtagagatgcatgtctttggaaaggccgttccaaacgaattgagcattatgtcttatccaaagaagaagaaaaatcctatatgatttgaaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991514 tagaaggtgtagagatgcatgcctttggaaaggtcgttccaaacgaattgagcattatgtcttatccaaagaagaagaaaaatcctatatgatttgaaca 6991415  T
Q  201 ttttgagtgtagtttcgtttcaacttgagttgtttaatacaattaagtattttctttttatnnnnnnngtgtctttttaatttgatgccaaatttggcaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991414 ttttgagtgtagtttcgtttcaacttgagttgtttaatacaattaagtattttctttttataaaaaaaatgtctttttaatttgatgccaaatttggcaa 6991315  T
Q  301 aatcgcaatgtgagactataaagtatatagtttgtgcaaaaagtttgtgcaaaaatcgtaatggctaacagtaattaagtcaatgtcattgtcattccaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991314 aatcgcaatgtgagactataaagtatatagtttgtgcaaaaa-------------tcacaggggctaacagtaattaagtcaatgtcattgtcattccaa 6991228  T
Q  401 atattcattatgaagggttttatacctcatctgatttaagttaaaa-ttaagaaattaaagattat-gaattcaaatacagactaaagagtaaatattaa 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||         ||||||||||||||||||||    
T  6991227 atattcattatgaagggttttatacctcatctgatttaagttaaaaattaagaaattaaagattcttgaat---------gactaaagagtaaatattaa 6991137  T
Q  499 actaacatcttacttttaaaattcaaacatgaattgtatcatttataaatctattattaggtgaaaacatgaagtggtggacggcacaagcaaatcacgt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6991136 actaacatcttacttttaaaattcaaacatgaattgtatcatttataaatctattattaggggaaaacatgaagtggtggatggcacaagcaaatcacgt 6991037  T
Q  599 gaagggtgttttaccgtgttgactgttgttgataatgatacctaaaccttgtagcgtagcaattcaatgagcaaagctggatcttgttgtgttgttgtgg 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6991036 gaagggtgttttaccgtgttgactgttgttgataatgatacctaaaccttgtagcgtagcaattcaatgagcaaagctggatcttgttgtgttgttgtgg 6990937  T
Q  699 tggttctaaattaagagtggaatgtaaagttgaatgtaataaagtagg 746  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6990936 tggttctaaattaagagtggaatgtaaagttgaatgtaataaagtagg 6990889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University