View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17134_low_19 (Length: 546)

Name: NF17134_low_19
Description: NF17134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17134_low_19
NF17134_low_19
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (18-536)||(48106034-48106552)
chr1 (38-532)||(48062419-48062913)
chr1 (300-536)||(48066770-48067006)
chr1 (40-536)||(48099455-48099951)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 536
Target Start/End: Original strand, 48106034 - 48106552
Alignment:
Q  18 agttgggtgggctaacaactttatctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaatgttgtttctggatcaagctcatgagcttttaaata 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106034 agttgggtgggctaacaactttatctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaattttgtttctggatcaagctcatgagcttttaaata 48106133  T
Q  118 gtataattcagatgcatttttacctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttatacctt 217  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106134 gtataattcagatgcattttcacctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttatacctt 48106233  T
Q  218 ttaacaacagattcgattcnnnnnnncgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaa 317  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106234 ttaacaacagattcgattctttttttcgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaa 48106333  T
Q  318 tgttatgacctctgacagaaattccattatctttagcaaattctaacattgtatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactata 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106334 tgttatgacctctgacagaaattccattatctttagcaaattctaacattgcatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactata 48106433  T
Q  418 ccatttcatttcattggtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatcca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48106434 ccatttcatttcattggtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatcca 48106533  T
Q  518 aatgggaaatctgcctttg 536  Q
    |||||||||||||||||||    
T  48106534 aatgggaaatctgcctttg 48106552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 38 - 532
Target Start/End: Original strand, 48062419 - 48062913
Alignment:
Q  38 ttatctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaatgttgtttctgg-atcaagctcatgagcttttaaatagtataattcagatgcattt 136  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||  || ||| |||||| |  | ||||  | ||||||||| | |||| ||||||    
T  48062419 ttatcaccactgtattcgatagtgttatactcattcatgaaca-tgttcgttgtgggatcaagatggtaagctgctgaatagtatactgcagaggcattt 48062517  T
Q  137 ttacctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttataccttttaacaacagattcgattc 236  Q
    || || || ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||   || || ||||  ||||    
T  48062518 ttgccgaggttgtcctcaaaaaagtggaagtggacattctcatttaccacgtcccatgcaatcaattgtcctttataccttgagaccacggatttcattc 48062617  T
Q  237 nnnnnnncgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaatgttatgacctctgacaga 336  Q
            || ||||  || |||||||| || || |   ||  | ||||||||||||||  | |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48062618 tttttgcagctgcttctcgtaattcatcaggagacagggacaaatcccattcaggttgacgtctttcactgtcccacaaaatgttatgacctctgacaga 48062717  T
Q  337 aattccattatctttagcaaattctaacattgtatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactataccatttcatttcattggtg 436  Q
     || ||||| || ||||||||||  | ||| | ||||| |||||| |||||||| |||||| | ||| | |||||||||||||| ||||| || || |||    
T  48062718 tatgccattttccttagcaaatttcagcatggcatctgggatagtatagttttcatggccttggattttctctgtactataccacttcatctcgttagtg 48062817  T
Q  437 aaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatccaaatgggaaatctgcc 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||| |||| ||||    
T  48062818 aaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccatttctggtagtcactgtttgtgaggatatgacggttcatcgcacatccatatggaaaatttgcc 48062913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 300 - 536
Target Start/End: Original strand, 48066770 - 48067006
Alignment:
Q  300 tttcatcgtcccagaaaatgttatgacctctgacagaaattccattatctttagcaaattctaacattgtatctgagatagtgtagttttcttggcctgg 399  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  | ||| | ||| |  ||||| |||||||| |||||| |    
T  48066770 tttcatcgtcccacaaaatggcatgacctctgacagaaatgccattttctttggcaaatttcagcatggcatcaggaatagtatagttttcctggccttg 48066869  T
Q  400 aattatttctgtactataccatttcatttcattggtgaaagttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatga 499  Q
    |||| | |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||    
T  48066870 aattttctctgtactataccacttcatctcattagtgaaagttgtgtacttgaatcttgacacaaaccatttctggtactcaatgtttgtgaggatgtga 48066969  T
Q  500 tggttcatcccacatccaaatgggaaatctgcctttg 536  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48066970 tagttcatcccacatccgaatgggaaatctgcctttg 48067006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 40 - 536
Target Start/End: Original strand, 48099455 - 48099951
Alignment:
Q  40 atctccactatattcaatagtattatactcattcataaacaatgttgtttctggatcaagctcatgagcttttaaatagtataattcagatgcattttta 139  Q
    |||||||||  ||||||| || ||| |||||||||| |||| | |  ||||||||||||| |  | |||| || |||| |||| |   || |||||||      
T  48099455 atctccacttgattcaatggtgttaaactcattcatgaacattttgatttctggatcaagatggtaagctgttgaataatatattggcgaggcattttcg 48099554  T
Q  140 cctagtttgtcctcataaaagtgaaaatggacattttcattcaccacatcccatgcaatcaattctcctttataccttttaacaacagattcgattcnnn 239  Q
    || ||||||| |||| |||||||  | |||||||| |||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||||||  ||| ||||||   ||||       
T  48099555 ccgagtttgttctcaaaaaagtggtagtggacattctcattcacaacgtcccatgcaatcagttgtcctctataccttgaaaccacagatcttattcttt 48099654  T
Q  240 nnnncgcggctttgcgcaattcatcgggcgataaatacttaacccattcaggttgatatttttcatcgtcccagaaaatgttatgacctctgacagaaat 339  Q
         || ||||| || ||||| || || ||||   |||||||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  48099655 ttgcagccgcttttcgtaattcttcaggagataggaacttaacccatttaggctgaaaagtttcatcgtcccagaaaacggtatgacctctgacagaaat 48099754  T
Q  340 tccattatctttagcaaattctaacattgtatctgagatagtgtagttttcttggcctggaattatttctgtactataccatttcatttcattggtgaaa 439  Q
     ||||| ||||| || ||||  | ||| | ||||| |||||| |||||||| |||||| ||| | | |||||||||||||| ||||| ||||| || |||    
T  48099755 gccattttctttggcgaatttcatcatggcatctgggatagtatagttttcctggccttgaaatctctctgtactataccacttcatctcattagtaaaa 48099854  T
Q  440 gttgtgtatttgaatcttgacacaaaccattcctggtagtcaatgtttgtgagtatatgatggttcatcccacatccaaatgggaaatctgcctttg 536  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||| || || | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  48099855 gctgtgtacttgaatcttgacacaaaccatctctggtactcaaagtttgtaaggatgtaatggttcatcccacatccaagtgggaaatttgcctttg 48099951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University