View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17134_low_21 (Length: 521)

Name: NF17134_low_21
Description: NF17134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17134_low_21
NF17134_low_21
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (17-503)||(11468279-11468765)
chr4 (17-503)||(11522696-11523182)
chr4 (18-510)||(11445282-11445792)
chr4 (25-510)||(11547305-11547808)
chr4 (22-510)||(11507071-11507577)
chr4 (22-255)||(34783883-34784116)
chr4 (22-256)||(34775662-34775896)
chr4 (254-299)||(34775915-34775960)
[»] scaffold0794 (1 HSPs)
scaffold0794 (22-510)||(1728-2234)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 11468765 - 11468279
Alignment:
Q  17 ctcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggagctaggaatagtagatgc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11468765 ctcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggaactaggaatagtagatgc 11468666  T
Q  117 aatccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11468665 aatccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttg 11468566  T
Q  217 ctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtgaaagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaactt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11468565 ctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtgaaagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaactt 11468466  T
Q  317 gttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaaggatcttgcacttta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11468465 gttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaaggatcttgcacttta 11468366  T
Q  417 tgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttagtttgtttcaaggggccatggc 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  11468365 tgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttggtctgtttcaaggggccatggc 11468279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 503
Target Start/End: Original strand, 11522696 - 11523182
Alignment:
Q  17 ctcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggagctaggaatagtagatgc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11522696 ctcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggaactaggaatagtagatgc 11522795  T
Q  117 aatccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11522796 aatccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttg 11522895  T
Q  217 ctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtgaaagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaactt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11522896 ctaacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtgaaagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggtgaatcaactt 11522995  T
Q  317 gttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaaggatcttgcacttta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11522996 gttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaaggatcttgcacttta 11523095  T
Q  417 tgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttagtttgtttcaaggggccatggc 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  11523096 tgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttggtctgtttcaaggggccatggc 11523182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 11445792 - 11445282
Alignment:
Q  18 tcagctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggagctaggaatagtagatgca 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||    
T  11445792 tcagctatatcatgctcaaatccatctgtacaaacatatatacagctttataaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgca 11445693  T
Q  118 atccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgc 217  Q
    |||||||| |||||||| || |||||| || |||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||| |||    
T  11445692 atccacaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactccatccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgc 11445593  T
Q  218 taacacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcat 299  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||                  ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  11445592 taacacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcat 11445493  T
Q  300 caatggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggag 399  Q
     | |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||||| || | |||||     
T  11445492 aagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggac 11445393  T
Q  400 aaggatcttgcactttatgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttagtttgtttcaaggggcca 499  Q
    ||||| ||    || | ||| || ||||  || ||||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |    
T  11445392 aaggaactcagcctatttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggcta 11445293  T
Q  500 tggctgatgat 510  Q
    |||||| ||||    
T  11445292 tggctgctgat 11445282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 510
Target Start/End: Original strand, 11547305 - 11547808
Alignment:
Q  25 tatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggagctaggaatagtagatgcaatccaca 124  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||    
T  11547305 tatcatgctcaaatccatctgtacaaacatatatacagctttataaattccatggcactcaaatctgctgtggaactaggcatagctgatgcaatccaca 11547404  T
Q  125 aacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaacaca 224  Q
    | |||||||| || |||||| || |||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||| ||||||||||    
T  11547405 accatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactccatccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgctaacaca 11547504  T
Q  225 cgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaatggt 306  Q
    | |||||||||| |||||||||||| |||                  ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |||     
T  11547505 caatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtggc 11547604  T
Q  307 gaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaaggatc 406  Q
     ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| |    
T  11547605 aaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaac 11547704  T
Q  407 ttgcactttatgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttagtttgtttcaaggggccatggctga 506  Q
    |    || | ||| || ||||  || ||||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||||     
T  11547705 tcagcctatttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctgc 11547804  T
Q  507 tgat 510  Q
    ||||    
T  11547805 tgat 11547808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 22 - 510
Target Start/End: Original strand, 11507071 - 11507577
Alignment:
Q  22 ctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggagctaggaatagtagatgcaatcc 121  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  11507071 ctgtatcacgctcaaatccatctgtacaaacatatatacggctttataaattccatggcactcaaatcagccgtggaactaggcatagcagatgcaatcc 11507170  T
Q  122 acaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaac 221  Q
    | || |||||||| || |||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||    
T  11507171 aaaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactccacccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaac 11507270  T
Q  222 acacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaat 303  Q
    |||| |||||||||| || ||||||||| |||                  |||||||||||   ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |    
T  11507271 acacaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaaagaaggagaagaagaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagt 11507370  T
Q  304 ggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaagg 403  Q
    ||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||||   |||||||||||  |||| | || ||| ||||||||| ||||||| || | ||||||||||    
T  11507371 ggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggttcatccatgtcgtctgaacatatggtactcctctacgaaatggctcactgaggagaagg 11507470  T
Q  404 atcttgcactttatgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttagtttgtttcaaggggccatggc 503  Q
    | ||    || | ||| || ||||  || ||||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||    
T  11507471 aactcagtctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggc 11507570  T
Q  504 tgatgat 510  Q
    || ||||    
T  11507571 tgctgat 11507577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 255
Target Start/End: Original strand, 34783883 - 34784116
Alignment:
Q  22 ctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggagctaggaatagtagatgcaatcc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||  ||||||||||    
T  34783883 ctgtatcatgctcaaatccatttgtacaaacatgtatacaactttgttagttccatggcactcaaatcagccatggaactaggcatagctgatgcaatcc 34783982  T
Q  122 acaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaac 221  Q
    | || |||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||   |||| ||| | ||||| ||| |  ||||    
T  34783983 ataaccatggaaaaccaatgactctttctgaattagcctcatctttaaaactccacccttctaaagttaacatcctctatcgattcttacgccttttaac 34784082  T
Q  222 acacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtgaaa 255  Q
    |||| |||| |||||  |||||||||||||||||    
T  34784083 acacaatggcttctttacaaaaacaacagtgaaa 34784116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 256
Target Start/End: Original strand, 34775662 - 34775896
Alignment:
Q  22 ctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggagctaggaatagtagatgcaatcc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||| ||||  |||||||| |    
T  34775662 ctgtatcatgctcaaatccatttgtacaaacatgtatacaactttgttagttccatggctctcaaatcagccatggaactaggcatagctgatgcaattc 34775761  T
Q  122 acaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaac 221  Q
    |||| |||||||| || |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||  |  | ||||| ||| |  ||||    
T  34775762 acaaccatggaaaaccaatgactctttctgaactagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttaatatacttcaccgattcttacgccttttaac 34775861  T
Q  222 acacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtgaaag 256  Q
    |||  |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  34775862 acataatggtttctttgcaaaaacaatagtgaaag 34775896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 254 - 299
Target Start/End: Original strand, 34775915 - 34775960
Alignment:
Q  254 aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcat 299  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34775915 aagaagaaatagcatattctctcacacctccttcaaagcttctcat 34775960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0794
Description:

Target: scaffold0794; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 22 - 510
Target Start/End: Original strand, 1728 - 2234
Alignment:
Q  22 ctgtatcatgctcaaatccatttatacaaacatgtatacagctttataagttccatggcactcaaatctgctgtggagctaggaatagtagatgcaatcc 121  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  1728 ctgtatcacgctcaaatccatctgtacaaacatatatacggctttataaattccatggcactcaaatcagccgtggaactaggcatagcagatgcaatcc 1827  T
Q  122 acaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgctaac 221  Q
    | || |||||||| || |||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||    
T  1828 aaaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactccacccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaac 1927  T
Q  222 acacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatcaat 303  Q
    |||| |||||||||| || ||||||||| |||                  |||||||||||   ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| | |    
T  1928 acacaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaaagaaggagaagaagaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagt 2027  T
Q  304 ggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaagg 403  Q
    ||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||||   |||||||||||  |||| | || ||| ||||||||| ||||||| || | ||||||||||    
T  2028 ggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggttcatccatgtcgtctgaacatatggtactcctctacgaaatggctcactgaggagaagg 2127  T
Q  404 atcttgcactttatgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttagtttgtttcaaggggccatggc 503  Q
    | ||    || | ||| || ||||  || ||||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||    
T  2128 aactcagtctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggc 2227  T
Q  504 tgatgat 510  Q
    || ||||    
T  2228 tgctgat 2234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University