View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17134_low_9 (Length: 601)

Name: NF17134_low_9
Description: NF17134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17134_low_9
NF17134_low_9
[»] chr3 (43 HSPs)
chr3 (23-576)||(10034513-10035066)
chr3 (19-583)||(10431040-10431604)
chr3 (19-577)||(10263207-10263765)
chr3 (21-575)||(9841366-9841920)
chr3 (19-574)||(10519991-10520546)
chr3 (19-583)||(10129431-10129992)
chr3 (19-583)||(10360800-10361364)
chr3 (19-508)||(10372916-10373405)
chr3 (19-520)||(9852245-9852746)
chr3 (23-437)||(10665976-10666390)
chr3 (117-583)||(9980070-9980536)
chr3 (97-566)||(10583097-10583566)
chr3 (46-583)||(11771767-11772304)
chr3 (19-583)||(11778981-11779545)
chr3 (60-515)||(10503129-10503584)
chr3 (46-509)||(10091327-10091784)
chr3 (46-509)||(10198209-10198666)
chr3 (18-272)||(10531166-10531420)
chr3 (299-515)||(10192882-10193097)
chr3 (299-515)||(10085962-10086177)
chr3 (293-577)||(10531561-10531845)
chr3 (475-583)||(10666497-10666605)
chr3 (293-577)||(10680359-10680643)
chr3 (18-221)||(10679965-10680167)
chr3 (19-221)||(13852822-13853024)
chr3 (468-571)||(9852832-9852935)
chr3 (19-202)||(10192687-10192864)
chr3 (475-575)||(10583544-10583644)
chr3 (326-462)||(13852563-13852699)
chr3 (19-202)||(10085767-10085944)
chr3 (455-566)||(10091937-10092048)
chr3 (455-566)||(10198819-10198930)
chr3 (312-436)||(13163782-13163906)
chr3 (312-436)||(13173830-13173954)
chr3 (312-436)||(13346909-13347033)
chr3 (389-436)||(10892194-10892241)
chr3 (468-506)||(10091812-10091850)
chr3 (468-506)||(10198694-10198732)
chr3 (532-566)||(10372927-10372961)
chr3 (480-565)||(9852775-9852860)
chr3 (407-436)||(11128163-11128192)
chr3 (407-436)||(11157154-11157183)
chr3 (543-579)||(10503681-10503717)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (23-583)||(54601-55161)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-575)||(26909394-26909950)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (19-437)||(11487535-11487953)
chr8 (346-591)||(44954651-44954896)
chr8 (175-217)||(44955024-44955066)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (170-591)||(17849914-17850338)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (312-436)||(143082-143206)
scaffold0002 (312-436)||(133034-133158)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 43)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 576
Target Start/End: Original strand, 10034513 - 10035066
Alignment:
Q  23 ttccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagctt 122  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034513 ttccatttatatttcagaaaggtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttcatatcgaatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagctt 10034612  T
Q  123 aagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaatta 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034613 aagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaatta 10034712  T
Q  223 cgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagt 322  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  10034713 cgatttcatcccaaagaacaaagccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccaacttgagtattgaaaagggtgatgatatagt 10034812  T
Q  323 taacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcga 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034813 taacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtatctatatatcagggatttcgatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcga 10034912  T
Q  423 cacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgt 522  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  10034913 cacctctcctctctccaaactctctgtttttggaattgtcatcaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttagattgt 10035012  T
Q  523 ttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctctta 576  Q
         ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10035013 gggattgtaaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctcactgactctctta 10035066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 10431604 - 10431040
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10431604 tggattccatttatatttcagaaaggtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcactttatatcagatcccattattcaattgaattatttgaagtcaa 10431505  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || | ||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10431504 gcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaagttgcatatgaaatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 10431405  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||  | ||||||| | ||||| ||  ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10431404 atttggttttcatctcgaagaataactccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattcaaaagggtgatgata 10431305  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10431304 tatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtatctatatatcactgatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 10431205  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaa 518  Q
     |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |     
T  10431204 gcgacacctctcctctctccaaactctctgtttttggttttgtgatcaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttgat 10431105  T
Q  519 ttgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaact 583  Q
    ||||    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10431104 ttgtggaaatgtgaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaact 10431040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 577
Target Start/End: Original strand, 10263207 - 10263765
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10263207 tggattccatttatattttagaaaggtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcaaatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 10263306  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10263307 gcttaagatggaaatgctcaccgctcttgaaaggttgtttctaacatgtgcagagttgtcattttctgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 10263406  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||  ||||||  |||||| ||||| |||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||    
T  10263407 attgagatttctacccaaaaaacaacaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctacttgactattcaaaagggtgatgata 10263506  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   | ||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10263507 tatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttttgtatctacgtgtctttgatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 10263606  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaa 518  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  10263607 tcaacacctctcctctctccaatatctctgttttttcttttgtcatcaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttcta 10263706  T
Q  519 ttgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaa 577  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  10263707 ttgcttggatgtgaaaagctagagtcattaccagaagacagcctcccttcctctcttaa 10263765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 575
Target Start/End: Original strand, 9841366 - 9841920
Alignment:
Q  21 gattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagc 120  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841366 gattccatttatatttcagaaaggtcttcacctctgtcgtcgagcctcgaatcacttataatcgaatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagc 9841465  T
Q  121 ttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841466 ttaagatggacatgctcacagctcttgaaatgttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaat 9841565  T
Q  221 tacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatata 320  Q
    | | |||||  |||||| ||||  |||  | || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||    
T  9841566 tgctatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtcaccaatatttgacggcactttcctacttgcgaattgataagggtgatgatata 9841665  T
Q  321 gttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttc 420  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841666 tttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtctctaaatatcagggatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttc 9841765  T
Q  421 gacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaatt 520  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||||  |  |||||   | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  9841766 gacacctctcctctctccaatatctcgatttttcgttttgtccacagcttgagtcattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttatatt 9841865  T
Q  521 gtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctctt 575  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841866 gtttcaatgtgaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctccctgactctctt 9841920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 574
Target Start/End: Original strand, 10519991 - 10520546
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10519991 tggattccatttatatttcagaaaggtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcatatcccctgattcaattgaattatttgaagtcaa 10520090  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10520091 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgactctagattgtgtagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattgcaatca 10520190  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||| ||||||  |||||| ||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||   |||| ||||||||||||||    
T  10520191 attaagatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccgacttgggtattgtaaagggtgatgata 10520290  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10520291 tatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgactctaactatcagggatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaaagggct 10520390  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaa 518  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  10520391 tcgtcacctctcctctctccaacgtctccgtttttgggattgtgaacaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttgat 10520490  T
Q  519 ttgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 574  Q
    ||||    |||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10520491 ttgtggaaatgtgaaaagcttaaatcattaccagaagacagcctccctgactctct 10520546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Original strand, 10129431 - 10129992
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||   |||| |||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129431 tggattccatttatatttcagaaaggtcttcacctcggtcgtc---cctcaaatcactttatatcatatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 10129527  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129528 gcttaagattgacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 10129627  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||  |||    ||| ||||||||  |||  |||| || ||||||||||| ||| ||||||| || |||||   |||||  |||| ||||||||||||||    
T  10129628 attgagatacagtccaaaagaacagcaccgcctgtgacagaatggggtcttcaagatttgaccgctctttcaagattgagtattggaaagggtgatgata 10129727  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129728 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtatctatatatcagggatttcgatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 10129827  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaa 518  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |     
T  10129828 tcgacacctcttctctctccaacatctcttcttttggaattgtcatcaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttgac 10129927  T
Q  519 ttgtttcga-tgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaact 583  Q
    || ||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  10129928 tt-ttgggattgtgaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgattctcttatgcaact 10129992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 10361364 - 10360800
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361364 tggattccatttatatttcagaaaggtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttataatcatatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 10361265  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    |||||||||||||| |||  | ||||||||| |||||| |||| | ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361264 gcttaagatggacacgcttgccgctcttgaacggttgactctagattggccagagttgtcgttttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 10361165  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||| |||    ||| ||||||||  ||   |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||   |||| ||||||||||||||    
T  10361164 attatgatacagtccaaaagaacagcactgcctgtgacagaatggggtctccaatatttgacagcactttccaacttgggtattggaaagggtgatgata 10361065  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361064 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccgtctcccttgtgtctctggaaatccatcatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 10360965  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctc-tgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttca 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||| ||||   | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  10360964 tcgacacctctcctctctccaacatctcgtattttttgaa-tgtcgacagcttgagtcattaccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttac 10360866  T
Q  518 attgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaact 583  Q
    ||| | | | ||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10360865 attttatggttgtgaaaagcttaaatcattaccagaagacagcctccctgactctcttaaggaact 10360800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 10373405 - 10372916
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10373405 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttcagatcttctcccatgcttcaattgaattatttgaagtcaa 10373306  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |   ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10373305 gcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttgagtttgggatgtcgagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctctcaaattacaatca 10373206  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||  ||||||||| | ||||| || |||  | || |||||||||||||||||| || | ||||| || ||    ||||  |||  ||||| ||||||||    
T  10373205 atttggatttcatctcgaagaataacaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaacagctctgtcaagcttgagtattagaaaggatgatgata 10373106  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||   ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373105 tagttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgcatctacgtatcaattatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 10373006  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaa 508  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| ||||   |||||| | || |||||| |||| |||||| || ||||||||||||| |||||    
T  10373005 tcgacacctctcctctctcaaaaatctctatttttttaattgtgaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctcccttcctctctgaa 10372916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 520
Target Start/End: Original strand, 9852245 - 9852746
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9852245 tggattccatttatattttagaaaggtcttcacctcggtcgtcaagcctccaatcacttcggatcaaatcccataattcaattgaattatttgaagtcaa 9852344  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| || | |||||   | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  9852345 gcttaagatggacatgctcaccgctcttgaagatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagtttgtctacctcccaaattaagaaca 9852444  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||  ||||||  || ||| ||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||   |||| ||||||||||||||    
T  9852445 attgtgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagctctttcatcattgtggattgtaaagggtgatgata 9852544  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9852545 tatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctaaatatcatggttctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 9852644  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaa 518  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||  |  ||||||  | |||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||    
T  9852645 tcgacacctcttctctctccaatatctctattttgcgggttgtcaacagcttgggtcattgccagaaaactgcttcccttcctcactgaaatcacttaaa 9852744  T
Q  519 tt 520  Q
    ||    
T  9852745 tt 9852746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 23 - 437
Target Start/End: Original strand, 10665976 - 10666390
Alignment:
Q  23 ttccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagctt 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10665976 ttccatttgtattttagaaagtccttcatgtcagtcgtcgagactcgaagaacttgtgatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagctt 10666075  T
Q  123 aagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaatta 222  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  10666076 aagatggacatgctcactgctcttgaaaagttgattctaagatgtgcacagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaaacaattg 10666175  T
Q  223 cgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagt 322  Q
     ||||||||| ||||||| ||  ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  10666176 tgatttcatctcaaagaataactccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctacttgagtattgaaaagggtgatgatatatt 10666275  T
Q  323 taacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcga 422  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||     |||  | ||||    |  ||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  10666276 taacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatatcccttgtgtctctaacgttcagagctctctgcaatttgaagtcctttaatggaaatgggcttcta 10666375  T
Q  423 cacctctcctctctc 437  Q
    |||||||||||||||    
T  10666376 cacctctcctctctc 10666390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 117 - 583
Target Start/End: Original strand, 9980070 - 9980536
Alignment:
Q  117 aagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaat 216  Q
    |||||||||||||| |||||| | || |||||||  ||| || | |||||   | |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9980070 aagcttaagatggaaatgctctccgcccttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagtttgtctacctctcaaattacaat 9980169  T
Q  217 caattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatga 316  Q
    |||||  ||||||  || ||| ||||  |||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||||| ||||||||||||    
T  9980170 caattgtgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcacttttcgacttgagaattgtaaagggtgatga 9980269  T
Q  317 tatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatggg 416  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   ||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9980270 tatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgcatctacgtatctgtgatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatggg 9980369  T
Q  417 cttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttc 516  Q
    || |||||||||||||||||||||  ||||||||||  |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  9980370 ctgcgacacctctcctctctccaaagtctctgttttttgttttgtcaacaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttg 9980469  T
Q  517 aattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaact 583  Q
    |||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  9980470 aattttatgattgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgaatctcttaaggaact 9980536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 97 - 566
Target Start/End: Original strand, 10583097 - 10583566
Alignment:
Q  97 caattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttg 196  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||| || | |||||   | |||||||||||| ||||||||||||    
T  10583097 caattgaattatttgaagtcaagtttaagatggaaatgctcaccgctcttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagtttg 10583196  T
Q  197 tctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattg 296  Q
    |||||||| |||||||| |||||||  |||||   |||||| ||||  |||  | || ||||||||||||||| || || | ||||| |||||    | |    
T  10583197 tctacctctcaaattacgatcaattgtgatttttacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctcaaagatctaacagctctttcaagctgg 10583296  T
Q  297 acaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatga 396  Q
    |  |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||    |||||  ||||||||    
T  10583297 agtattggaaaggatgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtatctatatatctggaatctctctgaaatga 10583396  T
Q  397 agtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctccc 496  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10583397 agtcctttgatggaaatgggctgcgacacctctcctctctccaatatctctgttttttcatttgtcatcaacttgagacattgccagaaaactgcctccc 10583496  T
Q  497 ttcctcgctgaaattacttcaattgtttcga-tgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccct 566  Q
    |||||| ||||||| ||||  ||| | | || ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  10583497 ttcctcactgaaatcactttcatt-tatggattgtgaaaagcttgggtcattaccagaagacagcctccct 10583566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 46 - 583
Target Start/End: Original strand, 11771767 - 11772304
Alignment:
Q  46 cttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctct 145  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||| ||  ||| || |||||    
T  11771767 cttcacctcggtcctcgagcctccaatatcttgagatcagatcccatgattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcggatgaactcgcttaccgctct 11771866  T
Q  146 tgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaa 245  Q
    ||| | ||||  ||| ||    | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||  ||||||| ||||| |    
T  11771867 tgagaagttgtttctgaatcaaggagtgttttcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaacttacaatcaattgtgagtttttcccaaataacaaca 11771966  T
Q  246 ccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcat 345  Q
    ||| | || || ||||||||||||||| |    ||  | |||||   ||||   |||| ||| | |||| ||||||| | |||||||||||| ||||  |    
T  11771967 ccaccagttacagaatggggtctccaaaaccaaaccactctttcgaaattggttattggaaatgatgataatatagtcaccaccttgatgaaagagttgt 11772066  T
Q  346 tgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatct 445  Q
    |||| || ||||||||||||   |||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11772067 tgctgcctatctcccttgtggacctgtctatcattgatctctatgaaatgaagtcttttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaatatct 11772166  T
Q  446 ctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtca 545  Q
    || |||| ||||||||||  | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||       ||| |  |||| ||||||    
T  11772167 ctatttttggaattgtcaacagctcgagtcattgccagaaaactgcctcccttcctcgttgaaatcactttcatttcaaatgtgtgaggagcttgagtca 11772266  T
Q  546 ttaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaact 583  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11772267 ttaccggaagacagcctccccgactctcttaagcaact 11772304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 11779545 - 11778981
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||  |   ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  11779545 tggattccatttatattttagaaacaccttcacctcagtcgtcgagcctccgacatcttgaaatcagatcccatgatttaattgaattgtttaaagtcaa 11779446  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    ||||  |||| ||  |||||| |||||||| | ||||  ||| ||    | || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11779445 gcttcggatgaactcgctcactgctcttgagaagttgtttctgaatcaaggagtgttttcattttgtgaaagagtttgtctacctcccaaattacaatca 11779346  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||  || ||  ||||||| ||||| |||| | || || ||||||||||||||| |    ||  | |||||   | ||   |||| ||| | |||| |||    
T  11779345 attgtgagtttttcccaaataacaacaccaccagttacagaatggggtctccaaaaccaaaccactctttcagaactggttattggaaatgatgataata 11779246  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    |||| | ||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||   |||  ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11779245 tagtcaccaccttgatgaaggatttgttgctacctatctcccttgtggacctgtctatcattgatctctatgaaatgaagtccttcgatggaaatgggct 11779146  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaa 518  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||  | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |    
T  11779145 tcgacacctctcctctctcgaatatctctatttttggaattgtcaacagctcgagtcattgccagaaaactgcctcccttcctcgttgaaatcactttca 11779046  T
Q  519 ttgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaact 583  Q
    ||       ||| |  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11779045 tttcaaatgtgtgaggagcttgagtcattaccggaagacagcctccccgactctcttaagcaact 11778981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 60 - 515
Target Start/End: Original strand, 10503129 - 10503584
Alignment:
Q  60 tcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatc 159  Q
    ||||||||| |||||||| | |||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||  |||| |      
T  10503129 tcgagcctccaatcacttcatatccaatcccatgattcagttgaatcatttgaagtcaagcttcagatgaacacgctcacggctcttgaagagttggact 10503228  T
Q  160 taaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacgga 259  Q
    |  | |||   ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||| | |  || ||| | |    
T  10503229 tggattgtcaggagttatcattttgtgaaggagtttgtcttcctcccaaattacaatcaattgatatttggtcccaaagaacaacaactcctataatgaa 10503328  T
Q  260 atggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcc 359  Q
    |||||||||  || || |||| || |||||   | ||| ||||| |   |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  10503329 atggggtcttgaagatctgaccgctctttcaagactgaaaattggagcaggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgcttcccatctcc 10503428  T
Q  360 cttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaatt 459  Q
    ||||  |||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||    |||   ||||    
T  10503429 cttgcatctctatatatcagtgatctctatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacaaatctcctctctcgaaaatcttgaatttcttaatt 10503528  T
Q  460 gtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattactt 515  Q
    |||   | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10503529 gtctacagcttgagtcattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattactt 10503584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 46 - 509
Target Start/End: Original strand, 10091327 - 10091784
Alignment:
Q  46 cttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctct 145  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||  |||||| || ||    
T  10091327 cttcacctcggtcctcgagcctccaatatcttgagatcagatcccatgattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcagatgaactcgctcaccgccct 10091426  T
Q  146 tgaaaggttgaatctaaaatgt---gcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaaca 242  Q
    ||| | ||||  ||| ||||||   | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||   ||||  ||| ||| || |    
T  10091427 tgagaagttgtttctgaaatgtcgaggagtgttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaaaagattgttattttttccaaaaaaata 10091526  T
Q  243 aaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagt 342  Q
    | |||  | || |||||||||||||||||| || | ||  | ||||||  |||||  ||| || |||  | |||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  10091527 acaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaaccactctttccgaattgatgattaaagaggcaggtgatatagttaacaacttggtgacggagt 10091626  T
Q  343 cattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaaca 442  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||         |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10091627 cgttgctacccatctcccttgtgtctctg---------gatctctataagatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacg 10091717  T
Q  443 tctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaa 509  Q
    ||||  |||  |  | ||||   | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10091718 tctcgatttctgtcaatgtcgacagcttcagtcattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaa 10091784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 46 - 509
Target Start/End: Original strand, 10198209 - 10198666
Alignment:
Q  46 cttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctct 145  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||  |||||| || ||    
T  10198209 cttcacctcggtcctcgagcctccaatatcttgagatcagatcccatgattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcagatgaacgcgctcaccgccct 10198308  T
Q  146 tgaaaggttgaatctaaaatgt---gcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaaca 242  Q
    ||| | ||||  ||| ||||||   | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||   ||||  ||| ||| || |    
T  10198309 tgagaagttgtttctgaaatgtcgaggactgttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaaaagattgttattttttccaaaaaaata 10198408  T
Q  243 aaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagt 342  Q
    | |||  | || |||||||||||||||||| || | ||  | ||||||  |||||  ||| || |||  | |||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  10198409 acaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaaccactctttccgaattgatgattaaagaggcaggtgatatagttaacaacttggtgacggagt 10198508  T
Q  343 cattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaaca 442  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||         |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10198509 cgttgctacccatctcccttgtgtctctg---------gatctctataagatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacg 10198599  T
Q  443 tctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaa 509  Q
    ||||  |||  |  | ||||   | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10198600 tctcgatttctgtcaatgtcgacagcttcagtcattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaa 10198666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 272
Target Start/End: Original strand, 10531166 - 10531420
Alignment:
Q  18 atggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtca 117  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||  || ||||||    
T  10531166 atggattcggtttttatttcagaaagtcctccacgtcggtcatcaagcctccgatcacttaaaatcaaatcccatgattcaattggattgcttaaagtca 10531265  T
Q  118 agcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatc 217  Q
    |||||  |||||||| |||||| |||||||||   |||| |||| | ||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10531266 agcttcggatggacacgctcactgctcttgaacaattgactctagattgtcccgagttgttattttgtgaaggaatttgtctacctcccaaattacaatc 10531365  T
Q  218 aattacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaa 272  Q
    ||||  ||| || | ||||||| |||  ||  ||||||| |||||||||||||||    
T  10531366 aattgtgatatctttccaaagagcaacgccgcctgtaacagaatggggtctccaa 10531420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 299 - 515
Target Start/End: Original strand, 10192882 - 10193097
Alignment:
Q  299 aattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaag 398  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||| | || ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||| || | ||||||    
T  10192882 aattgaaaaggatggtgatatagttaacaccttggtaaaagagccgttgctacccatctcccttgtgtctctgaatattggtgatctctataacatgaag 10192981  T
Q  399 tcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctccctt 498  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||    ||| | ||||||||  |||||||| |||| || ||||| ||| | ||||    
T  10192982 tcctttgatggaaatgggcttcaacacctctcctttctcgaa-atcttcactttcgtaattgtcaacaacttgagccatttcctgaaaattgcgttcctt 10193080  T
Q  499 cctcgctgaaattactt 515  Q
    |||||||||||| ||||    
T  10193081 cctcgctgaaatcactt 10193097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 299 - 515
Target Start/End: Original strand, 10085962 - 10086177
Alignment:
Q  299 aattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaag 398  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||| | || ||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||||||| || | ||||||    
T  10085962 aattgaaaaggatggtgatatagttaacaccttggtaaaagagccgttgctaaccatctcccttgtgtctctgaatattggtgatctctataacatgaag 10086061  T
Q  399 tcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctccctt 498  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||    ||| | ||||||||  |||||||| |||| || ||||| ||| | ||||    
T  10086062 tcctttgatggaaatgggcttcaacacctctcctttctcgaa-atcttcactttcgtaattgtcaacaacttgagccatttcctgaaaattgcgttcctt 10086160  T
Q  499 cctcgctgaaattactt 515  Q
    |||||||||||| ||||    
T  10086161 cctcgctgaaatcactt 10086177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 293 - 577
Target Start/End: Original strand, 10531561 - 10531845
Alignment:
Q  293 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 392  Q
    ||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||   | |||||  ||||    
T  10531561 attgacagttggaacggttgatgatatagttaacaccgtgctgaacgagtcattgcttcccatctcccttgtgtctctatctattggtcatctctctgaa 10531660  T
Q  393 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 492  Q
    || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||    |||   |||||     | |||||| ||||||||||||| ||||    
T  10531661 ataaagtcatttgaaggaaatggacttcgacacctctcctctctcaaaaatcttcactttcttaattgcttggagcttgagtcattgccagaaaattgcc 10531760  T
Q  493 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaa 577  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| |   | |||  ||  || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  10531761 tcccttcctcgctgaagtcacttcaattttcgagttgtgtaagacttgagtcattaccagaagacagcctcccttcctctcttaa 10531845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 475 - 583
Target Start/End: Original strand, 10666497 - 10666605
Alignment:
Q  475 cattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 574  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10666497 cattaccagaagacagcctcccttcctcgctgaaatcacttgaattgtttgaatgtgaaaagcttgagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 10666596  T
Q  575 taagcaact 583  Q
    |||| ||||    
T  10666597 taaggaact 10666605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 293 - 577
Target Start/End: Original strand, 10680359 - 10680643
Alignment:
Q  293 attgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaa 392  Q
    ||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||   | |||||  ||||    
T  10680359 attgacagttggaacggttgatgatatagttaacaccgtgctgaacgagtcattgcttcccatctcccttgtgtctctatctattggtcatctctctgaa 10680458  T
Q  393 atgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcc 492  Q
    || |||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||    |||   |||||     | |||||| |||| |||||||| ||||    
T  10680459 ataaagtcacttgaaggaaatggacttcgacacctctcctctctcaaaaatcttaactttcttaattgctcggagcttgagtcatttccagaaaattgcc 10680558  T
Q  493 tcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaa 577  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||  | |||  ||  || ||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  10680559 tcccttcctcgctgaaatcacttcaatttttgagttgtgtaagacttgagttgttaccagaagacagcctcccttcctctcttaa 10680643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 10679965 - 10680167
Alignment:
Q  18 atggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtca 117  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||| |||| ||  ||||  |||||| |||||||| | |||| ||| ||||||||||||| | |  || ||||||    
T  10679965 atggattcagtttttatttcagaaagtccatcacatcaatcgttaagcctccaatcacttaaaatcaaatcacatgattcaattggactgcttaaagtca 10680064  T
Q  118 agcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatc 217  Q
    |||||  |||||||| |||||| |||||||||   | || |||| | ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10680065 agcttcggatggacacgctcactgctcttgaacaatagactctagattgtccagagttgttattt-gtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatc 10680163  T
Q  218 aatt 221  Q
    ||||    
T  10680164 aatt 10680167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 13853024 - 13852822
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||||| ||  |||  |||| || ||| || ||||||  |||| ||||||||| ||||||| || | || |||| ||    
T  13853024 tggattccattaatattttagaaagtcctccaagtcgaccgtcaagactccaaacacttgtaatcaaatcccatgactcaattggatcacttaaagtgaa 13852925  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    ||||  |||||||| ||| || ||||||||| ||||| |  |  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13852924 gcttcggatggacacgcttaccgctcttgaacggttggacttggaatgtcgagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcctaaattacaatca 13852825  T
Q  219 att 221  Q
    |||    
T  13852824 att 13852822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 468 - 571
Target Start/End: Original strand, 9852832 - 9852935
Alignment:
Q  468 cttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctg 567  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9852832 cttgagtcattaccagaaaactgcctcccatcatcgctgaaatcacttgaattgtggaaatgtgaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctg 9852931  T
Q  568 actc 571  Q
    ||||    
T  9852932 actc 9852935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Original strand, 10192687 - 10192864
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||| | |||||| | |||| ||||||| |  |||||| ||| ||| |||||||    
T  10192687 tggattccatttttattttagaaagtccttcatgtcggtcgtcaagcctccagtcacttaaaatcaaatcccataaagcaattggattgtttaaagtcaa 10192786  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacc 202  Q
    |||||||      | |||||| |||||||||  || |  | | || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10192787 gcttaag------acgctcactgctcttgaacagtgggctttgaattgtggagagttgtcattttgtgaaggagtttgcctacc 10192864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 475 - 575
Target Start/End: Original strand, 10583544 - 10583644
Alignment:
Q  475 cattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 574  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||  |  | |||  ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10583544 cattaccagaagacagcctcccttcctcgctgaaatcacttcaatttgtgggttgtgtaagactcgagtcattaccagaagacagcctccctgactctct 10583643  T
Q  575 t 575  Q
    |    
T  10583644 t 10583644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 326 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 13852699 - 13852563
Alignment:
Q  326 caccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacac 425  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||  ||||     ||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  13852699 caccttgatgaaggagctgttgatacccatctcccttttgtctctgtttatcggcagtctctctgaaatgaagtctttcgatggaaatgggcttcgacat 13852600  T
Q  426 ctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtc 462  Q
    |||||||||||| |  ||||| | ||| |||||||||    
T  13852599 ctctcctctctcaacaatctcggattttggaattgtc 13852563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Original strand, 10085767 - 10085944
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||| |  ||||| | |||| ||||||| |  |||||| ||| ||| |||||||    
T  10085767 tggattccatttttattttagaaagtccttcatgtcggtcgtcaagcctccagccacttaaaatcaaatcccataaagcaattggattgtttaaagtcaa 10085866  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacc 202  Q
    |||||||      | |||||| |||||||||  || |  | | |  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10085867 gcttaag------acgctcactgctcttgaacagtgggctttgacttgtggagagttgtcattttgtgaaggagtttgcctacc 10085944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 455 - 566
Target Start/End: Original strand, 10091937 - 10092048
Alignment:
Q  455 gaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaa 554  Q
    ||||||| | || |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||  |   ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  10091937 gaattgtgaaaagcttgagtcatttccagacaactgcctcccgtcctcgctgaaatcacttagattgagtgattgtaaaatgcttgattcattaccagaa 10092036  T
Q  555 gacagcctccct 566  Q
    ||||||||||||    
T  10092037 gacagcctccct 10092048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 455 - 566
Target Start/End: Original strand, 10198819 - 10198930
Alignment:
Q  455 gaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaa 554  Q
    ||||||| | || |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||  |   ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  10198819 gaattgtgaaaagcttgagtcatttccagacaactgcctcccgtcctcgctgaaatcacttagattgagtgattgtaaaatgcttgattcattaccagaa 10198918  T
Q  555 gacagcctccct 566  Q
    ||||||||||||    
T  10198919 gacagcctccct 10198930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 312 - 436
Target Start/End: Original strand, 13163782 - 13163906
Alignment:
Q  312 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 411  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| || ||||   | |||||  |||||| || |||||||||||||    
T  13163782 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttgtatatttctaatctctgtgaaataaaatcctttgatggaa 13163881  T
Q  412 atgggcttcgacacctctcctctct 436  Q
    |||| || |||||||| ||||||||    
T  13163882 atggactccgacacctatcctctct 13163906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 312 - 436
Target Start/End: Original strand, 13173830 - 13173954
Alignment:
Q  312 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 411  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| || ||||   | |||||  |||||| || ||| |||||||||    
T  13173830 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttgtatatttctaatctctgtgaaataaaatccattgatggaa 13173929  T
Q  412 atgggcttcgacacctctcctctct 436  Q
    |||| || |||||||| ||||||||    
T  13173930 atggactccgacacctatcctctct 13173954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 312 - 436
Target Start/End: Original strand, 13346909 - 13347033
Alignment:
Q  312 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 411  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| |||||||   | |||||  ||||||  | |||||||||||||    
T  13346909 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttggatatttctaatctctgtgaaatacaatcctttgatggaa 13347008  T
Q  412 atgggcttcgacacctctcctctct 436  Q
    |||| ||  ||||||| ||||||||    
T  13347009 atggactcggacacctatcctctct 13347033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 389 - 436
Target Start/End: Original strand, 10892194 - 10892241
Alignment:
Q  389 tgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctct 436  Q
    ||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10892194 tgaaatgaaatgcttaggtggaaatgggcttcgacacctctcctctct 10892241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 468 - 506
Target Start/End: Original strand, 10091812 - 10091850
Alignment:
Q  468 cttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctg 506  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10091812 cttgagtcattgccagaaaactgtctcccttcctcgctg 10091850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 468 - 506
Target Start/End: Original strand, 10198694 - 10198732
Alignment:
Q  468 cttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctg 506  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10198694 cttgagtcattgccagaaaactgtctcccttcctcgctg 10198732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 532 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 10372961 - 10372927
Alignment:
Q  532 aaaagctagagtcattaccagaagacagcctccct 566  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10372961 aaaagcttgagtcattaccagaagacagcctccct 10372927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 480 - 565
Target Start/End: Original strand, 9852775 - 9852860
Alignment:
Q  480 ccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccc 565  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||||| |||| ||||  ||   ||||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  9852775 ccagtaaactgcctcccatcatcgctgaaatcacttaaatttgttgattgtaagaagcttgagtcattaccagaaaactgcctccc 9852860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 407 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11128192 - 11128163
Alignment:
Q  407 tggaaatgggcttcgacacctctcctctct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11128192 tggaaatgggcttcgacacctctcctctct 11128163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 407 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11157183 - 11157154
Alignment:
Q  407 tggaaatgggcttcgacacctctcctctct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11157183 tggaaatgggcttcgacacctctcctctct 11157154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 543 - 579
Target Start/End: Original strand, 10503681 - 10503717
Alignment:
Q  543 tcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagc 579  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  10503681 tcattaccagaagacagccttcctgattctcttaagc 10503717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 23 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 55161 - 54601
Alignment:
Q  23 ttccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagctt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||  ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55161 ttccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttataatcgaatcctgttattcaattgaattatttgaagtcaagctt 55062  T
Q  123 aagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaatta 222  Q
    |||||||| |||||| | || |||||||  ||| || | |||||   | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  55061 aagatggaaatgctctccgcccttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagtttgtctacctctcaaattacaatcaattg 54962  T
Q  223 cgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagt 322  Q
     ||||||  || ||| ||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||   |||| |||||||||||||||| |    
T  54961 tgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagctcttttttttttgtgtattgtaaagggtgatgatatatt 54862  T
Q  323 taacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcga 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   ||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  54861 taacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgcatctacgtatctgtgatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaatgggctgcga 54762  T
Q  423 cacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgt 522  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |    
T  54761 cacctctcctctctccaaagtctctgttttttgttttgtcaacaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatcacttgaatttt 54662  T
Q  523 ttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaact 583  Q
     |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  54661 atgattgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgaatctcttaaggaact 54601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 575
Target Start/End: Original strand, 26909394 - 26909950
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  26909394 tggattccatttatatttcagaaactccttcacatcggccgtcaagccttgaatcacttaaaatcaaatcccatgattcaattgaattatttaaagtgaa 26909493  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
    ||||  |||||||| |||||||| |||||||  |||| ||||  | |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  26909494 gcttcggatggacacgctcacagatcttgaacagttgtatctggactgtcgagagttgtcattttgtgaaggtgtttgtctacctcccaacttacaatca 26909593  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||    |||  || |||| ||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||| || | ||  | |||||   |||||| ||  || ||||| ||||||    
T  26909594 attgacctttggtctcaaataacaacaccgtctgttacggaatggtgtctccaagatctaaccactctttcagaattgactatcaaagagggtcatgata 26909693  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
     | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||  | ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26909694 catttaacaccttgatgaaggagttgttgctacccatctcccttgtttctctacaaatcatggatctctatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 26909793  T
Q  419 tcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaa 518  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||    ||||  |||||| |  ||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  26909794 tcgacgcctctcctctctccaaaatcttcactttattaattgtgaacaactcaagtcatttccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaatatcttcaa 26909893  T
Q  519 ttgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccctgactctctt 575  Q
    || | | | ||| | || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26909894 ttttatggctgtgagaaacttgagtcattaccagaagacagcctccccgactctctt 26909950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 437
Target Start/End: Original strand, 11487535 - 11487953
Alignment:
Q  19 tggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaa 118  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||  | ||||||| ||||||  ||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| || | || |||||||    
T  11487535 tggattccatttttattttagaaagtccttcatgttggtcgtcaagcctccgatctcttgaaatcaaatcccatgactcaattggatcacttcaagtcaa 11487634  T
Q  119 gcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatca 218  Q
     |||  ||||||||||||||| |||||||||   |||  ||| || ||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||    
T  11487635 acttcggatggacatgctcactgctcttgaagttttgtctctgaattgtccagagttgtcattttgtgaagatgtttctctacctcccaaattagaatca 11487734  T
Q  219 attacgatttcatcccaaagaacaaaaccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgata 318  Q
    |||  |||||  ||  ||||| |||  ||  |||| ||||||||||||||| || || |||| || |||||    ||||| |||| |  |||||||||||    
T  11487735 attgagattttgtcggaaagatcaacgccgcctgttacggaatggggtctcaaagatctgaccgctctttcacggttgactattggagtgggtgatgata 11487834  T
Q  319 tagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggct 418  Q
    || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  || | |  |||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  11487835 tacttaacaccttgatgaagcagtcgttgctacccatctcccttgtgtctctgactatcgattgtcgctacaaaatgaagccctatgatggaagtgggct 11487934  T
Q  419 tcgacacctctcctctctc 437  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  11487935 tcgatacctctcctctctc 11487953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 346 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 44954896 - 44954651
Alignment:
Q  346 tgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacct-ctcctctctccaacatc 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||    
T  44954896 tgctacccatctcccttgtgtctctgactatcagttatctggatgaaatgaagtcctttcaaggaaatgggcttcaacacctactcctctctcgaaaatc 44954797  T
Q  445 tctgttttaggaattgtcataaacttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtc 544  Q
    ||   ||| | || |||||  | |||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||    ||| || | || |||||    
T  44954796 tccactttcgtaactgtcaacagcttgagtcatttccagaaaactgtcttccttcctcgctgaaatcacttcaatttttgttttgtgaaga-cttgagtc 44954698  T
Q  545 attaccagaagacagcctccctgactctcttaagcaactagtcattt 591  Q
     ||||||||||| ||||||||  |||||||||| | ||| |||||||    
T  44954697 gttaccagaagaaagcctccccaactctcttaatcgactggtcattt 44954651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 44955066 - 44955024
Alignment:
Q  175 tgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  44955066 tgtcattttgtgaaggtgtttgcctacctcccaaattacaatc 44955024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 170 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 17850338 - 17849914
Alignment:
Q  170 agagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaaa---ccatctgtaacggaatggggt 266  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||   |||   |||| |||||||| |   ||  ||||||| |||||||||    
T  17850338 agagttgtcattttgtggaggagtttccctacctcccaagttacaatcaattgatattcattcccgaagaacaacagccccgcctgtaacagaatggggt 17850239  T
Q  267 ctccaatatttgacagcactttccttattgacaattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgt 366  Q
    ||||||    | || || ||||| | |||||   ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||    
T  17850238 ctccaaggcctaactgctctttcatcattgagtcttggaaaggatgatgatatagtgaacaccttgatgaaggagtcgttgctcccaatatccctcgtgt 17850139  T
Q  367 ctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaatgggcttcgacacctctcctctctccaacatctctgttttaggaattgtcataa 466  Q
    |||||  ||||  | ||||| || |  |||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||  ||  |||    |||   || |||||  |    
T  17850138 ctctgactatctgtcatctctataatctgaactcctttgatggaaatggacttcgacatctttcctctcttgaaagtcttgactttcttaactgtcaaca 17850039  T
Q  467 acttgagacattgccagaaaactgcctcccttcctcgctgaaattacttcaattgtttcgatgtaaaaagctagagtcattaccagaagacagcctccct 566  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||| | |   |||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  17850038 acttgagtcattgccacaaaactgcctcccttcctcactgaaatcgcttgaattttgttattgtaaaagacttgagtcgttaccagaagacagcctccct 17849939  T
Q  567 gactctcttaagcaactagtcattt 591  Q
      ||||||||||| ||| |||||||    
T  17849938 tcctctcttaagcgactggtcattt 17849914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 312 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 143206 - 143082
Alignment:
Q  312 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 411  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| || ||||   | |||||  |||||| || |||||||||||||    
T  143206 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttgtatatttctaatctctgtgaaataaaatcctttgatggaa 143107  T
Q  412 atgggcttcgacacctctcctctct 436  Q
    |||| || |||||||| ||||||||    
T  143106 atggactccgacacctatcctctct 143082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 312 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 133158 - 133034
Alignment:
Q  312 gatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctggatatcaatgatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaa 411  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||| || || || ||||||||| || ||||   | |||||  |||||| || ||| |||||||||    
T  133158 gatgatattgttaacaccttgctgaaggagcggttgctgccaatttcacttgtgtctttgtatatttctaatctctgtgaaataaaatccattgatggaa 133059  T
Q  412 atgggcttcgacacctctcctctct 436  Q
    |||| || |||||||| ||||||||    
T  133058 atggactccgacacctatcctctct 133034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University