View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1713_low_5 (Length: 296)

Name: NF1713_low_5
Description: NF1713
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1713_low_5
NF1713_low_5
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (75-296)||(44547311-44547532)
chr8 (133-292)||(44547447-44547606)
chr8 (169-292)||(44547645-44547768)
chr8 (133-296)||(44547891-44548054)
chr8 (133-296)||(44547525-44547694)
chr8 (169-286)||(44548089-44548206)
chr8 (169-292)||(44547849-44547972)
chr8 (133-296)||(44547687-44547856)
chr8 (133-231)||(44547969-44548067)
chr8 (169-249)||(44547807-44547887)
chr8 (169-249)||(44548047-44548127)
chr8 (133-296)||(44548089-44548252)
chr8 (133-227)||(44548167-44548261)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 75 - 296
Target Start/End: Original strand, 44547311 - 44547532
Alignment:
Q  75 ataatactgtaacagatttcggtgaagctacaatgcaagtggaggttggtcctcaggttcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaaga 174  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547311 ataatactataacagatttcggtgaagctacaatgcaagtggagattggtcctcaggttcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaaga 44547410  T
Q  175 gctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtgactggtcctcaggctcaagagctaggaaaggtggtgattgct 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  44547411 gctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtgattgct 44547510  T
Q  275 cctcaggctcaacctcaagagc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  44547511 cctcaggctcaacctcaagagc 44547532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 133 - 292
Target Start/End: Original strand, 44547447 - 44547606
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44547447 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggta 44547546  T
Q  233 actggtcctcaggctcaagagctaggaaaggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaa 292  Q
     |||||||||| |||||||||||||||| | ||||   |||||| |||| ||||||||||    
T  44547547 gctggtcctcatgctcaagagctaggaaggatggttgctgctccacaggatcaacctcaa 44547606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 169 - 292
Target Start/End: Original strand, 44547645 - 44547768
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtgactggtcctcaggctcaagagctaggaaaggtggtg 268  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||     
T  44547645 tcaaaagctaggaagggtggtggcgggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggtcctcagactcaagagctaggaagggtggtt 44547744  T
Q  269 attgctcctcaggctcaacctcaa 292  Q
     ||||||| ||| |||||||||||    
T  44547745 gttgctccacagactcaacctcaa 44547768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 133 - 296
Target Start/End: Original strand, 44547891 - 44548054
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||| ||||   |||| ||||| |||||||||| |||| ||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  44547891 tcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccacagacccaacctcaaaagctaggaagggtggtg 44547990  T
Q  233 actggtcctcaggctcaagagctaggaaaggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagc 296  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| |||||||  | |||| || ||||||||||||||||    
T  44547991 gctggtcctcaggctcaagagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagc 44548054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 133 - 296
Target Start/End: Original strand, 44547525 - 44547694
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||    
T  44547525 tcaagagctaggaagggtggtagctggtcctcatgctcaagagctaggaaggatggttgctgctccacaggatcaacctcaaaagctaggaagggtgatg 44547624  T
Q  233 actggtc------ctcaggctcaagagctaggaaaggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagc 296  Q
     ||| ||      ||||| ||||| ||||||||| |||||||   | |||||| ||||||||||||||||    
T  44547625 gctgctccacatgctcagcctcaaaagctaggaagggtggtggcgggtcctcaagctcaacctcaagagc 44547694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 169 - 286
Target Start/End: Original strand, 44548089 - 44548206
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtgactggtcctcaggctcaagagctaggaaaggtggtg 268  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| |||    
T  44548089 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactcaaaagctaggaagggtagtg 44548188  T
Q  269 attgctcctcaggctcaa 286  Q
      || |||||||||||||    
T  44548189 gctggtcctcaggctcaa 44548206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 169 - 292
Target Start/End: Original strand, 44547849 - 44547972
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtgactggtcctcaggctcaagagctaggaaaggtggtg 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||     
T  44547849 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggtt 44547948  T
Q  269 attgctcctcaggctcaacctcaa 292  Q
      |||||| ||| | |||||||||    
T  44547949 gctgctccacagacccaacctcaa 44547972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 133 - 296
Target Start/End: Original strand, 44547687 - 44547856
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||| | || ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  44547687 tcaagagctaggaatggtggtggctggtcctcagactcaagagctaggaagggtggttgttgctccacagactcaacctcaaaagctaggaagggtggtt 44547786  T
Q  233 actggtc------ctcaggctcaagagctaggaaaggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagc 296  Q
     || |||      |||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  44547787 gctagtcctcaagctcaggctcaagagctagaaagagtggtggttgctccacatgctcaacctcaagagc 44547856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 133 - 231
Target Start/End: Original strand, 44547969 - 44548067
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggt 231  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44547969 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaagagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagctgggaagggtggt 44548067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Original strand, 44547807 - 44547887
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtgactggtcctcaggctca 249  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  44547807 tcaagagctagaaagagtggtggttgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctca 44547887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Original strand, 44548047 - 44548127
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtgactggtcctcaggctca 249  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  44548047 tcaagagctgggaagggtggttgctactccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctca 44548127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 133 - 296
Target Start/End: Original strand, 44548089 - 44548252
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatca------agagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagg 226  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||      |||| |||||| ||||||| ||||| ||||| |||||       |||||||||||    
T  44548089 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactcaaa------agctaggaagg 44548182  T
Q  227 gtggtgactggtcctcaggctcaagagctaggaaaggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagc 296  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||| ||  |||| ||||||||||    
T  44548183 gtagtggctggtcctcaggctcaagagctaggaaggatggtggctgctccacaaactcagcctcaagagc 44548252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 227
Target Start/End: Original strand, 44548167 - 44548261
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaaggg 227  Q
    |||| |||||| |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  44548167 tcaaaagctaggaagggtagtggctggtcctcaggctcaagagctaggaaggatggtggctgctccacaaactcagcctcaagagcttggaaggg 44548261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University