View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17149_high_1 (Length: 709)

Name: NF17149_high_1
Description: NF17149
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17149_high_1
NF17149_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-700)||(33055068-33055749)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 700
Target Start/End: Original strand, 33055068 - 33055749
Alignment:
Q  19 ccttttgcatttagcttttaataaacttgaaggtgtgttgccaaaggggtttaatggattaaaagttgagtctttgtggttgaatggtcagaagagtgat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33055068 ccttttgcatttagcttttaataaacttgaaggtgtgttgccaaaggggtttaatggattaaaggttgagtctttgtggttgaatggtcagaagagtgat 33055167  T
Q  119 gttaagcttagtgggtcagttgaggttttgcagaatatgacttctttaactgaggtttggttgcagtctaatgggtttaatggtcctttgcctgatttag 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33055168 gttaagcttagtgggtcagttcaggttttgcagaatatgacttctttaactgaggtttggttgcagtctaatgggtttaatggtcctttgcctgatttag 33055267  T
Q  219 gaggattgaaaaatttggaagttttgagtttaagggataattcttttactggtgttgttcctagttcgttggttggatttaaatcacttaaagttgtgaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33055268 gaggattgaaaaatttggaagttttgagtttaagggataattcttttactggtgttgttcctagttcgttggttggatttaaatcacttaaagttgtgaa 33055367  T
Q  319 cttgactaataacaagtttcaaggtccggtaccggtttttggtgctggtgttaaggttgataatattaaggattctaatagcttttgtttgcctagtcct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33055368 cttgactaataacaagtttcaaggtccggtaccggtttttggtgctggtgttaaggttgataatattaaggattctaatagcttttgtttgcctagtcct 33055467  T
Q  419 ggtgattgtgatcctagggtgaatgttcttctttcggttgttgggggtatgggttatcctttaaggtttgctgagagttggaaggggaatgatccttgtg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33055468 ggtgattgtgatcctagggtgaatgttcttctttcggttgttgggggtatgggttatcctttaaggtttgctgagagttggaaggggaatgatccttgtg 33055567  T
Q  519 ctgattggattgggattacttgtagtaatgggaacattagtgttgttaattttcaaaagttgggtcttactggtgtgatatctccagattttgctaagct 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33055568 ctgattggattgggattacttgtagtaatgggaacattagtgttgttaattttcaaaagttgggtcttactggtgtgatatctccagattttgctaagct 33055667  T
Q  619 taaatcgctgcaaagacttattctttctgataataatctcactggtttgattccgaacgagcttactactttgcctatgcta 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33055668 taaatcgctgcaaagacttattctttctgataataatctcactggtttgattccgaacgagcttactactttgcctatgcta 33055749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University