View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1714_low_22 (Length: 329)

Name: NF1714_low_22
Description: NF1714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1714_low_22
NF1714_low_22
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (11-305)||(35368200-35368488)
chr2 (26-313)||(35374378-35374649)
chr2 (34-228)||(35371602-35371787)
chr2 (145-313)||(35347955-35348112)
chr2 (183-313)||(35355899-35356021)
chr2 (11-150)||(35346066-35346205)
chr2 (33-152)||(35364347-35364469)
chr2 (33-146)||(35335583-35335699)
chr2 (32-146)||(35355694-35355808)
chr2 (31-146)||(35343475-35343590)
chr2 (194-313)||(35346269-35346393)
chr2 (36-146)||(35348166-35348276)
chr2 (173-313)||(35335752-35335878)
chr2 (193-259)||(35340922-35340986)
chr2 (279-313)||(35364651-35364685)
chr2 (279-313)||(35371828-35371862)
chr2 (193-313)||(35343277-35343388)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 11 - 305
Target Start/End: Original strand, 35368200 - 35368488
Alignment:
Q  11 aagaatcttgatcctcgttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgca 110  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35368200 aagaatcatgatccgtgttatgataatcttcttcaatacaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacttcaccttcaccatatgcatgctgcttgca 35368299  T
Q  111 gtttagagcaatgaccatggaaatggatgccattttagttatatgagatggtaatgtaattatgtgagttga--tgagttgtgtttgagttaggattgga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||| | ||| ||| ||| || ||||||||||  || ||| | |||||||||  ||||||    
T  35368300 gtttagagcaatgaccatggaaatgaatacca--ttagttatattatatgctaaggtagttgtgtgagttgagttgtgtt-tatttgagttaccattgga 35368396  T
Q  209 gactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtgtatgtttgcttaa 305  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||    
T  35368397 gagtttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaacc-----acacaagaagtgtgtatgtttgcttaa 35368488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 26 - 313
Target Start/End: Original strand, 35374378 - 35374649
Alignment:
Q  26 cgttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgac 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||| |      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35374378 cgttatgataatcttcttcaatgcaagatacacttgtataatcaaaccaatta------ccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgac 35374471  T
Q  126 catggaaatggatgccattttagttatatgagatggtaatgtaattatgtgagttgatgagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatat 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||   | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35374472 catggaaatggatgccattttagttatatgagatgctaatgtaattgtgtgagttga---gctgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatat 35374568  T
Q  226 atataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 313  Q
    |||  || | ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35374569 ata--acaaaaagagttgttgttggagttgttctaacacaagcaaacc-----acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 35374649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 34 - 228
Target Start/End: Original strand, 35371602 - 35371787
Alignment:
Q  34 taatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatggaaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||| |      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  35371602 taatcttcttcaatgcaagatacacttgtataatcaaaccaatta------ccttcaccatatacatgttgcttgcactttagagcaatgaccatcaaaa 35371695  T
Q  134 tggatgccattttagttatatgagatggtaatgtaattatgtgagttgatgagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatatata 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  35371696 tggatgccattttagttatatgagatgctaacgtaattgtgtgagt---tgagttgtgtttgagttagaattggagagtttgtgtgttatatata 35371787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 145 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 35348112 - 35347955
Alignment:
Q  145 ttagttatatgagatggtaatgtaattatgtgagttgatgagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagt 244  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||| || ||||||||||   | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| |||||| ||||    
T  35348112 ttagttatatgatatgctaaggtagttgtgtgagttga---gctgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttata--tataacaagaagagaagt 35348018  T
Q  245 tgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 313  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||     |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  35348017 tgtt-gagtagttctaacacaagcaaacc-----acacaagaagtgtgtaagtttgcttaaggtatgag 35347955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 183 - 313
Target Start/End: Original strand, 35355899 - 35356021
Alignment:
Q  183 tgagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacac 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || | ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||         
T  35355899 tgagttgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatata--acaaaaagagt-gttgttggagttgttctaacacaagtaaaccacac----- 35355990  T
Q  283 aagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35355991 aagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 35356021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Original strand, 35346066 - 35346205
Alignment:
Q  11 aagaatcttgatcctcgttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgca 110  Q
    |||||||||||||| | ||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |  ||||||||| ||||||  ||||||||    
T  35346066 aagaatcttgatccccattgcgataatcttctacaatacaagatacagatgtataaccaaaccaatcaccgttgccttcaccacatgcattctgcttgca 35346165  T
Q  111 gtttagagcaatgaccatggaaatggatgccattttagtt 150  Q
       | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  35346166 caatggagcaatgaccgtgaaaatggatgccattttagtt 35346205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 152
Target Start/End: Original strand, 35364347 - 35364469
Alignment:
Q  33 ataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcacc---atatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatg 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||| | |||||||||||   |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||    
T  35364347 ataatcttcttcaatgcaagatacacacgtataaccgaaccaatcaccgtcaccttcaccattatatgcatattgcttgcactttggagcaatgaccgtg 35364446  T
Q  130 gaaatggatgccattttagttat 152  Q
    |||||| ||| |||||| |||||    
T  35364447 gaaatgaatgtcattttggttat 35364469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 146
Target Start/End: Original strand, 35335583 - 35335699
Alignment:
Q  33 ataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccat---atgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatg 129  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  |||  ||||||||||||||   || |||||||| |   |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  35335583 ataatcttcttcaatgcaagatatatttgtgtaaccaaaccaatcacagtcgccttcaccgttaaatgcatgttgcttgcactttggagcaatgaccatg 35335682  T
Q  130 gaaatggatgccatttt 146  Q
    |||||||||||||||||    
T  35335683 gaaatggatgccatttt 35335699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 146
Target Start/End: Original strand, 35355694 - 35355808
Alignment:
Q  32 gataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatgga 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | | ||||||| ||||| |||| | |||||| ||| ||| |||| |||| ||    
T  35355694 gataatcttcttcaatgcaagatacatatgtataaccaaaccaatcaccattaccttcatcatatccatgctccttgcactttggagtaatggccataga 35355793  T
Q  132 aatggatgccatttt 146  Q
    ||| |||||||||||    
T  35355794 aattgatgccatttt 35355808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 35343590 - 35343475
Alignment:
Q  31 tgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatgg 130  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||| | | ||||||||||||| |||| |||| ||| ||| ||  |||| |||  |    
T  35343590 tgataattttcttcaatgcaagatacacatgtataactaatccaatcaccgttaccttcaccatatccatgctgctcgcactttggaataatggccaaag 35343491  T
Q  131 aaatggatgccatttt 146  Q
    ||||||||||||||||    
T  35343490 aaatggatgccatttt 35343475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 194 - 313
Target Start/End: Original strand, 35346269 - 35346393
Alignment:
Q  194 tgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataact----agaagataagttgttggag----ttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaag 285  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||   ||||||||||    |||||||| |||||| ||||||||||  | |||    
T  35346269 tgagttaggattggagagtttgtgtgttatatatataactaacaagaagagctgttgttggagttgtttgttctatcacaagtaaaccacaca--agaag 35346366  T
Q  286 aagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 313  Q
      |||||| |||||||||||||||||||    
T  35346367 -tgtgtgtgtgtttgcttaaggtgtgag 35346393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 35348276 - 35348166
Alignment:
Q  36 atcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatggaaatg 135  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||| | | ||||||||  ||| |||| |||||||| ||| ||| |||  |||  ||||||    
T  35348276 atcttctttaatgcaagatacacttgtataaccaaaccaatcaccgttaccttcactgtatccatgatgcttgcactttggagtaatagccaaagaaatg 35348177  T
Q  136 gatgccatttt 146  Q
    |||||||||||    
T  35348176 gatgccatttt 35348166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 173 - 313
Target Start/End: Original strand, 35335752 - 35335878
Alignment:
Q  173 tgtgagttgat--gagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaa 270  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |          ||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||| |||||||||    
T  35335752 tgtgagttgatttgagttgtgtttgagttaggattggagagt----------tatatataactagaagaaaagctgtt-gagctgttctagcacaagcaa 35335840  T
Q  271 accacacaacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 313  Q
    |||     || || ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35335841 acc-----acgcaggaagtgtgtgtgtttgcttaaggtgtgag 35335878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 259
Target Start/End: Original strand, 35340922 - 35340986
Alignment:
Q  193 ttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttct 259  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  35340922 ttgagttagtattggagagtttgtgtg--atatatataacaagaagagaacttgttggagttgttct 35340986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 279 - 313
Target Start/End: Original strand, 35364651 - 35364685
Alignment:
Q  279 acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364651 acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 35364685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 279 - 313
Target Start/End: Original strand, 35371828 - 35371862
Alignment:
Q  279 acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35371828 acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgag 35371862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 193 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 35343388 - 35343277
Alignment:
Q  193 ttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtg 292  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||  ||||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||  |||||     ||||||||||||||    
T  35343388 ttgagttaggattagagagttt-tgtgttatatata--actagaagagaacttgtt-gagttattccaccacaattaaacc-----acacaagaagtgtg 35343298  T
Q  293 tatgtttgcttaaggtgtgag 313  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  35343297 tatgtttacttaaggtgtgag 35343277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University