View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17153_high_1 (Length: 1014)

Name: NF17153_high_1
Description: NF17153
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17153_high_1
NF17153_high_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (16-1004)||(13594500-13595488)
chr5 (16-1004)||(22914981-22915955)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (441-1004)||(29691410-29691973)
chr1 (16-467)||(29687696-29688149)
chr1 (833-906)||(1955154-1955227)
chr1 (214-296)||(838748-838830)
chr1 (16-86)||(838912-838982)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (614-1004)||(25729337-25729722)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (16-372)||(50711588-50711942)
chr3 (16-372)||(50800906-50801260)
chr3 (564-810)||(50711951-50712197)
chr3 (564-810)||(50800651-50800897)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 941; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 941; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1004
Target Start/End: Original strand, 13594500 - 13595488
Alignment:
Q  16 ttttcttcactcatgtgatggttagcgttgcgaaatcatttgaagctccaatcaaggttaaaatctttgctgagtgcaatggaaatatttgtttgtaatt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13594500 ttttcttcactcatgtgatggttaccgttgcgaaatcatttgaagctccaatcaaggttaaaatctttgctgagtgcaatggaaatatttgtttgtaatt 13594599  T
Q  116 ctgtatacatctgtgttaatttttgtagtctactggccatgataactatctgatnnnnnnnncttaagaagttctttctaattatgttaattaaattgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13594600 ctgtatacatctgtgttaatttttgtagtctactggccatgataactatctgataaaaaaaacttatgaagttctttctaattatgttaattaaattgtt 13594699  T
Q  216 ttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtaggattactatgttgatgcatt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13594700 ttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtaggattactatgttgatgcatt 13594799  T
Q  316 gatgtctttattttgtgaaattgaatctaaaaatacagtttagttcttagtataaatttggtgttagattttttcaaactgtgctgggtagattgagaca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13594800 gatgtctttattttgtgaaattgaatctaaaaatacagtttagttcttagtataaatttggtgttagattttttcaaactgtgctgggtagattgagaca 13594899  T
Q  416 atggagaagggacaaataattttgacttatttacattgtgcatttctccttgttgtcacaacatgacttcaagtttttgggacttaaaattgccatgaat 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13594900 atggagaagggacaaataattttgacttatttacattgtgcatttctccttgctgtcacaacatgacttcaagtttttgggacttaaaattgccatgaat 13594999  T
Q  516 ttgctagaaatggtttgttaaaatgtctgctctaaccggtcctatgggaactgtaatactaatgaaaaatgtataagggaatggatggaatggaaaggat 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13595000 ttgctagaaatggtttgttaaaatgtctgctctaaccggtcctatgggaactgtaatactaatgaaaaatgtataagggaatggatggaatggaaaggat 13595099  T
Q  616 atgtatcccttattctccctgtttggatgattaattgatggaacaaagtggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttccacaacctgcaattt 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13595100 atgtatcccttattctccctgtttggatgattaattgatggaacaaagtggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttccacaacctgcaattt 13595199  T
Q  716 gaatgggaacaaagaaacgagggttcgaaaaggaaatggctactctctgtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttttcatt 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13595200 gaatgggaacaaagaaacgagggttcgaaaaggaaatggctactctctgtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttttcatt 13595299  T
Q  816 aaccctttcattatttatacatatataaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttggagactaat 915  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13595300 aaccctttcattatttatacatatataaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttggagcctaat 13595399  T
Q  916 atacattgcagggaggtacatttactatgtcctctttattagctgtatttgttgtttctcataatgatcatcttcctacctttgcttct 1004  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13595400 atacattgcagggaggtacatttactatgtccactttattagctgtatttattgtttctcataatgatcatcttcctacctttgcttct 13595488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 810; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1004
Target Start/End: Original strand, 22914981 - 22915955
Alignment:
Q  16 ttttcttcactcatgtgatggttagcgttgcgaaatcatttgaagctccaatcaaggttaaaatctttgctgagtgcaatggaaatatttgtttgtaatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                 |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  22914981 ttttcttcactcatgtgatggttagcgttgcgaaatcatttgatgctc-----------------tttgctgagtgcaacggaaatatttgttcgtaatt 22915063  T
Q  116 ctgtatacatctgtgttaatttttgtagtctactggccatgataactatctgatnnnnnnnn---cttaagaagttctttctaattatgttaattaaatt 212  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||           |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22915064 ccgtatacatttgtgttaatttttgtagtctaatggccatgataactatctgataaaaaaaaaaacttatgaaattctttctaattatgttaattaaatt 22915163  T
Q  213 gttttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtaggattactatgttgatgc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22915164 gttttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtaggattactatcttgatgc 22915263  T
Q  313 attgatgtctttattttgtgaaattgaatctaaaaatacagtttagttcttagtataaatttggtgttagattttttcaaactgtgctgggtagattgag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22915264 attgatgtctttattttgtgaaattgaatctaaaaatacagtttagttcttagtataaatttggtgttagattttttcaaactgtgctgggtagattgag 22915363  T
Q  413 acaatggagaagggacaaataattttgacttatttacattgtgcatttctccttgttgtcacaacatgacttcaagtttttgggacttaaaattgccatg 512  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22915364 acaatggagaaggggcaaataattttgacttatttacattgtgcatttctccttgctgtcacaacatgacttcaagtttttgggacttaaaattgccatg 22915463  T
Q  513 aatttgctagaaatggtttgttaaaatgtctgctctaaccggtcctatgggaactgtaatactaatgaaaaatgtataagggaatggatggaatggaaag 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22915464 aatttgctagaaatggtttgttaaaatgtctcctctaaccggtcctatgggaactgtaatactaatgaaaaatgtataagggaatggatggaatggaaag 22915563  T
Q  613 gatatgtatcccttattctccctgtttggatgattaattgatggaacaaagtggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttccacaacctgcaa 712  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22915564 gatatgtatcccttcttctccctgtttggatgattaattgatggaacaaagtggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttctacaacctgcaa 22915663  T
Q  713 tttgaatgggaacaaagaaacgagggttcgaaaaggaaatggctactctctgtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttttc 812  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22915664 tttgaaagggaacaaaaaaacgagggttcgaaaagggaatggctactctctgtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttttc 22915763  T
Q  813 attaaccctttcattatttatacatatataaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttggagact 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22915764 attaaccctttcattatttatacatatataaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttggagact 22915863  T
Q  913 aatatacattgcagggaggtacatttactatgtcctctttattagctgtatttgttgtttctcataatgatcatcttcctacctttgcttct 1004  Q
     |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22915864 gatatacattgcagggaggtacattaacgatgtcctctttattagctgcatttgttgtttctaataatgatcatcttcctacctttgcttct 22915955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 441 - 1004
Target Start/End: Original strand, 29691410 - 29691973
Alignment:
Q  441 cttatttacattgtgcatttctccttgttgtcacaacatgacttcaagtttttgggacttaaaattgccatgaatttgctagaaatggtttgttaaaatg 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29691410 cttatttacattgtgcatttctccttgctgtcacaacatgacttcaagtttttgggacttaaaattgccatgaatttgctagaaatggtttgttaaaatg 29691509  T
Q  541 tctgctctaaccggtcctatgggaactgtaatactaatgaaaaatgtataagggaatggatggaatggaaaggatatgtatcccttattctccctgtttg 640  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29691510 tctactctaaccggtcctatgggaactgtaatactaatgaaaaatgtataagggaatggatggaatggaaaggatatgtatcccttattctccctgtttg 29691609  T
Q  641 gatgattaattgatggaacaaagtggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttccacaacctgcaatttgaatgggaacaaagaaacgagggtt 740  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29691610 gatgattaattaatggaacaaagtggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttccacaacctgcaatttgaatgggaacaaagaaacgagggtt 29691709  T
Q  741 cgaaaaggaaatggctactctctgtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttttcattaaccctttcattatttatacatata 840  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29691710 cgaaaaggaaatggctactctctgtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttttcattaaccctttcattatttatacatata 29691809  T
Q  841 taaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttggagactaatatacattgcagggaggtacatttac 940  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29691810 taaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttggagactaatatacattgcagggaggtacatttac 29691909  T
Q  941 tatgtcctctttattagctgtatttgttgtttctcataatgatcatcttcctacctttgcttct 1004  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29691910 tatgtcctctttattagctgtatttgttgtttctcataatgatcatcttcctacctttgcttct 29691973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 467
Target Start/End: Original strand, 29687696 - 29688149
Alignment:
Q  16 ttttcttcactcatgtgatggttagcgttgcgaaatcatttgaagctccaatcaaggttaaaatctttgctgagtgcaatggaaatatttgtttgtaatt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29687696 ttttcttcactcatgtgatggttaacgttgcgaaatcatttgaagctccaatcaaggttaaaatctttgctgagtgcaatggaaatatttgtttgtaatt 29687795  T
Q  116 ctgtatacatctgtgttaatttttgtagtctactggccatgataactatctgatnnnnnnnncttaagaagttctttctaattatgttaattaaattgtt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29687796 ctgtatacatctgtgttaatttttgtagtctactggccatgataactatctgataaaaaaa-cttatgaagttctttctaattatgttaattaaattgtt 29687894  T
Q  216 ttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtaggatta---ctatgttgatgc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  29687895 ttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtaggattattactatgttgatgc 29687994  T
Q  313 attgatgtctttattttgtgaaattgaatctaaaaatacagtttagttcttagtataaatttggtgttagattttttcaaactgtgctgggtagattgag 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29687995 attgatgtctttattttgtgaaattgaatctaaaaatacagtttagttcttagtataaatttggtgttagattttttcaaactgtgctggatagattgag 29688094  T
Q  413 acaatggagaagggacaaataattttgacttatttacattgtgcatttctccttg 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29688095 acaatggagaagggacaaataattttgacttatttacattgtgcatttctccttg 29688149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 833 - 906
Target Start/End: Complemental strand, 1955227 - 1955154
Alignment:
Q  833 tacatatataaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttg 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1955227 tacatatataaatatagtgatagagttagaaaatttgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttg 1955154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 838830 - 838748
Alignment:
Q  214 ttttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtagg 296  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  838830 tttttcagctcttgttccccacagcagattctaaaaggccattttcgatgcttggacttggtgatattgttatccctggtagg 838748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 838982 - 838912
Alignment:
Q  16 ttttcttcactcatgtgatggttagcgttgcgaaatcatttgaagctccaatcaaggttaaaatctttgct 86  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||    
T  838982 ttttcttcacgccggtgatggttagcgttgcaaaatcatttgatgctccaataaaggttaagatccttgct 838912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 307; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 614 - 1004
Target Start/End: Original strand, 25729337 - 25729722
Alignment:
Q  614 atatgtatcccttattctccctgtttggatgattaattgatggaacaaagtggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttccacaacctgcaat 713  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  25729337 atatgtatcccttcttctccgtgtttggatgattaattgatggaacaaagtggaagggtcacaaaagta-----tctttattggttctacaacctgcaat 25729431  T
Q  714 ttgaatgggaacaaagaaacgagggttcgaaaaggaaatggctactctctgtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttttca 813  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25729432 ttgaaagggaacaaaaaaacgagggttcgaaaagggaatggctactctctttttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttttca 25729531  T
Q  814 ttaaccctttcattatttatacatatataaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagaatagttcgtcatgcatttggagacta 913  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  25729532 tcaaccctttcattatttatacatatataaatatagtgatagagttagaaaaactgttttgacaatttgcaagactagttcgtcatgcatttggagactg 25729631  T
Q  914 atatacattgcagggaggtacatttactatgtcctctttattagctgtatttgttgtttctcataatgatcatcttcctacctttgcttct 1004  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  25729632 atatacattgcagggaggtacatttacgatgtcctctttattagctgcatttgttgtttctcataatgatcatcttcctaccgttgtttct 25729722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 16 - 372
Target Start/End: Original strand, 50711588 - 50711942
Alignment:
Q  16 ttttcttcactcatgtgatggttagcgttgcgaaatcatttgaagctccaatcaaggttaaaatctttgctgagtgcaatggaaatatttgtttgtaatt 115  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  50711588 ttttcttcactcctgtgatggtcagcgttgcaaaatcatttgatgctccaattaaggttaaaatctttgctgagtggaatggaaat-tttgtttgtaatt 50711686  T
Q  116 ctgtatacatctgtgttaatttttgtagtctactggccatgataactatctgatnnnnnnnncttaagaagttctttctaattatgttaattaaattgtt 215  Q
     ||||| |||   ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50711687 ttgtatgcattcatgtgaatttttgtagtctactagccgtgataactatctgataaaaaaa-cttaagaagttctttctaattatgttaattaaactgtt 50711785  T
Q  216 ttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtaggattactatgttgatgcatt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50711786 ttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggccattttcaatgcttgggcttggtgatattgttatcccaggtaggattactctgttgatgcatt 50711885  T
Q  316 gatgtctttattttgtgaaattgaatctaaaaatacagtttagttcttagtataaat 372  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  50711886 gatgtctttctttcgtgaaattgaatttaaaaatacagtttagttctttgtaaaaat 50711942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 16 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 50801260 - 50800906
Alignment:
Q  16 ttttcttcactcatgtgatggttagcgttgcgaaatcatttgaagctccaatcaaggttaaaatctttgctgagtgcaatggaaatatttgtttgtaatt 115  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  50801260 ttttcttcactcctgtgatggtcagcgttgcaaaatcatttgatgctccaattaaggttaaaatctttgctgagtggaatggaaat-tttgtttgtaatt 50801162  T
Q  116 ctgtatacatctgtgttaatttttgtagtctactggccatgataactatctgatnnnnnnnncttaagaagttctttctaattatgttaattaaattgtt 215  Q
     ||||| |||   ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50801161 ttgtatgcattcatgtgaatttttgtagtctactagccgtgataactatctgataaaaaaa-cttaagaagttctttctaattatgttaattaaactgtt 50801063  T
Q  216 ttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggctattttcaatgcttggacttggtgatattgttatcccaggtaggattactatgttgatgcatt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50801062 ttgcagcttttgttccccacagcagattctgcaaggccattttcaatgcttgggcttggtgatattgttatcccaggtaggattactctgttgatgcatt 50800963  T
Q  316 gatgtctttattttgtgaaattgaatctaaaaatacagtttagttcttagtataaat 372  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  50800962 gatgtctttctttcgtgaaattgaatttaaaaatacagtttagttctttgtaaaaat 50800906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 564 - 810
Target Start/End: Original strand, 50711951 - 50712197
Alignment:
Q  564 aactgtaatactaatgaaaaatgtataagggaatggatggaatggaaaggatatgtatcccttattctccctgtttggatgattaattgatggaacaaag 663  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  50711951 aactataatactaatgaaaaatgaataagggaatggatggaatggaatggatatctatcccttcttctccctatttggatgattaattgatggagcaaag 50712050  T
Q  664 tggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttccacaacctgcaatttgaatgggaacaaagaaacgagggttcgaaaaggaaatggctactctct 763  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  50712051 tggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttctaccacctgcaatttgaaggggaacaaaataatgagggttctaaaagggaatggctaccctct 50712150  T
Q  764 gtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttt 810  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  50712151 gtttcttcccttttataagtttttaaacttccaaacagtgagatttt 50712197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 564 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 50800897 - 50800651
Alignment:
Q  564 aactgtaatactaatgaaaaatgtataagggaatggatggaatggaaaggatatgtatcccttattctccctgtttggatgattaattgatggaacaaag 663  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  50800897 aactataatactaatgaaaaatgaataagggaatggatggaatggaatggatatctatcccttcttctccctatttggatgattaattgatggagcaaag 50800798  T
Q  664 tggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttccacaacctgcaatttgaatgggaacaaagaaacgagggttcgaaaaggaaatggctactctct 763  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  50800797 tggaagggtcacaaatgtaaagtttctttataggttctaccacctgcaatttgaaggggaacaaaataatgagggttctaaaagggaatggctaccctct 50800698  T
Q  764 gtttcttcccttttataagtttgtaaacttccaaacaatgagatttt 810  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  50800697 gtttcttcccttttataagtttttaaacttccaaacagtgagatttt 50800651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University