View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17156_low_1 (Length: 554)

Name: NF17156_low_1
Description: NF17156
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17156_low_1
NF17156_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (19-535)||(26155561-26156077)
chr1 (19-535)||(26168859-26169375)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (324-526)||(28094985-28095187)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 493; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 26156077 - 26155561
Alignment:
Q  19 gatgaatcaaaaactcacctagctgttcttccagatacttatcaaattcaggtggatcatcatgaccaaattctgttctaacctcaagaattataatctc 118  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26156077 gatgaatcaaaaactcacctaattgttcttccagatacttatcaaattcaggtggatcatcatgaccaaattctgttctaacctcaagaattataatctc 26155978  T
Q  119 agactgtgtttccgacaagaactttttgacatcttcaataacaacatcgatgctgtaagtaacaagaattccgtgacacacacgtcggtcttcttggaca 218  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155977 agactgtgtttccgacaaaaactttttgacatcttcaataacaacatccatgctgtaagtaacaagaattccgtgacacacacgtcggtcttcttggaca 26155878  T
Q  219 cgaatgtcaataacacgtgtgcctaaagcgagctgtcgatagatagacaaagattggcattgagcaaaaggtcgagtgatgagtgggaaaccaatcttgt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155877 cgaatgtcaataacacgtgtgcctaaagcgagctgtcgatagatagacaaagattggcattgagcaaaaggtcgagtgatgagtgggaaaccaatcttgt 26155778  T
Q  319 tggtagcagaatcatgtgttcctggccatacaatttgattgatatgaactttctctgggttgagaccattcatccagttttttctatctgatggatgata 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155777 tggtagcagaatcatgtgttcctggccatacaatttgattgatatgaactttctctgggttgagaccattcatccagttttttctatctgatggatgata 26155678  T
Q  419 ttcagaaccagggtagtcttctcctgaggttttaagctcggttagagttttcttttcggtgtggattgtctttcttctttcaacttgttttgagacatga 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26155677 ttcagaaccagggtagtcttctcctgaggttttaagttcggttagagttttcttttcggtgtggattgtctttcttctttcaacttgttttgatacatga 26155578  T
Q  519 gagcccatcttcactgt 535  Q
    |||||||||||||||||    
T  26155577 gagcccatcttcactgt 26155561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 26169375 - 26168859
Alignment:
Q  19 gatgaatcaaaaactcacctagctgttcttccagatacttatcaaattcaggtggatcatcatgaccaaattctgttctaacctcaagaattataatctc 118  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26169375 gatgaatcaaaaactcacctaattgttcttccagatacttatcaaattcaggtggatcatcatgaccaaattctgttctaacctcaagaattataatctc 26169276  T
Q  119 agactgtgtttccgacaagaactttttgacatcttcaataacaacatcgatgctgtaagtaacaagaattccgtgacacacacgtcggtcttcttggaca 218  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26169275 agactgtgtttccgacaaaaactttttgacatcttcaataacaacatccatgctgtaagtaacaagaattccgtgacacacacgtcggtcttcttggaca 26169176  T
Q  219 cgaatgtcaataacacgtgtgcctaaagcgagctgtcgatagatagacaaagattggcattgagcaaaaggtcgagtgatgagtgggaaaccaatcttgt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26169175 cgaatgtcaataacacgtgtgcctaaagcgagctgtcgatagatagacaaagattggcattgagcaaaaggtcgagtgatgagtgggaaaccaatcttgt 26169076  T
Q  319 tggtagcagaatcatgtgttcctggccatacaatttgattgatatgaactttctctgggttgagaccattcatccagttttttctatctgatggatgata 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26169075 tggtagcagaatcatgtgttcctggccatacaatttgattgatatgaactttctctgggttgagaccattcatccagttttttctatctgatggatgata 26168976  T
Q  419 ttcagaaccagggtagtcttctcctgaggttttaagctcggttagagttttcttttcggtgtggattgtctttcttctttcaacttgttttgagacatga 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26168975 ttcagaaccagggtagtcttctcctgaggttttaagttcggttagagttttcttttcggtgtggattgtctttcttctttcaacttgttttgatacatga 26168876  T
Q  519 gagcccatcttcactgt 535  Q
    |||||||||||||||||    
T  26168875 gagcccatcttcactgt 26168859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 324 - 526
Target Start/End: Original strand, 28094985 - 28095187
Alignment:
Q  324 gcagaatcatgtgttcctggccatacaatttgattgatatgaactttctctgggttgagaccattcatccagttttttctatctgatggatgatattcag 423  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||    ||||| | || ||| || |||||||||     ||||||||||||||| |||||||| || || |||     
T  28094985 gcagaatcatgtgttccaggccaaacaatcattttgatcttaagtttgtcagggttgagatttgccatccagttttttctgtctgatgggtggtaatcac 28095084  T
Q  424 aaccagggtagtcttctcctgaggttttaagctcggttagagttttcttttcggtgtggattgtctttcttctttcaacttgttttgagacatgagagcc 523  Q
    |||||||||||| ||||||| || |||| || || | ||||||||||| ||| || |||||||| |||| | |||| | |||||| || || ||||| ||    
T  28095085 aaccagggtagttttctcctaagctttttagatcagatagagttttctcttctgtttggattgtttttcgtttttcgatttgtttcgacacctgagaacc 28095184  T
Q  524 cat 526  Q
    |||    
T  28095185 cat 28095187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University