View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17158_low_11 (Length: 526)

Name: NF17158_low_11
Description: NF17158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17158_low_11
NF17158_low_11
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (15-510)||(4697620-4698115)
chr7 (15-458)||(4846503-4846946)
chr7 (15-510)||(4863080-4863581)
chr7 (15-509)||(4784269-4784760)
chr7 (15-509)||(4816698-4817189)
chr7 (38-452)||(4712554-4712968)
chr7 (124-510)||(4636157-4636543)
chr7 (46-373)||(4642926-4643253)
chr7 (130-373)||(4661110-4661353)
chr7 (90-373)||(4666201-4666484)
chr7 (124-373)||(4671940-4672189)
chr7 (90-371)||(4630175-4630456)
chr7 (127-394)||(4652823-4653090)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (55-382)||(18926297-18926624)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (123-242)||(5479308-5479427)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 4698115 - 4697620
Alignment:
Q  15 aatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698115 aatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatc 4698016  T
Q  115 tctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4698015 tctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgtt 4697916  T
Q  215 gagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697915 gagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatc 4697816  T
Q  315 ttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697815 ttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaa 4697716  T
Q  415 ctttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcataaactatgattcccacaacaacaaatgctagcaagagacatgaaact 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697715 ctttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcataaactatgattcccacaacaacaaatgctagcaagagacatgaaact 4697620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 4846946 - 4846503
Alignment:
Q  15 aatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatc 114  Q
    |||||||||||| |  |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  4846946 aatctcgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatc 4846847  T
Q  115 tctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgtt 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||| | |     
T  4846846 tctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatc 4846747  T
Q  215 gagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatc 314  Q
    |||||||||||||   ||||||||| || ||||||||   | ||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4846746 gagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaatatc 4846647  T
Q  315 ttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaa 414  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||    
T  4846646 ttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctttgtttgtcttccatgaa 4846547  T
Q  415 ctttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctccttct 458  Q
    ||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| |||||    
T  4846546 ctttcttccatttgaagattagattcaaatcttcttcttcttct 4846503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 510
Target Start/End: Original strand, 4863080 - 4863581
Alignment:
Q  15 aatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatc 114  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  4863080 aatctcaagtctcttcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatc 4863179  T
Q  115 tctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgtt 214  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  4863180 tcctcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgtt 4863279  T
Q  215 gagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatc 314  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||| || |||||| |  || |||| || ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4863280 gagaacctggtttaagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatc 4863379  T
Q  315 ttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaa------ccttcttttcttgtcctc 408  Q
     || |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||      ||||||||  || |  ||    
T  4863380 gtcaaagttgtttgtagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagacgatgaaacttcgccttctttcttttttgtc 4863479  T
Q  409 catgaactttcttccat---ttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcataaactatgattcccacaacaacaaatgctagcaagagacatg 505  Q
    ||||| ||||| |||||   ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||| | ||   ||| |||| |||||||||  |||||||    
T  4863480 catgagctttcatccatttcttcaacatgagattcaaatcttcttcttcttctaacaaaaactatcactc---caataacagatgctagcataagacatg 4863576  T
Q  506 aaact 510  Q
    |||||    
T  4863577 aaact 4863581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 4784760 - 4784269
Alignment:
Q  15 aatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatc 114  Q
    |||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  4784760 aatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatc 4784661  T
Q  115 tctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgtt 214  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  4784660 tctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgtt 4784561  T
Q  215 gagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatc 314  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||| || || |||||| || |||| || ||||||||| |||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  4784560 gagaacctggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatc 4784461  T
Q  315 ttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaa 414  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||  ||||| ||||||||    
T  4784460 ttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttctttgtcttccatgaa 4784361  T
Q  415 ctttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcataaactatgattcccacaacaacaaatgctagcaagagacatgaaac 509  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | || | || |  ||| ||||||| ||||| | ||||   |||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  4784360 ctttcttccatttcagtatgagaattaaatattatattccgtctagcaaaaactgttattc---caacaacagatgctagaatgagacatgaaac 4784269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 15 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 4817189 - 4816698
Alignment:
Q  15 aatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatc 114  Q
    |||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  4817189 aatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatc 4817090  T
Q  115 tctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgtt 214  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  4817089 tctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgtt 4816990  T
Q  215 gagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatc 314  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||| || || |||||| || |||| || ||||||||| |||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  4816989 gagaaccaggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatc 4816890  T
Q  315 ttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaa 414  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||  ||||| ||||||||    
T  4816889 ttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttctttgtcttccatgaa 4816790  T
Q  415 ctttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcataaactatgattcccacaacaacaaatgctagcaagagacatgaaac 509  Q
     ||||||| |||||| ||||||| | || | || |  ||| ||||||| ||||| | ||||   |||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  4816789 atttcttcaatttcagtatgagaattaaatattatattccgtctagcaaaaactgttattc---caacaacagatgctagaatgagacatgaaac 4816698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 38 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 4712968 - 4712554
Alignment:
Q  38 taagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatcc 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  4712968 taagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatcc 4712869  T
Q  138 aatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgtttt 237  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||  |||   |||||||    
T  4712868 aatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgtttt 4712769  T
Q  238 attgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctc 337  Q
    || || |||||| |   | |||| |||||||||||| ||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712768 atcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctc 4712669  T
Q  338 ttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaactttcttccatttcaatatgaga 437  Q
    |||| ||| |||| |||||| | || |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||  || || ||||   |||||||| ||||||||  |||||    
T  4712668 ttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcattatttatcttccaatgactttctttcatttcaaattgaga 4712569  T
Q  438 ttcaagtcttcttct 452  Q
    ||||| |||||||||    
T  4712568 ttcaaatcttcttct 4712554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 124 - 510
Target Start/End: Original strand, 4636157 - 4636543
Alignment:
Q  124 tcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccg 223  Q
    |||||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||    
T  4636157 tcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccg 4636256  T
Q  224 gtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagtt 323  Q
       | |  |||||||| || || |||||   | |||| ||| |||||||| |||| || |||||||| ||||| || || ||      ||| ||||||||    
T  4636257 acctgaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgataatgttttcatcatcgaagtt 4636356  T
Q  324 gtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaactttcttcc 423  Q
     ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||  ||||| ||||||||  |    
T  4636357 ttttgtggctgctctgatctctgcgattgtaaagtagcggcacaaataggatggtaaagttgacgaaccttcattctttgttttccataaactttctatc 4636456  T
Q  424 atttcaatatgagattcaagtcttcttctccttctagcataaactatgattcccacaacaacaaatgctagcaagagacatgaaact 510  Q
    |||| |||| ||||||||| |||  || |||||||| |   |||||| ||||||||| ||| |||||  ||||||||| ||||||||    
T  4636457 attttaataggagattcaaatctctttgtccttctaactagaactattattcccacagcaagaaatgtgagcaagagagatgaaact 4636543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 46 - 373
Target Start/End: Original strand, 4642926 - 4643253
Alignment:
Q  46 tcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagag 145  Q
    |||||||  |||||||| ||||| |||| |||||| ||  | | |||||| || ||||| | |||||||||||   | |||||||||||||| | ||| |    
T  4642926 tcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatctctgtgtcatcgttgcaatatcccacgaggg 4643025  T
Q  146 aaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctac 245  Q
    | |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||| ||| |  || || |  || ||    
T  4643026 acaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgaggcgcttaaccgcaac 4643125  T
Q  246 aggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctcc 345  Q
    | ||||   | |||| |   |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||| | |||||     
T  4643126 aagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtagctgctttgatctct 4643225  T
Q  346 gctattgtaaaatagcggcacaaatggg 373  Q
    || ||||||||  ||||||||| |||||    
T  4643226 gcgattgtaaaggagcggcacagatggg 4643253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 130 - 373
Target Start/End: Original strand, 4661110 - 4661353
Alignment:
Q  130 caatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttca 229  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| |    
T  4661110 caatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgatttga 4661209  T
Q  230 aacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgt 329  Q
      ||||| || || ||| ||||   | |||| |   |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| |||||    
T  4661210 ggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaaagttttttgt 4661309  T
Q  330 agcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 373  Q
     || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4661310 ggctgctctgatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 4661353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 90 - 373
Target Start/End: Original strand, 4666201 - 4666484
Alignment:
Q  90 catgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttca 189  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||   | || ||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  4666201 catgaactcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcg 4666300  T
Q  190 ttcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaacc 289  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||| || | ||| |  |||||||| || ||| ||||   | ||||||   |||||||| ||||||| |||||||    
T  4666301 ttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaacc 4666400  T
Q  290 ctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 373  Q
    |||||||||| ||||| |||  ||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||  | |||||||||||||    
T  4666401 ctccaactccgatgatgaaatcatcgtcaaagttgtttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaaggaccggcacaaatggg 4666484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 124 - 373
Target Start/End: Original strand, 4671940 - 4672189
Alignment:
Q  124 tcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccg 223  Q
    |||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||| || ||||| ||||    
T  4671940 tcgtcgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccg 4672039  T
Q  224 gtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagtt 323  Q
     ||| |  |||||||| || ||| ||||   | ||||||   |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||  ||| ||||||||    
T  4672040 atttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcgaagtt 4672139  T
Q  324 gtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 373  Q
    |||||| || ||| | ||||| || ||||||||  | |||||||| ||||    
T  4672140 gtttgtggctgctttgatctctgcgattgtaaaggaacggcacaagtggg 4672189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 90 - 371
Target Start/End: Original strand, 4630175 - 4630456
Alignment:
Q  90 catgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttca 189  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||     || ||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||     
T  4630175 catgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtcattgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcg 4630274  T
Q  190 ttcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaacc 289  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||| || | ||| |  |||||||| || ||||||||   | ||||||   |||||||| ||||||| |||||||    
T  4630275 ttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaacc 4630374  T
Q  290 ctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatg 371  Q
    |||||| ||| ||||| |||  ||  || ||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  4630375 ctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgtttgtggctgctttgatctccgcgattgtaaagtagcgacacaaatg 4630456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 127 - 394
Target Start/End: Original strand, 4652823 - 4653090
Alignment:
Q  127 ttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtt 226  Q
    ||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||| || | ||    
T  4652823 ttgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagatt 4652922  T
Q  227 tcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtt 326  Q
    | |  |||||||| || |||||  |   | |||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||| ||    
T  4652923 tgaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcgaagttatt 4653022  T
Q  327 tgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaacctt 394  Q
    ||| || ||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| | ||| |||| |||||| ||||    
T  4653023 tgtggctgctttgatctctgcgattgtgaaggagcgacacaaatgtggtggcaaagatgacgaccctt 4653090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 55 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 18926624 - 18926297
Alignment:
Q  55 gaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagt 154  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| |||||| || ||||  ||||||||||||       ||||||| || || | ||| || ||||  |    
T  18926624 gaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgccgttgcagtacccgacgagggataccagat 18926525  T
Q  155 gaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtacc 254  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||| || ||||| | |||||||||||| || |||||       
T  18926524 gaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggtttgagacgttttattgcaacgggtgtgga 18926425  T
Q  255 ttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgta 354  Q
    || ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||| ||||| || ||| ||||||| || ||||||    
T  18926424 tttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctctgcaattgta 18926325  T
Q  355 aaatagcggcacaaatgggatggtaaag 382  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||    
T  18926324 aagtagcggcacaaatggggcggtaaag 18926297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 123 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 5479427 - 5479308
Alignment:
Q  123 ttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaaccc 222  Q
    ||||||||| || ||||| | |||||| |  ||||| |||||||| |  |||||||  ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||    
T  5479427 ttcgttgcagtaaccaatcaaagaaacaagatgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaaccc 5479328  T
Q  223 ggtttcaaacgttttattgc 242  Q
    ||||| |  |||||||||||    
T  5479327 ggtttaagccgttttattgc 5479308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University