View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17159_high_8 (Length: 345)

Name: NF17159_high_8
Description: NF17159
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17159_high_8
NF17159_high_8
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (20-315)||(29963141-29963436)
chr5 (20-315)||(30011362-30011657)
chr5 (20-309)||(29990752-29991041)
chr5 (20-315)||(29952036-29952331)
chr5 (20-315)||(30005888-30006183)
chr5 (20-315)||(30044971-30045266)
chr5 (20-315)||(29999450-29999745)
chr5 (20-315)||(30070801-30071096)
chr5 (20-308)||(29943922-29944210)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 29963436 - 29963141
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29963436 acataatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 29963337  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29963336 tatacacaatatcttcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcacctaccaaaacaactttctctaatgacttaaccaaaacatccaa 29963237  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataaggaccata 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29963236 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaagtttctttacactacgccaataaggaccata 29963141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Original strand, 30011362 - 30011657
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30011362 acataatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 30011461  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30011462 tatacacaatatcttcaataagattctctacaatctcactaacattcacaacctcacctaccaaaacaactttctctaatgacttaaccaaaacatccaa 30011561  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataaggaccata 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30011562 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaagtttctttacactacgccaataaggaccata 30011657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 20 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 29991041 - 29990752
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29991041 acataatcagccagattaaaagctccaatcaaagccaatccttcttgaaccaacttcttcaaatcaaattgctcatacttacctctacccaatatcatct 29990942  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  | |||| |  || |  |||||||||||| ||||    
T  29990941 tatacacaatatcttcaataacattctctacaatctcactgacattcacaacctcacctaccaaagaagcttttttcaaagtgttaaccaaaatacccaa 29990842  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataagg 309  Q
    |||||   | |||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29990841 ctcctctgttctaataggacccgacttctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcagagtttctttacactacgccaataagg 29990752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 29952331 - 29952036
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| | | |||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||| | || ||||||||||||||    
T  29952331 acataatcagccagattaaaagctccaaccaaagccaatacgtcttgaaccaccctctttaagtcaaattgatcatacttgctccgacccaatatcatct 29952232  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||| || || ||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  29952231 tatacacaatatcctcaataagattctctacaacctcactaacattcacaacctcactcaccaaagcagctttctccaatgacttaatcaaaacatccaa 29952132  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataaggaccata 315  Q
    ||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  29952131 cttttccttcctaatagaaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagttttaaagtgcaaagtttcctcacactacgccaataaggaccata 29952036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 30006183 - 30005888
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||| |||| ||||| || |  ||||||||||||||||||| || ||| || |||||||    
T  30006183 acataatcagccagattaaaagctcccatcaaagccattgcttctagaactaacttattcatgtcaaattgctcatacttactccgaccaaacatcatct 30006084  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  || |  || ||||||| || ||  ||||||||| ||||||    
T  30006083 tatacacaatatcctcaataagattctctacaacctcactaacattcacaacctcaccctccaaggcagctttctccaaagatataaccaaaacatccaa 30005984  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataaggaccata 315  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  30005983 cttctccttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaaaaagtttcaaagtgcaaaatttcctcacactacgccaataaggaccata 30005888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Original strand, 30044971 - 30045266
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||| || ||| || |||| ||    
T  30044971 acataatcagccagattaaaagctccaatcaaagccaatccttcttgaaccaaactcttcaagtcaaattgctcatacttactccgaccaaacatcaact 30045070  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||  || |  ||||||||||||  |||    
T  30045071 tatacacaatatcttctattagattctctacaacctcactaacattcacaacctcaccaaccaaagcagctttcttcaaagtgttaaccaaaatactcaa 30045170  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataaggaccata 315  Q
    |||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  30045171 ctcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcacactacgccaataaggaccata 30045266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 29999745 - 29999450
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | || ||  | ||| |||| || || |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29999745 acataatcagccagattaaaagctcccatcaaagttaatccatctttaatcatcttcttcaagtcaaattgctcatacttacctctacccaatatcatct 29999646  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||  || |  |||||||||| | ||||    
T  29999645 tatacacaatatcctcaataagattctcgacaatctcactaacattcacaacctcacctaccaaagaagctttcttcaaagtgttaaccaaaacacccaa 29999546  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataaggaccata 315  Q
    |||||  || |||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| | | ||| |||||||||||||||||    
T  29999545 ctcctcttttctaataggacccgacttctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcatactgcgccaataaggaccata 29999450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 20 - 315
Target Start/End: Original strand, 30070801 - 30071096
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || | ||| | ||| ||||||||| || || || ||||||||||||||||||| ||  || || |||| ||    
T  30070801 acataatcagccagattaaaagctccaatcaaaaccaattcttgttgaaccaaatttttcaagtcaaattgctcatacttactccgtccaaacatcaact 30070900  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||  || |  ||||||||||||  |||    
T  30070901 tatacacaatatcttctattagattctctactacctcactaacattcacaacctcaccaaccaaagcagctttcttcaaagtgttaaccaaaatactcaa 30071000  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataaggaccata 315  Q
    |||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  30071001 ctcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcacactacgccaataaggaccata 30071096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 29944210 - 29943922
Alignment:
Q  20 acatcatcagccagattaaaagctccaagcatagccattccttcttgaaccaacttctttaaatcaaattgctcatacttacccctacccaatatcatct 119  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| | |||||||||||| ||||||  ||||  || |||||||||| || |||||| | |||||    
T  29944210 acataatcagccatattaaaagctccaatcaaagccattacgtcttgaaccaacctctttaggtcaatatgatcatacttactccgacccaacaccatct 29944111  T
Q  120 tatacacaatatcttcaataagattctcaacaatctcactaacattcacaacctcacctaccgaaacaactttctctaatgacttaaccaaaatatccaa 219  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||  ||  | || ||||||| || || |||||||||| ||||||    
T  29944110 tatacacaatatcctctataacattctctacagcctcactaacattcacaacctcaccctccagagcagctttctccaaagatttaaccaaaacatccaa 29944011  T
Q  220 ctccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcacttagaagtttcaaagtgcacagtttctttacactacgccaataag 308  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| || |||||  | ||||||||||||||||    
T  29944010 cttctccttcctaataggaccaaacatctcaactttcgaagcactaagaagttttgaagtacaaagttttctcacactacgccaataag 29943922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University