View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1715_high_34 (Length: 488)
Name: NF1715_high_34
Description: NF1715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1715_high_34 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 472
Target Start/End: Original strand, 31700742 - 31701203
Alignment:
| Q |
12 |
atgaagcctaataacgtttacaattacaacttcatctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttcactaatatcaaaagtgg |
111 |
Q |
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| T |
31700742 |
atgaagcctaataacgtttacaattacaacttcatctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttcactaatatcaaaagtgg |
31700841 |
T |
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| Q |
112 |
tacttaaccaaaccagttatgaacgtccacgctacatatggtcaaaagacgacgaattatggatgctttattcaaaaataccagcagactatagtgacca |
211 |
Q |
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| T |
31700842 |
tacttaaccaaaccagttatgaacgtccacgctacatatggtcaaaagacgacgaattatggatgctttattcaaaaataccagcagactattgtgacca |
31700941 |
T |
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| Q |
212 |
ctatggtctat-tggagtcaatggatactgcagcagtactaattcaccaacatgtgaatgtttaaaagggtttaagcctaagtttcctgaaaaatggaac |
310 |
Q |
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| T |
31700942 |
ctatggtctatgtggagtcaatggatactgcagcagtactaattcaccaacatgtgaatgtttaaaagggtttaagcctaagtttcctgaaaaatggaac |
31701041 |
T |
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| Q |
311 |
tcgatggattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctccgtggcaaacttgaaagtaccggatactacat |
410 |
Q |
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| T |
31701042 |
tcgatggattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatgggtttgtctccgtggcaaacttgaaagtaccggatactacat |
31701141 |
T |
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| Q |
411 |
atactttggtggatgagagtataggtctagaccaatgtagaggcaaatgcttgaataattgt |
472 |
Q |
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| T |
31701142 |
atactttggtggatgagagtataggtctagaccaatgtagaggcaaatgcttgaataattgt |
31701203 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 13 - 472
Target Start/End: Original strand, 31716051 - 31716511
Alignment:
| Q |
13 |
tgaagcctaataacgtttacaattacaacttcatctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttcactaatatcaaaagtggt |
112 |
Q |
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| T |
31716051 |
tgaagcctaatgatattttcagttacaattttgtctggaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttctcaagtatcaaaaatggt |
31716150 |
T |
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| Q |
113 |
acttaaccaaaccagttatgaacgtccacgctacatatggtcaaaagacgacgaattatggatgctttattcaaaaataccagcagactatagtgaccac |
212 |
Q |
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| T |
31716151 |
acttaaccaaaccagtaaagatcgtccacgctacgtatggtcaaaagacgtcgaatcatggagggtttattcaagaatacctggagacatttgtgaccat |
31716250 |
T |
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| Q |
213 |
tatggtctat-tggagtcaatggatactgcagcagtactaattcaccaacatgtgaatgtttaaaagggtttaagcctaagtttcctgaaaaatggaact |
311 |
Q |
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| T |
31716251 |
tatggtcaatgtggagtcaatggatattgtagcagtactaattcaccaatatgtggatgtttacaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaatggaact |
31716350 |
T |
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| Q |
312 |
cgatggattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctccgtggcaaacttgaaagtaccggatactacata |
411 |
Q |
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| T |
31716351 |
caatagattggtcccaaggatgtctcaggaatcatactttgaactgcaccaatgatgggtttgtctcagtggcaaacttgaaagttccagatactacata |
31716450 |
T |
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| Q |
412 |
tactttggtggatgagagtataggtctagaccaatgtagaggcaaatgcttgaataattgt |
472 |
Q |
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| T |
31716451 |
tactttggtggatgagagtattggtctagaacaatgtagaggcaaatgcttgaataattgt |
31716511 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 13 - 472
Target Start/End: Original strand, 31721925 - 31722385
Alignment:
| Q |
13 |
tgaagcctaataacgtttacaattacaacttcatctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttcactaatatcaaaagtggt |
112 |
Q |
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| T |
31721925 |
tgaagcctaatgatattttcagttacaattttgtctggaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttctcaagtatcaaaaatggt |
31722024 |
T |
|
| Q |
113 |
acttaaccaaaccagttatgaacgtccacgctacatatggtcaaaagacgacgaattatggatgctttattcaaaaataccagcagactatagtgaccac |
212 |
Q |
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| T |
31722025 |
acttaaccaaaccagtaaagatcgtccacgctacgtatggtcaaaagacgtcgaatcatggagggtttattcaagaatacctggagacatttgtgaccat |
31722124 |
T |
|
| Q |
213 |
tatggtctat-tggagtcaatggatactgcagcagtactaattcaccaacatgtgaatgtttaaaagggtttaagcctaagtttcctgaaaaatggaact |
311 |
Q |
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| T |
31722125 |
tatggtcaatgtggagtcaatggatattgtagcagtactaattcaccaatatgtggatgtttacaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaatggaact |
31722224 |
T |
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| Q |
312 |
cgatggattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctccgtggcaaacttgaaagtaccggatactacata |
411 |
Q |
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| T |
31722225 |
caatagattggtcccaaggatgtctcaggaatcatactttgaactgcaccaatgatgggtttgtctcagtggcaaacttgaaagttccagatactacata |
31722324 |
T |
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| Q |
412 |
tactttggtggatgagagtataggtctagaccaatgtagaggcaaatgcttgaataattgt |
472 |
Q |
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| T |
31722325 |
tactttggtggatgagagtattggtctagaacaatgtagaggcaaatgcttgaataattgt |
31722385 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 9 - 468
Target Start/End: Original strand, 31723292 - 31723752
Alignment:
| Q |
9 |
gagatgaagcctaataacgtttacaattacaacttcatctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagttcactaatatcaaaag |
108 |
Q |
| |
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| T |
31723292 |
gagatgaagcctaattctattttcagttacaattttgtctgcaataaagaagaggtttattacacatggaacatcaaagatagtactcaaatatcaaaag |
31723391 |
T |
|
| Q |
109 |
tggtacttaaccaaaccagttatgaacgtccacgctacatatggtcaaaagacgacgaattatggatgctttattcaaaaataccagcagactatagtga |
208 |
Q |
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| T |
31723392 |
tggtacttaaccaaaccagtaacgatcgtccacgatacgtatggtcaaaggacgacaaatcatggaatatttattcaagaataccaggagacgattgtga |
31723491 |
T |
|
| Q |
209 |
ccactatggtctat-tggagtcaatggatactgcagcagtactaattcaccaacatgtgaatgtttaaaagggtttaagcctaagtttcctgaaaaatgg |
307 |
Q |
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| T |
31723492 |
ccattatggtcgatgtggagtcaatggatattgcagcatttctaattcaccaatatgtgaatgtttaaaagggttcaagcctaagtttcctgaaaaatgg |
31723591 |
T |
|
| Q |
308 |
aactcgatggattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctccgtggcaaacttgaaagtaccggatacta |
407 |
Q |
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| T |
31723592 |
aactcaatagattggtcccaaggatgtgtcaggaatcatccattgaactgcaccaatgatggatttgtctcattggcaagcttgaaagttcctgatacta |
31723691 |
T |
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| Q |
408 |
catatactttggtggatgagagtataggtctagaccaatgtagaggcaaatgcttgaataa |
468 |
Q |
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| T |
31723692 |
catatactttggtggacgagagtattggtctagaacaatgtagagtaaaatgcttgaataa |
31723752 |
T |
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