View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1715_low_1 (Length: 820)

Name: NF1715_low_1
Description: NF1715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1715_low_1
NF1715_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-803)||(30239356-30240156)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 30240156 - 30239356
Alignment:
Q  1 aactactatttttgcaaagaaatatgcaatgtgacaaatggatgcaaaaacgtgtttcannnnnnnnnnnncattcactaccactgaatgattataagtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30240156 aactactatttttgcaaagaaatatgcaatgtgacaaatggatgcaaaaacgtgtttcatttttatttttccattcactaccactgaatgatta-aagtg 30240058  T
Q  101 gaagataaagttctaatataacttactatatccatcgccattgccagtggatcgaagaatgtgataatattattatattcatcaataatgtccccttcta 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30240057 gaagataaagttctagtataacttactatatccatcgccattgccagtggattgaagaatgtgata---ttattatattcatcaataatgtccccttcta 30239961  T
Q  201 tatcatagtagaaaacactcataggggttatgatcaccaccctacctgtaatccactgcgaattgggtgaatggggtttggaccacaaggttccatccat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30239960 tatcatagtagaaaacactcataggggttatgatcaccaccctacctgtaatccactgcgaattgggtgaatggggtttggaccacaaggttccatccac 30239861  T
Q  301 cc--acaccaaaatgtcacaaactcatacctattggctccaatatttgaataataactactcttctggttcattctcttcacaagctccatttatttcta 398  Q
     |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30239860 accaaaaccaaaatgtcacaaactcatacctattggctccaatatttgaataataactactcttctggttcattctcttcacaggctccatttatttcta 30239761  T
Q  399 cactgcatttaatattctgctcaaatggtccatattgtgggatttttagtgctcatggaagtgctctgattctgaccannnnnnnaaccaagtccaaaca 498  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  30239760 cattgcatttaatattctgctcaaatggtccatattgtgggatttttagtgctcatggaagtgctctgattctgaccatttttttaaccaagtccaaaca 30239661  T
Q  499 aaatgaaacattttcatcggtcagattannnnnnnatcttttcatgacaccgactgaatcaatccaaccctaccatccaattacttgggttgagttttta 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239660 aaatgaaacattttcatcggtcagattatttttttatcttttcatgacaccgactgaatcaatccaaccctaccatccaattacttgggttgagttttta 30239561  T
Q  599 taccacctatgaccaaactcaccgcatgatatataatatagtatatagtgctatgtcagtgtccaattcctttgtcattaacaattagcactaaagtagg 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239560 taccacctatgaccaaactcaccgcatgatatataatatagtatatagtgctatgtcagtgtccaattcctttgtcattaacaattagcactaaagtagg 30239461  T
Q  699 aaagaccaattttgtctatggtcccaactccaagcaccatccatcactcctatgatctgttttgtttctcattcgtatcctacaactaatattaggtcag 798  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30239460 aaagaccatttttgtctatggtcccaactccaagcaccatccatcactcctatgatctgttttgtttctcattcgtatcctacaactaatattagatcag 30239361  T
Q  799 gtaac 803  Q
    |||||    
T  30239360 gtaac 30239356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University