View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1715_low_11 (Length: 594)

Name: NF1715_low_11
Description: NF1715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1715_low_11
NF1715_low_11
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-594)||(5390785-5391364)
chr1 (18-531)||(5399504-5400017)
chr1 (24-564)||(5394329-5394869)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (54-473)||(3818681-3819103)
chr3 (54-473)||(47338774-47339196)
chr3 (105-484)||(47347233-47347615)
chr3 (220-314)||(47349942-47350036)
chr3 (397-473)||(47349783-47349859)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 594
Target Start/End: Original strand, 5390785 - 5391364
Alignment:
Q  18 catactatccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5390785 catactatccaacacaccctccactctaaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcaca 5390884  T
Q  118 atctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgcta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390885 atctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgcta 5390984  T
Q  218 acaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390985 acaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttc 5391084  T
Q  318 ggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391085 ggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcg 5391184  T
Q  418 taaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttac 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391185 taaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttac 5391284  T
Q  518 ccacctgaataaaaatatagttcatctaattatataa---tagtgtatgttgtgacgtattttattgacaataatttgtt 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391285 ccacctgaataaaaatatagttcatctaattatataatagtagtgtatgttgtgacgtattttattgacaataatttgtt 5391364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 531
Target Start/End: Original strand, 5399504 - 5400017
Alignment:
Q  18 catactatccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5399504 catactatccaacacaccctccactctaaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcaca 5399603  T
Q  118 atctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgcta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399604 atctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgcta 5399703  T
Q  218 acaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399704 acaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttc 5399803  T
Q  318 ggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399804 ggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcg 5399903  T
Q  418 taaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttac 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5399904 taaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcgttccttttttcttac 5400003  T
Q  518 ccacctgaataaaa 531  Q
    ||||||||||||||    
T  5400004 ccacctgaataaaa 5400017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 564
Target Start/End: Original strand, 5394329 - 5394869
Alignment:
Q  24 atccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctct 123  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394329 atccaacacaccctccagtctcaaactaaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaatctct 5394428  T
Q  124 tcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacacct 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394429 tcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacacct 5394528  T
Q  224 tccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatat 323  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  5394529 tccacaaatgtttccacttgaaaacatcaccattactgcaattgaatgcttcattctttgcgttaggatccgctgcaccccaaatatgttgttcggctat 5394628  T
Q  324 taaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaaca 423  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5394629 taaattagcatctgaagcagtagaataacactcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaaaggaagaccctcatgcttgcaaattgcggcgtaaaca 5394728  T
Q  424 caaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttacccacct 523  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5394729 caaagcgtgccaatgacgttcatcatgctataaggtgaaaatccaaagatggggtgtggtcgattaatgaaccatgtcgttccttttttcttacccacct 5394828  T
Q  524 gaataaaaatatagttcatctaattatataatagtgtatgt 564  Q
    ||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5394829 gaacaaatatattgttcatttaattatataataatgtatgt 5394869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 473
Target Start/End: Original strand, 3818681 - 3819103
Alignment:
Q  54 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 153  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  3818681 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgttacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 3818780  T
Q  154 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 250  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  3818781 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 3818880  T
Q  251 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 350  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||  ||||| |||||  |  | ||    
T  3818881 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagta 3818980  T
Q  351 acattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 450  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  3818981 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 3819080  T
Q  451 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 473  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3819081 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 3819103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 47339196 - 47338774
Alignment:
Q  54 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 153  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  47339196 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 47339097  T
Q  154 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 250  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  47339096 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 47338997  T
Q  251 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 350  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  || |||| |||||| |||||  |  | ||    
T  47338996 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgctcagcaatcaaatcagcatcagaagccatgtagta 47338897  T
Q  351 acattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 450  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  47338896 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 47338797  T
Q  451 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 473  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  47338796 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 47338774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 105 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 47347615 - 47347233
Alignment:
Q  105 attctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatc 201  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |   ||||  |||| ||||| ||||| || || |||    
T  47347615 attctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgacaacttcaaacgaggaccttcctcgtcaaacccatactcctcaatc 47347516  T
Q  202 tcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcac 301  Q
     ||||| |||| || || |||||||| |  |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||| ||||||||||||      
T  47347515 ccaaactgttccgccaaaaccttccatagttgtttccatctaaaaacatcaccattgctacagttaaaagcttcgttcttagcataaggatccactgcgg 47347416  T
Q  302 cccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatg 401  Q
    ||||||||||||| || |  || ||||  ||||| |||||    |||||| | ||||| ||  | ||||  || |||||  | || |||| ||| || ||    
T  47347415 cccaaatatgttgctctgcaatcaaatccgcatcagaagccacagaataagactcccaagctccctttgtaccgggaaatttcaacggaacaccttcgtg 47347316  T
Q  402 cttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtc 484  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  47347315 cttgcaaattgcagcataaacacaaagtgtaccaacgagattcatcaaactataaggtgaaaatccaaatataacttgaggtc 47347233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 220 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 47350036 - 47349942
Alignment:
Q  220 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttg 314  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||| |||||    
T  47350036 accttccacaattgtttccacctaaaaacatcaccattgctacaattgaacgcttcattcttagcataagtatccactgcagcccaaatgtgttg 47349942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 397 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 47349859 - 47349783
Alignment:
Q  397 tcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagat 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |  |||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  47349859 tcatgcttgcaaattgcagcgtaaaggcaaagcgtgccaacaacattcatcaaactgtaaggtgagaatccaaagat 47349783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University