View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1715_low_229 (Length: 217)

Name: NF1715_low_229
Description: NF1715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1715_low_229
NF1715_low_229
[»] scaffold0116 (3 HSPs)
scaffold0116 (13-208)||(47620-47815)
scaffold0116 (13-208)||(43700-43895)
scaffold0116 (45-179)||(43879-44012)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (13-208)||(25956537-25956732)
chr6 (13-206)||(27851180-27851373)
chr6 (13-190)||(20734128-20734304)
chr6 (35-171)||(22420981-22421117)
chr6 (26-171)||(2201133-2201277)
chr6 (16-134)||(34296953-34297070)
chr6 (48-133)||(19399810-19399895)
chr6 (35-183)||(18927826-18927973)
chr6 (162-208)||(19399882-19399928)
chr6 (45-179)||(25956716-25956849)
chr6 (85-121)||(18708712-18708748)
chr6 (85-121)||(23151070-23151106)
chr6 (85-121)||(27322222-27322258)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (13-208)||(5889092-5889286)
chr5 (13-190)||(12122202-12122378)
chr5 (13-180)||(21557726-21557892)
chr5 (13-190)||(21555060-21555236)
chr5 (92-207)||(21741538-21741653)
chr5 (13-180)||(30615761-30615926)
chr5 (26-171)||(24212382-24212526)
chr5 (15-189)||(31455686-31455862)
chr5 (15-189)||(31455073-31455249)
chr5 (26-171)||(35852637-35852781)
chr5 (13-177)||(36460178-36460341)
chr5 (95-180)||(17875219-17875304)
chr5 (45-133)||(5889270-5889357)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (13-205)||(13844552-13844744)
chr4 (13-208)||(46642844-46643038)
chr4 (92-207)||(15099349-15099464)
chr4 (13-190)||(33186097-33186273)
chr4 (92-163)||(15190360-15190431)
chr4 (37-165)||(15880717-15880845)
chr4 (13-180)||(35812171-35812336)
chr4 (35-183)||(9923299-9923446)
chr4 (35-121)||(11479413-11479498)
chr4 (45-133)||(46642773-46642860)
chr4 (162-208)||(15868765-15868811)
chr4 (85-183)||(19609474-19609572)
chr4 (45-113)||(52873252-52873319)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (13-208)||(28194365-28194560)
chr1 (13-208)||(43697383-43697578)
chr1 (92-207)||(49261340-49261455)
chr1 (92-207)||(20636849-20636964)
chr1 (92-207)||(35981693-35981808)
chr1 (35-190)||(51274290-51274445)
chr1 (15-148)||(12328538-12328670)
chr1 (26-130)||(8885452-8885555)
chr1 (54-134)||(51326894-51326974)
chr1 (45-133)||(28194544-28194631)
chr1 (45-113)||(43543069-43543136)
chr1 (42-113)||(46382649-46382717)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (13-152)||(15439318-15439457)
chr7 (92-207)||(9389702-9389817)
chr7 (13-190)||(30820937-30821113)
chr7 (90-208)||(17232631-17232749)
chr7 (16-190)||(36685934-36686107)
chr7 (13-133)||(37727607-37727727)
chr7 (46-190)||(38480232-38480376)
chr7 (13-171)||(11092751-11092908)
chr7 (13-171)||(11085013-11085170)
chr7 (26-171)||(9320423-9320567)
chr7 (90-208)||(8468437-8468548)
chr7 (14-177)||(15213707-15213869)
chr7 (85-183)||(12371428-12371526)
chr7 (42-113)||(45847732-45847802)
chr7 (45-179)||(8468320-8468453)
chr7 (85-183)||(13148276-13148374)
chr7 (85-121)||(11066680-11066716)
chr7 (45-113)||(14270139-14270206)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (13-190)||(31224635-31224811)
chr3 (13-208)||(12269580-12269773)
chr3 (13-190)||(15447681-15447854)
chr3 (95-208)||(18439845-18439958)
chr3 (13-133)||(1988912-1989032)
chr3 (92-207)||(1465416-1465531)
chr3 (46-190)||(31415399-31415543)
chr3 (92-196)||(49389636-49389740)
chr3 (13-177)||(11912929-11913092)
chr3 (35-147)||(6808175-6808287)
chr3 (147-204)||(20630147-20630204)
chr3 (22-133)||(49389740-49389852)
chr3 (45-133)||(49969964-49970052)
chr3 (162-208)||(49969934-49969980)
chr3 (45-133)||(18439942-18440029)
chr3 (85-183)||(40807146-40807244)
chr3 (85-121)||(40812050-40812086)
[»] scaffold0071 (1 HSPs)
scaffold0071 (13-190)||(14335-14511)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (29-168)||(39833889-39834029)
chr8 (13-190)||(21579887-21580063)
chr8 (13-190)||(29763549-29763724)
chr8 (45-190)||(41680834-41680979)
chr8 (13-140)||(42560208-42560334)
chr8 (54-171)||(32807279-32807396)
chr8 (13-133)||(18760587-18760706)
chr8 (42-179)||(38550083-38550219)
chr8 (13-113)||(3273212-3273310)
chr8 (42-113)||(27472388-27472458)
chr8 (127-180)||(22965754-22965807)
chr8 (85-121)||(19139977-19140013)
chr8 (85-121)||(39936814-39936850)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (14-178)||(24865452-24865615)
chr2 (26-178)||(22500996-22501147)
chr2 (26-178)||(22508930-22509081)
chr2 (14-190)||(7672240-7672409)
chr2 (15-133)||(6576426-6576543)
chr2 (13-130)||(2524410-2524526)
chr2 (85-183)||(24781644-24781742)
chr2 (84-140)||(22501128-22501184)
chr2 (84-140)||(22509062-22509118)
chr2 (47-118)||(24436258-24436328)
chr2 (85-121)||(24883665-24883701)
[»] scaffold1137 (1 HSPs)
scaffold1137 (94-207)||(2299-2412)
[»] scaffold1351 (1 HSPs)
scaffold1351 (14-190)||(1561-1736)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (90-208)||(85258-85376)
scaffold0009 (45-133)||(85187-85274)
[»] scaffold0737 (1 HSPs)
scaffold0737 (13-178)||(6359-6523)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (26-180)||(10900-11053)
[»] scaffold0810 (2 HSPs)
scaffold0810 (13-81)||(3068-3136)
scaffold0810 (85-133)||(2984-3032)
[»] scaffold0815 (1 HSPs)
scaffold0815 (58-190)||(479-611)
[»] scaffold0599 (2 HSPs)
scaffold0599 (13-177)||(4623-4786)
scaffold0599 (13-177)||(205-368)
[»] scaffold0080 (1 HSPs)
scaffold0080 (21-183)||(59295-59455)
[»] scaffold0371 (1 HSPs)
scaffold0371 (13-183)||(3066-3234)
[»] scaffold0061 (2 HSPs)
scaffold0061 (26-121)||(15421-15515)
scaffold0061 (26-121)||(24479-24573)
[»] scaffold0802 (1 HSPs)
scaffold0802 (35-183)||(5459-5606)
[»] scaffold0335 (1 HSPs)
scaffold0335 (35-121)||(869-954)
[»] scaffold0434 (1 HSPs)
scaffold0434 (45-133)||(6771-6859)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (35-121)||(76954-77038)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (162-208)||(8350-8396)
[»] scaffold0100 (1 HSPs)
scaffold0100 (45-121)||(36143-36218)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (85-183)||(10030-10128)
[»] scaffold0384 (1 HSPs)
scaffold0384 (85-121)||(8190-8226)
[»] scaffold0375 (1 HSPs)
scaffold0375 (85-121)||(9106-9142)


Alignment Details
Target: scaffold0116 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 3)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 208
Target Start/End: Original strand, 47620 - 47815
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  47620 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 47719  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  47720 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 47815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 208
Target Start/End: Original strand, 43700 - 43895
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  43700 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 43799  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  43800 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 43895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 179
Target Start/End: Original strand, 43879 - 44012
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 144  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  ||||| | |    
T  43879 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatga 43977  T
Q  145 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctg 179  Q
    |||| |||| ||  ||  ||||||||| |||||||    
T  43978 cttgctgtaaattatttgatgatgttgccttgctg 44012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 208
Target Start/End: Original strand, 25956537 - 25956732
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  25956537 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 25956636  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  25956637 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 25956732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27851373 - 27851180
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  27851373 cagagaggatgaataagatgattta-tattgatgatttaccttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 27851275  T
Q  113 tt-gttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatg 206  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  27851274 tttgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtgtatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgctgaatatgatttactttgatg 27851180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 20734128 - 20734304
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  20734128 cagagaggatgaataaaatgattta-tattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 20734226  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  20734227 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatggtgttgtcttgctgttgtgatgaat 20734304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 22421117 - 22420981
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 134  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22421117 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattatta 22421018  T
Q  135 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 171  Q
     |||| || |||||||| |||||| |||||| |||||    
T  22421017 ttgatagtgacttgttgcatatgtctaaatggtgttg 22420981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 26 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 2201277 - 2201133
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2201277 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatatgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatga 2201179  T
Q  126 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 171  Q
     |||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||| |||||    
T  2201178 tgattattattgatggtgacttgctgcatatgtctaaatggtgttg 2201133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 16 - 134
Target Start/End: Original strand, 34296953 - 34297070
Alignment:
Q  16 agaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattg 115  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  34296953 agaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattagatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattg 34297051  T
Q  116 ttatatatgaagattatta 134  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  34297052 ttatatatgatgattatta 34297070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 19399895 - 19399810
Alignment:
Q  48 tttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  19399895 tttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattatt 19399810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 18927973 - 18927826
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 134  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||     
T  18927973 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattg 18927875  T
Q  135 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  18927874 ttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 18927826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19399928 - 19399882
Alignment:
Q  162 aatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  19399928 aatgatgttgtcttactgttgtgatgaatatggtttactttgatgat 19399882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 179
Target Start/End: Original strand, 25956716 - 25956849
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 144  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  ||||| | |    
T  25956716 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattattgttgatgatga 25956814  T
Q  145 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctg 179  Q
    |||| |||| ||  ||  ||||||||| |||||||    
T  25956815 cttgctgtaaattatttgatgatgttgccttgctg 25956849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 18708748 - 18708712
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  18708748 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 18708712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Original strand, 23151070 - 23151106
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23151070 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 23151106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Original strand, 27322222 - 27322258
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27322222 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 27322258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 208
Target Start/End: Original strand, 5889092 - 5889286
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  5889092 cagagaggatgattatgatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 5889191  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5889192 ttgttatacatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtctt-ctgtcgtgatgaatatgatttactttgatgat 5889286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 12122202 - 12122378
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12122202 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 12122300  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  12122301 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgcggcatatgtttaaatgatgatgtcttgctgttgtgatgaat 12122378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 180
Target Start/End: Original strand, 21557726 - 21557892
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21557726 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttagtttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 21557824  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 180  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21557825 ttgttatatatgatgattattattgatagtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 21557892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 21555060 - 21555236
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||| || |||||||||    
T  21555060 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttagtttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgacataaagttgtaa 21555158  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  21555159 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 21555236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Original strand, 21741538 - 21741653
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 191  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  21741538 gttgttgataagaagtttaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgtata 21741637  T
Q  192 tgatttactttgatga 207  Q
    ||||| | ||||||||    
T  21741638 tgattgaatttgatga 21741653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 30615926 - 30615761
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  30615926 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgataatttacttttatgattaaatgtgaaaatat-tatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 30615829  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 180  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  30615828 ttgttataattgatgattattaatgatggtgacttgctgcatatgtttaaacgatgatgtcttgctgt 30615761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 24212526 - 24212382
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24212526 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 24212428  T
Q  126 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 171  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||    
T  24212427 tgattaatattgatggtgacttgctgcatatgtctaaatgatgttg 24212382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 31455862 - 31455686
Alignment:
Q  15 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 114  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   |||||||||||||||||||     
T  31455862 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaacgttgatatgaagttgtaatc 31455764  T
Q  115 gttatatatgaa---gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 189  Q
    |||||| ||||    |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  31455763 gttataaatgatattgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 31455686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 31455249 - 31455073
Alignment:
Q  15 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 114  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   |||||||| ||||||||||     
T  31455249 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaacgttgatattaagttgtaatc 31455151  T
Q  115 gttatatatgaa---gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 189  Q
    |||||| ||||    |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  31455150 gttataaatgatattgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaa 31455073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 26 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 35852781 - 35852637
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  35852781 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatacga 35852683  T
Q  126 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 171  Q
     |||||||| |||||||  |||| || |||||| |||||| |||||    
T  35852682 tgattattattgatggtggcttgctgcatatgtctaaatggtgttg 35852637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 36460341 - 36460178
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  36460341 cagagaggatgaacaagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 36460243  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 177  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||| || ||||  || |||| |||||||||||    
T  36460242 ttgttatatatgatgattattattaatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgtcttgc 36460178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 95 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 17875304 - 17875219
Alignment:
Q  95 gttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| || |||||||||    
T  17875304 gttgatatgaagttctaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatattatcttgctgt 17875219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 133
Target Start/End: Original strand, 5889270 - 5889357
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  5889270 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgctgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 5889357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 13844744 - 13844552
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  13844744 cagagaggatgattaagatgatttaatattattgatttacgttgatgattaaatgtgaaaatatctatataatgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 13844645  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgat 205  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  13844644 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttactgttgtgatgaatatgatttactttgat 13844552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 46643038 - 46642844
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| || |||||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46643038 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgtttaaagttgatgattaa-tgcgaaaagatttatatattgtgaaagttgttaatatgaagttgtaa 46642940  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  46642939 ttgttacatatgaagaatattattggtggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgccttgctgttgtgatgaatatgatttaatttgatgat 46642844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 15099464 - 15099349
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 191  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15099464 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacataaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaaagatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 15099365  T
Q  192 tgatttactttgatga 207  Q
    ||||| ||||||||||    
T  15099364 tgattgactttgatga 15099349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 33186273 - 33186097
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  33186273 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattatgaaagacgttgatatgaagttgtaa 33186175  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||    
T  33186174 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatttgtttaaatgatgatgtcttgttgttgtgatgaat 33186097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 92 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 15190431 - 15190360
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaa 163  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15190431 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaa 15190360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 15880845 - 15880717
Alignment:
Q  37 aatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaat 136  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  15880845 aatattgatgatttactttgattattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattattatt 15880746  T
Q  137 gatggttacttgttgtatatgtttaaatg 165  Q
    |||||| ||||| |  |||||| ||||||    
T  15880745 gatggtgacttgctacatatgtctaaatg 15880717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 180
Target Start/End: Original strand, 35812171 - 35812336
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    ||||||| || | |||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||    
T  35812171 cagagagtataaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtggaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaa 35812268  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 180  Q
    | |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  |  |||||||||||||||||||    
T  35812269 tggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatctaatgatgttgtcttgctgt 35812336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 9923446 - 9923299
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 134  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||     
T  9923446 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattg 9923348  T
Q  135 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  9923347 ttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 9923299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 121
Target Start/End: Original strand, 11479413 - 11479498
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  11479413 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 11479498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 46642860 - 46642773
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  46642860 tgatttaatttgatgattaa-tgtgagaagatttataaactgtgaaagacgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattatt 46642773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 208
Target Start/End: Original strand, 15868765 - 15868811
Alignment:
Q  162 aatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
    ||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  15868765 aatgatgttgttttgttgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 15868811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 19609572 - 19609474
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | |||||||  ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  19609572 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgttacatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 19609474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 113
Target Start/End: Original strand, 52873252 - 52873319
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52873252 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 52873319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 208
Target Start/End: Original strand, 28194365 - 28194560
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  28194365 cagagaagatgattaggatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaaaatctatataatgtgaaagttgttgatatgtagttgcaa 28194464  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  28194465 atgttatatatgaagattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 28194560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 43697578 - 43697383
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  43697578 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaagatctatatagtgtgaaagttgttgatatggagttgcaa 43697479  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
     ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  43697478 atgttatatatgaagattattattgttggttacttgctgtatatgtttatatgatgctgtcttgctgttgtgataaatatgatttactttgatgat 43697383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 49261455 - 49261340
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  49261455 gttgttgatatgaagttgtaattgttatacatgaagattattattgatggttacttgttatatatgtttaaatgatactgtcttgctgtcgtgatgaata 49261356  T
Q  192 tgatttactttgatga 207  Q
    ||||||||||||||||    
T  49261355 tgatttactttgatga 49261340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 20636964 - 20636849
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 191  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20636964 gttgttgacatgaagttgtaattgttatacatgaatattattattgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 20636865  T
Q  192 tgatttactttgatga 207  Q
    |||||| |||||||||    
T  20636864 tgattttctttgatga 20636849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Original strand, 35981693 - 35981808
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 191  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35981693 gttgttgatatgaagttgaaattgttgcacatgaagattactaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 35981792  T
Q  192 tgatttactttgatga 207  Q
    ||||| ||||||||||    
T  35981793 tgattgactttgatga 35981808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 35 - 190
Target Start/End: Original strand, 51274290 - 51274445
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 134  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  51274290 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattatta 51274389  T
Q  135 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
     ||||||| ||||| || ||||||||||||| | |||| ||| ||| || ||||||    
T  51274390 ttgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgtttttgttttgttgttgtgatgaat 51274445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 148
Target Start/End: Original strand, 12328538 - 12328670
Alignment:
Q  15 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 114  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  12328538 gagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatttgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagatgtaatt 12328636  T
Q  115 gttatatatgaagattattaatgatggttacttg 148  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  12328637 gttatatatgatgattattattgatggtgacttg 12328670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 26 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 8885555 - 8885452
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  8885555 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgtaatatatga 8885457  T
Q  126 agatt 130  Q
     ||||    
T  8885456 tgatt 8885452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 54 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 51326974 - 51326894
Alignment:
Q  54 ttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 134  Q
    |||||||||||||||||| | || ||||   | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  51326974 ttgatgattaaatgtgaacatatttatatattatgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgttgattatta 51326894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 133
Target Start/End: Original strand, 28194544 - 28194631
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  28194544 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 28194631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 43543136 - 43543069
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43543136 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 43543069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 113
Target Start/End: Original strand, 46382649 - 46382717
Alignment:
Q  42 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46382649 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatt--gtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 46382717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 15439457 - 15439318
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15439457 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 15439358  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgt 152  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15439357 ttgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgt 15439318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Original strand, 9389702 - 9389817
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 191  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9389702 gttgttgatatgaagttgaaattgatatacatgaagattattaatgatggttacttgctgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 9389801  T
Q  192 tgatttactttgatga 207  Q
    ||||| ||||||||||    
T  9389802 tgattgactttgatga 9389817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 30820937 - 30821113
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   ||||||||||||||||||    
T  30820937 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaatacgttgatatgaagttgtaa 30821035  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  30821036 ttgttatatatgatgattattattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgatgaat 30821113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 90 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 17232749 - 17232631
Alignment:
Q  90 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 189  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||    
T  17232749 aagttgttgatatggagttgcaaatgttacatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgatgtcatgctgttgtgatgaa 17232650  T
Q  190 tatgatttactttgatgat 208  Q
    |||||||||||||||||||    
T  17232649 tatgatttactttgatgat 17232631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 190
Target Start/End: Original strand, 36685934 - 36686107
Alignment:
Q  16 agaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattg 115  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  36685934 agaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgctgatatgaagttttaattg 36686032  T
Q  116 ttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  36686033 ttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 36686107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 133
Target Start/End: Original strand, 37727607 - 37727727
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37727607 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgctttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgtagatatgaagttgtaa 37727706  T
Q  113 ttgttatatatgaagattatt 133  Q
    | ||| ||| ||| |||||||    
T  37727707 tggttgtatttgatgattatt 37727727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 46 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 38480376 - 38480232
Alignment:
Q  46 gatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttac 145  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  38480376 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 38480277  T
Q  146 ttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||| || |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  38480276 ttgctgcatatatttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 38480232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 11092908 - 11092751
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  11092908 cagagagtgtgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaaattgtaa 11092810  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 171  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  11092809 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgttgcatacgtttaaatggtgttg 11092751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 11085170 - 11085013
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  11085170 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaactatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 11085072  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 171  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||| | ||||||| |||||    
T  11085071 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatacgattaaatggtgttg 11085013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 26 - 171
Target Start/End: Original strand, 9320423 - 9320567
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9320423 taagatgatt-aatattgatgatttattttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatga 9320521  T
Q  126 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttg 171  Q
     |||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||    
T  9320522 tgattattattgatggtgacttgttgcatatgtctaaatggtgttg 9320567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 90 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 8468548 - 8468437
Alignment:
Q  90 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 189  Q
    |||||||||||||| ||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| || |||||    
T  8468548 aagttgttgatatggagttgcagatgttacatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatga-------ttgctgttgtgatgaa 8468456  T
Q  190 tatgatttactttgatgat 208  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8468455 tatgatttactttgatgat 8468437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 14 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 15213869 - 15213707
Alignment:
Q  14 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||   |||||||||| |||||||    
T  15213869 agagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacattgatatgaaattgtaat 15213771  T
Q  114 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 177  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||    
T  15213770 tgttatatatgatgattattattgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgccttgc 15213707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 85 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 12371526 - 12371428
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||||||||    
T  12371526 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgttgccttgctgtcgt 12371428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 113
Target Start/End: Original strand, 45847732 - 45847802
Alignment:
Q  42 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45847732 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 45847802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 8468453 - 8468320
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 144  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  ||||| | |    
T  8468453 tgatttactttgatgattaa-tgtgataatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgttga 8468355  T
Q  145 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctg 179  Q
    |||| |||| ||  || |||| ||||| |||||||    
T  8468354 cttgctgtaaattatttaatggtgttgccttgctg 8468320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 183
Target Start/End: Original strand, 13148276 - 13148374
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  13148276 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattagatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 13148374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 11066716 - 11066680
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  11066716 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatagttatat 11066680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 113
Target Start/End: Original strand, 14270139 - 14270206
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14270139 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 14270206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 8e-51; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 31224635 - 31224811
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  31224635 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgttttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 31224733  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  31224734 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 31224811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 12269773 - 12269580
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||  ||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||     
T  12269773 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgtttaaagttgatgattaa-tga-aaaagatttatatattgtgaaagttgttgatatgaagttgtat 12269676  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
    || ||| ||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||  ||||||||    
T  12269675 tttttacatatgaagaatattatcggtggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgccttgctgttgtcatgaatatgatttaagttgatgat 12269580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 15447681 - 15447854
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  15447681 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatattcatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 15447779  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    |||||||||||   |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15447780 ttgttatatat---gattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 15447854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 95 - 208
Target Start/End: Original strand, 18439845 - 18439958
Alignment:
Q  95 gttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatga 194  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  18439845 gttgatatgtagttgcaaatgttatatatgaagattattattgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaatatga 18439944  T
Q  195 tttactttgatgat 208  Q
    ||||||||||||||    
T  18439945 tttactttgatgat 18439958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 133
Target Start/End: Original strand, 1988912 - 1989032
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1988912 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgattcacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 1989011  T
Q  113 ttgttatatatgaagattatt 133  Q
    | ||| ||| ||| |||||||    
T  1989012 tggttgtatttgatgattatt 1989032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Original strand, 1465416 - 1465531
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 191  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  1465416 gttgttgatatgaagttgaaattgttatacatgaagattattaatgatggttacttgctctatatgtttaaatgatgttgtcttgctgccgtgatgaata 1465515  T
Q  192 tgatttactttgatga 207  Q
    ||||| ||||||||||    
T  1465516 tgattgactttgatga 1465531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 31415543 - 31415399
Alignment:
Q  46 gatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttac 145  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  31415543 gatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgac 31415444  T
Q  146 ttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  31415443 ttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 31415399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 196
Target Start/End: Original strand, 49389636 - 49389740
Alignment:
Q  92 gttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaata 191  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  49389636 gttgttggtatgaagttgaaattgttatacatgaagatcattattaatgggtacttattgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtgatgaata 49389735  T
Q  192 tgatt 196  Q
    |||||    
T  49389736 tgatt 49389740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 11913092 - 11912929
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  11913092 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 11912994  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 177  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||    
T  11912993 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgc 11912929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 6808287 - 6808175
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 134  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  6808287 ttaatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatataatgattatta 6808188  T
Q  135 atgatggttactt 147  Q
     ||||||| ||||    
T  6808187 ttgatggtgactt 6808175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 147 - 204
Target Start/End: Original strand, 20630147 - 20630204
Alignment:
Q  147 tgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttga 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20630147 tgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtaatgaatatgatttactttga 20630204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 133
Target Start/End: Original strand, 49389740 - 49389852
Alignment:
Q  22 tgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatct--atactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttat 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| || |  |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49389740 tgactaagatgaattaatattgttgtttaaagttgatgattaaatgtgaaaatatttagatatattgtg-aagttgttgatatgaagttgtaattgttat 49389838  T
Q  120 atatgaagattatt 133  Q
    || ||| |||||||    
T  49389839 atttgatgattatt 49389852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 45 - 133
Target Start/End: Original strand, 49969964 - 49970052
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  49969964 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatatttgatgattatt 49970052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 162 - 208
Target Start/End: Original strand, 49969934 - 49969980
Alignment:
Q  162 aatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  49969934 aatgatgttgtcttcctgttgtgatgaatatgatttactttgatgat 49969980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 133
Target Start/End: Original strand, 18439942 - 18440029
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||   |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  18439942 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatctatatattgtgaaagatgatgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 18440029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 40807244 - 40807146
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  40807244 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 40807146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 40812086 - 40812050
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  40812086 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 40812050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0071 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0071
Description:

Target: scaffold0071; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 14511 - 14335
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14511 cagagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatattcatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 14413  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  14412 ttgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 14335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 8e-48; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 29 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 39834029 - 39833889
Alignment:
Q  29 gatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttg-taattgttatatatgaag 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  39834029 gatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatataacgtgaatgttgttgatatgaagttgcaaatggttatatatgaag 39833930  T
Q  128 attattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatg 168  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  39833929 attattattgatggttactcgctgtatatgtttaaatgatg 39833889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 21579887 - 21580063
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21579887 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 21579985  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  21579986 ttgttatatatgataattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 21580063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 190
Target Start/End: Original strand, 29763549 - 29763724
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  29763549 cagagaggatgaataagatgatt-aatattaatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaa 29763647  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||||| | ||| || |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  29763648 ttgttatatatgatgattattatcgatggtga-ttgctgcatatgtttaaatgatgatgtcttgctgttgtgatgaat 29763724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 190
Target Start/End: Original strand, 41680834 - 41680979
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggtta 144  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  41680834 tgatttatattgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatattgatatcaaattgtaattgttatatatgatgattattattgatggtga 41680933  T
Q  145 cttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    |||| || ||||||||||||| || ||||||| ||| || ||||||    
T  41680934 cttgctgcatatgtttaaatggtgatgtcttgttgttgtgatgaat 41680979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 140
Target Start/End: Original strand, 42560208 - 42560334
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||   ||||||||||| ||||||    
T  42560208 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaatacgttgatatgaaattgtaa 42560306  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatg 140  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  42560307 ttgttatatatgatgattattattgatg 42560334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 54 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 32807396 - 32807279
Alignment:
Q  54 ttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgta 153  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |    
T  32807396 ttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgca 32807297  T
Q  154 tatgtttaaatgatgttg 171  Q
    ||||| |||||| |||||    
T  32807296 tatgtctaaatggtgttg 32807279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 13 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 18760706 - 18760587
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  18760706 cagagagtatgaataagatgatt-aatattgtgggtttaagtagatgattaaatgtgaaaagatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttataa 18760608  T
Q  113 ttgttatatatgaagattatt 133  Q
    | ||||||| ||| |||||||    
T  18760607 tggttatatttgatgattatt 18760587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 179
Target Start/End: Original strand, 38550083 - 38550219
Alignment:
Q  42 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatgg 141  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||  |||||     
T  38550083 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtattagatgattattgttgatgt 38550181  T
Q  142 ttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctg 179  Q
    | ||||| |||| ||  ||  ||| |||||||||||||    
T  38550182 tgacttgctgtaaattatttgatggtgttgtcttgctg 38550219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 3273310 - 3273212
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||| || | |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||   |||||||  ||||| |||||||||||||    
T  3273310 cagagagtatgaataagatgatt-aatgttatggatttaagttgatgattaaatgtg-aaagatttatatattgtgaaaaatgttggtatgaagttgtaa 3273213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 113
Target Start/End: Original strand, 27472388 - 27472458
Alignment:
Q  42 tgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27472388 tgttgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 27472458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 127 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 22965807 - 22965754
Alignment:
Q  127 gattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 180  Q
    |||||||| ||||||| | ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22965807 gattattattgatggtgatttgatgcatatgtttaaatggtgttgtcttgctgt 22965754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 19140013 - 19139977
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19140013 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 19139977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Original strand, 39936814 - 39936850
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  39936814 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 39936850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 8e-48; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 178
Target Start/End: Original strand, 24865452 - 24865615
Alignment:
Q  14 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24865452 agagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaat 24865550  T
Q  114 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgct 178  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  24865551 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgct 24865615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 22501147 - 22500996
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22501147 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataaga 22501049  T
Q  126 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgct 178  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  22501048 tgattaatattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgctgtcttgct 22500996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 22509081 - 22508930
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22509081 taagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatataatgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataaga 22508983  T
Q  126 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgct 178  Q
     ||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  22508982 tgattaatattgatggtaacttgctgcatatgtttaaatgatgctgtcttgct 22508930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 14 - 190
Target Start/End: Original strand, 7672240 - 7672409
Alignment:
Q  14 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||||      |    
T  7672240 agagaggatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaag------t 7672332  T
Q  114 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  7672333 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatacgtttaaatgatgctgtcttgctgttgtgatgaat 7672409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 6576543 - 6576426
Alignment:
Q  15 gagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatt 114  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  6576543 gagagtatgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaaagtgaaaaaatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatg 6576445  T
Q  115 gttatatatgaagattatt 133  Q
    ||||||| ||| |||||||    
T  6576444 gttatatttgatgattatt 6576426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 13 - 130
Target Start/End: Original strand, 2524410 - 2524526
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  2524410 cagagagtatgaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatcaaattgtaa 2524508  T
Q  113 ttgttatatatgaagatt 130  Q
    |||||| |||||| ||||    
T  2524509 ttgttacatatgatgatt 2524526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 85 - 183
Target Start/End: Original strand, 24781644 - 24781742
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || ||||||| || |||| ||||||    
T  24781644 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatgatgctgccttgatgtcgt 24781742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 22501184 - 22501128
Alignment:
Q  84 atgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatg 140  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||    
T  22501184 atgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattaatattgatg 22501128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 22509118 - 22509062
Alignment:
Q  84 atgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatg 140  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||    
T  22509118 atgtgaaagacgttgatatgaagttgtaattgttatataagatgattaatattgatg 22509062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 24436328 - 24436258
Alignment:
Q  47 atttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgtta 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  24436328 atttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaaattgtaatggtta 24436258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 24883701 - 24883665
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  24883701 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 24883665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1137 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold1137
Description:

Target: scaffold1137; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 94 - 207
Target Start/End: Original strand, 2299 - 2412
Alignment:
Q  94 tgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatg 193  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2299 tgttgatatgaagttgaaattgttgtacatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgctgtcttgctgtcgtgatgaatatg 2398  T
Q  194 atttactttgatga 207  Q
    ||| ||||||||||    
T  2399 attgactttgatga 2412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1351 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold1351
Description:

Target: scaffold1351; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 1736 - 1561
Alignment:
Q  14 agagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaat 113  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  1736 agagaggattaataagatgatt-aatattgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaagttgtaat 1638  T
Q  114 tgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  1637 tgttatataagatgattattattgatggtgacttgatgcatatgtttaaatgatgttgtcttgttgttgtgatgaat 1561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 87; Significance: 7e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 90 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 85376 - 85258
Alignment:
Q  90 aagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaa 189  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  85376 aagttgttgatatggagttgcaaatgttatatatgaagattattattgatggttacttgatgtatatgtttaaatgaagttgtcttgctgttgtgatgaa 85277  T
Q  190 tatgatttactttgatgat 208  Q
    |||||||||||||||||||    
T  85276 tatgatttactttgatgat 85258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 85274 - 85187
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  85274 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatagttgtatttgatgattatt 85187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0737 (Bit Score: 82; Significance: 7e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0737
Description:

Target: scaffold0737; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 178
Target Start/End: Original strand, 6359 - 6523
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  6359 cagagaggatgaataagatgatt-aataataatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 6457  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgct 178  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  6458 ttgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatgtttaaatggtgttgtcttgct 6523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 71; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 26 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 11053 - 10900
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatga 125  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  11053 taagatgatt-aatgttgatgatttactatgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaatttttaattgttatatatga 10955  T
Q  126 agattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 180  Q
     |||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10954 tgattattattgattgtgacttgctgcatatgtttaaatgatgttgtcttgctgt 10900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810 (Bit Score: 65; Significance: 9e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0810
Description:

Target: scaffold0810; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 13 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 3136 - 3068
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctata 81  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3136 cagagaggatgattaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctata 3068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 3032 - 2984
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||    
T  3032 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttgtatttgatgattatt 2984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0815 (Bit Score: 61; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0815
Description:

Target: scaffold0815; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 58 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 611 - 479
Alignment:
Q  58 tgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatg 157  Q
    |||||||||| ||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||    
T  611 tgattaaatgagaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattataattgttatatatgatgattattattgatggtgacttgctgcatatg 512  T
Q  158 tttaaatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaat 190  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  511 ttaaaatgatgttgtcttgctgttgtgatgaat 479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599 (Bit Score: 61; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0599
Description:

Target: scaffold0599; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 4786 - 4623
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  4786 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 4688  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 177  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||    
T  4687 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgc 4623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 13 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 368 - 205
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaa 112  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  368 cagagaggatgaataagatgatt-aataatgatgatttactttgatgattatatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatgaaattgtaa 270  T
Q  113 ttgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgc 177  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||||    
T  269 ttgttatatatgattattattattgatgttgacttgatgcatattatttaatggtgttgccttgc 205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0080 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0080
Description:

Target: scaffold0080; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 183
Target Start/End: Original strand, 59295 - 59455
Alignment:
Q  21 atgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttata 120  Q
    |||| |||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  59295 atgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaattgttata 59392  T
Q  121 tatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
    |  || |||||||  ||||| | ||||| || |||| ||| |||| ||||| |||||||||||    
T  59393 ttggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattttttaatggtgttgccttgctgtcgt 59455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0371 (Bit Score: 44; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0371
Description:

Target: scaffold0371; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 13 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 3234 - 3066
Alignment:
Q  13 cagagaggatgactaagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactat-gtgaaagttgttgatatgaagttgta 111  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  3234 cagagagtatgaataagatgatt-aatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttata-tatcgtgaaaaatgttgatatgaagttgta 3138  T
Q  112 attgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
    || |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| ||||| |||| ||||||    
T  3137 atggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatgttgttgccttgttgtcgt 3066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 44; Significance: 3e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 121
Target Start/End: Original strand, 15421 - 15515
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  15421 taagatgatt-aatgttgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaatgttgatatgaagttgcgattgttatat 15515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 121
Target Start/End: Original strand, 24479 - 24573
Alignment:
Q  26 taagatgatttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24479 taagatgatt-aatgttgttgatttaagttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaaaatgttgatatgaagttgcgattgttatat 24573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0802 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0802
Description:

Target: scaffold0802; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 183
Target Start/End: Original strand, 5459 - 5606
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatta 134  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||  || |||||||     
T  5459 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gatttatatattgtgaaaggtgttgatatgaagttgtaatgtttatattggatgattattg 5557  T
Q  135 atgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
     ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  5558 ttgatgttaacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 5606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0335 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0335
Description:

Target: scaffold0335; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 954 - 869
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  |||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  954 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa-gattaatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0434 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0434
Description:

Target: scaffold0434; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 45 - 133
Target Start/End: Original strand, 6771 - 6859
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattatt 133  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||  |||||| ||| |||||||    
T  6771 tgatttactttgatgattaaatgtgaaaatatttatatattgtgaaagacgttgatatggagttgtaatgattatatttgatgattatt 6859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 77038 - 76954
Alignment:
Q  35 ttaatattgttgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||  || ||||   |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  77038 ttaatgttgtggatttaagttgatgattaaatgtgaaa--atttatatattgtgaaagatgtggatatgaagttgtaatggttatat 76954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 162 - 208
Target Start/End: Original strand, 8350 - 8396
Alignment:
Q  162 aatgatgttgtcttgctgtcgtaatgaatatgatttactttgatgat 208  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8350 aatgatgctgtcttgttgtcgtgatgaatatgatttactttgatgat 8396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0100 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0100
Description:

Target: scaffold0100; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 121
Target Start/End: Original strand, 36143 - 36218
Alignment:
Q  45 tgatttacgttgatgattaaatgtgaaaagatctatactatgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  36143 tgatttactttgatgattaa-tgtgagaatatttatatattgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 36218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 183
Target Start/End: Original strand, 10030 - 10128
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatatatgaagattattaatgatggttacttgttgtatatgtttaaatgatgttgtcttgctgtcgt 183  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||  ||||| | ||||| || ||||  || |||| || || |||||||||||    
T  10030 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatattggatgattattgttgatgttgacttgctgcatattatttaatggtgctgccttgctgtcgt 10128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0384 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0384
Description:

Target: scaffold0384; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Original strand, 8190 - 8226
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  8190 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 8226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0375 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0375
Description:

Target: scaffold0375; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 121
Target Start/End: Original strand, 9106 - 9142
Alignment:
Q  85 tgtgaaagttgttgatatgaagttgtaattgttatat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  9106 tgtgaaagatgttgatatgaagttgtaatggttatat 9142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University