View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1715_low_44 (Length: 454)

Name: NF1715_low_44
Description: NF1715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1715_low_44
NF1715_low_44
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (7-436)||(2891060-2891491)
chr8 (7-436)||(3143771-3144203)
chr8 (65-436)||(2794738-2795104)
chr8 (82-436)||(2876612-2876960)
chr8 (302-436)||(3158619-3158753)
chr8 (283-432)||(3495170-3495319)
chr8 (283-432)||(14388764-14388913)
chr8 (202-436)||(3500317-3500549)
chr8 (367-436)||(2882662-2882731)
chr8 (97-251)||(8627613-8627758)
chr8 (277-437)||(1790850-1791010)
chr8 (97-168)||(3495433-3495504)
chr8 (97-168)||(14389007-14389078)
chr8 (367-402)||(3151752-3151787)
chr8 (99-161)||(3500544-3500606)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (303-379)||(18847756-18847832)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 7 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 2891491 - 2891060
Alignment:
Q  7 atcatcattcatcattgattgattgctaatatattatgaaatgatggctcnnnnnnnnaatggatttagtg--tcgtttctgatgtgttgtctcctcatt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||        |||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  2891491 atcatcattcatcattgattgattgctaatatattatgatatgatggctctcttttttaatggatttagtgcatcggttctgatgtgttatctcctcatt 2891392  T
Q  105 ttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtacttttgaacaagggctatagtgatggtgatgatgatgaactggatctgttt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2891391 ttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtatttttgaacaagggatataatgatggtgatgatgatgaagcggatctgttt 2891292  T
Q  205 gaatttaaaacagacgagggtaattttaattttcccattgtttcaccttctcaccataatttgtttttacatcaactaaagtgagtgtttgttgtattga 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||||||    
T  2891291 gaatttaaaacagacgagggtaattttaattttcccaatgtttcaccctctcaccatcatttgtttttaaatcaaataaagtgaatgctttttgtattga 2891192  T
Q  305 acagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattccgccacaatatgcttttggttcat 404  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  2891191 gcagagcaagtgattgatgggcttgataaagctgtactgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattacgcctgaatatgcttttggttcat 2891092  T
Q  405 cagagtctcggctggaattggcagtggttcct 436  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2891091 cagagtctcagcaggaattggcagtggttcct 2891060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 7 - 436
Target Start/End: Original strand, 3143771 - 3144203
Alignment:
Q  7 atcatcattcatcattgattgattgctaatatattatgaaatgatggctcnnnnnnnn-aatggatttagtg--tcgtttctgatgtgttgtctcctcat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||         |||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||    
T  3143771 atcatcattcatcattgattgattgctaatatattatgatatgatggctctttttttttaatggatttagtgcatcggttctgatgtgttatctcctcat 3143870  T
Q  104 tttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtacttttgaacaagggctatagtgatggtgatgatgatgaactggatctgtt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  3143871 tttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtatttttgaacaagggatataatgatggtgatgatgatgaagcggatctgtt 3143970  T
Q  204 tgaatttaaaacagacgagggtaattttaattttcccattgtttcaccttctcaccataatttgtttttacatcaactaaagtgagtgtttgttgtattg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||    
T  3143971 tgaatttaaaacagacgagggtaattttaattttcccaatgtttcaccctctcaccatcatttgtttttaaatcaaataaagtgaatgctttttgtattg 3144070  T
Q  304 aacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattccgccacaatatgcttttggttca 403  Q
    | |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  3144071 agcagagcaagtgattgatgggcttgataaagctgtactgaccatgaagaaaggtgaggtagctttgttgactattacgcctgaatatgcttttggttca 3144170  T
Q  404 tcagagtctcggctggaattggcagtggttcct 436  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  3144171 tcagagtctcagcaggaattggcagtggttcct 3144203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 65 - 436
Target Start/End: Original strand, 2794738 - 2795104
Alignment:
Q  65 aatggatttagtg--tcgtttctgatgtgttgtctcctcattttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtacttttgaac 162  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||     
T  2794738 aatggatttagtgcatcggttctgatgtgatatatcctcattttgcatttttgtagtgaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtattttttaag 2794837  T
Q  163 aagggctatagtgatggtgatgatgatgaactggatctgtttgaatttaaaacagacgagggtaattttaattttcccattgtttcaccttctcaccata 262  Q
    ||||||||||||||||||||||| |      |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  2794838 aagggctatagtgatggtgatgaag------tggagctgtttgaatttaaaacagatgagggtaattttaatttttccat-gtttcaccctctcaccata 2794930  T
Q  263 atttgtttttacatcaactaaagtgagtgtttgttgtattgaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgagg 362  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2794931 atttgtttttatatcaactaaagtgaatgctttttgtattgagcagagcaagtgattgatgggcttgataaagctgtactgaccatgaagaagggtgagg 2795030  T
Q  363 tagctttgttgactattccgccacaatatgcttttggttcatcagagtctcggctggaattggcagtggttcct 436  Q
    ||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2795031 tagctttgttgactattacacctgaatatgcttttggttcatcagagtctcagcaggaattggcagtggttcct 2795104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 82 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 2876960 - 2876612
Alignment:
Q  82 ttctgatgtgttgtctcctcattttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtacttttgaacaagggctatagtgatggtg 181  Q
    |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||    
T  2876960 ttctgatgtgatatatcctcattttgcatttttgtagtgaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtattttttaagaagggatatagtgatggtg 2876861  T
Q  182 atgatgatgaactggatctgtttgaatttaaaacagacgagggtaattttaattttcccattgtttcaccttctcaccataatttgtttttacatcaact 281  Q
    |||| |      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2876860 atgaag------tggagctgtttgaatttaaaacagacgagggtaattttaattttccccatgtttcaccctctcaccataatttgtttttatatcaact 2876767  T
Q  282 aaagtgagtgtttgttgtattgaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattcc 381  Q
    ||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  2876766 aaagtgaatgctttttgtattgagcagagcaagtgattgatgggcttgatagagctgtactgaccatgaagaaggatgaggtagctttgttgactattgc 2876667  T
Q  382 gccacaatatgcttttggttcatcagagtctcggctggaattggcagtggttcct 436  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2876666 gcctgaatatgcttttggttcatcagagtctcagcaggaattggcagtggttcct 2876612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 302 - 436
Target Start/End: Original strand, 3158619 - 3158753
Alignment:
Q  302 tgaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattccgccacaatatgcttttggtt 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3158619 tgaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattgcgccacaatatgcttttggtt 3158718  T
Q  402 catcagagtctcggctggaattggcagtggttcct 436  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3158719 catcagagtctcggcaggaattggcagtggttcct 3158753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 283 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 3495319 - 3495170
Alignment:
Q  283 aagtgagtgtttgttgtattgaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattccg 382  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  3495319 aagtgaatgtttgttgtattgagcagagcaagtgattgatgggctcgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattgca 3495220  T
Q  383 ccacaatatgcttttggttcatcagagtctcggctggaattggcagtggt 432  Q
    ||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  3495219 cccgagtatgcttttggttcatccgagtctcggcaggaattggcagtggt 3495170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 283 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14388913 - 14388764
Alignment:
Q  283 aagtgagtgtttgttgtattgaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattccg 382  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  14388913 aagtgaatgtttgttgtattgagcagagcaagtgattgatgggctcgataaagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattgca 14388814  T
Q  383 ccacaatatgcttttggttcatcagagtctcggctggaattggcagtggt 432  Q
    ||  | ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  14388813 cccgagtatgcttttggttcatctgagtctcagcaggaattggcagtggt 14388764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 202 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 3500549 - 3500317
Alignment:
Q  202 tttgaatttaaaacagacgagggtaattttaattttcccattgtttcaccttctcaccat-aatttgtttttacatcaactaaagtgagtgtttgttgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||  ||| ||||| || |||||||||||  | |||||||||| | |||||||||||    
T  3500549 tttgaatttaaaacagacgagggtaatttgaattttccaat-gtttggcct-ctcacaattaatttgtttttgtaccaactaaagt-attgtttgttgta 3500453  T
Q  301 ttgaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattccgccacaatatgcttttggt 400  Q
    |||| ||||  || | ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    | |||||||||||||    
T  3500452 ttgagcagataaaataattgaagggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcgttgttgactattccatatcgatatgcttttggt 3500353  T
Q  401 tcatcagagtctcggctggaattggcagtggttcct 436  Q
    |||| |||  ||| || |||| ||||||||||||||    
T  3500352 tcattagacactccgcaggaaatggcagtggttcct 3500317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 367 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 2882731 - 2882662
Alignment:
Q  367 tttgttgactattccgccacaatatgcttttggttcatcagagtctcggctggaattggcagtggttcct 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2882731 tttgttgactattccgccacaatatgcttttggttcatcagagtctcggcaggaattggcagtggttcct 2882662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 97 - 251
Target Start/End: Original strand, 8627613 - 8627758
Alignment:
Q  97 tcctcattttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtacttttgaacaagggctatagtgatggtgatgatgatgaactgg 196  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| | |||||||||  || |       |    
T  8627613 tcctcattttgcattttcgtagtgaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtattttttaagaagggctacaatgatggtga--atca-------g 8627703  T
Q  197 atctgtttgaatttaaaacagacgagggtaattttaattttcccattgtttcacc 251  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||    
T  8627704 agctgtttgaatttaaaacagacgacggtaatttgaatttttccaatgtttcacc 8627758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 277 - 437
Target Start/End: Original strand, 1790850 - 1791010
Alignment:
Q  277 caactaaagtgagtgtttgttgtattgaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgact 376  Q
    |||| ||||||| ||| |||||| |||| ||| |||||||| |   | |||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  1790850 caacgaaagtgaatgtctgttgtgttgagcagcgcaagtgactagagggcttgatagagctgtaatgagtatgaagaagggtgaggtagcatcgttgact 1790949  T
Q  377 attccgccacaatatgcttttggttcatcagagtctcggctggaattggcagtggttcctg 437  Q
    ||| | ||  | |||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  1790950 attgcacctaagtatggttttggttcatccgagtctcgacaggaattggcagtggttcctg 1791010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 97 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 3495504 - 3495433
Alignment:
Q  97 tcctcattttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtacttttgaacaagggc 168  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  3495504 tcctcattttgcatctttgcagtgaaactaattggtaagttgcaagatggcactgtctttttgaagaagggc 3495433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 14389078 - 14389007
Alignment:
Q  97 tcctcattttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtacttttgaacaagggc 168  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  14389078 tcctcattttgcatctttgaagtgaaacttattggtaagttgcaagatgacactgtatttttgaagaagggc 14389007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 367 - 402
Target Start/End: Original strand, 3151752 - 3151787
Alignment:
Q  367 tttgttgactattccgccacaatatgcttttggttc 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3151752 tttgttgactattccgccacaatatgcttttggttc 3151787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 3500606 - 3500544
Alignment:
Q  99 ctcattttgcatttttgtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtacttttgaa 161  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||| || || |||||||    
T  3500606 ctcattttgcatttgtgtagtgaaactaattggtaggctgcaaggtggctctatatttttgaa 3500544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 303 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 18847832 - 18847756
Alignment:
Q  303 gaacagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactatt 379  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  18847832 gaacagaacaagtcattgatgggcttgataaagctgtattgactatgaagaagggtgaggtagcattattgattatt 18847756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University