View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1715_low_7 (Length: 631)

Name: NF1715_low_7
Description: NF1715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1715_low_7
NF1715_low_7
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (33-604)||(18661872-18662444)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (33-610)||(15081381-15081952)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 18662444 - 18661872
Alignment:
Q  33 caaaggcagttatgaagaagtgaaacttggcaactggggatagcagaaataggacagatccatgttaagatgtccgaccgtagcagtggagatcagttcc 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662444 caaaggcagttatgaagaagtgaaacttggcaactggggatagcagaaataggacagatccatgttaagatgtccgaccgtagcagtggagatcagttcc 18662345  T
Q  133 tataattttaggacagaagtgaaattttaggaatgtggagatcagttccttgcaagtctgttgacggtagctttggtaagaaaatccgttggaaaaatat 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662344 tataattttaggacagaagtgaaattttaggaatgtggagatcagttccttgcaagtctgttgacggtagctttggtaagaaaatccgttggaaaaatat 18662245  T
Q  233 ccagttataatagtaggcagctgcagcaattatcagagaatctggatggaatttgtgcactgtgtactaaaagaaagtaagtatagagataatggtatta 332  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662244 ccagttataatagcaggcagctgcagcaattatcagagaagctggatggaatttgtgcactgtgtactaaaagaaagtaagtatagagataatggtatta 18662145  T
Q  333 ttataatgtagttcagggaacacatcagcagaacaatgatggcataggtttagaggatgtacgagaaagaaaataaagatattgacttatttatcaatat 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18662144 ttataatgtagttcagggaacacatcagcagaacaatgatggcataggtttagaggatggacgagaaagaaaataaagatattgacttatttatcaatat 18662045  T
Q  433 gaaaaggagccctaaaacagaatctcagatccttgataagccagtctcaaaagataacctaagatact-aagataagaccaacatattatatgatatttt 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  18662044 gaaaaggagccctaaaacagaatctcagatccttgataaaccaatctcaaaagataacctaagatactaaagataagaccaagatattataaaatatttt 18661945  T
Q  532 tcatattattatatctaatagagcagaagctaagttaaattcattttagaacaaatgtcaagtattacactct 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18661944 tcatattattatatctaatagagcagaagctaagttaaattcattttagaacaaatgccaagtattacactct 18661872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 610
Target Start/End: Original strand, 15081381 - 15081952
Alignment:
Q  33 caaaggcagttatgaagaagtgaaacttggcaactggggatagcagaaataggacagatccatgttaagatgtccgaccgtagcagtggagatcagttcc 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  15081381 caaaggcagttatgaagaagtgaaacttggcaactggggatagcagaaataggacagatccatgttaagatgtccgact----cagtggagatcagttcc 15081476  T
Q  133 tataattttaggacagaagtgaaattttaggaatgtggagatcagttccttgcaagtctgttgacggtagctttggtaagaaaatccgttggaaaaatat 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15081477 tataattttaggacagaagtgaaattttaggaatgtggagatcagttccttgcaagtctgttgacggtagctttggtaagaaagtccgttggaaaaatat 15081576  T
Q  233 ccagttataatagtaggcagctgcagcaattatcagagaatctggatggaatttgtgcactgtgtactaaaagaaagtaagtatagagataatggtatta 332  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15081577 ccagttataatagcaagcagcagcagcaattatcagagaagctggatggaatttgtgcactgtgtactaaaagaaagtaagtatagagataatggtatta 15081676  T
Q  333 ttataatgtagttcagggaacacatcagcagaacaatgatggcataggtttagaggatgtacgagaaagaaaataaagatattgacttatttatcaatat 432  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15081677 ttataat--agttcagggaacacatcagcagaacaatgatggcataggtttagaggatggacaagaaagaaaatacagatattgacttatttatcaatat 15081774  T
Q  433 gaaaaggagccctaaaacagaatctcagatccttgataagccagtctcaaaagataacctaagatactaagataagaccaacatattatatgatattttt 532  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  15081775 gaaaaggagtcctaaaacagaatctcagatccttgataaaccaatctcaaaagataacctaagatactaagataagaccaagatattataagatattttt 15081874  T
Q  533 catattattatatctaatagagcagaagctaagttaaattcattttagaacaaatgtcaagtattacactctgaatcc 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15081875 catattattatatctaatagagcagaagctaagttaaattcattttagaacaaatgtcaagtattacactctgaatcc 15081952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University