View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17168_low_1 (Length: 1046)

Name: NF17168_low_1
Description: NF17168
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17168_low_1
NF17168_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-990)||(42341785-42342756)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (450-505)||(9522495-9522550)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 899; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 899; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 990
Target Start/End: Original strand, 42341785 - 42342756
Alignment:
Q  18 aatttgggattgatatgaatggtttacgaggaagaaagaggatggttgatggtcctgttgaaagggtggtggagagaaggcagaggaggatgatcaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42341785 aatttgggattgatatgaatggtttacgaggaagaaagaggatggttgatggtcctgttgaaagggtggtggagagaaggcagaggaggatgatcaagaa 42341884  T
Q  118 tagagagtcagcagcaagatctagagccagaaaacaggttcctgaaattttaaccaatcatattatacttaaatctaaaattatgtatccacaaatgtat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42341885 tagagagtcagcagcaagatctagagccagaaaacaggttcctgaaattttaaccaatcatattatacttaa-tctaaaattatgtatccacaaatgtat 42341983  T
Q  218 gaattatttgaaattcttatgtatatatgatcaagataatacaacattatatttatatgctattgaaggtaacattagtttaagaagaattggtaatatg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42341984 gaattatttgaaattcttatgtatatatgatcaagataatacagcattatatttatatgctattgaaggtaacattagtttaagaagaattggtaatatg 42342083  T
Q  318 tcaattttttatcaactctttacatccaaattagaaatagtatgtttaatctagtttaatatttgccattatattgttaatgtgactcctttgtgacaca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342084 tcaattttttatcaactctttacatccaaattagaaatagtatgtttaatctagtttaatatttgccattatattgttaatgtgactcctttgtgacaca 42342183  T
Q  418 nnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggcctatacagttgaattagaagcagaactgaatcaattaagagaagagaattctcaactgaaacaggcactggtactg 517  Q
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342184 tttttctttgttgcttttgcaggcctatacagttgaattagaagcagaactgaatcaattaagagaagagaattctcaactgaaacaggcactggtactg 42342283  T
Q  518 ccaaacaacatgaactattataagaatatttgatagtttttctttagtgattcaattatactgacaaggatcatgcttcttttattcttcaggctgaact 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342284 ccaaacaacatgaactattataagaatatttgatagtttttctttagtgattcaattatactgacaaggatcatgcttcttttattcttcaggctgaact 42342383  T
Q  618 cgagaggagaagaagacaacaggtaaccaatgatggtctaaactataattagccatagaaaatttagagacattaaaactccttttattttgaatcaaat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342384 cgagaggagaagaagacaacaggtaaccaatgatggtctaaactataattagccatagaaaatttagagacattaaaactccttttattttgaatcaaat 42342483  T
Q  718 ggattgaaatcaaatctaaattactgtcttatgattatctcatgcagtgtttagaggaaacaaacgtgagagttcaaacgaaagctcagaaagcaaaaga 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342484 ggattgaaatcaaatctaaattactgtcttatgattatctcatgcagtgttcagaggaaacaaacgtgagagttcaaacgaaagctcagaaagcaaaaga 42342583  T
Q  818 gaaactgagaggcttaagaaggaatacaagttgtcatctgtgaagaaaacatcacatggtaaagagtgaaatccttgatgcataagtgcatcttcttgtg 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342584 gaaactgagaggcttaagaaggaatacaagttgtcatctgtgaagaaaacatcacatggtagagagtgaaatccttgatgcataagtgcatcttcttgtg 42342683  T
Q  918 tagttaaaactgagaaaagtgcacatgatgcagatcaagaaccaagaagaatatactaaagtcaaaaccagtc 990  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342684 tagttaaaactgagaaaagtgcacatgatgcagatcaagaaccaagaagaatatactaaagtcaaaaccagtc 42342756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 450 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 9522550 - 9522495
Alignment:
Q  450 ttgaattagaagcagaactgaatcaattaagagaagagaattctcaactgaaacag 505  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||||||    
T  9522550 ttgaattagaagcagaattgaatcagttaagataagataattcttgactgaaacag 9522495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University