View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17168_low_2 (Length: 934)

Name: NF17168_low_2
Description: NF17168
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17168_low_2
NF17168_low_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (304-917)||(870558-871173)
chr2 (16-281)||(870236-870501)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 304 - 917
Target Start/End: Original strand, 870558 - 871173
Alignment:
Q  304 aaatgcttactacgcatgatgaattgatgtgaagatctgaaattagggttaggttacaaagctgttgtcgagaaatgtgagtgagagagatataaatatg 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  870558 aaatgcttactacgcatgatgaattgatgtgaagatctgaaattagggttaggttacaaagctgttgttgagaaatgtgagtgagagagatataaatatg 870657  T
Q  404 taatgtaaagtttatggtttttaatttgagatctaaaatgaaattattttacggtgaaggagggtgaattgaaaaaagcccgcgttaacgttttagagat 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  870658 taatgtaaagtttatggtttttaatttgagatctaaaatgaaattattttacggtgaaggagggtgaattgaaaaaagcccgcgttaacgttttagagat 870757  T
Q  504 ttcaaatttgtttgaaattcaattcaattagttagattagattccattttacacgcgcactgcactacacttccaccggtca-ttttttatggaaaatat 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  870758 ttcaaatttgtttgaaattcaattcaattagttagattagattccattttacacgcgcactacactacacttccaccggtcatttttttatggaaaatat 870857  T
Q  603 aattattctttnnnnnnnnnnnntcacgc-tgcactttagtatttaagaaaaagtgcaagtacaaacaagcttgattgccatgcggtaattactaattac 701  Q
    |||||||||||            |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  870858 aattattcttt----acacacactcacgcatgcactttagtatttaagaaaaagtgcaagtacaaacaagcttgattgccatgcggtaattactaattac 870953  T
Q  702 acagtaaaaagtacaagtttgattgtcatgtactttttctcggttcaaacttgagacattgtaattcattgtctaagttttaaaattgtactagtagtat 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  870954 acagtaaaaagtacaagtttgattgtcatgtactttttctcggttcaaacttgagacattgtaattgattgtctaagttttaaaattgtactagtagtat 871053  T
Q  802 ttttcacttagtt----taggtagtaaggatttatttagtttgaattgcataagatttgtgtttgaattataaggttgatgttttaacatgttgatggat 897  Q
    |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  871054 ttttcacttagtttaggtaggtagtaaggatttatttagtttgaattgcataagatttgtgtttgaattataacgttgatgttataacgtgttgatggat 871153  T
Q  898 aatctttaagagcacctcta 917  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  871154 aatctttaagagcacctcta 871173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 16 - 281
Target Start/End: Original strand, 870236 - 870501
Alignment:
Q  16 aaaatcaaaacaatcactcttaaaaatgttaaatttgcatttagagtttaagtaaacatagcaaagaataaaacctagattggaaaaggtgagnnnnnnn 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  870236 aaaatcaaaacaatcactcttaaaaatgttaaatttgcatttagagtttaattaaacatagcaaagaataaaacctagattggaaaaggtgagttttttt 870335  T
Q  116 naagcaataaaaataattagatagacccaattaagatctaagcactataacacaattacaaacagaaatgaacacatatcttgaacttgggttacnnnnn 215  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||         
T  870336 taagcaataaaaataattagatagacccaattaagatctaagcactataacacaattacaaaaagaaatgaacacatatcttgaatttgggttacaaaaa 870435  T
Q  216 nnttgcatgaaaatgtaaaatttattgaattatgaatgaatccagctaagttaaagcaaaaagggt 281  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  870436 aattgcatgaaaatgtaaaatttattgaattatgaatgaatccagctaagttaaagcaaaaagggt 870501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University