View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1717-Insertion-5 (Length: 861)

Name: NF1717-Insertion-5
Description: NF1717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1717-Insertion-5
NF1717-Insertion-5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-833)||(45932373-45933198)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 775; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 775; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 833
Target Start/End: Original strand, 45932373 - 45933198
Alignment:
Q  7 agaaagatcccgtatgggaaggacagaccaggcaggcggaatgcgtgaagttgaatccgtagccatccctctggttctgactttggccattggtgctgtt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932373 agaaagatcccgtatgggaaggacagaccaggcaggcggaatgcgtgaagttgaatccgttgccatccctctggttctgactttggccattggtgctgtt 45932472  T
Q  107 ggcgtgttcttgttcaagggtttgacatctaacaaataatgggtgtctgttttgtttctcgtgatcaccatttacgagagattcctcatttctttaaaca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932473 ggcgtgttcttgttcaagggtttgacatctaacaaataatgggtgtctgttttgtttctcgtgatcaccatttacgagagattcctcatttctttaaaca 45932572  T
Q  207 actaccattctgcttaacatgtaatagtggaccaccttaggcagctgatggtatatatttgcatttatacaaagacgtaacatacaagtaataagtgttc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932573 actaccattctgcttaacatgtaatagtggaccaccttaggcagctgatggtatatatttgcatttatacaaagacgtaacatacaagtaataagtgttc 45932672  T
Q  307 gaccaaagagaaaagtaataagtgttaacgagctaataccttaatatataaaagcttttatatatttgtgcttttgtcaaaaataaaaattgtttgtatc 406  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932673 gtccaaagagaaaagtaataagtgttaacgagctaataccttaatatatataagcttttatatatttgtgcttttgtcaaaaataaaaattgtttgtatc 45932772  T
Q  407 tttgtgcttgcaaaataatccatccacatgatggaatacttacattagatatctttagggaaatgcttaacaccgtgaaaaactcgcaagaaattcatga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932773 tttgtgcttgcaaaataatccatccacatgatggaatacttacattatatatctttagggaaatgcttaacaccgtgaaaaactcgcaagaaattcatga 45932872  T
Q  507 gagcaaactaagcgctgcacaattgaaagtcaacctcaattataccccactaccccatttttcccggttagtatgagatttgattgggttgaccacaatt 606  Q
     ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932873 -aggcaactaagcgctgcacaattgaaagtcaacctcaattataccccactaccccgtttttcccggttagtatgagatttgattgggttgaccacaatt 45932971  T
Q  607 tgttgggtgttgttcgcgatatataggattaccggctagtatgagatttgattgagtcgatgacgattcgttagataatccatccaagccaaactgttgt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932972 tgttgggtgttgttcgcgatatataggattaccggctagtatgagatttgattgagtcgatgacgattcattagataatccatccaagccaaactgttgt 45933071  T
Q  707 caaaaaataaggaagtaaaagtgaaaatatcaaagtatgtcaattaaatatactaaactgctttttcgacttatataacagtcaacgtaatttcctaata 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45933072 caaaaaataaggaagtaaaagtgaaaatatcaaagtatgtcaattaaatatactaaactgcttttacgacttatataacagtcaacataatttcctaata 45933171  T
Q  807 atagttttattggttttcctccctttc 833  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||    
T  45933172 atagttttattggtttgcctccctttc 45933198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University