View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1717-Insertion-6 (Length: 825)

Name: NF1717-Insertion-6
Description: NF1717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1717-Insertion-6
NF1717-Insertion-6
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (6-825)||(1435399-1436221)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (233-821)||(28056096-28056691)
chr6 (233-825)||(28086732-28087334)
chr6 (294-823)||(27926570-27927101)
chr6 (313-821)||(28026318-28026824)
chr6 (39-221)||(28087362-28087544)
chr6 (401-798)||(27906746-27907139)
chr6 (56-221)||(28027451-28027616)
chr6 (52-221)||(27926350-27926519)
chr6 (630-795)||(28529368-28529533)
chr6 (50-221)||(27907168-27907339)
chr6 (395-825)||(28012060-28012487)
chr6 (66-176)||(28056767-28056877)
chr6 (365-566)||(27996030-27996230)
chr6 (50-180)||(27996413-27996543)
chr6 (144-221)||(28530192-28530269)
chr6 (233-293)||(28027363-28027423)
chr6 (632-795)||(27995811-27995974)
chr6 (140-221)||(27893749-27893830)
chr6 (50-219)||(28012730-28012899)
chr6 (434-505)||(28529666-28529737)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 749; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 749; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 1436221 - 1435399
Alignment:
Q  6 cacagaaagtattggaatgttaatcacatgtgtcggtgtcaacaaacaacatggagagataggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaata 105  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1436221 cacagaaagtattgaaatgttaatcacatgtgtcggtgtcaacaaacaacatggagagataggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaata 1436122  T
Q  106 agtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaacagctattttcttgggatggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacata 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1436121 agtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaacagctattttcttgggatggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacata 1436022  T
Q  206 agccaacctaaactgcnnnnnnnn---cttatctttaaaccatgaaaacacaataaactagacataaaacttgacaaccatgtttaagattatgcacttt 302  Q
    ||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1436021 agccaacctaaactgcaaaaaaaaaaacttatctttaaaccatgaaaacacaataaactagacataaaactcgacaaccatgtttaagattatgcacttt 1435922  T
Q  303 tttcttcccttaagtaaagagagactaacgaaaattataagaccaaccattagaaacatttatatatttaaatggtctatcattctatcaaaagatggat 402  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1435921 tttctccccttaagtaaagagagactaacgaaaattacaagaccagccattagaaacatttatatatttaaatggtctatcattctatcaaaagatggat 1435822  T
Q  403 tagcaaaaattaaatccgaaaatgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagtaaaacaagt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1435821 tagcaaaaattaaatccgaaaatgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagtaaaacaagt 1435722  T
Q  503 gttgttgccattgtccagttgatttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgagaaaaagtgaagtttttattttacttttaaggaaaaaagtaa 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1435721 gttgttgccattgtccagttgatttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgagaaaaagtgaagtttttattttacttttaaggaaaaaagtaa 1435622  T
Q  603 agtaaattatgttggaagattttatacttaaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggatcaacaaaaattgc 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1435621 agtaaattatgttggaagattttatacttaaataaaatgaaaagaatcaaaacttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggatcaacaaaaattgc 1435522  T
Q  703 gagcatgcaaaatatggcctaaaacttgttccattgctgtacaatttttgtgtgaaggttcatcactccaggaatacatgaagagcagaaagaataaact 802  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1435521 gagcaggcaaaatatggccaaaaacttgttccattgctgtacaatttttgtgtgagggttcatcactccaggaatacatgaagagcagaaagaataaact 1435422  T
Q  803 tttcgtccataacctttggcgtc 825  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  1435421 tttcgtccataacctttggcgtc 1435399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 233 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 28056691 - 28056096
Alignment:
Q  233 atctttaaaccatgaaaacacaataaactagacataaaacttgacaaccatgtttaagatt--------atgcacttttttcttcccttaagtaaagaga 324  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||        ||||||||||| |||||| |||||||||||     
T  28056691 atctttaaaccatggaaacacaataaactagacataaaactcgacaaccatgttaaagattcgggtcacatgcacttttt-cttcccataagtaaagagg 28056593  T
Q  325 gactaacgaaaattataagaccaaccattagaaacatttatatatttaaatggtctatcattctatcaaaagatggattagcaaaaattaaatccgaaaa 424  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  28056592 gactaaggaaaattataagaccaatcattagaaacatttgtat--ttaaatggtctatcattctatcaatagatggattagtaaaa-ttaaatccaaaaa 28056496  T
Q  425 tgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagtaaaacaagtgttgttgccattgtccagttga 524  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  28056495 tatgagtactgagaaattacctggagaagaatgttcaagagatacacaacatcagttatgcttctaagtataactagtgttcttgccattgtcaagttga 28056396  T
Q  525 tttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgagaaaaagtgaagtttttattttacttt---taaggaaaaaagtaaagtaaattatgttggaaga 621  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||   |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  28056395 tttgaatacatttattatcctgcagaaaatgaatgagaaaaagtgaagattgtatttatttttaagtaaggaaaaaagtaaagtaaatgatgttggaaaa 28056296  T
Q  622 ttttatacttaaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggatcaacaaaaattgcgagcatgcaaaatatggcc 721  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  28056295 ttttacacttaaataaaatgaaaagaattaaaccttgttcacatagagtgagaagaaaaataacggatcaacaaaaattgtgaccatgcaaaatatggcc 28056196  T
Q  722 taaaacttgttccattgctgtacaatttttgtgtgaaggttcatcactccaggaatacatgaagagcagaaagaataaacttttcgtccataacctttgg 821  Q
     ||| ||||||||||||  |||| | ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||    
T  28056195 aaaaccttgttccattgtagtacgactttcgtgtgagggttcataactccaggaatacatgaagagcagaaagaaaaaagttttcttccaaaacctttgg 28056096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 233 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 28087334 - 28086732
Alignment:
Q  233 atctttaaaccatgaaaacacaataaactagacataaaacttgacaaccatgtttaagatt--------atgcacttttttcttcccttaagtaaagaga 324  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||  ||||||||||||||        |||||||||||||||||   ||| ||||||     
T  28087334 atctttaaacaatgaaaacacaataacctagacataatactcgacgtccatgtttaagattcaagacatatgcacttttttcttcctacaagcaaagagg 28087235  T
Q  325 gactaacgaaaattataagaccaaccattagaaacatttatatatttaaatggtctatcattctatcaaaagatggattagcaaaaattaaatccgaaaa 424  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  28087234 gactaatgaaaattataagatcaaccattagaaacatttacat--tcaaatggtctatcattctatcaatagatggattagcaaatattaaatccaaaaa 28087137  T
Q  425 tgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagtaaaacaagtgttgttgccattgtccagttga 524  Q
    |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||    
T  28087136 tgtgagaactgacaaattacctggagaagaatgttcaagagatacacaacatcggttatgcttctaagtacaacaagtgttgttgccattgcgtggttga 28087037  T
Q  525 tttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgagaaaaagtgaagtttttattttacttttaag----gaaaaaagtaaagtaaatt-atgttggaa 619  Q
    || ||||||||||||| | || ||||||| | |  |||||| | |||||||| |||||| || ||||    ||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  28087036 ttcgaatacatttatttttctgcagaaaacgaaaaagaaaaggcgaagtttt-attttatttgtaagtaaagaaaaaagtaatgtaaaatgatgttggaa 28086938  T
Q  620 gattttatacttaaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggatcaacaaaaattgcgagcatgcaaaatatgg 719  Q
    | ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||  | |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  28086937 ggttttaaacttaattaaaatgaaaagaatcatacctcctccacatagagtaagaaaaaaaataacggatcaacaaaaattgcgaccaagcaaaatatgg 28086838  T
Q  720 cctaaaacttgttccattgctgtacaatttttgtgtgaaggttcatcactccaggaatacatgaagagcagaaagaataaacttttcgtccataaccttt 819  Q
    || ||| |||||||||||| ||||||| |||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||    
T  28086837 ccaaaaccttgttccattgttgtacaacttttgcatgagggttcataactccaggaatacatgaattgcagaaagaaaaaaatttccttccataaccttt 28086738  T
Q  820 ggcgtc 825  Q
    ||||||    
T  28086737 ggcgtc 28086732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 294 - 823
Target Start/End: Original strand, 27926570 - 27927101
Alignment:
Q  294 atgcacttttttcttcccttaagtaaagagagactaacgaaaattataagaccaaccattagaaacatttatatatttaaatggtctatcattctatcaa 393  Q
    |||||||||||||||||  || |||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  27926570 atgcacttttttcttcctataggtaaagagggaccaagaaaaattataagaccaaccattataaatatttgtat--ttaaatggtctatcattctatcaa 27926667  T
Q  394 aagatggattagcaaaaattaaatccgaaaatgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagt 493  Q
     |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  27926668 tagatgggttagcaaaa-ttacatccgaaaatgtgagtactgagaaattacctggagaagaatgttcaagagatacacaatatcagttatgcttctaagt 27926766  T
Q  494 aaaacaagtgttgttgccattgtccagttgatttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgagaaaaagtgaagtttttattttactttt----a 589  Q
    | |||||||||| ||| ||||| |  ||||||| | ||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||| ||||    |    
T  27926767 acaacaagtgttcttgacattgccatgttgattcggatacatttattttcctgcagaaaacgaatgagaaaaagttaagttttaattttatttttaagca 27926866  T
Q  590 aggaaaaaagtaaagtaaattatgttggaagattttatacttaaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggat 689  Q
    |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27926867 aggaaaaaggtacagtaaatgatgttggaagattttacaattaaataaaatgaaaagaattataccttgttcacatagagtaagaagaaaaataatggat 27926966  T
Q  690 caacaaaaattgcgagcatgcaaaatatggcctaaaacttgttccattgctgtacaatttttgtgtgaaggtt-catcactccaggaatacatgaagagc 788  Q
    ||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||| |  ||| | || ||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  27926967 caataaaaattgcgaccaagcaaaatatggccaaaaccttgttccattgttgtacaactttcgcttgaggattccataacttcaggaatccatgaagagc 27927066  T
Q  789 agaaagaataaacttttcgtccataacctttggcg 823  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  27927067 agaaagaaaaaagttttcttccataacctttggcg 27927101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 313 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 28026824 - 28026318
Alignment:
Q  313 taagtaaagagagactaacgaaaattataagaccaaccattagaaacatttatatatttaaatggtctatcattctatcaaaagatggattagcaaaaat 412  Q
    |||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  28026824 taagtaaatacagactaaggaaaactataagaccaaccattagacacatttatat--ttaaatggtctatcattttatcaatagatggattagcaaaa-t 28026728  T
Q  413 taaatccgaaaatgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagtaaaacaagtgttgttgcca 512  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  28026727 taaatccgaaaatgtgagtactgacaaattacctgaaaaagaatgttcaagagataaacaacatcagttatacttctaagtacaacaagtgttgttgcca 28026628  T
Q  513 ttgtccagttgatttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgagaaaaagtgaagtttttattttactttt----aaggaaaaaagtaaagtaaa 608  Q
    ||| |  || |||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||   |||||||||||||||| ||||    ||||||||| ||||||||||    
T  28026627 ttggcatgtcgattcgaatacatttattatcctgcagaaaacgaatgagaaatgatgaagtttttattttatttttaagcaaggaaaaaggtaaagtaaa 28026528  T
Q  609 ttatgttggaagattttatacttaaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggatcaacaaaaattgcgagcat 708  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||    
T  28026527 tgatgttggaagattttacaattaaataaaatgaaaagtat---accttgttcacatagaataagaagaaaaataacggatcaacataaattgcgactat 28026431  T
Q  709 gcaaaatatggcctaaaacttgttccattgctgtacaatttttgtgtgaaggttcatcactccaggaatacatgaagagcagaaagaataaacttttcgt 808  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |  ||  ||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| |    
T  28026430 gcaaaatatggccaaaaacttgttccattgttgtacaactttcgcatgggggttcataacaccaggaatacacgaagaacagaaagaaaaaagttttctt 28026331  T
Q  809 ccataacctttgg 821  Q
    |||||||||||||    
T  28026330 ccataacctttgg 28026318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 39 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28087544 - 28087362
Alignment:
Q  39 cggtgtcaacaaacaacatggagagataggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaataagtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaa 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  28087544 cggtgccaacaaacaacatggagagataggaagatatatacctgaggaagaggtgatacaacaaataagtcgaagagaaagtagctcttaaagtaattaa 28087445  T
Q  139 cagctattttcttgggatggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacataagccaacctaaactgc 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28087444 cagctattttcttgggatggtcaactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacataagccaacctaaactgc 28087362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 401 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 27907139 - 27906746
Alignment:
Q  401 attagcaaaaattaaatccgaaaatgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagtaaaacaa 500  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||| || | ||||||||||| || | |||  | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  27907139 attagcacaaattaaatcagaaaaggtgattacggagaaattacttggataagaatgttcaagaaacacatgatatcaattatgcttctaattacaacaa 27907040  T
Q  501 gtgttgttgccattgtccagttgatttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgagaaaaagtgaagtttttattttacttttaaggaaaaaagt 600  Q
    |||||||||||||| |||| |||||   |||||||||||   ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |     ||  ||||||||    
T  27907039 gtgttgttgccattctccaattgataacaatacatttat---cctgcagaaaatgaatgagaaaaggtgaagttttt-tttaagcaagaa--aaaaaagt 27906946  T
Q  601 aaagtaaattatgttggaagat--tttatacttaaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggatcaacaaaaa 698  Q
    ||| |||||| | ||||||||   |||| | |||||||||| ||||||||||| || |||| |||||| | |||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  27906945 aaaataaattgtattggaagaagatttacaattaaataaaaggaaaagaatcatactttgttcacatagaataagaacaaaaataaaggatcaacaagaa 27906846  T
Q  699 ttgcgagcatgcaaaatatggcctaaaacttgttccattgctgtacaatttttgtgtgaaggttcatcactccaggaatacatgaagagcagaaagaata 798  Q
    |||||| || |||||||||| || | |||||||||||||| |||| |||| | | |||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27906845 ttgcgaccaagcaaaatatgtccaacaacttgttccattgttgtataattctcgcgtgtgggttcataactcctggaatacatgaagagcagaaagaata 27906746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 56 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28027616 - 28027451
Alignment:
Q  56 atggagagataggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaataagtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaacagctattttcttggga 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28027616 atggagagataggaagacatatacctgaggaagaggtaatacaacaaatacgtcaaagaataagtagctcttaaagtaattagcagctattttcttggga 28027517  T
Q  156 tggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacataagccaacctaaactgc 221  Q
    ||||  |||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28027516 tggtaaactaaatcaccagcaccagcacccctagactcaggagaaacataagccaacctaaactgc 28027451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 52 - 221
Target Start/End: Original strand, 27926350 - 27926519
Alignment:
Q  52 caacatggagagataggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaataagtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaacagctattttctt 151  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  27926350 caacaaggagagataggaagaaatatacctgaggaagaggtgatacaacagatacgtcgaagaaaaaatagctcttaaagtaattagcagttattttctt 27926449  T
Q  152 gggatggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacataagccaacctaaactgc 221  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  27926450 gggatggtcaaccaaatctccagcaccaacaactcttgaatcaagagcaacataagctaacctaaactgc 27926519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 630 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 28529533 - 28529368
Alignment:
Q  630 ttaaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggatcaacaaaaattgcgagcatgcaaaatatggcctaaaactt 729  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||    
T  28529533 ttaaataaaaggaaaagaatcataccttctgcacatatattaagaataaaaataatggatccacaaaaattgccagcatgcaaaaaatggccagaaattt 28529434  T
Q  730 gttccattgctgtacaatttttgtgtgaaggttcatcactccaggaatacatgaagagcagaaaga 795  Q
    ||||||||| || |||| ||| |||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28529433 gttccattgttgaacaagtttagtgtgagggtttataactccaggaacacatgaagagcagaaaga 28529368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 50 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27907339 - 27907168
Alignment:
Q  50 aacaacatggagagataggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaataagtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaacagctattttc 149  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| || ||| |||||| |||||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||    
T  27907339 aacaacatggagagataagaagaaatatacctgaggaagaggtgatgcagcaagtaagtcgaagaaaaagtaattcttaaggtaattaagagcaattttc 27907240  T
Q  150 ttgggatggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacataagccaacctaaactgc 221  Q
    || |||| ||| ||||| || ||||||||||| ||  |  ||  |||||||  |||||||||||||||||||    
T  27907239 ttaggattgtcaactaactctccagcaccaaccacattaaacaaaggagaagtataagccaacctaaactgc 27907168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 395 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 28012487 - 28012060
Alignment:
Q  395 agatggattagcaaaaattaaatccgaaaatgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagta 494  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||  | ||||| || |||| ||   |    
T  28012487 agatggattagcacaaattaaatcagaaaaagtgattactgagaaattacttggataagaatgttcaagagatacaggaaatcaattaggcttttataaa 28012388  T
Q  495 aaacaagtgttgttgccattgtccagttgatttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgagaaaaagtgaagtttttattttacttttaaggaa 594  Q
     || |||| || ||||| || |||| ||| |   || |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||| || |||        || |   ||    
T  28012387 taagaagttttattgccgttttccaattggtaacaagacatttatcatcctgcagaaaatgaatgagaaaaactgatgtattt--------ttaaccaaa 28012296  T
Q  595 aaaagtaaagtaaattatgttg----gaagattttatact-taaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggat 689  Q
    |||||||||  ||||||| ||     |||||||||| |   ||||||||| |||||||| || ||||||| |||||| | | |||| |||||||||||||    
T  28012295 aaaagtaaataaaattatattaatttgaagattttacaaagtaaataaaaggaaaagaagcataccttgttcacatagaatgagaataaaaataagggat 28012196  T
Q  690 caacaaaaattgcgagcatgcaaaatatggcctaaaacttgttccattgctgtacaatttttgtgtgaaggttcatcactccaggaatacatgaagagca 789  Q
    | ||||||||||| |  | ||||| ||||||| ||||||||||||||   ||||||| |||   ||   ||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  28012195 ccacaaaaattgcaacaaagcaaattatggccaaaaacttgttccataagtgtacaactttacagtcggggttcataactttaggaatacatgaagagca 28012096  T
Q  790 gaaagaataaacttttcgtccataacctttggcgtc 825  Q
    | ||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  28012095 ggaagaaaaaagttttcttccaaaacctttggcgtc 28012060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 66 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 28056877 - 28056767
Alignment:
Q  66 aggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaataagtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaacagctattttcttgggatggtcgacta 165  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||  |||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  28056877 aggaagaaatatacctgaggaagaggtgatccaacaaatacgtcgaagaaaaaataagtcttaaggtatttaacagctattttccttggatggtcaacta 28056778  T
Q  166 aatccccagca 176  Q
    | |||||||||    
T  28056777 attccccagca 28056767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 365 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 27996230 - 27996030
Alignment:
Q  365 tatatttaaatggtctatcatt---ctatcaaaagatggattagcaaaaattaaatccgaaaatgtgagtactgagaaattacctgaagaagaatgttca 461  Q
    ||||||||||||| ||||||||   |||| || ||||||||||||| || ||| ||||||||    || |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  27996230 tatatttaaatggcctatcattagactat-aatagatggattagcacaacttatatccgaaag---gattactgagaaattacttggagaagaatgttca 27996135  T
Q  462 ggagatacacaacatcaaatatgcttctaagtaaaacaagtgttgttgccattgtccagttgatttgaatacatttattatcctacagaaaatggatgag 561  Q
      | |||||  ||||| | |||||||| |||||||  ||||  ||||||||||||||| |||||   ||||||||||| |||||  |||||||| |||||    
T  27996134 aaaaatacaggacatccattatgcttcgaagtaaagaaagtaatgttgccattgtccaattgataacaatacatttatcatcctgtagaaaatgaatgag 27996035  T
Q  562 aaaaa 566  Q
    |||||    
T  27996034 aaaaa 27996030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 27996543 - 27996413
Alignment:
Q  50 aacaacatggagagataggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaataagtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaacagctattttc 149  Q
    |||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |  |||||||| | ||| ||||| |||  ||| ||| ||    
T  27996543 aacaacttggagagatgggaataaatatacctgaggaagaggtgatgcaacaaataagtcgataaaaaagtaacccttcaagtagttatgagcaattctc 27996444  T
Q  150 ttgggatggtcgactaaatccccagcaccaa 180  Q
     |||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  27996443 gtgggatggtcaactaaatctgcagcaccaa 27996413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 144 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28530269 - 28530192
Alignment:
Q  144 attttcttgggatggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacataagccaacctaaactgc 221  Q
    |||||||||||||  || |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  28530269 attttcttgggatcatcaactaaatctccggcaccaaccacccttgactctggagaaacataggccaacctaaactgc 28530192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 233 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 28027423 - 28027363
Alignment:
Q  233 atctttaaaccatgaaaacacaataaactagacataaaacttgacaaccatgtttaagatt 293  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  28027423 atctttaaaccatggaaacacaataaacttgacataaaaatcgacaaccatgtttaagatt 28027363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 632 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 27995974 - 27995811
Alignment:
Q  632 aaataaaatgaaaagaatcaaaccttgtgcacataaagtaagaagaaaaataagggatcaacaaaaattgcgagcatgcaaaatatggcctaaaacttgt 731  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    |||| |||| ||  |||   |||    
T  27995974 aaatgaaaagaaaagaatcataccttgttcacatagtataagaagaaaaataacggatcaaaaaaaattgcgactgagcaagatatagcaaaaattgtgt 27995875  T
Q  732 tccattgctgtacaatttttgtgtgaaggttcatcactccaggaatacatgaagagcagaaaga 795  Q
    ||||||| ||||| | |||   |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  27995874 tccattgttgtacgactttacagtgagggttcataactctaggaatacatgaagagcaaaaaga 27995811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27893830 - 27893749
Alignment:
Q  140 agctattttcttgggatggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacataagccaacctaaactgc 221  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  27893830 agctattttcttaggatggtcaactaattctccagcaccaaccactctagactcaggggccacataagccaacctaaactgc 27893749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 50 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28012899 - 28012730
Alignment:
Q  50 aacaacatggagagataggaagatatatacctgaggaataggtgatacaacaaataagtccaagaaaaagtagctcttaaagtaattaacagctattttc 149  Q
    |||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| ||| ||||| | || |||||   |||| | ||| |||| ||| ||  |     
T  28012899 aacaacgtggagcgataggaagaaatgtacctgaggaagaggtaatgcaataaagaagtcaatgagaaagtcattcttgaggtagttaagagcaatcatt 28012800  T
Q  150 ttgggatggtcgactaaatccccagcaccaacaacccttgactcaggagaaacataagccaacctaaact 219  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||  |||| |||  |||||||| |||||||| ||||||||    
T  28012799 ttgggatggtcaattaaatctccagcaccaacccccctggacctaggagaaatataagccaccctaaact 28012730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 28529737 - 28529666
Alignment:
Q  434 tgagaaattacctgaagaagaatgttcaggagatacacaacatcaaatatgcttctaagtaaaacaagtgtt 505  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | || ||| |||| ||||   ||||||||||| ||||||||||||    
T  28529737 tgagaaattacctggagaagaatgtttaagaaatatacaaaatcattcatgcttctaagcaaaacaagtgtt 28529666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University