View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17176_high_2 (Length: 734)

Name: NF17176_high_2
Description: NF17176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17176_high_2
NF17176_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-719)||(34737417-34738134)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 34738134 - 34737417
Alignment:
Q  1 gcataagtcaaaatttagtgtaggactaatttatccatcatatacaaatatcaggaattagattggatctcaaacaatttatgagagataaaattgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34738134 gcataagtcaaaatttagtgtaggactaatttatccatcatatacaaatatc----------ttggatctcaaacaatttatgagagataaaattgattt 34738045  T
Q  101 ttcttcctttctttcttttgtgtgataggatatttgtttgctctttagtagcgtacaggtagcacggtcttcgggaagcaaactgttgccgaaacttggg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34738044 ttcttcctttctttcttttgtgtgataggagatttggttgctctttattagcgtacaggtagcacggtcttcgggaagcaaactgttgccgaaacttggg 34737945  T
Q  201 actcaaggatggatgg-atataccttaaagatgtttgaaccctttaagccgtgtatccagcaaatatcataacaacataatcttaa----aatatt---- 291  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||||||        
T  34737944 actcaaggatggatgggatataccttaaagatgtttgaaccctttaaaccgtgtatccagcaaatatcataacaacataaccttaacataaatattttaa 34737845  T
Q  292 -attatatttaatcctagactaaagatgaataaaatagatatgcaggtcgaagttcaaacctcaaacacgctacttatctatattcagctattagactac 390  Q
     ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  || || ||||||||||| ||||||||||     
T  34737844 gattatatttaatcctagactaaatacgaataaaatagatatgcaggtcaaagttcaaacttcaaacactttatttctctatattcagttattagactat 34737745  T
Q  391 atgacnnnnnnn-ttgatatgaattacttttaagtagaccaacaagttataccggactttcaaaacataataagtttggtatacgacttgatagtctact 489  Q
     ||||        |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  34737744 ttgacaaaaaaaattgatatgaattacttttgagtagaccaacaagttataccggactttcaaaatataataagtttggta--cgacttgatagtctact 34737647  T
Q  490 tcttcctttttacccattttattg-tacaacagaaaaagagacatgttagtgtcaatcttaacatctaatagtttatttaaaaacattaatatgaataaa 588  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34737646 tcttcctttttacccattttattcctacaacagaaaaagagatatgttagtgttaatcttaacg-ctaatagtttatttaaaaacattaatatgaataaa 34737548  T
Q  589 cttttgagttgactaacaagttatatcaggcttttaaaaatgtcttacatcgaattttaattaagccaaacttaaatcttgcaaaacctaactcagtcta 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  34737547 cttttgagttgactaacaagttatatgagacttttaaaaatgtcatacatcgaattttaactaagccaaacttaaatcttgcaagacctaactcggtcta 34737448  T
Q  689 atttatttccactcctaacagggaccaatct 719  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34737447 atttattttcactcctaatagggaccaatct 34737417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University