View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1717R-Insertion-13 (Length: 1015)
Name: NF1717R-Insertion-13
Description: NF1717R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1717R-Insertion-13 |
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| [»] chr5 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 838; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 838; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1015
Target Start/End: Complemental strand, 42302469 - 42301457
Alignment:
| Q |
9 |
attacaagaatgttgcaccccagcaggcaatctagatgttgtcgtgaaggcttataggaatcgaacacaacatatgcaagatctaacgaaggatcataga |
108 |
Q |
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| T |
42302469 |
attacaagaatgttgcaccccagcaggcaatctagatgttgttgtgaaggcttataggaagcgaacacaacatatgcaagatctaacgaaggatcataga |
42302370 |
T |
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| Q |
109 |
gctagtgaggatcatagtaatttagatcaaagtctttgagtctaatcttcactacaatcagggaagcttgtcctgtaaagcaaacaatactaaatcaaat |
208 |
Q |
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| T |
42302369 |
gctagtgaggatcatagtaatttagatcaaagtctttgagtctaatcttcactacaatcagggaagcttgtcctgtaaagcaaacaatactagatcaaat |
42302270 |
T |
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| Q |
209 |
agtgaaatgaatgtctatgtactagttgatctaattgttgtatttgtactggtttatctaaaattgtttgctttagagacagtgcttcattgtccttata |
308 |
Q |
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| T |
42302269 |
agtgaaatgaatgtctatgtactagttgatctaattgttgtatttgtactggttgatctaaaattgtttgctttagagacggtgcttcattgtccttata |
42302170 |
T |
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| Q |
309 |
gtcaaagattagactttgaaatactttgatcaaaattgaatataaggatatttttcaacatattttaatgagtccgacatgtgttattaaactcataagt |
408 |
Q |
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| T |
42302169 |
gtc-aagattagactttgaaatactttgatcaaaattgaatataaggatatttttcaacatattttaatgagtccgacatgtgttattaaactcacaagt |
42302071 |
T |
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| Q |
409 |
gatgtaacaaaagaatattggannnnnnnaaagataaacattattgaatatttataaaatactactataagataaaacaaactttgatcacatatttgaa |
508 |
Q |
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| T |
42302070 |
gatgtaacaaaagaatattggatttttttaaagataaacattattgaatatttataaaataccactataagataaaacaaactttgatcacatatttgaa |
42301971 |
T |
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| Q |
509 |
tggtggaatcttctatctttatatttagaattggaaatgtcaaacccatcattattagttaattctcctcgtgatggtcctaacactgatggatttgaat |
608 |
Q |
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| T |
42301970 |
tggtggaatcttctatcgttatatttagaattggaaatgtcaaacccatcattattagttaattctcctcgtgatagtcctaacactgatggatttgaat |
42301871 |
T |
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| Q |
609 |
tctctaactccaaaaatctcaagatagaagattccaacattcaaacaagtgatcaaaatttatttgtatcatatttccaccattcgaacaggtgattaaa |
708 |
Q |
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| T |
42301870 |
tttctaaatccaaaaatctcaagatagaagattccaacattcaaacaagtgatcaaaatttatttgtatcatatttccaccattcgaacaggtgattaaa |
42301771 |
T |
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| Q |
709 |
gtttannnnnnnataaagaatccaatattttttgttacattacatatgaatttaataacacatgtcaaacttattaaattatcttggaaaatatccttat |
808 |
Q |
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| T |
42301770 |
gttta-ttttttataaagaatccaatattttctgttacattacatatgaatttaataacacatgtcaaacttattaaattatcttgaaaaatatccttat |
42301672 |
T |
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| Q |
809 |
attcatgcatgcgaggagaatcaactaaactcttcacatgcatgcgagtgaaaattgtctacacacaagatagcaagaaagctaaagaatatttgcactc |
908 |
Q |
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| T |
42301671 |
attcatgcatgcaaggagaatcaactaaactcttcacatgcatgcgagtgaaaattgtctacacacaagatagcaagaaagctaaagaatatttgcactc |
42301572 |
T |
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| Q |
909 |
actt-aatctcaaccaaattattaccatagcattgtatgag--tgtcgtcatgc-aata-tgaagt-gaaaagaacatctggtccattacaataaaacaa |
1002 |
Q |
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| T |
42301571 |
acttaaatctcaaccaaattattaccatagcattgcatgaggtggtcgtcgtgcaaatattgaagtggaaaagaacatctggtccattacaataaaacaa |
42301472 |
T |
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| Q |
1003 |
aga--tagtgtgtga |
1015 |
Q |
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| T |
42301471 |
agaattagtgtgtga |
42301457 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 345 - 430
Target Start/End: Original strand, 42301667 - 42301751
Alignment:
| Q |
345 |
tgaatataaggatatttttcaacatattttaatgagtccgacatgtgttattaaactcataagtgatgtaacaaaagaatattgga |
430 |
Q |
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| T |
42301667 |
tgaatataaggatatttttcaagataatttaataagtttgacatgtgttattaaattcatatgtaatgtaacagaa-aatattgga |
42301751 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 727 - 813
Target Start/End: Original strand, 42302047 - 42302134
Alignment:
| Q |
727 |
aatccaatatt-ttttgttacattacatatgaatttaataacacatgtcaaacttattaaattatcttggaaaatatccttatattca |
813 |
Q |
| |
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| T |
42302047 |
aatccaatattcttttgttacatcacttgtgagtttaataacacatgtcggactcattaaaatatgttgaaaaatatccttatattca |
42302134 |
T |
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