View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1717R-Insertion-7 (Length: 483)

Name: NF1717R-Insertion-7
Description: NF1717R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1717R-Insertion-7
NF1717R-Insertion-7
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (9-483)||(27822226-27822700)
chr3 (66-483)||(27826164-27826583)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 27822700 - 27822226
Alignment:
Q  9 gtttgcccggaccataatgaacataagcttaacaatagattattctccacacatagtttctcctccggttcccatgcaatccccaacaatctctattcaa 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27822700 gtttgcccggaccataataaacataagcttaacaatagattattctccacacatagtttctcctccggttcccatgcaatccccaacaatctctattcaa 27822601  T
Q  109 gtccatgtttctgtttatattgcattgcaaaaccatagattttgtgagggtgaggaagtgactttgccacactctcttttttcatacaccttttggccca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27822600 gtccatgtttctgtttatattgcattgcaaaaccatagattttgtgagggtgaggaagtgattttgccacactctcttttttcatacaccttttggccca 27822501  T
Q  209 agctacaagcttaggacactctttctcaatgcttagtttcccatatatctcgtaagtgtaagaccaactagtgaagggtataagagccacatcaacatac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27822500 agctacaagcttaggacactctttctcaatgcttaatttcccatatgtctcgtaagtgtaaaaccaaccagtgaagggtataagagccacatcaacatac 27822401  T
Q  309 cccaactcatctccaccaaaatatggcttgtctccaagctcaccttctagagtcttcaagcattctataaacttctttttaccctcttcttgttcttcac 408  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27822400 ccaaactcatctccaccaaaatatggcttgtctccaagctcatcttctagagtcttcaagcattctataaacttctttttaccctcttcttgttcttcac 27822301  T
Q  409 cctttcctgtccacaccttctttccaatgttgtatacctacatcaattagaatccaataaattaaaccatgatac 483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27822300 cctttcctgtccacaccttctttccaatgttgtatacctacatcaattagaatccaataaattaaaccatgatac 27822226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 66 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 27826583 - 27826164
Alignment:
Q  66 ttctcctccggttcccatgcaatcccca-acaatctctattcaagtccatgtttctgtttatattgcattgcaaaaccatagattttgtgagggtgagga 164  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27826583 ttcttctccggtccccatgcaatcccaacaaaatctctattcaagtctatgtttctgtttatattgcattgcaaaaccatagattttgtgagggtgagga 27826484  T
Q  165 agtgactttgccacactctcttttttcatacaccttttggcccaagctacaagcttaggacactctttctcaatgcttagtttcccatatatctcgtaag 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27826483 agtgactttgccacactctctttttccatacaccttttggcccaagctacaagcttaggacactctttctcaatgcttagtttcccatatatctcgtaag 27826384  T
Q  265 tgtaagaccaactagtgaagggtataagagccacatcaacataccccaactcatctccaccaaaatatggcttgtctccaagctcaccttctagagtctt 364  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27826383 tgtaaaaccaactagtgaagggtataagagccacatcaacatacccaaactcatctccaccaaaatatggcttgtctccaagctcatcttctagagtctt 27826284  T
Q  365 caagcattctataaacttctttttaccctcttcttgttcttcaccctttcctgtccacaccttctttccaatgttgtatacctacatcaattagaatcca 464  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| |||| | |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27826283 caagccttctataaacttctttttaccttcctcttgttcttcaacctttcctttccatagcttccttcgaatgctgtatacctacatcaattagaatcca 27826184  T
Q  465 a-taaattaaaccatgatac 483  Q
    |  ||||||| |||||||||    
T  27826183 acaaaattaagccatgatac 27826164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University