View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17185_low_22 (Length: 296)

Name: NF17185_low_22
Description: NF17185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17185_low_22
NF17185_low_22
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-280)||(3792048-3792318)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-280)||(12812485-12812755)
chr7 (38-185)||(45488671-45488818)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (10-280)||(1653636-1653906)
chr4 (10-280)||(9130296-9130566)
chr4 (10-280)||(37151291-37151561)
chr4 (10-280)||(45221610-45221880)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (10-280)||(23779564-23779834)
chr1 (10-280)||(52637109-52637379)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (101-150)||(18496263-18496312)
chr2 (252-280)||(3055184-3055212)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Original strand, 3792048 - 3792318
Alignment:
Q  10 ataatactgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3792048 ataattctgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 3792147  T
Q  110 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccnnnnnnna 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  3792148 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccttttttta 3792247  T
Q  210 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3792248 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcgaagactgctacgtttgtgt 3792318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Original strand, 12812485 - 12812755
Alignment:
Q  10 ataatactgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12812485 ataattctgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 12812584  T
Q  110 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccnnnnnnna 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  12812585 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccttttttta 12812684  T
Q  210 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12812685 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcgaagactgctacgtttgtgt 12812755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 45488818 - 45488671
Alignment:
Q  38 aaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcctccaacatggacaaacaaaatctaagac 137  Q
    ||||| || ||||||||||| | |||||| | ||| |||||||| | ||| |||   ||||||||| |||| || | ||||||||| |||||| | || |    
T  45488818 aaccatttctcatctatgtgcacaacattatacatggacttaaattgtgggtcatgaggaatgctagtttcatcaagcatggacaagcaaaatttgagtc 45488719  T
Q  138 gagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaat 185  Q
    ||||||||||||||  |||| ||| |||||| ||||||| | ||||||    
T  45488718 gagctttcatattactatctttcaagtgtggctttagtgtatttgaat 45488671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 1653906 - 1653636
Alignment:
Q  10 ataatactgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1653906 ataattctgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 1653807  T
Q  110 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccnnnnnnna 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  1653806 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccttttttta 1653707  T
Q  210 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1653706 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcgaagactgctacgtttgtgt 1653636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Original strand, 9130296 - 9130566
Alignment:
Q  10 ataatactgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9130296 ataattctgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 9130395  T
Q  110 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccnnnnnnna 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  9130396 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccttttttta 9130495  T
Q  210 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9130496 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcgaagactgctacgtttgtgt 9130566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 37151561 - 37151291
Alignment:
Q  10 ataatactgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37151561 ataattctgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 37151462  T
Q  110 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccnnnnnnna 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  37151461 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccttttttta 37151362  T
Q  210 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37151361 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcgaagactgctacgtttgtgt 37151291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 45221880 - 45221610
Alignment:
Q  10 ataatactgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45221880 ataattctgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 45221781  T
Q  110 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccnnnnnnna 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  45221780 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccttttttta 45221681  T
Q  210 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45221680 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcgaagactgctacgtttgtgt 45221610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 23779834 - 23779564
Alignment:
Q  10 ataatactgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23779834 ataattctgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 23779735  T
Q  110 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccnnnnnnna 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  23779734 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccttttttta 23779635  T
Q  210 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23779634 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcgaagactgctacgtttgtgt 23779564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 10 - 280
Target Start/End: Original strand, 52637109 - 52637379
Alignment:
Q  10 ataatactgagattttttggtcacatagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52637109 ataattctgagattttttggtcacagagaaccacttttcatctatgtgaataacattgtgcattgacttaaactttggctcaaatggaatgctactttcc 52637208  T
Q  110 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccnnnnnnna 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  52637209 tccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatattatcatctgtcatgtgtggttttagtgcacttgaatgccgacgcaaaacaccttttttta 52637308  T
Q  210 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  52637309 ttaacctcattagttgtccagtggtacactctaatgcttctgctagagatcgaagactgctacgtttgtgt 52637379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 150
Target Start/End: Original strand, 18496263 - 18496312
Alignment:
Q  101 ctactttcctccaacatggacaaacaaaatctaagacgagctttcatatt 150  Q
    ||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  18496263 ctactttcctcaagcatggacaagaaaaatctaagacgacctttcatatt 18496312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 3055212 - 3055184
Alignment:
Q  252 ctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3055212 ctagagatcaaagactgctacgtttgtgt 3055184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University