View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17186_low_2 (Length: 647)
Name: NF17186_low_2
Description: NF17186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17186_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 628
Target Start/End: Original strand, 20590148 - 20590768
Alignment:
| Q |
4 |
tcggatgtcgaagaaaatataagcgcacatgcacgtcaaaagttttatttgaagctacatgtagtaaactagcaattcccataaaacttgttcggttatt |
103 |
Q |
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| T |
20590148 |
tcggatgttgaagaaaatataagcgcataggcacgtcaaaagttttagttgaagctacaggtagcaaactagcaattcccataaaacttgtttggttatt |
20590247 |
T |
|
| Q |
104 |
attccacgaggaatagagctcttgcgaagaaactccgaaaagtaaactcttgtccacaaatgaagaatggtcgacgcatcaagaagagtgggagtcataa |
203 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |
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|
| T |
20590248 |
attccacgaggaatagagctcttgcgaagaaactccgaaaagtaaactcttgtccacaaattaagaatggtcgacacatcaagaagagtgggagtcatca |
20590347 |
T |
|
| Q |
204 |
tcccccaagggaaaacaaattcattggtaattacaagccaatatataacataggaatcacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattaaga |
303 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |
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| T |
20590348 |
tcccccaacggaaaacaaattcattggtaattacaagccaata----acacaggaattacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattgttaaaa |
20590443 |
T |
|
| Q |
304 |
aaaaa-cattattataggttttgtnnnnnnnnnnnnntgataatatttgaaatttatttgaaaagccaattgcaaaataaagggtcagaacaacgaaaca |
402 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
20590444 |
aaaaaacattattataggttttgtaaaaaagaaata-tgataatatttaaaatttatttgaaaagccaattgcaaaatgaagggtcagaacaacgaaaca |
20590542 |
T |
|
| Q |
403 |
aaaattcaaattgacgagttatttagagtatgtttgtatgtcaaacacacccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacaataaagct |
502 |
Q |
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|
| T |
20590543 |
aaaattcaaattgacgagttagttacaatatgtttgtatgtcaaacacacccatttttctatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacaataaagct |
20590642 |
T |
|
| Q |
503 |
acaaaaacaaactctttcatcaaaccctcctttgatcattataaaaaccatttctttcattgttttgtttcaaagagctcaaccatgattcattccatgt |
602 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
20590643 |
acaaaaacaaaccctttcatcaaaccctcctttaatcattataaaaaccatttctttcattgttctgtttcaaagagttcaaccatgattcattccatgt |
20590742 |
T |
|
| Q |
603 |
tcttgttccttcctgattaagctact |
628 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
20590743 |
tcttgttccttcctcgttaagctact |
20590768 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 626
Target Start/End: Original strand, 20621028 - 20621643
Alignment:
| Q |
4 |
tcggatgtcgaagaaaatataagcgcacatgcacgtcaaaagttttatttgaagctacatgtagtaaactagcaattcccataaaa-cttgttcggttat |
102 |
Q |
| |
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|||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| |
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| T |
20621028 |
tcggatgttgaataaaatataagcgcacaggcatgtcaaaagttttagttgaagctacaggtagcaaactagcaattcccataaaaacttttccggttat |
20621127 |
T |
|
| Q |
103 |
tattccacgaggaatagagctcttgcgaagaaactccgaaaagtaaactcttgtccacaaatgaagaatggtcgacgcatcaagaagagtgggagtcata |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
20621128 |
tattccacgaggaatggagctcttgcgaagaaactacgaaaaataaactcttgtccacaaattaagaatggtcgacacatcaagaagagtgggagtaatc |
20621227 |
T |
|
| Q |
203 |
atcccccaagggaaaacaaattcattggtaattacaagccaatatataacataggaatcacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattatt--a |
300 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
20621228 |
atcccc-aagggaaaacaaattcattggtaattaaaagccaata----acataggaatcagaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattgaa |
20621322 |
T |
|
| Q |
301 |
agaaaaaacattattataggttttgtnnnnnnnnnnnnntgataatatttgaaatttatttgaaaagccaattgcaaaataaagggtcagaacaacgaaa |
400 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20621323 |
ataaaaaacattattataggttttgtaaaaaagaaaa--ttataatatttgaaatttatttgaaaagccaattgcaaaataaagggtcagaacaacgaaa |
20621420 |
T |
|
| Q |
401 |
caaaaattcaaattgacgagttatttagagtatgtttgtatgtcaaacacacccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacaataaag |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20621421 |
caaaaattcaaattgatgagttagttacaatatgtttgtatgtcaaacac--ccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacaataaa- |
20621517 |
T |
|
| Q |
501 |
ctacaaaaacaaactctttcatcaaaccctcctttgatcattataaaaaccatttctttcattgttttgtttcaaagagctcaaccatgattcattccat |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
20621518 |
ctacaaaaacaaactctttcatcaaaccctcctttgatcattatcaaaaccatttctttcattgttatgtttcaaagagcttcaccattattcattccat |
20621617 |
T |
|
| Q |
601 |
gttcttgttccttcctgattaagcta |
626 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
20621618 |
tttcttgttccttcctcattaagcta |
20621643 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 138 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 12058143 - 12057664
Alignment:
| Q |
138 |
ccgaaaagtaaactcttgtccacaaatgaagaatggtcgacgcatcaagaagagtgggagtcataatcccccaagggaaaacaaattcattggtaattac |
237 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12058143 |
ccgaaaagtaaattcttgtccacaaattaagaatggtcaacacatcaagaagagtgggagtaatca-cccccaagggaaaacaaattcattggtaattac |
12058045 |
T |
|
| Q |
238 |
aagccaatatataacataggaatcacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattaagaaaaaacattattataggttttgtnnnnnnnnnnn |
337 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
12058044 |
aagccaata----acataggaatcacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattgaaaaaaaacattattataggttttgtaaaaaagaaaa |
12057949 |
T |
|
| Q |
338 |
nntgataatatttgaaatttatttgaaaagccaattgcaaaataaagggtcagaacaacgaaacaaaaattcaaattgacgagttatttagagtatgttt |
437 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||| |
|
|
| T |
12057948 |
--ttataatatttgaaatttatttgataagccaattgcaaaatgaagggtcagaacaacgaaacaaaaattcaaattgatgagttagttacaatatgttt |
12057851 |
T |
|
| Q |
438 |
gtatgtcaaacacacccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacaataaagctacaaaaacaaactctttcatcaaaccctcctttga |
537 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
12057850 |
gtatgtcaaacac--ccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttcctttacattaaagctacaaaaacaaactctttcatctaaccctcctttga |
12057753 |
T |
|
| Q |
538 |
tcattataaaaaccatttctttcattgttttgtttcaaagagctcaaccatgattcattccatgttcttgttccttcctgattaagcta |
626 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
12057752 |
tcattatcaaaaccatttcttttattgttctgtttcaaagagctcaaccattattcattccattttcttgttccttcctcattaagcta |
12057664 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 342 - 471
Target Start/End: Original strand, 20632184 - 20632311
Alignment:
| Q |
342 |
ataatatttgaaatttatttgaaaagccaattgcaaaataaagggtcagaacaacgaaacaaaaattcaaattgacgagttatttagagtatgtttgtat |
441 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||| ||||||| |
|
|
| T |
20632184 |
ataatatttgaaatttatttgaaaaaccaattgcaaaatgaagggtcagaaccacgaaacaaaaattcaaattgatgagttagttacaatatatttgtat |
20632283 |
T |
|
| Q |
442 |
gtcaaacacacccatttttcaatgaaattt |
471 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
20632284 |
gtcaa--acacccatttttcaatgaaattt |
20632311 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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