View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17190_low_6 (Length: 530)

Name: NF17190_low_6
Description: NF17190
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17190_low_6
NF17190_low_6
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (1-514)||(9257075-9257592)
chr1 (1-468)||(9300118-9300586)
chr1 (23-477)||(9466340-9466795)
chr1 (1-484)||(9364421-9364905)
chr1 (1-372)||(9337562-9337934)
chr1 (35-486)||(8962362-8962814)
chr1 (35-486)||(8939435-8939887)
chr1 (1-484)||(9242139-9242623)
chr1 (35-486)||(8927009-8927464)
chr1 (231-328)||(9236164-9236261)
chr1 (105-328)||(9377846-9378069)
chr1 (42-223)||(9420547-9420728)
chr1 (42-330)||(9437523-9437811)
chr1 (36-139)||(10992814-10992917)
chr1 (36-116)||(11026270-11026350)
chr1 (36-116)||(11040973-11041053)
chr1 (45-148)||(9495346-9495449)
chr1 (72-182)||(8979103-8979213)
chr1 (229-330)||(9125133-9125234)
chr1 (258-330)||(8978955-8979027)
chr1 (36-112)||(10930610-10930686)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-514)||(9171551-9172040)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (23-484)||(15909995-15910454)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (23-369)||(1652-1999)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (75-199)||(27696131-27696255)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 9257592 - 9257075
Alignment:
Q  1 agaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttca 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257592 agaaattcatttctcctcctagcaacgaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttca 9257493  T
Q  101 ccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggct 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  9257492 ccaaagttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataatgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacaaattttggtttggct 9257393  T
Q  201 aagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257392 aagatgtgctcaaaaaatcaaagtactatatctatgactgcagcgagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatg 9257293  T
Q  301 tctc----ttataagtctgatatatatagctatgatatattgctattgg-aattgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaact 395  Q
    ||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9257292 tctcttaattataagtctgatatatatagctatggtatattgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaatccaaccacaaatgaagaaaact 9257193  T
Q  396 ttcaagttctatatcgagattggattcacggttttcttgaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaattgcgnnnnnnnt 495  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  9257192 ttcaagttctatatccagattggatccacggtttgcttaaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaattgcg-aaaaaat 9257094  T
Q  496 tggcaatcgtgggactttg 514  Q
    |||||||||||||||||||    
T  9257093 tggcaatcgtgggactttg 9257075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Original strand, 9300118 - 9300586
Alignment:
Q  1 agaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttca 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9300118 agaaattcatttctcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggataagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatagagtatcttca 9300217  T
Q  101 ccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  9300218 ccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacagacttcggtttggct 9300317  T
Q  201 aagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatg 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9300318 aagatgtgctcgaaaaatcaaagtactatatctatgaccgcggccaaaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttgggaatg 9300417  T
Q  301 tctcttataagtctgatatatatagctatgatatattgctattgga-attgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaactttca 399  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||| |  |||| || ||||| ||||| |||||| | ||| ||||||||| ||||| ||     ||    
T  9300418 tctcttataagtccgatatatatagttatggcatgttgttgctggagatggttgggggaaggaagaattcgaacacaaccacaagtgaaggaagtccaca 9300517  T
Q  400 agttctatatcgagattggattcacggttttcttgaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaaga 468  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||| ||||  ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  9300518 agttttatatccagattggatccacagtttagttgaaggaggagacatacaaatccctatagatgaaga 9300586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 23 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 9466795 - 9466340
Alignment:
Q  23 caacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaatt 122  Q
    ||||||||||  ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466795 caacaaagatgcttttcttggatgggacacgctgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaattgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaatt 9466696  T
Q  123 cttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaa 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||| || || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  9466695 cttcactttgacatcaatcctcataatgtcttgttagatgagaatttcactcccaaaattacagacttcggtttggctaagatgtgctcgaaaaatcgaa 9466596  T
Q  223 gtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatata 322  Q
    ||||  | |||||||| ||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  9466595 gtacagtgtctatgaccgcagccaaaggaacgttaggctacatggcacccgaagttttttctagaaacttcgggaatgtctcatataagtctgatatata 9466496  T
Q  323 tagctatgatatattgctattgga-attgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaactttcaagttctatatcgagattggatt 421  Q
    ||| |||| ||| ||| | ||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||     
T  9466495 tagttatggtatgttgttgttggagatggttgcaggaagaaagaatacaaacacaaccacaggtgaagaaaatttacaagttctatatccagattggatc 9466396  T
Q  422 cacggttttcttgaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattt 477  Q
    |||| ||| |||||||| | ||| ||||| ||| |||| || ||||||||||||||    
T  9466395 cacgatttgcttgaagggggagacatacaaatccctattgacgaagagggagattt 9466340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 484
Target Start/End: Original strand, 9364421 - 9364905
Alignment:
Q  1 agaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttca 100  Q
    |||||||||||| |||  | | || |||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||    
T  9364421 agaaattcatttctcccgcgaacagcaaagatgatttccttggatgggataagttgcaaaaaattgctctaggcatagcaaatggtattgagtatctcca 9364520  T
Q  101 ccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| || || ||||||||| |||| ||||||||     
T  9364521 ccaaggttgtgatcaaagaattctacactttgacatcaatcctcataatgtcttgttagatgacaatttcactcccaaaattacagattttggtttggcc 9364620  T
Q  201 aagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatg 300  Q
    ||||| || |||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9364621 aagatatgttcaaaaaatcaaagtatcgtatccatgactgcagctaagggaacattaggctacatggcacctgaagttttttcaagaaactttggtaatg 9364720  T
Q  301 tctcttataagtctgatatatatagctatgatatattgctattgg-aattgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaactttca 399  Q
    |||||||||||||||||||||| || || | ||| ||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||  |     ||||||||  | ||    
T  9364721 tctcttataagtctgatatatacagttacggtatgttattgttggaaatggttggaggaagaaagaatacaaaaacaattagtggcgaagaaaatataca 9364820  T
Q  400 agttctatatcgagattggattcacggttttcttgaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaatt 484  Q
    ||||   |||| ||| ||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9364821 agttgagtatccagactggatccacaatttgcttgaaggaggagatatacatatccctattgatgaagagggagattttagaatt 9364905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Original strand, 9337562 - 9337934
Alignment:
Q  1 agaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttca 100  Q
    |||||||||||| |||  | | || |||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||    
T  9337562 agaaattcatttctcccgcgaacagcaaagatgatttccttggatgggataagttgcaaaaaattgctctaggcatagcaaatggtattgagtatctcca 9337661  T
Q  101 ccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| || || ||||||||| |||| ||||||||     
T  9337662 ccaaggttgtgatcaaagaattctacactttgacatcaatcctcataatgtcttgttagatgacaatttcactcccaaaattacagattttggtttggcc 9337761  T
Q  201 aagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatg 300  Q
    ||||| || |||||||||||||||  | |||| ||||||||||| |  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9337762 aagatatgttcaaaaaatcaaagtgtcgtatccatgactgcagctaagggaacattaggctacatggcacctgaagttttttcaagaaactttggtaatg 9337861  T
Q  301 tctcttataagtctgatatatatagctatgatatattgctattgg-aattgttggaggaagaaagaatacaaa 372  Q
    |||||||||||||||||||||| || || | ||| ||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  9337862 tctcttataagtctgatatatacagttacggtatgttattgttggaaatggttggaggaagaaagaatacaaa 9337934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 35 - 486
Target Start/End: Original strand, 8962362 - 8962814
Alignment:
Q  35 tttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgac 134  Q
    ||||||||| ||||||   |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||     
T  8962362 tttccttggttgggacttattgcaacagattgctctaggcattgccaatggaattgagtatcttcaccagggctgtgatcaaagaattcttcattttgat 8962461  T
Q  135 atcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatcta 234  Q
    |||||||| || ||  ||||| | ||||||||||| || ||||||||  || | || ||||| || ||| ||||||| |||||||||| ||   |||| |    
T  8962462 atcaatccgcacaatatcttgttagatgacaattttactccaaaaatatcagactttggtttagccaagttgtgctccaaaaatcaaactattgtatcga 8962561  T
Q  235 tgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatatatagctatgatat 334  Q
    ||||||| || || |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||    
T  8962562 tgactgcggctaggggaacattaggatacatggcacctgaagtattttctcgaaactttgggaatgtctcttataaatctgatatatacagctatggaat 8962661  T
Q  335 attgctattgga-attgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaactttcaagttctatatcgagattggattcacggttttctt 433  Q
     |||||  |||| || || ||||||||||||||||| ||  ||  |||| |||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||  ||    
T  8962662 gttgctgctggagatggtcggaggaagaaagaatactaagacagtcacagatgaagaaaattttcaagttttgtatccagattggatccacggtttgttt 8962761  T
Q  434 gaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaattgc 486  Q
    ||||| | ||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  8962762 gaagggggagatatacatatccctattgatgaagatggagattatagaattgc 8962814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 35 - 486
Target Start/End: Original strand, 8939435 - 8939887
Alignment:
Q  35 tttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgac 134  Q
    ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||     
T  8939435 tttccttggttgggacttattgcaacaaattgctcttggcattgccaatgggattgagtatcttcaccaaggctgtgatcatagaattcttcacttcgat 8939534  T
Q  135 atcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatcta 234  Q
    |||||||| ||||| || ||  | |||||||||||    ||||||||  || | |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||  |||| |    
T  8939535 atcaatccacataatgtattattagatgacaatttcgttccaaaaatatcagacttcggtttagctaagctgtgctccaaaaatcaaagtacagtatcaa 8939634  T
Q  235 tgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatatatagctatgatat 334  Q
    |||| |||||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  8939635 tgaccgcagccaggggaactttagggtacatggcacctgaagttttttctcgaaactttgggaatgtctcttataagtctgatatatacagctacggtat 8939734  T
Q  335 attgctattgga-attgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaactttcaagttctatatcgagattggattcacggttttctt 433  Q
     |||||  |||| || |||||||||||||||||||| ||  ||  ||||  ||||||||| ||||||||  | |||| ||||||||| || |||||  ||    
T  8939735 gttgctgctggagatggttggaggaagaaagaatactaagacagtcacaggtgaagaaaattttcaagtattgtatccagattggatccatggtttattt 8939834  T
Q  434 gaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaattgc 486  Q
    ||||| | |||  || ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  8939835 gaaggtggagacgtatatatcccaattgatgaagagggagattttagaattgc 8939887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 9242623 - 9242139
Alignment:
Q  1 agaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttca 100  Q
    |||||||||||| | | || | ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||    
T  9242623 agaaattcatttcttccccaaacaacaaagatgatttccttggatgggataagttgcaaaaaattgctctaggtatagccaatggcattgagtatctcca 9242524  T
Q  101 ccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |  ||  |||||||| |||| ||||||||     
T  9242523 ccaaggttgtgatcaaagaattctacactttgacatcaatcctaataatgtcttgttagatgacaatttcattccccaaattacagattttggtttggcc 9242424  T
Q  201 aagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatg 300  Q
    |||||||| || |||||||||||||   |||| |||||||| || |  |||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  9242423 aagatgtgttcgaaaaatcaaagtattgtatccatgactgcggctaagggaacagtaggctacatggcacctgaagttttttctagaaattttggaaatg 9242324  T
Q  301 tctcttataagtctgatatatatagctatgatatattgctattgga-attgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaactttca 399  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || || | ||| ||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||      |||||||||  | ||    
T  9242323 tctcttataagtccgatgtatacagttacggtatgttattgttggagatggttggaggaagaaagaatacaaaaacaacaggtggtgaagaaaatataca 9242224  T
Q  400 agttctatatcgagattggattcacggttttcttgaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaatt 484  Q
    | ||   |||| ||| ||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9242223 aattgagtatccagactggatccacaatttgcttgaaggaggagatatacaaatccctattgatgaagagggagattttagaatt 9242139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 35 - 486
Target Start/End: Original strand, 8927009 - 8927464
Alignment:
Q  35 tttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgac 134  Q
    ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  8927009 tttccttggttgggacttattgcaacaaattgctctaggcattgccaatgggattgagtatcttcaccaaggttgtgatcatagaattcttcactttgat 8927108  T
Q  135 atcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatcta 234  Q
    |||||||| || || |||||| | ||||||||||| |  ||||||||  |  | |||||||| || ||| ||||||| |||||||| || ||  |||| |    
T  8927109 atcaatccccacaatgtcttgttagatgacaatttcattccaaaaatatcggacttcggtttagcgaagctgtgctctaaaaatcatagcactgtatcga 8927208  T
Q  235 tgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatatatagctatgatat 334  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  8927209 tgactgcagccaggggaacattaggttacatggcacctgaagttttttctcgaaactttgggaatgtctcttataagtctgatatatacagctacggtat 8927308  T
Q  335 attgctattgga-attgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaat---gaagaaaactttcaagttctatatcgagattggattcacggtttt 430  Q
     ||| |  | || || |||||||||||||||||||| ||  |||| ||   |   |||||||| || |||||||| |||| ||||||||| || |||||     
T  8927309 gttgttgctagagatggttggaggaagaaagaatactaaaacaactactggtggcgaagaaaatttccaagttctgtatccagattggatccatggttta 8927408  T
Q  431 cttgaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaattgc 486  Q
    |||||||| | |||  || ||||| | || |||||||||||||||| |||||||||    
T  8927409 cttgaaggtggagacgtatatatcccaattgatgaagagggagattgtagaattgc 8927464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 231 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9236261 - 9236164
Alignment:
Q  231 tctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatatatagcta 328  Q
    |||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9236261 tctatgactgcagcgagaggaaccttgggatacattgcacctgaagttttctcgagaaacttcggaaatgtttcttataagtctgatatttatagcta 9236164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 105 - 328
Target Start/End: Original strand, 9377846 - 9378069
Alignment:
Q  105 ggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaaga 204  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || || || || ||||| ||||| |  || ||||||||  | || ||  | |||||      
T  9377846 ggttgtgatcatagaatacttcactttgatatcaatccacacaatgtgttaatagatgataatttgagtcctaaaattactgactttggacttgctaaac 9377945  T
Q  205 tgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctc 304  Q
    ||||  | ||||||||||||||  | ||||| || ||||| ||||||| ||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||    
T  9377946 tgtgtcccaaaaatcaaagtacggtgtctataaccgcagctagaggaacattgggctacattgcacctgaagttttctcaagaaacttcggaaatgtttc 9378045  T
Q  305 ttataagtctgatatatatagcta 328  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||    
T  9378046 ttacaagtctgatatttatagcta 9378069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 9420728 - 9420547
Alignment:
Q  42 ggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatc 141  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||    ||||||||||   |||||||||||| || || ||||    
T  9420728 ggatgggagaagctacaacaaattgctcttggcatagccaaaggtattgagtatcttcacatgagttgtgatcagcaaattcttcacttcgatattaatc 9420629  T
Q  142 ctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaag 223  Q
    |  ||||||| ||  | |||||||| ||    |||||||||||  |||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||||    
T  9420628 cctataacgtgttattagatgacaagtttgttccaaaaattactgattttggtttggcgaaattgtgctctaaaaatcaaag 9420547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 9437811 - 9437523
Alignment:
Q  42 ggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatc 141  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||    ||||||||||   |||||||||||| || || ||||    
T  9437811 ggatgggagaagctacaacaaattgctcttggcatagccaaaggtattgagtatcttcacatgagttgtgatcagcaaattcttcacttcgatattaatc 9437712  T
Q  142 ctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaagtaccatatctatgactgc 241  Q
    | ||||||||  |  | |||||||| ||    |||||||||||  |||| |||||||| ||  |||| || ||||||||||| |   | ||  | |||||    
T  9437711 cccataacgtgctattagatgacaagtttgttccaaaaattactgattttggtttggcgaaattgtgttctaaaaatcaaagcaaagtgtcagtaactgc 9437612  T
Q  242 agccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatatatagctatg 330  Q
     || ||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| || |||||  |||| |||||||| ||||    
T  9437611 cgcaagagggactttaggttacattgcacctgaagtgttttcgaggaactttggaaatgtatcgtataaagctgacatatatagttatg 9437523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 139
Target Start/End: Original strand, 10992814 - 10992917
Alignment:
Q  36 ttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgaca 135  Q
    |||||||| ||| | ||||||||  |||||||| |||| ||||| || ||| | ||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||| |    
T  10992814 ttccttggttggaaaaagttgcatgaaattgctttaggtatagctaaaggagttgagtatcttcatcaaggttgtgatcaacgcatccttcattttgata 10992913  T
Q  136 tcaa 139  Q
    ||||    
T  10992914 tcaa 10992917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 36 - 116
Target Start/End: Original strand, 11026270 - 11026350
Alignment:
Q  36 ttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaa 116  Q
    |||||||| ||| | ||||||||  |||||||| |||| ||||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  11026270 ttccttggctggaaaaagttgcacgaaattgctttaggaatagctaaaggaattgaatatcttcatcaaggttgtgatcaa 11026350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 36 - 116
Target Start/End: Original strand, 11040973 - 11041053
Alignment:
Q  36 ttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaa 116  Q
    |||||||| ||| | ||||||||  |||||||| |||| ||||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  11040973 ttccttggctggaaaaagttgcacgaaattgctttaggaatagctaaaggaattgaatatcttcatcaaggttgtgatcaa 11041053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 148
Target Start/End: Original strand, 9495346 - 9495449
Alignment:
Q  45 tgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctc 144  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||||||||| || || ||||    
T  9495346 tgggagaagttacaagaaattgcgcttggaatagcgaaaggaattgagtatcttcatcaaggatgtgaccagaggatacttcactttgatataaaacctc 9495445  T
Q  145 ataa 148  Q
    ||||    
T  9495446 ataa 9495449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 8979213 - 8979103
Alignment:
Q  72 ggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaa 171  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||||||| || ||||||  |||   ||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||| |||||||||  ||||    
T  8979213 ggcatagccagaggaattgagtatcttcatcagggttgtagtcattcaatccttcattttgacatcaaccctcacaatgttttgctcgatgacacattaa 8979114  T
Q  172 ccccaaaaatt 182  Q
    | |||||||||    
T  8979113 ctccaaaaatt 8979103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 9125234 - 9125133
Alignment:
Q  229 tatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatatatagcta 328  Q
    |||| |||||||| || |||||||  || ||||| |||||||| |||||||| ||  |||| ||||| ||||| |||  |||||||||||| ||||| ||    
T  9125234 tatccatgactgcggctagaggaaccttgggatatatggcacctgaagttttgtcacgaaattttggaaatgtttctcgtaagtctgatatttatagtta 9125135  T
Q  329 tg 330  Q
    ||    
T  9125134 tg 9125133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 258 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 8979027 - 8978955
Alignment:
Q  258 ggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatatatagctatg 330  Q
    ||||| |||||||| |||||| | || ||||| ||||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||||||    
T  8979027 ggatatatggcacctgaagttctgtcaagaaattttggtaatgtgtctcttaaatctgatatttatagctatg 8978955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 36 - 112
Target Start/End: Original strand, 10930610 - 10930686
Alignment:
Q  36 ttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtga 112  Q
    |||||||| ||| | ||||||||  |||||||| |||| ||||| || ||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  10930610 ttccttggttggaaaaagttgcatgaaattgctttaggtatagctaaaggagttgagtatcttcatcaaggttgtga 10930686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 514
Target Start/End: Original strand, 9171551 - 9172040
Alignment:
Q  25 acaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattct 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9171551 acaaagatagtttccttagatgggacaagttgcaacaaattgctctaggaatagccaatggaattgagtatctgcaccaaggttgtgatcaaagaattct 9171650  T
Q  125 tcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaagt 224  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9171651 tcactttgacattaatcctcataacgtcttactagatgacaatttcaccccaaaaattacagacttcggtttggctaagttgtgctcaaaaaatcaaagt 9171750  T
Q  225 accatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatatata 324  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171751 actatatcaatgactgcagccagaggaacattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaattttgggaatgtctcttataagtctgatatatata 9171850  T
Q  325 gctatgatatattgctattgg-aattgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaactttcaagttctatatcgagattggattca 423  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  9171851 gctatggtatgttgctattggaaattgttggaggaagaaagaatacaaacacaaccacaaatgaagaaaattttcaagttctgtatccagattggatcca 9171950  T
Q  424 cggttttcttgaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaattgcgnnnnnnnttggcaatcgtgggactttg 514  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  9171951 cagtttgcttgaaggaggagaaatacaaatcccaatagatgatgagggagattttagaattgcg-aaaaaattggcaatcgtgggactttg 9172040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 5e-88; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 15910454 - 15909995
Alignment:
Q  23 caacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaatt 122  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15910454 caacaaagatgatttccttggatgggataaattgcaacaaattgctctaggcatagctaatggcattgagtatctccaccaaggttgtgatcaaagaatt 15910355  T
Q  123 cttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaa 222  Q
     | |||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||| || || ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  15910354 ttacactttgacatcaatcctcataatatcttgctagatgacaatttcactcccaaaatcacagattttggtttggctaagatgtgttcgaaaaatcaaa 15910255  T
Q  223 gtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatata 322  Q
    |||   |||| ||||||| ||| |  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  15910254 gtaatgtatccatgactgtagctaagggaacattaggctacatggcacctgaagttttttctagaaattttggaaatgtctcttataagtccgatatata 15910155  T
Q  323 tagctatgatatattgctattgga-attgttggaggaagaaagaatacaaacccaaccacaaatgaagaaaactttcaagttctatatcgagattggatt 421  Q
     || || | ||| ||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| |    ||| |||||| | ||||||   |||| ||| |||||     
T  15910154 cagttacggtatgttattgttggagatggttggaggaagaaagaatacaaaaacaacaagtggtgatgaaaacatacaagttgagtatccagactggatc 15910055  T
Q  422 cacggttttcttgaaggagaagaaatacatatcgctatagatgaagagggagattttagaatt 484  Q
    |||  |||  |||||||   ||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15910054 cacaatttgtttgaagg---agatatacaaatccctattgatgaagagggagattttagaatt 15909995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 160; Significance: 5e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 23 - 369
Target Start/End: Original strand, 1652 - 1999
Alignment:
Q  23 caacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaatt 122  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1652 caacaaagatgatttccttggatgggataaattgcaacaaattgctctaggcatagctaatggcattgagtatctccaccaaggttgtgatcaaagaatt 1751  T
Q  123 cttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccccaaaaattacatatttcggtttggctaagatgtgctcaaaaaatcaaa 222  Q
     | |||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||| || || ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  1752 ttacactttgacatcaatcctcataatatcttgctagatgacaatttcactcccaaaatcacagattttggtttggctaagatgtgttcgaaaaatcaaa 1851  T
Q  223 gtaccatatctatgactgcagccagaggaaaattaggatacatggcacccgaagttttttctagaaactttggtaatgtctcttataagtctgatatata 322  Q
    |||   |||| |||||| |||| |  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1852 gtaatgtatccatgactacagctaagggaacattaggctacatggcacctgaagttttttctagaaattttggaaatgtctcttataagtccgatatata 1951  T
Q  323 tagctatgatatattgctattgga-attgttggaggaagaaagaatac 369  Q
     || || | ||| ||  | ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1952 cagttacggtatgttattgttggagatggttggaggaagaaagaatac 1999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 75 - 199
Target Start/End: Original strand, 27696131 - 27696255
Alignment:
Q  75 atagccaatggaatcgagtatcttcaccaaggttgtgatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaaccc 174  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||| | || |||||||| || |    
T  27696131 atagcgaagggaattgagtatcttcatcaaggttgtgataaacgaattctccattttgatatcaaacctcataacgtattgctagacgacaatttcacac 27696230  T
Q  175 caaaaattacatatttcggtttggc 199  Q
    | |||||| |  |||| ||||||||    
T  27696231 ccaaaatttctgattttggtttggc 27696255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University