View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17196_low_2 (Length: 978)

Name: NF17196_low_2
Description: NF17196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17196_low_2
NF17196_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-967)||(52240550-52241499)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 926; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 926; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 967
Target Start/End: Original strand, 52240550 - 52241499
Alignment:
Q  18 atcacagtgtggcaaacctcgcacacaaagatagaaagaagaatgccaaagatagctttaccttgtttcttactatttttaccgaacagagaatgtaatg 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52240550 atcacagtgtggcaaacctcacacacaaagatagaaagaagaatgccaaagatagctttaccttgtttcttactatttttaccgaacagagaatgtaatg 52240649  T
Q  118 atttgggctcatgtttgtgagtttcacttgctgcttcagtttttccatcaaagactgtctcatttgtagaatgagtacttgattctgctttagcatcata 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52240650 atttgggctcatgtttgtgagtttcacttgctgcttcagtttttccatcaaagactgtctcatttgtggaatgagtacttgattctgctttagcatcata 52240749  T
Q  218 tgtaataggactactaagaacatctttaataagagtttgacggctactcgatgaatctggttgagctttggcggaaatgatatggtctacactctggtgt 317  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52240750 tgtaataggactaccaagaacatctttaataagagtttgacggctgctcgatgaatctggttgagctttggcggaaatgatatggtctacactctggtgt 52240849  T
Q  318 gaatctaccttgtttttactgattgtggaagtatttgacacttcttggtttttattactctttaaagaagaaccattgtatgttataggactatcatttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52240850 gaatctaccttgtttttactgattgtggaagtatttgacacttcttgttttttattactctttaaagaagaaccattgtatgttataggactatcatttt 52240949  T
Q  418 gtgtggtaatctcactgacgatccattcgttaggactatcattttgagtggtaatgtcagtgacgatccattccttagcgctcgagcatttctcaagttt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52240950 gtgtggtaatctcactgacgatccattcgttaggactatcattttgagtggtaatgtcagtgacgatccattccttagcgctcgagcatttctcaagttt 52241049  T
Q  518 aatcttatcttttgtccttgaggttctttctgtcctaaaaggcatcgccaaaggtaccacacctttacttgcccatttatatattgagaaatggaactta 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52241050 aatcttatcttttgtccttgaggttctttctgtcctaaaaggcatcgccaaaggtaccacacctttacttgcccatttatatattgagaaatggaactta 52241149  T
Q  618 tcattactggtattattaggagaaacttcagtaatagatctgtcttttttcaaattgtttcctttgtctacttcatcagattggctcaagtttgaaaact 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52241150 tcattactggtattattaggagaaacttcagtaatagatctgtcttttttcaaattgtttcctttgtctacttcatcagattggctcaagtttgaaaact 52241249  T
Q  718 cctttgataatagactttgcatgtaagttggcttaaaatcattttgcaactctttatgttgggctgaaaatctagatagatgagagtctgagaagtctaa 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52241250 cctttgataatagactttgcatgtaagttggcttaaaatcattttgcaactctttatgttgggctgaaaatctagatagatgagagtctgagaagtctaa 52241349  T
Q  818 tccatttgaagcagcaatgccgttgttaagtggattcgtaatcctaggaggggaaccaaatgtctgaaggtccgctccttttgccaatatggcaggaagg 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52241350 tccatttgaagcagcaatgccgttgttaagtggattcgtaatcctaggaggggaaccaaatgtctgaaggtccgctccttttgccaatatggcaggaagg 52241449  T
Q  918 ctgatcagtcgaatttggaaggagtaaacatcagaagcgagttgatgatg 967  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52241450 ctgatcagtcgaatttggaaggagtaaacatcagaagcgagttgaagatg 52241499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University