View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17196_low_7 (Length: 525)

Name: NF17196_low_7
Description: NF17196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17196_low_7
NF17196_low_7
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-511)||(23850983-23851493)
chr2 (1-511)||(23750282-23750792)
chr2 (9-511)||(22617675-22618177)
chr2 (328-511)||(20573499-20573682)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 23851493 - 23850983
Alignment:
Q  1 caatcccacaaaatgttggtcaactttcaaatttacataccctttatatttgtaaaaacaatttgcaagggaaatttcctcatagtttcggtcaacttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23851493 caatcccacaaaatgttggtcaactttcaaatttacataccctttatatttgtaaaaacaatttgcaagggaaatttcctcatagtttcggtcaacttct 23851394  T
Q  101 gaaccttcgcaatttagacttgtctctaaacaatttgggaggcacgttttctgaaataaaatttcccaggtcactagtctatgttaacctcaccaataac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23851393 gaaccttcgcaatttagacttgtctctaaacaatttggaaggcacgttttctgaaataaaatttcccaggtcactagtctatgtgaacctcaccaataac 23851294  T
Q  201 catatcactgggtcacttccccaaaatattgctcatagatttcccaatcttactcatttgcttcttggaaacaacctcataaatgattcaattccaactt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23851293 catatcactgggtcacttccccaaaatattgctcatagatttcccaatcttactcatttgcttcttggaaacaacctcataaatgattcaattccaactt 23851194  T
Q  301 cagtgtgcaaaataaactctttgtatcatcttgacctttcaggaaacaaattagttggcaacattcctgattgttggaattcaactcaaagattgaatga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23851193 cagtgtgcaaaataaactctttgtatcatcttgacctttcaggaaacaaattagttggcaacattcctgattgttggaattcaactcaaagattgaatga 23851094  T
Q  401 gataaacttatcatctaacaaattatctggagttattccgagctcatttggtcacctttccactttggtatggttgcatttgaataataaaagtattcat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23851093 gataaacttatcatctaacaaattatctggagttattccgagctcatttggtcacctttccactttggtatggttgcatttgaataataacagtattcat 23850994  T
Q  501 ggggagtttcc 511  Q
    |||||||||||    
T  23850993 ggggagtttcc 23850983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 23750792 - 23750282
Alignment:
Q  1 caatcccacaaaatgttggtcaactttcaaatttacataccctttatatttgtaaaaacaatttgcaagggaaatttcctcatagtttcggtcaacttct 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| || || ||||||||  ||||| |||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  23750792 caatcccacaaaatattggtcgactttcaaaattgcacaccctttacctttgtcaaaataattttcaagggaaatttcccgatagtttcggtcaactttt 23750693  T
Q  101 gaaccttcgcaatttagacttgtctctaaacaatttgggaggcacgttttctgaaataaaatttcccaggtcactagtctatgttaacctcaccaataac 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||  | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  23750692 gaacctgcgcaatttagacttgtctctcaaccatttgaaatgcatgttttctgaaataaaatttcccaagtcactagcctatgtgaaccgcaccaataac 23750593  T
Q  201 catatcactgggtcacttccccaaaatattgctcatagatttcccaatcttactcatttgcttcttggaaacaacctcataaatgattcaattccaactt 300  Q
    || |||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  23750592 caaatcactggatcccttcccgaaaatattgctcatagattacccaatcttactcacttgcttcttggagacaacctcataaatgattccattccaaact 23750493  T
Q  301 cagtgtgcaaaataaactctttgtatcatcttgacctttcaggaaacaaattagttggcaacattcctgattgttggaattcaactcaaagattgaatga 400  Q
    || |||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23750492 caatgtgcaaaatcaactctctgtacaatcttgacctttcagggaacaagttagttggcaacattcctgattgttggaattcaactcaaagattgaatga 23750393  T
Q  401 gataaacttatcatctaacaaattatctggagttattccgagctcatttggtcacctttccactttggtatggttgcatttgaataataaaagtattcat 500  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  23750392 gataaacctttcatcaaacaaattatcaggtgttattccaagctcgttcggtcatctttcaactttggtatggttacatttgaataataacagtcttcat 23750293  T
Q  501 ggggagtttcc 511  Q
    ||||| |||||    
T  23750292 ggggactttcc 23750282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 9 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 22618177 - 22617675
Alignment:
Q  9 caaaatgttggtcaactttcaaatttacataccctttatatttgtaaaaacaatttgcaagggaaatttcctcatagtttcggtcaacttctgaaccttc 108  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| || ||||| ||| || || |||| || ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  22618177 caaaatattggtcgactttcaaatttgcaaaccctctatcttagtcaaaataaattgcaaggggaatttcctgatagttttggtcaacttttgaacctgc 22618078  T
Q  109 gcaatttagacttgtctctaaacaatttgggaggcacgttttctgaaataaaatttcccaggtcactagtctatgttaacctcaccaataaccatatcac 208  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22618077 gcaatttagacatgtctctaaacaatatggaaggcatgttttctgaaataaaatttcccaagtcactagcctatgtgaacctcaccaaaaaccatatcac 22617978  T
Q  209 tgggtcacttccccaaaatattgctcatagatttcccaatcttactcatttgcttcttggaaacaacctcataaatgattcaattccaacttcagtgtgc 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| | |||    
T  22617977 tgggtcacttcccgaaaatattgctcatagactgcccaatcttactcacttgcttcttggaaacaacctcataaatgactccattccaaattcaatctgc 22617878  T
Q  309 aaaataaactctttgtatcatcttgacctttcaggaaacaaattagttggcaacattcctgattgttggaattcaactcaaagattgaatgagataaact 408  Q
    ||||| |||||| ||||  ||||||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||      
T  22617877 aaaatcaactctctgtacaatcttgacctttcggtgaacaaattaattggcaacattcctgattgttggaattcaactcaaagattgaaccagataaatc 22617778  T
Q  409 tatcatctaacaaattatctggagttattccgagctcatttggtcacctttccactttggtatggttgcatttgaataataaaagtattcatggggagtt 508  Q
    | ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  22617777 tttcatcgaacaaattatcaggtgttattccaagctcgttcggtcagctttcaactttgctatggctgcatttgaataataacaatcttcatggggagtt 22617678  T
Q  509 tcc 511  Q
    |||    
T  22617677 tcc 22617675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 328 - 511
Target Start/End: Original strand, 20573499 - 20573682
Alignment:
Q  328 atcttgacctttcaggaaacaaattagttggcaacattcctgattgttggaattcaactcaaagattgaatgagataaacttatcatctaacaaattatc 427  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  20573499 atcttaacctttcagggaacaatttagttggcaacattcctgattgctggaattcaactcaaagattgaatgagataaacctctcatcgaacaaattatc 20573598  T
Q  428 tggagttattccgagctcatttggtcacctttccactttggtatggttgcatttgaataataaaagtattcatggggagtttcc 511  Q
     || |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  20573599 aggtgttattccaagctcgttcggtcatctttcaactttggcatggctgcatttgaataataacagtcttcatggggagtttcc 20573682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University