View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF17198_low_1 (Length: 1321)
Name: NF17198_low_1
Description: NF17198
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17198_low_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0066 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1072; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1072; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1223
Target Start/End: Complemental strand, 7425669 - 7424454
Alignment:
| Q |
12 |
caccacagacagacccccacctcagactatgaatcaacaatttgtcaatctgccacgacttcggatatttcagacacagcgtaaataatctgtgatgtta |
111 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
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| T |
7425669 |
caccacagacagacccccacctcagactatgaatcaacaatttgtcaatctgccacgacttcggatatttcagacacagcataaataatctgtgatgtta |
7425570 |
T |
|
| Q |
112 |
cagagacatgccctaggacttaaagagctaggt-ttaaaaaggtccgccacaattttaatacaagagcctccaatcacctagttggcataaccaagaaag |
210 |
Q |
| |
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|||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7425569 |
cagagaaatgccctaggacttaaagagctaggtgttaaaaaggtccgccacaattttaatacaagagcctccaatcacctagttggcataaccaagaaag |
7425470 |
T |
|
| Q |
211 |
aacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaatacaaaacacaaaagaaaaaccacctgaatcaagcgaaatcattttggttgggcaatgccaatcaatgt |
310 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7425469 |
aacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaatacaaaacacaaaagaaaaaccacctgaatcaagcaaaatcattttggttgggcaatgccaatcaatgt |
7425370 |
T |
|
| Q |
311 |
tgtcaacaccagaagctacaatacataaataaatgggacagaaacttcttaataggtaactacattcatgataagcaagggaccacgacattcttaaact |
410 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7425369 |
tgtcaacacaagaagctacaatacataaataaatgggacataaacttcttaataggtaactacattcatgataagcaagggaccacgacattcttaaact |
7425270 |
T |
|
| Q |
411 |
tcaacacctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagtt |
510 |
Q |
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|
| T |
7425269 |
tcaacacctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagtt |
7425170 |
T |
|
| Q |
511 |
atagggaagtctctcttattaacaaacaagcagcacctaaagcacacctaagttaagaaaatagtaggcataacgttctcaagagtgaccgcattgttta |
610 |
Q |
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|
| T |
7425169 |
atagggaagtctctcttattaacaaacaagcagcacctaaagcacacctaagttaagaaaatagtaggcataacgttctcaagagtgaccgcattgttta |
7425070 |
T |
|
| Q |
611 |
atattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaaccaaattcaaccataattcattgttgggcatgtca |
710 |
Q |
| |
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|
| T |
7425069 |
atattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaaccaaattcaaccataatttattgttgggcatgtca |
7424970 |
T |
|
| Q |
711 |
tgacatattgcaatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatatttcaaaaccataactagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaa |
810 |
Q |
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|
| T |
7424969 |
tgacatattgccatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatatttcaaaaccataactagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaa |
7424870 |
T |
|
| Q |
811 |
tgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatctgcaatgagg-nnnnnnntagtcacatgcaacaagacacaacattcacatga |
909 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7424869 |
tgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatgtgcaatgaggaaaaaaaatagtcacatgcaacaagacacaacattcacatga |
7424770 |
T |
|
| Q |
910 |
tctcctggtttcttacatcgagtattaatagggagcaggattgttggtctttatctttacttctctattattatgagcaaagaaacatttttcagaacca |
1009 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7424769 |
tctcctggtttcttacatcgagtattaatagggagcaggattgttggtctttatctttacttctctattattatgagcaaagaaacatttttcagaacca |
7424670 |
T |
|
| Q |
1010 |
attaacannnnnnnnnnnnaacttattgtagtaaaatctcatattcaaggagggttgtcttcgctagtagtccacgc--tatagcattttcatttttgga |
1107 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7424669 |
attaacattttttttttttaacttattgtagtaaaatctcatattcaaggagggttgtcttcgctagtagtccacgctatatagcattttcatttttgga |
7424570 |
T |
|
| Q |
1108 |
atcagactatgttggcatagttgcttgaacgacaaaaatcactcatttgacaaacaccaacaacgannnnnnnngcagttaacaacttaacctaatgatt |
1207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7424569 |
atcagactatgttggcatagttgcttgaacgacaaaaatcactcatttgacaaacaccaacaactattttttttgcagttaacaacttaacctaatgatt |
7424470 |
T |
|
| Q |
1208 |
tagtaaaatttaaatg |
1223 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
7424469 |
tagtaaaatttaaatg |
7424454 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 192 - 906
Target Start/End: Original strand, 11356823 - 11357558
Alignment:
| Q |
192 |
gttggcataaccaagaaagaacctgaaccaacaacatcaggttcaagcaatacaaaacacaaaagaaaaaccacctgaa-tcaagcgaaatcattttggt |
290 |
Q |
| |
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|||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || | |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
11356823 |
gttgacataaccaa-aaagaccctgaactaacaacactaggttcaagcaatacaaaacaccaaagaaataccacctaaaataaagcaaaatcattttggt |
11356921 |
T |
|
| Q |
291 |
tgggcaatgccaatcaatgttgtcaacaccagaagctacaatacataaataaatgggaca--gaaacttcttaataggtaactacattcatgataagcaa |
388 |
Q |
| |
|
||||| || ||| || | || || ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||| |||| || || |||| |
|
|
| T |
11356922 |
ggggcattgtcaaccattaatgacagcaccacaatgtacactacgtaaataaatggcacacagagacttcttgttaggtaactccattgatcatgagcat |
11357021 |
T |
|
| Q |
389 |
gggaccacgacattcttaaacttcaacacctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttg |
488 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
11357022 |
tggaccacgaccttcttaaacttcaacaccttaaattttccatgttcctaatatatagtagcatattccgctttatccatcaaccaaccactcattgttg |
11357121 |
T |
|
| Q |
489 |
caaaattccaacaccttgagttatagggaagtctctcttattaacaaacaagcagcac--------------ctaaagcac----acctaagttaagaaa |
570 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||| || |||||||||||| |
|
|
| T |
11357122 |
caaaattccaacaccttgagttataaggaagtctctcttatcaacaaataagcagcactaaaaggctggtcaccaaagcacacatacataagttaagaaa |
11357221 |
T |
|
| Q |
571 |
atagtaggcataacgttctcaagagtgaccgcattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctag |
670 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||| | |||||||| |||||| |||||||||| | | |||| |
|
|
| T |
11357222 |
atagtaggcataacgttctcaagagtgactgcattgtttgatattgacaattggagtttgtgtgctgccatgatagaaaatgaccctaga------ctag |
11357315 |
T |
|
| Q |
671 |
tagaacca-aattcaaccataatt-----cattgttgggcatgtcatgacatattgcaatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatattt |
764 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| ||| | ||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11357316 |
tagaaccacaattcaaccatcatttctcgtctcgttggccacgtcatgac--attgccatgatcatcaacatcggaatgctccaatcagaaactatattt |
11357413 |
T |
|
| Q |
765 |
caaaaccataactagcatcaaaatataatcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatctgcaat |
864 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
11357414 |
caaaaccataactagaatcaaaatatattcccatcaacaatcaaaatgtcacaccaacttaacatggttaaaatttccattcataatgcacaaatgcaat |
11357513 |
T |
|
| Q |
865 |
gagg---nnnnnnntagtcacatgcaacaagacacaacattcaca |
906 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11357514 |
aaggaaaaaaaaaatagtcacatgtaacaagacacaacattcaca |
11357558 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1258 - 1304
Target Start/End: Complemental strand, 7424024 - 7423978
Alignment:
| Q |
1258 |
gatggatgaatgaatgttatggcaacggagaaggccatgatgtctct |
1304 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7424024 |
gatggatgaatgaatgttatggcaacggagaaggccatgatgtctct |
7423978 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1224 - 1259
Target Start/End: Complemental strand, 7424101 - 7424066
Alignment:
| Q |
1224 |
attttgaaagtcacctttgaaacaaaccacaaagga |
1259 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7424101 |
attttgaaagtcacctttgaaacaaaccacaaagga |
7424066 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 225; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 318 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 12490904 - 12490232
Alignment:
| Q |
318 |
accagaagctacaatacataaataaatgggacagaaa--cttcttaataggtaactacattcatgataagcaagggaccacgacattcttaaacttcaac |
415 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
12490904 |
accacaagctacactacatgaataaatgggacataaagacttcttgataggtaactcaattcataataagtagaggaccacgaccttcttaaacttcaac |
12490805 |
T |
|
| Q |
416 |
acctttaacttgccatgtttctaatatatagtagcatatccccctttattcatcgaccaatcactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagg |
515 |
Q |
| |
|
||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12490804 |
accttaaatttgtcatgttcctaatatatagtagcatattcccctttatccatcaaccaaccactcattgttgcaaaattccaacaccttgagttatagg |
12490705 |
T |
|
| Q |
516 |
gaagtctctcttattaacaaacaagcagcac--------------ctaaagcacacctaagttaagaaaatagtaggcataacgttctcaagagtgaccg |
601 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |
|
|
| T |
12490704 |
gaagtctctcttatcaacaaacaagcaacactaaaaggcttgtcaccaaagcacacataagttaagaatatagtaggcataacgttctcaagagtgcctg |
12490605 |
T |
|
| Q |
602 |
cattgtttaatattgaaaactggaatatgtgtgctaccatgacagaaaatgacaacaaaaagaccctagtagaacca-aattcaaccataattcattgtt |
700 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| |||| | |||||||| |||| |||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
12490604 |
cattgtttgatattgaaaattggactttgtgtgctgccataacagaaaatgaccctaga------ctagtagaaccacaattcaaccatcatttcttgtt |
12490511 |
T |
|
| Q |
701 |
gggcatgtcatgacatattgcaatgattatcaacatcgaaatgctccaatcagaaattatatttcaaaaccataactagcatcaaaatataatcccatca |
800 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12490510 |
gggcacgtcatgac--attgccatgatcatcagcatcggaatgctcctatcagaaactgtatttcaaaaccataactataatcaaaatataatctcatca |
12490413 |
T |
|
| Q |
801 |
acaatcaaaatgtcacaccaactcaacatggttaaaatttccattcataatgtacatctgcaatgagg-nnnnnnntagtcacatg----caacaagaca |
895 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||| |||||| || |
|
|
| T |
12490412 |
acaatcaaaatgatacatcaatttaacatggtgaaaatttccattcataaagtacaaatgcaataaggaaaaaaaatagtcacatgtaacaaacaagtca |
12490313 |
T |
|
| Q |
896 |
caacattcac---atgatctcctggtttcttacatcgagtattaat-agggagcaggattgt-tggtctttatctttactt |
971 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12490312 |
caacattcacacaatgatctactggattcttacatcgtgtattaatcagggagcataattttccggtctttatctttactt |
12490232 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0066 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0066
Description:
Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 89
Target Start/End: Original strand, 18060 - 18139
Alignment:
| Q |
10 |
agcaccacagacagacccccacctcagactatgaatcaacaatttgtcaatctgccacgacttcggatatttcagacaca |
89 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18060 |
agcaccatagacacaccccctcctcagactatgaatcaaaaaactgccaaactgccgcaacttcggatatttcagacaca |
18139 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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