View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17198_low_26 (Length: 359)

Name: NF17198_low_26
Description: NF17198
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17198_low_26
NF17198_low_26
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (18-353)||(51302874-51303211)
chr4 (18-256)||(5203941-5204181)
chr4 (31-253)||(10470085-10470309)
chr4 (92-262)||(10484002-10484174)
chr4 (162-353)||(40789319-40789511)
chr4 (46-286)||(38224499-38224741)
chr4 (46-132)||(40789046-40789132)
chr4 (43-196)||(38945688-38945843)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (18-262)||(35060903-35061149)
chr2 (211-309)||(3276055-3276153)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (43-252)||(1928848-1929059)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (175-234)||(29339734-29339793)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 18 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 51303211 - 51302874
Alignment:
Q  18 atgacatcttgccaggtgagatttttgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgc 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51303211 atgacatcttgctaggtgagatttttgttatctatcacgggttgatcatggcaaaggatttgggatatgtcgaccttgtttgatattctgattatcttgc 51303112  T
Q  118 ttgcatcaacct--tatatgatcccattaagaggttccatatttatgttgttatcatataagacataaaacaaatgcttcatcaaatcaatgtaacagtt 215  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  51303111 ttgcatcaaccttgtatatgaccccattaagaggttccatatttatgttgttatcatacaagacataaaacaaatgcttcatcaactcaatgtaacggtt 51303012  T
Q  216 tcccacactctt-agagaggagaatcaatgtgcagactatatgtcaaaactttgcgcttcttatgatgttgagtttctgcttcatgattccccctgctgg 314  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51303011 tctcacactcttaagagaggagaatcaatgtgcagactatatgacaaagcttgaagcttcttatgatgttgagtttctgcttcatgattccccctgctgg 51302912  T
Q  315 tcttattgatctcctaagaagcgatgtcgttggcccttt 353  Q
     ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51302911 ccttgttgatctcctaagaagcga-gtcgttggcccttt 51302874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 5204181 - 5203941
Alignment:
Q  18 atgacatcttgccaggtgagatttttgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgc 117  Q
    |||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||||    
T  5204181 atgacatcttgctaggtgatctttctgctatctatcacgggctgatcatggcaaaggatttgggatatgcagaactttcttgctattctgattctcttgc 5204082  T
Q  118 ttgcatcaaccttatat--gatcccattaagaggttccatatttatgttgttatcatataagacataaaacaaatgcttcatcaaatcaatgtaacagtt 215  Q
    |||||||||||||||||  |  |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  5204081 ttgcatcaaccttatatatggccccattgagaggttccatatctatgctgttatcatacaagacataaaacaaatgcttcaacaaatcaatgtaacggtt 5203982  T
Q  216 tcccacactcttagagaggagaatcaatgtgcagactatat 256  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5203981 tctcacactcttagagaggggaatcaatgtgcaaactatat 5203941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 31 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 10470309 - 10470085
Alignment:
Q  31 aggtgagatttttgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaacctt 130  Q
    ||||||| ||| ||||| || ||||| | |||||||||| || |||||| | |||||  | |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  10470309 aggtgagctttctgctacctgtcacgggctgatcatggctaaagatttgagttatgcaaaacttgcttgctattctgattctcttgcttgcgtcaacctt 10470210  T
Q  131 at--atgatcccattaagaggttccatatttatgttgttatcatataagacataaaacaaatgcttcatcaaatcaatgtaacagtttcccacactctta 228  Q
    ||  ||| ||||||   ||| | |||||| ||||| ||| ||||  |||| ||||||||||||||||| |||| ||||  ||| ||||| ||||||||||    
T  10470209 attaatggtcccatcgtgagataccatatctatgtggttctcatccaagagataaaacaaatgcttcaacaaaccaatccaacggtttctcacactctta 10470110  T
Q  229 gagaggagaatcaatgtgcagacta 253  Q
    |||||| ||| || |||||||||||    
T  10470109 gagaggggaaccattgtgcagacta 10470085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 92 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 10484174 - 10484002
Alignment:
Q  92 cttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttat--atgatcccattaagaggttccatatttatgttgttatcatataagacataaaacaaa 189  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||| ||||||| |||| | |||||| | ||||||| ||||  |||| ||||||| ||    
T  10484174 cttgcttgctattctgattctcttgcttgtatcaaccttattaatggtcccattgagagataccatatctctgttgttctcatccaagagataaaaccaa 10484075  T
Q  190 tgcttcatcaaatcaatgtaacagtttcccacactcttagagaggagaatcaatgtgcagactatatgtcaaa 262  Q
    ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||| ||| ||||    
T  10484074 tgcttcaacaaatcaatgcaacaatttctcacactcttagagaagggaaccattgggcagactacatggcaaa 10484002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 162 - 353
Target Start/End: Original strand, 40789319 - 40789511
Alignment:
Q  162 gttgttatcatataagacataaaacaaatgcttcatcaaatcaatgtaacagtttcccacactcttagagaggagaatcaatgtgcagactatatgtcaa 261  Q
    |||||| |||||| |||||| |||||| | ||||| |||| |||| |||| ||||| | |||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||| |||    
T  40789319 gttgttctcatatgagacatgaaacaatttcttcaacaaaccaatctaacggtttctcgcactcttagagaggggaaccattgtgcagactacatggcaa 40789418  T
Q  262 aactttgcgcttcttatgatgttgagtttctgcttcatgat-tccccctgctggtcttattgatctcctaagaagcgatgtcgttggcccttt 353  Q
    | |||   ||||||| | |||| ||  |||| ||||||||| ||||| | || ||||| || |||| ||||| |||||||||| |||| ||||    
T  40789419 agcttgaagcttcttctaatgtggaacttcttcttcatgatgtccccttacttgtcttgttaatcttctaagtagcgatgtcgctggcacttt 40789511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 46 - 286
Target Start/End: Original strand, 38224499 - 38224741
Alignment:
Q  46 tatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttata--tgatcccatt 143  Q
    |||||||||| |  |||||||||  ||||||||||| ||| |  | ||||||||||| ||||||||||||| |||| | || ||||||  ||  ||||||    
T  38224499 tatctatcacaatctgatcatggagaaggatttgggttatacaaagcttgtttgctactctgattatcttgtttgcgttaatcttataaatggccccatt 38224598  T
Q  144 aagaggttccatatttatgttgttatcatataagacataaaacaaatgcttcatcaaatcaatgtaacagtttcccacactcttagagaggagaatcaat 243  Q
     || | |  || || ||||||||| ||||  |||||||||| ||| ||||||| || | ||  ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| |    
T  38224599 gagtgttatcacatctatgttgttctcatcaaagacataaagcaattgcttcaccataccagcgtaacggtttctcacactcttagagagaaaaatcagt 38224698  T
Q  244 gtgcagactatatgtcaaaactttgcgcttcttatgatgttga 286  Q
    |||||||||  ||| |||| ||| | ||||||| |||| ||||    
T  38224699 gtgcagacttaatggcaaagcttagagcttcttctgatattga 38224741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Original strand, 40789046 - 40789132
Alignment:
Q  46 tatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttat 132  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||  ||| | ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  40789046 tatctatcatgagctgatcatgacaaaagatttggtttatccagaatttgtttgctattctgattctcttgcttgcatcaactttat 40789132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 196
Target Start/End: Original strand, 38945688 - 38945843
Alignment:
Q  43 tgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttat--atgatccc 140  Q
    |||||| |||||||   |||||||||| ||||||||||| ||| |  | ||||||||||| || |||| ||||| |||||| || |||||  |||| ||     
T  38945688 tgctatttatcacggtctgatcatggcgaaggatttgggttatacatagcttgtttgctactcggattctcttgtttgcattaatcttataaatgacccg 38945787  T
Q  141 attaagaggttccatatttatgttgttatcatataagacataaaacaaatgcttca 196  Q
    ||| ||| || |||||| ||||||||| ||||  |||||||||| ||| |||||||    
T  38945788 attgagacgtaccatatctatgttgttttcatccaagacataaagcaattgcttca 38945843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 35061149 - 35060903
Alignment:
Q  18 atgacatcttgccaggtgagatttttgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgc 117  Q
    |||| ||| ||| ||||||| ||| |||||| ||||| | | | ||||||||||| |||||||| |||||  | |||| |||||||||||||| ||||||    
T  35061149 atgatatcctgctaggtgagctttctgctatatatcatgggctaatcatggcaaaagatttgggttatgcataacttgcttgctattctgattctcttgc 35061050  T
Q  118 ttgcatcaaccttat--atgatcccattaagaggttccatatttatgttgttatcatataagacataaaacaaatgcttcatcaaatcaatgtaacagtt 215  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||| | |||| |||||| ||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  35061049 ttgcatcaaccttattaatggtcccattgaaaggtaccatatctacattgttctcatccaagacataaaacaaatgcttcaacaaaccaatgtaacagtt 35060950  T
Q  216 tcccacactcttagagaggagaatcaatgtgcagactatatgtcaaa 262  Q
    || |||||||||||||||  ||| || |||||| |||| ||| ||||    
T  35060949 tctcacactcttagagagaggaaccattgtgcaaactacatggcaaa 35060903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 211 - 309
Target Start/End: Original strand, 3276055 - 3276153
Alignment:
Q  211 cagtttcccacactcttagagaggagaatcaatgtgcagactatatgtcaaaactttgcgcttcttatgatgttgagtttctgcttcatgattccccct 309  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||| |||||||||  |||| |||||||||| |||||    
T  3276055 cagtttctcacacttttagagaggagaatcaatgtgcagattatatggcaaaacttggagcttcttctgatgttgaacttcttcttcatgatttcccct 3276153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 1929059 - 1928848
Alignment:
Q  43 tgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttat--atgatccc 140  Q
    |||||||||||| |   |||||||||  ||||||||| | ||| | || ||||||||||| ||||||| ||||| |||||| || |||||  |||| ||     
T  1929059 tgctatctatcatggtctgatcatggagaaggatttgagttatacagagcttgtttgctactctgattctcttgtttgcattaatcttataaatgaccct 1928960  T
Q  141 attaagaggttccatatttatgttgttatcatataagacataaaacaaatgcttcatcaaatcaatgtaacagtttcccacactcttagagaggagaatc 240  Q
    ||| |||||| ||  || ||||||||| ||||  || |||||||  || || |||| || | ||| |||||  |||| |||||||||||||||   ||||    
T  1928959 attgagaggtacctcatctatgttgttctcatccaaaacataaagtaattgtttcaccataacaacgtaacgatttctcacactcttagagagagaaatc 1928860  T
Q  241 aatgtgcagact 252  Q
    | ||||||||||    
T  1928859 agtgtgcagact 1928848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 175 - 234
Target Start/End: Original strand, 29339734 - 29339793
Alignment:
Q  175 aagacataaaacaaatgcttcatcaaatcaatgtaacagtttcccacactcttagagagg 234  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||    
T  29339734 aagacataaaacaattgctccaccaaatcaatgtgacggtttctcacgctcttagagagg 29339793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University