View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17202_low_4 (Length: 752)

Name: NF17202_low_4
Description: NF17202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17202_low_4
NF17202_low_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-752)||(10928246-10929002)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 10929002 - 10928246
Alignment:
Q  19 cgtagcaccgttctgtagttcatttgtaaaagnnnnnnnncctagtgaggatcagttaaaattaacaactaaaaatgatagtgagaggatagatccaatt 118  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10929002 cgtagcaacattctgtagttcatttgtaaaagaaaaaaaacctagtgaggatcagttaaaattaacaactaaaaatgatagtgagaggatagatccaatt 10928903  T
Q  119 acgagaccatcaacagagctaactaatcaaatgttcaacactaacaatgaagtagaaatcggcctaacatcattaaaagaggtggctgc-ttggcagact 217  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  10928902 atgagaccatcaacagagctaactaatcaaatgttaaacactaacaatgaagtagaaatcggcctaacatcattaaaagaggtggctgccttggcaggct 10928803  T
Q  218 gataacaaaa-tctccagctttaataagttgaggtcactgacttcttagttcttacgtgattcattatcgctggatgggaattgttttagcaaaactagt 316  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  10928802 gataacaaaaatctccagatttaataagttgaggtcactgacttcttagttcttttgtgattcattatcgcttgatgggaattgttttagcaaaagtagt 10928703  T
Q  317 aatttctttgtaaaatgtaacagtagatcacaaatggaaaattgcaaaagcaaggatatattagctgtaacaactaggagtctgcagatatgtgaaatgt 416  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10928702 attttctttgtaaaatgtaacagtagttcacaaatggaaaattgcaaaagcaaggatatattggctttaacaactaggagtctgcagatatgtgaaatgt 10928603  T
Q  417 tcttgttaacctaactgaactggtaatcaaaggtttgaagcggttaagagaaaagtttacctgaaggagcaaactgacaacatggacctgcctatgaact 516  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10928602 tcttgctaacctaactgaactggtaatcaaaagtttgaagcggttaagagaaaagtttacctgaaggagcaaactgacaacatggacctgcctatgaact 10928503  T
Q  517 acagctgcaactagtgcattacaatccacatttgtgtgaagagaaggcttaagtgactgtaaaagcacccggtctgtcgcacttgcatccacaccacact 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10928502 acagctgcaactagtgcattacaatccacatttgtgtggagagaaggcttaagtgactgtaaaagcacccggtccgtcgcacttgcatccacaccacact 10928403  T
Q  617 gccatcgaaaaaagatctcaaatttagcatattgtaccaaacattt--------------------actgcaaataataagctgagtac-tggcaggcac 695  Q
    | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||                    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10928402 gtcattgaaaaaagaactcaaatttagcatattgtaccaagtatttaccaataaccgtaagctaaaactacaaataataagctgagtacttggcaggcac 10928303  T
Q  696 atgtttatttagaatcctatggaggatgaaaactaaataatactcaaggtaacacta 752  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  10928302 atgtttatttagaatcctatggaggatgaaagctaaataatactctaggtgacacta 10928246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University