View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17203_high_8 (Length: 722)

Name: NF17203_high_8
Description: NF17203
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17203_high_8
NF17203_high_8
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-705)||(54786882-54787564)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 705
Target Start/End: Original strand, 54786882 - 54787564
Alignment:
Q  13 gagaggaggaagagatgttttccaactattagaggcaaagacatattactttctatgtggtagaggcttttgcttccatggaatgaaggttgatattaac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54786882 gagaggaggaagagatgttttccaactcttagaggcaaagacatattactttctatgtggtagaggcttttgcttccatggaatgaaggttgatattaac 54786981  T
Q  113 gttgaaccactcccacctgacaatgcctctctaatagtgcccgaaaaagcttgttcaacaagaaagatgaatcaaattaagttgtcgtctgtgcttttag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54786982 gttgaaccactcccacctgacaatgcctctccaatagtgcccgaaaaagcttgttcaacaagaaagatgaatcaaattaagttgtcgtctgtgcttttag 54787081  T
Q  213 tcttagctatgacatggatcttcttgtagagaagacattagacatatcaaattttatcatttgtctttgattattgttagcatttcatctatatgtttta 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54787082 tcttagctatgacatggatcttcttgtagagaagacattagacatatcaaattttatcatttgcctttgattattgttagcatttcatctatatgtttta 54787181  T
Q  313 gttatcatttgattgtaataacaaatgtaattcaataagaatcaaaattaaatttatgtcactctattgtcgtatcatttgtacatatgcatgtattagt 412  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54787182 gttatcatttgactgtaataacaaatgtaattcaa----------aattaaatttatgtcactctattgtcgtatcatttgtacatatgcatgtagtagt 54787271  T
Q  413 catgagaagcaaaattttaattctagaccacgtacaaattcaaaagaaactcgtaactaccagtgaataagagaacatattggttgaaacttatgcaaca 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54787272 catgagaagcaaaattttaattctagaccacgtacaaattcaaaagaaactcgtaactaccagtgaataagagaacatattggttgaaacttatgcaaca 54787371  T
Q  513 tgtaataaaatgttctacttctacacatactgaaagataataaatgtttttatggcattacttcaactaagcaaccaaacaccaaagtaattgtataagc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54787372 tgtaataaaatgttctacttctacacatactgaaagataataaatgtttttatggcattacttcaactaagcaaccaaacaccaaagtaattgtataagc 54787471  T
Q  613 atttgccactgtctcgtgcacaagtagctgaaataaattctaagcttaaaattttgcaaaatcactttgtttgcaatttctacaaccaatagt 705  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54787472 ctttgccattgtctcgtgcacaagtagctgaaataaattctaagcttaaaattttgcaaaatcactttgtttgcaatttctacaaccaatagt 54787564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University