View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17203_low_107 (Length: 244)
Name: NF17203_low_107
Description: NF17203
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17203_low_107 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Original strand, 280378 - 280586
Alignment:
| Q |
18 |
cacagagacaaataaacaggtacgtatggtttttgttttctgaattcttatcatcaaaatgcatctgattgaaacatattcaatatcacaattcaatact |
117 |
Q |
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| T |
280378 |
cacagagacaaataaacaggtacgtatggtttttgttttctgaattcttatcatcaaaatgcatctgattgaaacatattcaatatcacaattcaatact |
280477 |
T |
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| Q |
118 |
actatagtttattattataaagatgtttattttagatataattaagggatggatagatatatcatattctccctcttgctcttgtattgtattttatcca |
217 |
Q |
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| T |
280478 |
gctatagtttattattataaagatgtttattttagatataattaagggatggatagatatatcatattctccctcttgctcttgtattatattttatcca |
280577 |
T |
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| Q |
218 |
taagttctt |
226 |
Q |
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| T |
280578 |
taagttctt |
280586 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 635474 - 635266
Alignment:
| Q |
18 |
cacagagacaaataaacaggtacgtatggtttttgttttctgaattcttatcatcaaaatgcatctgattgaaacatattcaatatcacaattcaatact |
117 |
Q |
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| T |
635474 |
cacagagacaaataaacaggtacgtatggtttttgttttctgaattcttatcatcaaaatgcatctgattgaaacatattcaatatcacaattcaatact |
635375 |
T |
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| Q |
118 |
actatagtttattattataaagatgtttattttagatataattaagggatggatagatatatcatattctccctcttgctcttgtattgtattttatcca |
217 |
Q |
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| T |
635374 |
gctatagtttattattataaagatgtttattttagatataattaagggatggatagatatatcatattctccctcttgctcttgtattatattttatcca |
635275 |
T |
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| Q |
218 |
taagttctt |
226 |
Q |
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| T |
635274 |
taagttctt |
635266 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 821277 - 821069
Alignment:
| Q |
18 |
cacagagacaaataaacaggtacgtatggtttttgttttctgaattcttatcatcaaaatgcatctgattgaaacatattcaatatcacaattcaatact |
117 |
Q |
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| T |
821277 |
cacagagacaaataaacaggtacgtatggtttttgttttctgaattcttatcatcaaaatgcatctgattgaaacatattcaatatcacaattcaatact |
821178 |
T |
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| Q |
118 |
actatagtttattattataaagatgtttattttagatataattaagggatggatagatatatcatattctccctcttgctcttgtattgtattttatcca |
217 |
Q |
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| T |
821177 |
gctatagtttattattataaagatgtttattttagatataattaagggatggatagatatatcatattctccctcttgctcttgtattatattttatcca |
821078 |
T |
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| Q |
218 |
taagttctt |
226 |
Q |
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| T |
821077 |
taagttctt |
821069 |
T |
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