View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17209_low_3 (Length: 793)

Name: NF17209_low_3
Description: NF17209
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17209_low_3
NF17209_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-782)||(3899014-3899780)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 782
Target Start/End: Original strand, 3899014 - 3899780
Alignment:
Q  18 cattggacgcggccaagaatgtcgtggctgggaaggagtaagggatatttaatgtaaaaaatgatgaattaaggcattaatcaatcggtattatattata 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899014 cattggacgcggccaagaatgtcgtggctgggaaggagtaagggatatt-aatgtaaaaaataatgaattaaggcattaatcaatcggtattatattata 3899112  T
Q  118 atgctgtgaatttatgtttctcaactttcataatacatatatgtttgttaacatgtgctgcataattccctcaagaaattgattgttatatgtactcttt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899113 atgctgtgaatttatgtttctcaactttcataatacagatatgtttgttaacatgtgctgcataattccctcaagaaattgattgttatatgtactcttt 3899212  T
Q  218 tgacaacaacaa---taataataaccaatattaacatacatgtgtaccgagtttggagataatttttagttaaatgaaaagctatcatcaannnnnnnnn 314  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  3899213 tgacaacaacaacaataataataaccaatattaacatacatgtgtaccgagtttggagataatttttagttaaatgaaaagctatcatcaatgtgtgtgt 3899312  T
Q  315 nnngtgggggttgcagtggtttttcttcctcttccaaccatcgaaaaatgttgaaaagatatgagaatcaataaataatttccacaaacggcactaataa 414  Q
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3899313 gtggtgggggttgcagtggtttttctttctcttccaaccatcgaaaaatgttgaaaagatatgagaatcaataaataatttccacaaacagcactaataa 3899412  T
Q  415 tttagagtggacttgaagacgacaatttaaaattgctctaacacgatggaggatcgatgttgatcagcaaaatgagcggtgtacctgattccaacgcata 514  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  3899413 tttagagtggacttgaagacaacaatttaaaattgctctaacacgatggaggatcgatgttgatcagcaaaatgagtggtgtacctgattccaacgctta 3899512  T
Q  515 agccggtgagggttttaggagagtttataggtttaaccgaatgaaaaatatacctttcacctggcatttaggttatgtttaattgattctaggttcaaaa 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899513 agccggtgagggttttaggagagtttataggtttaaccgaatgaaaaatatacctttcacctgacatttaggttatgtttaattgattctaggttcaaaa 3899612  T
Q  615 tggctacgcggttatgacatatcctacatgaatcacatatcgtttgtctgattgtcacatagggccatgatttaatcaagagattttggttctttgtgtt 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3899613 tggctacgcggttatgacatatcctacatgaatcacatatcgtttgtctgattgtcacatagggccatgatttaatcaagagaatttggttctttgtgtt 3899712  T
Q  715 attgagcagggtgtggtctgtatcactaaagatgggcatttgtggattggtccgtgtttctcgttcat 782  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899713 attgagcagggtgtggtctgtatcactaaagatgggcatttgtggattggtccgtgtttctcgttcat 3899780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University