View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17210_low_2 (Length: 711)

Name: NF17210_low_2
Description: NF17210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17210_low_2
NF17210_low_2
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-697)||(45945174-45945870)
chr1 (414-696)||(45938761-45939044)
chr1 (1-131)||(45938410-45938540)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (259-344)||(41964101-41964185)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 697
Target Start/End: Original strand, 45945174 - 45945870
Alignment:
Q  1 gactaaggttggagggacaacttttgataaggaaggttataaacacactgcagctgatttgttagagtatgccgatccaaagagaatttctgtttatttg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45945174 gactaaggttggagggacaattttcgataaggaaggtcataaacacactgcagctgatttgttagagtatgccgatccaaagagaatttctgtttatttg 45945273  T
Q  101 catgccacagttcaaaagatactattcaagtggaatgcaggtatgtaatgtatctaagaatacatatgcctcattgttagctacttagctttttacatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45945274 catgccacagttcaaaagatactattcaagtggaatgcaggtatgtaatgtatctaagaatacatacgcctcattgttagctacttagctttttacatcg 45945373  T
Q  201 gatccaacactattggtcttggtgtgtaactcaatgaatagactccgataccatataggaaatagatgaaattaattatgacaagtagcaaaatttaata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45945374 gatccaacactattggtcttggtgtgtaactcaatgaatagactccgataccatataggaaatagatgaaattaattatgacaagtagcaaaatttaata 45945473  T
Q  301 gttttattagtttctttacacagccttaagctaacagttaaaaaggaacgaatgtttgcaacaaaaacaaaagacggaatggaggtattgatgtttttga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45945474 gttttattagtttctttacacagccttaagctaacagttaaaaaggaacgaatgtttgcaacaaaaaaaagagacggaatggaggtattgatgtttttga 45945573  T
Q  401 acattttattttgtacagaaaaaaggaggccacaagcttatggagtgattttcaaagatacattaggaatcatacatagagcatacataatctccaaagt 500  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45945574 actttttattttgtacagaaaaagggaggccacaagcttatggagtgattttcaaagatacattaggaatcatacatagagcatacataatctccaaagt 45945673  T
Q  501 ggataatgaaataattgtatcagctggtgcaattggaagtccacagttactgatgctgagtggcattggtcctgctaaccatcttaaggaacatggaatc 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||    
T  45945674 ggataatgaaataattgtatcagctggtgcaattggaagtccacagttactgatgctgagtggcattggtcctgctaaccatcttaaggcgcttggaatc 45945773  T
Q  601 caggtggttatggatcagccttttgttggtcaagggatggcagatagtccaaaaaatgttcttgttgttccttctcctttaccagtagaactttctg 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45945774 caggtggttatggatcagccttttgttggtcaagggatggcagatagtccaaaaaatgttcttgttgttccttctcctttaccagtagaactttctg 45945870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 414 - 696
Target Start/End: Original strand, 45938761 - 45939044
Alignment:
Q  414 tacagaaaaaaggaggccacaagcttatggagtgattttcaaagatacattaggaatcatacatagagcat-acataatctccaaagtggataatgaaat 512  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||    
T  45938761 tacagaaaaagggaggccacaagcatatggagtgatattcaaagatacattgggaatcatacaaagagcaacacataagctccaaagtgaagaatgaaat 45938860  T
Q  513 aattgtatcagctggtgcaattggaagtccacagttactgatgctgagtggcattggtcctgctaaccatcttaaggaacatggaatccaggtggttatg 612  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  45938861 aatagtatcagctggtgctattggaagtccacaattgttgatgccaagtggcattggtcctgctaaccatcttaaggaacatggaattcaagtggttttg 45938960  T
Q  613 gatcagccttttgttggtcaagggatggcagatagtccaaaaaatgttcttgttgttccttctcctttaccagtagaactttct 696  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||  ||  |||| ||||||||||||||| |||| || ||| |||||    
T  45938961 gatcagcctttggtaggtcaagggatggcagataatccaatgaacattctagttgttccttctcctctacccgttgaagtttct 45939044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 131
Target Start/End: Original strand, 45938410 - 45938540
Alignment:
Q  1 gactaaggttggagggacaacttttgataaggaaggttataaacacactgcagctgatttgttagagtatgccgatccaaagagaatttctgtttatttg 100  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  45938410 gactaaggttggtgggacaatttttgataaggaaggttatagacacactgcagctgatttgttagagtatgctgatccaaagaaaatttcggtttatttg 45938509  T
Q  101 catgccacagttcaaaagatactattcaagt 131  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45938510 catgcgacagttcaaaagatactattcaagt 45938540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 259 - 344
Target Start/End: Original strand, 41964101 - 41964185
Alignment:
Q  259 gaaatagatgaaattaattatgacaagtagcaaaatttaatagttttattagtttctttacacagccttaagctaacagttaaaaa 344  Q
    |||||||||||||||  |||||| || || ||||||||||||| |||||| |||| | || |||| |||||  |||||||||||||    
T  41964101 gaaatagatgaaattgtttatgaaaa-tatcaaaatttaatagatttattggtttgtgtaaacagtcttaaagtaacagttaaaaa 41964185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University