View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17211_low_1 (Length: 846)

Name: NF17211_low_1
Description: NF17211
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17211_low_1
NF17211_low_1
[»] chr2 (38 HSPs)
chr2 (1-792)||(9026154-9026937)
chr2 (1-739)||(9020279-9020998)
chr2 (33-524)||(8988084-8988574)
chr2 (541-828)||(8995739-8996026)
chr2 (546-828)||(8987806-8988087)
chr2 (85-507)||(9031707-9032120)
chr2 (3-413)||(9016238-9016645)
chr2 (1-268)||(8973195-8973463)
chr2 (15-256)||(8984588-8984830)
chr2 (1-277)||(9030274-9030544)
chr2 (38-281)||(8992018-8992262)
chr2 (1-281)||(9023319-9023584)
chr2 (1-155)||(9008018-9008172)
chr2 (172-421)||(8996098-8996339)
chr2 (79-236)||(8979237-8979395)
chr2 (284-449)||(9023133-9023294)
chr2 (9-159)||(43850042-43850191)
chr2 (13-158)||(32918074-32918218)
chr2 (316-445)||(8991882-8992013)
chr2 (35-227)||(2841008-2841201)
chr2 (37-163)||(30731997-30732122)
chr2 (316-446)||(8973044-8973176)
chr2 (1-150)||(19232357-19232504)
chr2 (13-155)||(30733985-30734126)
chr2 (123-402)||(8975440-8975724)
chr2 (639-739)||(8974283-8974383)
chr2 (483-580)||(8975304-8975399)
chr2 (207-263)||(9007956-9008012)
chr2 (740-824)||(8974161-8974245)
chr2 (316-411)||(9030166-9030262)
chr2 (44-145)||(10763878-10763978)
chr2 (9-60)||(8913027-8913078)
chr2 (449-511)||(8996030-8996092)
chr2 (85-150)||(6471749-6471813)
chr2 (85-148)||(35701893-35701956)
chr2 (16-99)||(8996343-8996426)
chr2 (114-149)||(39814115-39814150)
chr2 (8-121)||(17275862-17275974)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (5-739)||(33987487-33988216)
chr1 (13-163)||(14654309-14654458)
chr1 (13-163)||(14664100-14664249)
chr1 (2-163)||(14708567-14708727)
chr1 (33-163)||(14669698-14669827)
chr1 (33-163)||(14706077-14706206)
chr1 (5-159)||(38175491-38175644)
chr1 (13-162)||(14674471-14674619)
chr1 (13-152)||(14652525-14652663)
chr1 (13-152)||(14662316-14662454)
chr1 (13-159)||(14681592-14681737)
chr1 (33-159)||(14683743-14683868)
chr1 (33-163)||(14716280-14716409)
chr1 (13-162)||(14679849-14679997)
chr1 (13-161)||(28366167-28366315)
chr1 (10-149)||(11872446-11872585)
chr1 (71-159)||(14676625-14676713)
chr1 (34-155)||(14667101-14667221)
chr1 (740-828)||(33987360-33987448)
chr1 (85-146)||(37422175-37422236)
chr1 (85-156)||(28698549-28698620)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (2-227)||(3461100-3461325)
chr4 (3-227)||(11652351-11652575)
chr4 (1-161)||(50077156-50077315)
chr4 (34-160)||(49106519-49106644)
chr4 (9-159)||(49108598-49108747)
chr4 (33-151)||(26998729-26998846)
chr4 (45-151)||(26984668-26984773)
chr4 (10-124)||(21503706-21503819)
chr4 (90-151)||(48205832-48205893)
chr4 (92-145)||(6431957-6432010)
chr4 (85-150)||(41013586-41013651)
chr4 (106-145)||(26982549-26982588)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (2-227)||(41841110-41841335)
chr8 (3-152)||(40054312-40054460)
chr8 (10-158)||(44878977-44879124)
chr8 (10-158)||(44880797-44880944)
chr8 (13-155)||(10944368-10944509)
chr8 (85-227)||(42555123-42555266)
chr8 (8-150)||(37679757-37679898)
chr8 (65-152)||(37682057-37682144)
chr8 (85-227)||(42220886-42221027)
chr8 (85-228)||(42091944-42092087)
chr8 (109-159)||(42872514-42872564)
chr8 (85-135)||(44582870-44582920)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-161)||(10795847-10796006)
chr6 (1-161)||(10791609-10791768)
chr6 (1-152)||(30521242-30521392)
chr6 (85-150)||(8875691-8875756)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (34-227)||(1716441-1716634)
chr5 (2-193)||(3643599-3643789)
chr5 (33-159)||(7524961-7525086)
chr5 (33-148)||(4103249-4103363)
chr5 (42-150)||(16037861-16037966)
chr5 (454-567)||(3643056-3643164)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-152)||(27134511-27134661)
chr7 (33-146)||(8128149-8128260)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (104-150)||(15758562-15758608)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 38)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 9026937 - 9026154
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9026937 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccactcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactg 9026838  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  9026837 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatataccacatcccttcact 9026738  T
Q  200 tgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgttttctttattcttaat 299  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    ||||     | ||||| |||||||||||||||     
T  9026737 tgctttcttgaacaaccgatatgggacttttttgaaacagcttgcttggtagactttcttcct---ccttt-----ttctttgatttctttattcttaaa 9026646  T
Q  300 acattgtcatcaatctatcagagt--agatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatc 397  Q
    ||||| ||||||    ||||||||  | ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9026645 acattatcatca----atcagagtaaaaatacacacacataggccatcgtgatgaattgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaagcaaaatatc 9026550  T
Q  398 atgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcatttttgtgttcatttatttgtttttgagtg 497  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  9026549 atgatcttattcttttcttatcccttgcttttgttgatgggctaacttgctaaggctattatatctttcatctttgtgttcattcatttgtttttgagtg 9026450  T
Q  498 ccactgttgtgtgtttctgttagaattatttgccaaaatactc--ttaagaattgaaactgtgatgtagtaggataactacagacagctattgttttgtg 595  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||||||||    
T  9026449 ccactgttgtgtgtgtctgttagtattatattccaaaatactcttttaagaattcaaactgtgatgtagca-gacagctattgtcagctattgttttgtg 9026351  T
Q  596 gagtttttaataatgtagacatttcggcaaattaaaacttatacagttttggttgatcaatttcaaataggaatttatttgaaaaatagagtttctacaa 695  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026350 gagtttttaataatgtaaacatttcggcaaattaagacttatacagttttggttaatcaatttcaaatagatatttatttgaaaaatagagtttctacaa 9026251  T
Q  696 aattatttatgtcattgttgcaggttaagcaatttatttcttgtttctgctaaagggtcgaaatagaaatggttgttcaactaaatatagctgaatt 792  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9026250 aataatttatgtcattgttgcaggagaagcaatttatttcttgtgtctgctaaagggtcgaaatagaaatggttgttcaactaaatttagctgaatt 9026154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 9020998 - 9020279
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| |||||||| ||    
T  9020998 tgagaagcccaatagcaagttattgaaatggcctctcaccctcaaaaaagtaatttaatactgtagtgacccattgggccacatctcagatattaaattg 9020899  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccct-cact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  9020898 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtatgaattgaaagatgaactcgcttatggttttatatatcacatccattcact 9020799  T
Q  200 tgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgttttctttattcttaat 299  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||              || |||||||||||||||||||||||||||     
T  9020798 tgctttcatgaacaaccgatgtaggacttttttgaaatagcttgcttggtaaact--------------tttttcctcctttgttttctttattcttaaa 9020713  T
Q  300 acattgtcatcaatctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcat 399  Q
    ||||| ||||||||| |    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  9020712 acattatcatcaatcaa----agtagatacatacacattggcca-catggtgaattgccaaaaattaaattgatattctcgtcttaaagcaaaatatcat 9020618  T
Q  400 gatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcatttttgtgttcatttatttgtttttgagtgcc 499  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9020617 gatcggattcttatcttattccttgcttttgttgatgggctaaccggctaagggtattatatctttcatctttgtgttcattcatttgtttttgagtgcc 9020518  T
Q  500 actgttgtgtgtttctgttagaattatttgccaaaatactcttaagaattgaaactgtgatgtagtaggataactacagacagctattgttttgtggagt 599  Q
    ||| |||||||| | |||||||||| | || |||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020517 actattgtgtgtgtttgttagaattgtatgacaaaatgctcttaagaattctaactgtgatgtagaaggatcactacagacagctattgttttgtggagt 9020418  T
Q  600 ttttaataatgtagacatttcggcaaattaaaacttatacagttttggttgatcaatttcaaataggaatttatttgaaaaatagagtttctacaaaatt 699  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||     
T  9020417 ttttaataatgtagacattttggcaaatt-aaacatatacagttttggttaatcaatttcaaacaggaatttatttgaaaaataaagtttctgcaaaata 9020319  T
Q  700 atttatgtcattgttgcaggttaagcaatttatttcttgt 739  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020318 atttatgcctttgttgcaggttaagcaatttatttcttgt 9020279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 33 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 8988574 - 8988084
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8988574 ctctcaccctcaaaaaagtaatttaatattgttgagaaccattgagtcactgatcaaatattaaactgataagaacaaatactacacttgatcttcgcca 8988475  T
Q  133 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttt 231  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||    
T  8988474 aaaggccaagaatggtataagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattt 8988375  T
Q  232 tgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacactttcttcctcctttgttttctttattcttaatacattgtcatcaatc-tatcagagtagata 328  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||  |  |||  ||    
T  8988374 tgaaacaacttgcttggtagactcacttcctaaaacactttcttcctcctttgttttccttattcttaaaacattatcatcaatcatagta-cgtaagta 8988276  T
Q  329 catacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttt 428  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8988275 catacacataggccatcatgatgaattgccaaaaataaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttt 8988176  T
Q  429 tgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcatttttgtgttcatttatttgtttttgagtgccactgttgtgtgtttctgttagaatt 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  8988175 tgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcatctttgtgttc----attcgtttttgagagccactgttgtgtgtgtctgttataatt 8988084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 541 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 8996026 - 8995739
Alignment:
Q  541 ttaagaattgaaactgtgatgtagtaggataactacagacagctattgttttgtggagtttttaataatgtagacatttcggcaaattaaaacttataca 640  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8996026 ttaagaattcaaactgtgatgcagtaggatcactacagaaagctattgttatgtggagtttttaataatgtagacattttggcaaattaaaacttataca 8995927  T
Q  641 gttttggttgatcaatttcaaataggaatttatttgaaaaatagagtttctacaaaattatttatgtcattgttgcaggttaagcaatttatttcttgtt 740  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8995926 gttttggttgatcaatttcaaataggaatttatttgaaaaatagagtttctacaaaataatttatgttattgttgcaggttaagcaatttatttcttgtt 8995827  T
Q  741 tctgctaaagggtcgaaatagaaatggttgttcaactaaatatagctgaattgttgcatttactttttagtttataaaccaatggact 828  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8995826 tctgctaaagtgtcgaaatagaaatggttgttcaactaaatttagctgaattgttgcatttactttttagtttataaaccaatggact 8995739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 546 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 8988087 - 8987806
Alignment:
Q  546 aattgaaactgtgatgtagtaggataactacagacagctattgttttgtggagtttttaataatgtagacatttcggcaaattaaaacttatacagtttt 645  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8988087 aattcaaactgtaatgtagtacgataactacagacagctattgttttgtggagtttt-aataatgtagacatttcggcaaattaaaacttacacagtttt 8987989  T
Q  646 ggttgatcaatttcaaataggaatttatttgaaaaatagagtttctacaaaattatttatgtcattgttgcaggttaagcaatttatttcttgtttctgc 745  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8987988 ggttgatcaatttcaaataggaacttatttgaaaaatagagtttctacaaaataatttatgtcattgttgcaggttaagcaatttatttcttgtttctgc 8987889  T
Q  746 taaagggtcgaaatagaaatggttgttcaactaaatatagctgaattgttgcatttactttttagtttataaaccaatggact 828  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8987888 taaagtgtcgaaatagaaatggttgttcaactaaatttagctgaattgttgcatttactttttagtttataaaccaatggact 8987806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 85 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 9032120 - 9031707
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 184  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  9032120 atcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatat 9032021  T
Q  185 atcacatccct-cacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgt 283  Q
    | ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    |||| |     |||||     
T  9032020 accacatcccttcacttgctttcttgaacaatcgatatgagacttttttgaaacagcttgcttggtagactttcttcctc---cttttt-----ctttga 9031929  T
Q  284 tttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagtaga--tacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgt 381  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||    |||||| |  |||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9031928 tttctttattcttaaaacattatcatcaatc----agagtaaaaatacacacacataggccatcgtgatgaattgccaaaaattaaattgatattcttgt 9031833  T
Q  382 cttaaggcaaaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcatttttgtgttcatt 481  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9031832 cttaaagcaaaatatcatgatcttattcttttcttatcccttgcttttgttgatgggctaacttgctaaggctattatatctttcatctttgtgttcatt 9031733  T
Q  482 tatttgtttttgagtgccactgttgt 507  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  9031732 catttgtttttgagtgccactgttgt 9031707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 3 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 9016645 - 9016238
Alignment:
Q  3 agaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact--- 99  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||       
T  9016645 agaaatccaatagcaagctattgaaattgtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactact 9016546  T
Q  100 gataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccct-cac 198  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| | |||    
T  9016545 gataagaacagatactacatttgatcttagccaaaaggtcgaataaggtatgagttaaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcctttcac 9016446  T
Q  199 ttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgttttctttattcttaa 298  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| | ||||||| ||| |||||||||   |||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||    
T  9016445 ttgctttcttgaacaactgatgtgggacatctttgaaacagcatgcttggtag--tctcttcctaacactttcgttctactttgttt-ctttattcttaa 9016349  T
Q  299 tacattgtcatcaatctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatca 398  Q
     ||||| ||||||||     |||||| |||||||||||| |||||  ||  ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  9016348 aacattatcatcaatt----agagtaaatacatacacatgggccacgattatgaattgaaaaaaattaaattgatattcttgtcttatagcaaaatatca 9016253  T
Q  399 tgatctgattcttat 413  Q
    |||||||| ||||||    
T  9016252 tgatctgactcttat 9016238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 8973463 - 8973195
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  8973463 tgagaaacccaacagcaagctattgaaatggtctctcccccttaaaaaagtaatttaatattgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaacta 8973364  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  8973363 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcact 8973264  T
Q  200 tgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacact 268  Q
    | |||||  ||| || |||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  8973263 tactttctggaataatcgatgtggaacttttttgaaacagtttgcttggtagactctcttcctaacact 8973195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8984830 - 8984588
Alignment:
Q  15 gcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatac 114  Q
    |||||||||||||||||  ||| || |||||||||| ||||||| ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  8984830 gcaagctattgaaatggcatctacctctcaaaaaagcaatttaaaaccattgtgacccattaggccactaatcaaatattaaactaataagaacaaatac 8984731  T
Q  115 tacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaaca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  8984730 tacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaatatgaacttgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgttttcttgaaca 8984631  T
Q  214 accgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactct 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  8984630 accgatgtgggacttttttgaaatagcttgtttggtagactct 8984588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 9030544 - 9030274
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||||||| ||    
T  9030544 tgagaagcccaatagcaagctattgaac----ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgt-gtgacccattgagccacttctcaaatattaaattg 9030450  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9030449 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccaagaaaaatatgagttgaaagatgaacttgcttatgcttttatatatcacatcccttcact 9030350  T
Q  200 tgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctc 277  Q
    ||| ||| ||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  9030349 tgcattcttgaacagtcgatgtgggactttcttgaaacagcttgcttggtaga--ctcttcctaacactttcttcctc 9030274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 38 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 8992262 - 8992018
Alignment:
Q  38 cccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 137  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8992262 cccctcaaaaaagtaatttaatattattgtgacccattgggccactaatcagatattgaactcataagaacatatactacacttgatcttagccaaaaga 8992163  T
Q  138 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 236  Q
    | |||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  8992162 ctgagaaaggcatgagttaaaagacgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttcttgaataaccaatgtgggacttttttgaaa 8992063  T
Q  237 tagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctccttt 281  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  8992062 cagtttgcttggtagactctcttcctaacactctctttctccttt 8992018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 9023584 - 9023319
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||     ||||||||         |||||||||||||||||| ||||||||||     
T  9023584 tgagaagcccaatagcaagctattgaaaaagcctctccccctcaaaaa-----tttaatac---------ccattgggccactaatcagatattaaacta 9023499  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatc-cctcact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  9023498 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatctcttcact 9023399  T
Q  200 tgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacactttcttcctccttt 281  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||  ||    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9023398 tgatttcttgaacaaccgatgtgggactttttttgaa----ttgcttggtagactctcttcctaaaacactttcttcctccttt 9023319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 9008172 - 9008018
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9008172 tgagaaacccaataacaagttattgaaatggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttatgacccattgggccactaatcagatattaaactg 9008073  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008072 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 9008018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 172 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 8996339 - 8996098
Alignment:
Q  172 tatggttttatatatcacatccct-cacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaa--cact 268  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||  ||||    
T  8996339 tatgcttttatatatcacatcccttcagttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattttgaaacaacttgcttggtagactctcttcctaaaacact 8996240  T
Q  269 ttcttcctcctttgttttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaa 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8996239 ttcttcctcctttgttttctttattcttaaaacattatcatcaatc----atagtagatacataaacataggccatcatggtgaattgccaaaaattaaa 8996144  T
Q  369 ttgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgatctgattcttatcttatccc 421  Q
    || |||||||       | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8996143 ttaatattct-------aagcaaaatattatgatctgattcgtatcttatccc 8996098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 79 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 8979395 - 8979237
Alignment:
Q  79 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggtt 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||    
T  8979395 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaacttgcttatgctt 8979296  T
Q  179 ttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 236  Q
    ||||||||||  |||| ||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8979295 ttatatatcaagtcccttcacttgattccttgaacaaccaatgtgggacttttttgaaa 8979237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 284 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 9023294 - 9023133
Alignment:
Q  284 tttctttattcttaatacattgtcatcaatctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtct 383  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||    | |||| |||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9023294 tttctttattcttaaaacattatgatcaatc----atagtaaatacatacacctaggccatcacgatgaattgccaaaaattaaattgatattcttgact 9023199  T
Q  384 taaggcaaaatatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggcta 449  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9023198 taaagcaaagtatcatgatctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggcta 9023133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 43850191 - 43850042
Alignment:
Q  9 ccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaac 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| | |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  43850191 ccaatagcaagctattgaagtgacctctccccctcaaaaaagtgatttaata-tcatgtgactcattgggccacatatcagatattaaactgataagaac 43850093  T
Q  109 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43850092 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 43850042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 32918218 - 32918074
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918218 tagcaagctactgcaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 32918120  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32918119 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 32918074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 316 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 8992013 - 8991882
Alignment:
Q  316 atcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgc--caaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgatctgattcttat 413  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8992013 atcagagtaaatacatacacataggccatcattatgaattgaagcaaaaattaaattgatattcttgtcttaaagcaaaatatcatgatctgattcttat 8991914  T
Q  414 cttatcccttgcttttgttgatgggctaaccg 445  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8991913 cttatcccttgcttttgttgataggctaaccg 8991882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 227
Target Start/End: Original strand, 2841008 - 2841201
Alignment:
Q  35 ctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2841008 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattgaaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 2841106  T
Q  135 aggccgagaaaggtatgag-ttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 227  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| | |  ||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2841107 aggccgagaaaggtatgagagttaaaaaggggctcgcgtctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttcaacaaccgatgtgggact 2841201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 37 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 30732122 - 30731997
Alignment:
Q  37 ccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaag 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732122 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaag 30732024  T
Q  137 gccgagaaaggtatgagttgaaagatg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30732023 gccgagaaaggtatgagttgaaagatg 30731997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 316 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 8973176 - 8973044
Alignment:
Q  316 atcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgc--caaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgatctgattcttat 413  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||  ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  8973176 atcagagtaaatacttacacataggccaccattatgaattgaagcaaaaattaaattgatattcttgtcttgaagcaaaatatcatgatctgattcttat 8973077  T
Q  414 cttatcccttgcttttgttgatgggctaaccgg 446  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8973076 cttatcccttgcttttgttgataggctaaccgg 8973044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Original strand, 19232357 - 19232504
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||| |||| |||  ||||  ||||||||||    
T  19232357 tgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaggtaatttaatattgt-gtgacccaatgggtcacatatcag-tattaaactg 19232454  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 150  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19232455 ataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 19232504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 13 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 30734126 - 30733985
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  30734126 tagcaagctactaaaatggcttctccccctaaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 30734028  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30734027 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagtt 30733985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 123 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 8975724 - 8975440
Alignment:
Q  123 atcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgt 221  Q
    ||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||   ||||     
T  8975724 atcttagccaaaaggcttagaaaaatatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgatttcttaaacagttgatgg 8975625  T
Q  222 gggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttctt---cctcctttgt------tttctttattcttaatacattgtcatcaa 312  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||  |  | ||||     || ||| |      |||| |||||||||| ||||| ||||||     
T  8975624 gggacttttttgaaacaacttgcttggtaaactctcttcct-cctttatctttgatttcttttcttacaaatttcgttattcttaaaacattatcatca- 8975527  T
Q  313 tctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgat 402  Q
       ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||    
T  8975526 ---atcagagtaaatacatacacataggccatcatgatgaattgccaacaattaaattgatattctagtcttaaacaaaaatatcatgat 8975440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 639 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 8974383 - 8974283
Alignment:
Q  639 cagttttggttgatcaatttcaaataggaatttatttgaaaaatagagtttctacaaaattatttatgtcattgttgcaggttaagcaatttatttcttg 738  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||| ||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974383 cagttttggttgatcaatttcaaacaagaatttatttgaaaaatgaagtttctgcaaaatagtttatgcctttgttgcaggttaagcaatttatttcttg 8974284  T
Q  739 t 739  Q
    |    
T  8974283 t 8974283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 483 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 8975399 - 8975304
Alignment:
Q  483 atttgtttttgagtgccactgttgtgtgtttctgttagaattatttgccaaaatactcttaagaattgaaactgtgatgtagtaggataactacagac 580  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8975399 atttgtttttgagagccacagttgtgtgt--ctgttagaattatatgccaacatgctcttaagaattcaaactgtgatgtagtaggatcactacagac 8975304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 207 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 9008012 - 9007956
Alignment:
Q  207 atgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttccta 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008012 atgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttccta 9007956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 740 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 8974245 - 8974161
Alignment:
Q  740 ttctgctaaagggtcgaaatagaaatggttgttcaactaaatatagctgaattgttgcatttactttttagtttataaaccaatg 824  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  8974245 ttctgctaaagggtcaaaatagaaatagctattcaacttaatttagctgaattgttgcatttactttttagtttatgaactaatg 8974161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 316 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 9030262 - 9030166
Alignment:
Q  316 atcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaa-ttaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgatctgattctt 411  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  9030262 atcagagtaaatagacacacataggccatcatgatgaattgtcaaaaaattaaattgatattcttgtcttaaagccaaatatcacgatctgattctt 9030166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 145
Target Start/End: Original strand, 10763878 - 10763978
Alignment:
Q  44 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 143  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  10763878 aaaaaagtaatttaatattgta-tggaccattgatccacatatcagatattaaactgataagaacatatactacacttgatcttagtcaaaagaccgaga 10763976  T
Q  144 aa 145  Q
    ||    
T  10763977 aa 10763978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 9 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 8913078 - 8913027
Alignment:
Q  9 ccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 60  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8913078 ccaatagcaagctactgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 8913027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 449 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 8996092 - 8996030
Alignment:
Q  449 aaggctattatatctttcatttttgtgttcatttatttgtttttgagtgccactgttgtgtgt 511  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8996092 aaggttattatatctttcatctttgtgttctttcatttgtttttgagtgccacagttgtgtgt 8996030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 85 - 150
Target Start/End: Original strand, 6471749 - 6471813
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 150  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  6471749 atcagatattaaactaataagaacatatactacactt-atcttagccaaaaggtcgaaaaaggtat 6471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 85 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 35701956 - 35701893
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 148  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  35701956 atcaaatattaaactaataaaaacaaataccacacttgatcttagccaaaaagttgagaaaggt 35701893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 8996426 - 8996343
Alignment:
Q  16 caagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 99  Q
    ||||||||||||||   ||||  | |||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8996426 caagctattgaaataacctctgactctcaaaaaagtaatttaataccattgtgattcattgggccactaatcatatattgaact 8996343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #37
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 114 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 39814150 - 39814115
Alignment:
Q  114 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 149  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39814150 ctacacttgatcatagccaaaaggccgagaaaggta 39814115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #38
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 17275974 - 17275862
Alignment:
Q  8 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 107  Q
    ||||||| ||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||  ||||||| ||||  || ||| ||| ||||||||||||    
T  17275974 cccaataacaagctatcaaagtgatctctccccctcaaaaatgtaattcaata-tcgtgtgatccattggaccacatattaaagattgaactgataagaa 17275876  T
Q  108 cagatactacactt 121  Q
    |  |||||||||||    
T  17275875 cgtatactacactt 17275862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 33988216 - 33987487
Alignment:
Q  5 aaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  || ||| | ||||| |||||  |||| |||||||||||||||    
T  33988216 aaacccaatagcaagctattgaaatggcctctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgactcattgagccacatatcagatattaaactgataa 33988118  T
Q  105 gaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccct-cacttgct 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  33988117 gaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatggactcacttatgcttttatatatcacctcccttcacttgct 33988018  T
Q  204 ttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagc-ttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgttttctttattcttaataca 302  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33988017 ttcttgaacaaccgatgtgggacttttttgaaacagggttgcatgttaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgttttctttattcttaaaaca 33987918  T
Q  303 ttgtcatcaatctatcagagtagatacatacacataggccatcatggtgatttgccaaaaattaaattgatattcttgtcttaaggcaaaatatcatgat 402  Q
    || |||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  33987917 ttatcatcaatc----agagtagatacatacacatagtccatcatgatgaattgccaaaaattaaattaatattcttgtcttacagcaaaatatcatgat 33987822  T
Q  403 ctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatgggctaaccggctaaggctattatatctttcatttttgtgttcatttatttgtttttgagtgccact 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||     
T  33987821 ctgattcttatcttatcccttgcttttgttgatggactaaccgggtaaggctattatatctttcatctttgtgttcattcatttgtttt-gagtgccaca 33987723  T
Q  503 gttgtgtgtttctgttagaattatttgccaaaatactcttaagaattgaaactgtgatgtagtaggataactacagacagctattgttttgtggagtttt 602  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33987722 gttgtgcgtgtctgttagaattatatgccaaaatactcttaagaattcaaactgcgatgtagtaggatcactacagacagctattgttttatggagtttt 33987623  T
Q  603 taataatgtagacatttcggcaaattaaaacttatacagttttggttgatcaatttcaaataggaatttatttgaaaaatagagtttctacaaaattatt 702  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||    
T  33987622 taataacgtagacatttcggcaatttaaaacttatacagttttggttgatcaatttcaaacaggaatttatttgaaaaatcaagtttctgcaaaataatt 33987523  T
Q  703 tatgtcattgttgcaggttaagcaatttatttcttgt 739  Q
    |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33987522 tatgcctttgttgcaggttaa-caatttatttcttgt 33987487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 163
Target Start/End: Original strand, 14654309 - 14654458
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14654309 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14654407  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14654408 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14654458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 163
Target Start/End: Original strand, 14664100 - 14664249
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14664100 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14664198  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664199 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14664249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 14708727 - 14708567
Alignment:
Q  2 gagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactga 101  Q
    ||||| || |||||||||||| | || ||  ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||    
T  14708727 gagaagcctaatagcaagctactaaagtgacctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactga 14708629  T
Q  102 taagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14708628 taagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14708567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 33 - 163
Target Start/End: Original strand, 14669698 - 14669827
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669698 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14669796  T
Q  133 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669797 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14669827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 33 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 14706206 - 14706077
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706206 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14706108  T
Q  133 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706107 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14706077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 159
Target Start/End: Original strand, 38175491 - 38175644
Alignment:
Q  5 aaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataa 104  Q
    |||||||  ||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||||    
T  38175491 aaacccagcagcaagctactgaggtggtttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggaacacatatcagatattaaactgataa 38175589  T
Q  105 gaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175590 gaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 38175644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 14674619 - 14674471
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14674619 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14674521  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14674520 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14674471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 14652663 - 14652525
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14652663 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14652565  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652564 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 14652525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 14662454 - 14662316
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14662454 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14662356  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14662355 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 14662316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 14681737 - 14681592
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14681737 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14681639  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14681638 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagttgaaa 14681592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 33 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 14683868 - 14683743
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14683868 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14683770  T
Q  133 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  14683769 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14683743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 33 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 14716409 - 14716280
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716409 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14716311  T
Q  133 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716310 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14716280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 14679997 - 14679849
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14679997 tagcaagctactaatatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14679899  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14679898 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14679849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 161
Target Start/End: Original strand, 28366167 - 28366315
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggc-cactaatcaaatattaaactgataagaacaga 111  Q
    |||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  28366167 tagcaagctactataatagtctctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggggtcacatatcagatattaaactgataagaacaga 28366265  T
Q  112 tactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366266 tactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 28366315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 149
Target Start/End: Original strand, 11872446 - 11872585
Alignment:
Q  10 caatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa-gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaac 108  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  || ||| |||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  11872446 caatagcaagctatcgaaatggcctctcccccttaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattgaaccacatatcatatattaaactgataagaac 11872544  T
Q  109 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 149  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11872545 agatagtacacttgatcttagtcaaaaggccgagaaaggta 11872585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 71 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 14676713 - 14676625
Alignment:
Q  71 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 159  Q
    ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14676713 ccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14676625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 155
Target Start/End: Original strand, 14667101 - 14667221
Alignment:
Q  34 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 133  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14667101 tctccccctagaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacgtatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 14667199  T
Q  134 aaggccgagaaaggtatgagtt 155  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  14667200 aaggccgagaaaggtatgagtt 14667221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 740 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 33987448 - 33987360
Alignment:
Q  740 ttctgctaaagggtcgaaatagaaatggttgttcaactaaatatagctgaattgttgcatttactttttagtttataaaccaatggact 828  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33987448 ttctgctaaagggtcgaaatagaaatggctattcaacttaatttagctgcattgttgcatttactttttagtttataaactaatggact 33987360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 37422236 - 37422175
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 146  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37422236 atcagatattaaactgataagaacatatgctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 37422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 28698620 - 28698549
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 156  Q
    ||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28698620 atcaaatattaaattgataaaaatatatactacatttgatcttagccaaaagaccgagaaatgtatgagttg 28698549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 4e-65; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Original strand, 3461100 - 3461325
Alignment:
Q  2 gagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactga 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||    
T  3461100 gagaaacccaatagcaagctattgaaatggcttctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactga 3461198  T
Q  102 taagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  3461199 taagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgaattgaaagagatgctcgcttatggttttatatctcccatccactcactt 3461298  T
Q  201 gctttcatgaacaaccgatgtgggact 227  Q
    |||||| |  |||| ||||||||||||    
T  3461299 gctttcttccacaagcgatgtgggact 3461325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 3 - 227
Target Start/End: Original strand, 11652351 - 11652575
Alignment:
Q  3 agaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgat 102  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  11652351 agaagcccaatagcaagctattggagtggcttctccccctcaaaaaaataatttaatatcgt-gtgacccattgggccacatatcagatattaaactgat 11652449  T
Q  103 aagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   | |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  11652450 aagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctggttttatatctcacatccactcacttg 11652549  T
Q  202 ctttcatgaacaaccgatgtgggact 227  Q
    ||||| | ||| | ||||||||||||    
T  11652550 ctttcttaaacgagcgatgtgggact 11652575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 50077156 - 50077315
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  |||  |||| |||||||||||    
T  50077156 tgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggaacacatatcagatattaaactg 50077254  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50077255 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 50077315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 34 - 160
Target Start/End: Original strand, 49106519 - 49106644
Alignment:
Q  34 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49106519 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 49106617  T
Q  134 aaggccgagaaaggtatgagttgaaag 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  49106618 aaggccgagaaaggtatgagttgaaag 49106644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 9 - 159
Target Start/End: Original strand, 49108598 - 49108747
Alignment:
Q  9 ccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaac 108  Q
    |||||||||||||| ||  |||   |||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| |||||||||||||||||||    
T  49108598 ccaatagcaagctactgtgatgacttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaac 49108696  T
Q  109 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49108697 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 49108747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 33 - 151
Target Start/End: Original strand, 26998729 - 26998846
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26998729 ctctctccctaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 26998827  T
Q  133 aaaggccgagaaaggtatg 151  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26998828 aaaggccgagaaaggtatg 26998846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 45 - 151
Target Start/End: Original strand, 26984668 - 26984773
Alignment:
Q  45 aaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 144  Q
    ||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26984668 aaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 26984766  T
Q  145 aggtatg 151  Q
    |||||||    
T  26984767 aggtatg 26984773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 21503819 - 21503706
Alignment:
Q  10 caatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaaca 109  Q
    ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||| ||||||||||  || ||| || |||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  21503819 caatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaaataatttaatatcgt-gtgacctattgagccacatatcagatattaaactgataagaaca 21503721  T
Q  110 gatactacacttgat 124  Q
    |||||||||||||||    
T  21503720 gatactacacttgat 21503706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 48205893 - 48205832
Alignment:
Q  90 atattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 151  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48205893 atattaaattaataagaacagatactacacttaatcttagctaaaaggccgagaaaggtatg 48205832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 145
Target Start/End: Original strand, 6431957 - 6432010
Alignment:
Q  92 attaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 145  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  6431957 attaaactaataagaagagatactaaacctgatcttagccaataggccgagaaa 6432010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 150
Target Start/End: Original strand, 41013586 - 41013651
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 150  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41013586 atcagatattaaacggataagaacatatattatacttaatcttaaccaaaaggccgagaaaagtat 41013651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 26982588 - 26982549
Alignment:
Q  106 aacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 145  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26982588 aacagatgctacacttgatcttagccaagaggccgagaaa 26982549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Original strand, 41841110 - 41841335
Alignment:
Q  2 gagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactga 101  Q
    ||||| ||||||||||||||||||   |||  ||||||| |||||||||||||||||||  || ||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||    
T  41841110 gagaagcccaatagcaagctattggggtggcttctccccatcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggaccacatatcagatattaaactga 41841208  T
Q  102 taagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  41841209 taagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcactt 41841308  T
Q  201 gctttcatgaacaaccgatgtgggact 227  Q
    |||||| | ||| | ||||||||||||    
T  41841309 gctttcttaaacgagcgatgtgggact 41841335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 3 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 40054460 - 40054312
Alignment:
Q  3 agaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgat 102  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  || |||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  40054460 agaagcccaatagcaagctattgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgta-tgacccattgggccacatatcagatattaaactgat 40054362  T
Q  103 aagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40054361 aagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 40054312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 44879124 - 44878977
Alignment:
Q  10 caatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaaca 109  Q
    ||||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  44879124 caatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaaca 44879026  T
Q  110 gatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879025 gatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 44878977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 158
Target Start/End: Original strand, 44880797 - 44880944
Alignment:
Q  10 caatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaaca 109  Q
    ||||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  44880797 caatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaaca 44880895  T
Q  110 gatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880896 gatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 44880944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 13 - 155
Target Start/End: Original strand, 10944368 - 10944509
Alignment:
Q  13 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 112  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  || |||  ||||| | ||||  || | |||||||||||||||||||||||    
T  10944368 tagcaagctactaaaatggcttctccccatcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccatttgtccacatataagatattaaactgataagaacagat 10944466  T
Q  113 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10944467 actacacttgatcttagccaaaaggtcgagaaaggtatgagtt 10944509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 85 - 227
Target Start/End: Original strand, 42555123 - 42555266
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 184  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  ||  |||  ||||||||||    
T  42555123 atcaaatattaaactgataaaaacagattctgcacttgatcttagccaaaagatcaagaaaggtatgagttgaaagttgagctaccttcaggttttatat 42555222  T
Q  185 atcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 227  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  42555223 atcacatccactcacttgctttcttaaactatcgatgtgggact 42555266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 37679898 - 37679757
Alignment:
Q  8 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 107  Q
    |||||||||||||||  |   ||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |   |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  37679898 cccaatagcaagctaccgtggtggcctctccccctcaataaataaatttaata-tcaagtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaa 37679800  T
Q  108 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679799 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 37679757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 65 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 37682144 - 37682057
Alignment:
Q  65 tgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 152  Q
    ||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37682144 tgtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtatga 37682057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 85 - 227
Target Start/End: Original strand, 42220886 - 42221027
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 184  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | | ||||| | || ||||||||    
T  42220886 atcagatattaaactaataagaa-agatactacacttgatcttagccaaaagaccgaaaaatgtatgagttgaaagctatgctcgcctctgcttttatat 42220984  T
Q  185 atcacatccctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 227  Q
     ||| ||||  ||||| |||||  |||| | ||||||||||||    
T  42220985 ctcatatccaccacttactttctagaactagcgatgtgggact 42221027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 85 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 42092087 - 42091944
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 184  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||   | |||| |||||||||||    
T  42092087 atcagatattaaactgataagaacaaatattacacttaattttag-caaaaggcaaagaaaggtatgagtttaaagatgagtttgcttctggttttatat 42091989  T
Q  185 atcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggactt 228  Q
     |||  ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  42091988 ctcaggtccactcagttgctttcttgaactaccgatgtgggactt 42091944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 109 - 159
Target Start/End: Original strand, 42872514 - 42872564
Alignment:
Q  109 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 159  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42872514 agatactacacttaatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 42872564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 85 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 44582920 - 44582870
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 135  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44582920 atcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 44582870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 5e-52; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 10795847 - 10796006
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||| |||  |||| |||||||||||    
T  10795847 tgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattgggtcacatatcagatattaaactg 10795945  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795946 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 10796006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 10791609 - 10791768
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||    
T  10791609 tgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgacccattggatcacatatcagatattaaactg 10791707  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10791708 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 10791768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 30521392 - 30521242
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||  |||| ||||  || |||   |  ||| ||||  |||| |||||||||||    
T  30521392 tgagagacccaatagcaagctatagtagtggactctccccctcaaaaaataaattgaatatcgt-gtgaggcgatggtccacatatcagatattaaactg 30521294  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30521293 ataagaacagatactacacttgatctcagccaaaaggtcgagaaaggtatga 30521242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 85 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 8875756 - 8875691
Alignment:
Q  85 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 150  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8875756 atcagatattaaattgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgggaaatgtat 8875691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 34 - 227
Target Start/End: Original strand, 1716441 - 1716634
Alignment:
Q  34 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattggg-ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716441 tctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccatttggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 1716539  T
Q  133 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 227  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  1716540 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggact 1716634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 3643789 - 3643599
Alignment:
Q  2 gagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactga 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||    
T  3643789 gagaaacccaatagcaagctattgtgatagtttctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccaatgggccacatatcagatattaaactga 3643691  T
Q  102 taagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    |||||||| || ||||||||  |||||||    
T  3643690 taagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgaatttaaagtaagtctcgcttctgtttttatatcccacatcc 3643599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 33 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 7525086 - 7524961
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  |||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7525086 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 7524988  T
Q  133 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  7524987 aaaggccgagaaaggtatgacttgaaa 7524961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 33 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 4103363 - 4103249
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||  || |||| | ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4103363 ctctctccctaaaaaaagcaatttaatatcgt-gtggactattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaacca 4103265  T
Q  133 aaaggccgagaaaggt 148  Q
    ||| || |||||||||    
T  4103264 aaatgctgagaaaggt 4103249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 16037966 - 16037861
Alignment:
Q  42 tcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccga 141  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || |||||| | |||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  16037966 tcaaaaaagtaatttaatatcgtt-tgacccattagaccacta-tcaaatattaagataataagaacaaatactacacttgatcttag-aaaacggccga 16037870  T
Q  142 gaaaggtat 150  Q
    |||| ||||    
T  16037869 gaaaagtat 16037861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 454 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 3643164 - 3643056
Alignment:
Q  454 tattatatctttcatttttgtgttcatttatttgtttttgagtgccactgttgtgtgtttctgttagaattatttgccaaaatactcttaagaattgaaa 553  Q
    ||||||||| ||||| |||| ||||||| |||  |||| |||| ||||||||||||    || |||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||     
T  3643164 tattatatcattcatctttgggttcattcattcctttt-gagtcccactgttgtgt----ctcttagaattatatgccgacatactcttaagaattcaat 3643070  T
Q  554 ctgtgatgtagtag 567  Q
    || |||||||||||    
T  3643069 ctctgatgtagtag 3643056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 48; Significance: 5e-18; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 27134661 - 27134511
Alignment:
Q  1 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 100  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||  ||   |||||||||||||||||||||||||||  ||| || | |||| | ||||  |||| |||||||||      
T  27134661 tgagaagcccaacagcaaactattgaggtgtcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtt-tgactcattagaccacatatcagatattaaacca 27134563  T
Q  101 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 152  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  27134562 ataagaacagatactagatttgatcttagtgaaaaggccgaaaaaggtatga 27134511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 8128260 - 8128149
Alignment:
Q  33 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 132  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||| ||| ||| || ||||| ||||  |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||    
T  8128260 ctctccccctcaagaaataaatttaatattgt-gtgacc-attggcccacatatcatatattaaactaaaaagaacatatactacacttaatcttaacca 8128163  T
Q  133 aaaggccgagaaag 146  Q
    ||||  ||||||||    
T  8128162 aaagaacgagaaag 8128149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 150
Target Start/End: Original strand, 15758562 - 15758608
Alignment:
Q  104 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 150  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15758562 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggctgagaaaggtat 15758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University