View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17215_high_1 (Length: 1256)

Name: NF17215_high_1
Description: NF17215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17215_high_1
NF17215_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-1241)||(26566920-26568150)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1143; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1143; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 1241
Target Start/End: Complemental strand, 26568150 - 26566920
Alignment:
Q  11 gcagcacagacaattcatattgaactcgtgtccggtgtctgagtctgacacgtgttaatgtctaaaacttacacttgtgactgcatttaattattcgatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26568150 gcagcacagacaattcatattgaactcgtgtccggtgtctgagtctgacacgtgttaatgtctaaaacttacacttgtgactgcatttaattattcgatt 26568051  T
Q  111 tttcaaaattttaaccgctatcaatatctcagtgccgtgtgtctagtgtttatgtttgtatccaactaagaggataaagtagaaatgaacctgagatatc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26568050 tttcaaaattttaaccgctatcaatatctcagtgccgtgtgtctagtgtttatgtttgtatccaactaagaggataaagtagaaatgaacctgagatatc 26567951  T
Q  211 ttagggaggtcagaaagatttctgtcctttgcaatggctcggatcaaatctcttttttcttgtacatactccctgcacattgtctactcaaattcatcag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567950 ttagggaggtcagaaagatttctgtcctttgcaatggctcggatcaaatctcttttttcttgtacatactccctgcacattgtctactcaaattcatcag 26567851  T
Q  311 ttttagcacaatgtggcctctttattttcaacaccatagtttagttattaaaagttgcagctgaaacatatcatattcaaccataacatagacacaacac 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26567850 ttttagcacaatgtggcctctttattttcaacaccatagtttagttattaaaagttgcagctgaaacatatcttattcaaccataacatagacacaacac 26567751  T
Q  411 attctttttaaccaacaaacatgcttcaggatactatggtagacaaattcaactgtttcatgtaaaatgaagcaatatgtgaaaagaatcaagtcaatta 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26567750 attctttttaaccaacaaacatgcttcaggatactatggtagacaaattcaactgtttcatgtaaaatgaagcaatatgagaaaagaatcaagtcaatta 26567651  T
Q  511 caagtttatacagattcagtttaagaactaaaatatattactgaacaatacagattgtgacatgatgctaactagctaaagtagctaaaattgaccaagt 610  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567650 caagtttatccagattcagtttaagaactaaaatatattactgaacaatacagatagtgacatgatgctaactagctaaagtagctaaaattgaccaagt 26567551  T
Q  611 tacctttggctcaggtttatatcctaaagtctgagtttggagaagcatactccctaaacatgattttacaaaacataatcatgattattttcctataatc 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567550 tacctttggctcaggtttatatcctaaagtctgagtttggagaagcatactccctaaacatgattttacaaaacataatcatgattattttcctataatc 26567451  T
Q  711 atgttagctcataaaactgcatttgactaaaataaaaaacaattgaatcattatatttttctttcaaaaataaaattgaatcattatatgttgagttgag 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567450 atgttagctcataaaactgcatttgactaaaataaaaaacaattgaatcattatatttttctttcaaaaataaaattgaatcattatatgttgagttgag 26567351  T
Q  811 aaatctacattaaattttaatactctaatgtcaattgaaactcattgttctgccttattatatcaaggtaaaactaatttacaccaacatttttgttgct 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567350 aaatctacattaaattttaatactctaatgtcaattgaaactcattgttctgccttattatatcaaggtaaaactaatttacaccaacatttttgttgct 26567251  T
Q  911 ttcttgannnnnnnnnctttctatgtagacaaagtggcaacaccccacacaaaactacgaggtcccgagttagaacaatgataaaggtgtctaatcaaac 1010  Q
    |||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26567250 ttcttgatttttttttctttctatgtagacaaagtggcaacaccccacacacaactacgaggtcctgagttagaacaatgataaaggtgtttaatcaaac 26567151  T
Q  1011 aatatcggcattgtcagttgacatacgctttacatatactttaactcttgattttatcacattcagtaagaagaatcaaagacttgcatgaaatttataa 1110  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26567150 aatatcggcattgtcagttgacctacgctttacatatactttaactcttgattttatcatattcagtaagaagaatcaaagacttgtatgaaatttataa 26567051  T
Q  1111 ataagaaacaaacttacatgaatgaaatcatggaggaagcaagagggcaaccaagccaaacgacgtggtcgnnnnnnngcatatccaaaaagttccctaa 1210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  26567050 ataagaaacaaacttacatgaatgaaatcatggaggaagcaagagggcaaccaagccaaacgacgtggtcgaaaaaaagcatatccaaaaagttccctaa 26566951  T
Q  1211 gcttttgtggagtttgtggcaccaaaatatt 1241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26566950 gcttttgtggagtttgtggcaccaaaatatt 26566920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University