View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17215_high_4 (Length: 731)

Name: NF17215_high_4
Description: NF17215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17215_high_4
NF17215_high_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-731)||(52761430-52762159)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 731
Target Start/End: Original strand, 52761430 - 52762159
Alignment:
Q  1 tccatgaagaaaaattgtgttgcatggcaatgctatcttaaatgtacggtagaaaagatatgaaaattttaaaaacacctgacaacctccaatttttcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761430 tccatgaagaaaaattgtgttacatggcaatgctctcttaaatgtacggtagaaaagatatgaaaattttaaaaacacctgacaacctccaatttttcta 52761529  T
Q  101 gatcaatagaaccatctctcgttgaccatgttgacggagatatatttgcctttttcatttgctccttaaataaacgcaacttacgggacatttccccaca 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52761530 gatcaatagaaccatctcttgttgaccatgttgacggagatatatttgcctttttcatttgctccttaaataaacgcaacttacgcgacatttccccaca 52761629  T
Q  201 tcttttaacctatttgataaaaccgtaagctttccaatctggtctagtaaatcagttgtgtaaaatgtctcataataaaaatgttagcagaattagattt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761630 tcttttaacctatttgataaaaccgtaagctttccaatctggtctagtaaatcagttgtgtaaaatgtctcataataaaaatgttagcagaattagattt 52761729  T
Q  301 catgataatgatagattttggtcaaatttccaaatgaaaatcaaaagaagcatttaattgttttggagttcaatacacaatcatttgaaattgaggagtc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52761730 catgataatgatagatcttggtcaaatttccaaatgaaaatcaaaagaagcatttaattgttttggagttcaatacacaatcatttgaaattgaagagtc 52761829  T
Q  401 tcaacctttttaaatgcatacatagatgttataggtacctgtgaagcgtaggtctgttggaatgggcttttatcttcattaagctgaagaattgatttaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761830 tcaacctttttaaatgcatacatagatgttataggtacctgtgaagcgtaggtctgttggaatgggcttttatcttcattaagctgaagaattgatttaa 52761929  T
Q  501 acaagatttatcaatgtagtatataaataatgctaattcagatagatgaagaacatctcaacattatggaaaatgtagtccgaagcgtcatcaagaatgc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  52761930 acaagatttatcaatgtagtatataaataatgctaattcagatagatgaagaacatctcaacattatggaaaatgtagtccgaagcgtcataaagaatac 52762029  T
Q  601 aaagtgagaaaggacaaagattggtaattaaaggattcatacatctttgaattgaaaaaggccgagatcgccaaggtaagagatggatcgctgagctgat 700  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52762030 aaagtgag-aaggacaaagattggtaattaaaggattcatacatctttgaattgaaaaaggccgagatcgccaaggtaagagatggatcgctgagctgat 52762128  T
Q  701 tcaattggaatgatcaattgaacaagttgca 731  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52762129 tcaattggaatgatcaattgaacaagttgca 52762159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University