View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17216_high_1 (Length: 1146)

Name: NF17216_high_1
Description: NF17216
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17216_high_1
NF17216_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-1128)||(7904764-7905862)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 933; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 933; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1128
Target Start/End: Original strand, 7904764 - 7905862
Alignment:
Q  18 acaaagagcagcgcgatgatggtttacggatggcttggccatgaactgactcagttgctgtgtggcaaaactgatgtcagggcgagtcgtagtcaagtat 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904764 acaaagagcagtgcgatgatggtttacggatggcttggccatgaactgactcagttgctgtgtggcaaaactgatgtcagggcgagtcgtagtcaagtat 7904863  T
Q  118 aacaagcaaccaatgagacggcgataagccaaaacatcatcaaagggaggtccatcatcaatgtggagacgacaagcataatcaagaggagtactaaccg 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904864 aacaagcaaccaatgagacagcgataagccaaaacatcatcaaagggaggtccatcatcaatgtgaagaagacaagcataatcaagaggagtactaaccg 7904963  T
Q  218 gtttacaagtggttaggcctgcatctgaaagtaagtcgaggcaatatttgcgttgacagagggatatacctttaaaccttttgaggaatgagcaacctcc 317  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||    
T  7904964 atttacaagtggttaggcctgcatctgaaagtaagtcgaggcaatatttgcgttgacagagggatatacct--------tttgaggaatgagcaacctcc 7905055  T
Q  318 aagccaagaaagaacttgagctggccaaggtctttgatacgaaaatgatgatcaagcaattgcttaatctcagcaaaagcagcaaggcagtcaccagcca 417  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905056 aagccaagaaagaacttgagctagcctaggtctttgatacgaaaatgatgatcaagcaattgcttaatctcagcaaaagcagcaaggcagtcaccagcca 7905155  T
Q  418 atataatgtcattcacgtatattaataaagctgtgaaagaagttggagaagcacgaattaaaaaggagtgatcagctgaagcttgcacaaaaccaatggt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905156 atataatgtcattcacgtatattaataaagctgtgaaagaagttggagaagcacgaattaaaaaggagtgatcagctgaagcttgcacaaaaccaatggt 7905255  T
Q  518 caggaggagtgaaataagcttttcaaaccaacgccggctggcatgtttgaggccgtataaggacttgagcagcttacaaacctgcccaggcctaggagga 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905256 caggaggagtgaaataagcttttcaaaccaacgccggctggcttgtttgaggccgtataaggacttgagcagcttacaaacctgcccaggcctaggagga 7905355  T
Q  618 gaaacaccttgaggagggtgcatgtagacatcctcttgaagatcaccgtgcaagaaggcgttgttaacgtctaattggtggagatgccatcgttttatag 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7905356 gaaacaccttgaggagggtgcatgtagacatcctcttgaagatcaccgtgcaagaaggtgttgttagcgtctaattggtggagatgccatcgtttaatag 7905455  T
Q  718 aagcaacaacaagcaacaatcaaacagttgacagtttttccaccagagagagtgcnnnnnnnnnnntccacgccttcgatttgattgtaacccttggcta 817  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905456 aagtaacagcaagcaacaatcaaacaattgacagttttgccaccagagagagtg-taaaaaaaaaatccacgccttcgatttgattgtaacccttggcta 7905554  T
Q  818 caagacgtgctctatagcgctcaatagaaccattggcatgccgtttaatcttgaagacccatttgcttccaatgggagaaatattggggggaggatctac 917  Q
    |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905555 caagacatgcattatagcgctcaatagaaccattggcataccgtttaatc-tgaagatccatttgcttccaatgggagaaatattggggggaggatctac 7905653  T
Q  918 aaatatccatgttccagttgcttccaaagcactaaagctcaggagacatagcaagttgccaacgtggatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttc 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905654 aaatatccatgttccagttgcttccaaagcact-aagctcaggggacatagcaagttgccaacgtggatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttc 7905752  T
Q  1018 aatgtctgatgagatggcaagagtgaagctacaatatgagggagataacgggtgataagacaaggaagcggagatgggaaagagctgagcaaacaaagtc 1117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7905753 aatgtctgatgagatggcaagagtgaagctacaatatgagggagataacgggtgataagacaaggaagcggagatggg-aagagctgagcaaacaaagtc 7905851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University