View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17216_low_7 (Length: 560)

Name: NF17216_low_7
Description: NF17216
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17216_low_7
NF17216_low_7
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (19-560)||(25030490-25031048)
chr8 (231-560)||(20507268-20507597)
chr8 (254-541)||(25895469-25895756)
chr8 (238-542)||(30078752-30079056)
chr8 (368-553)||(25924073-25924258)
chr8 (232-558)||(26038490-26038816)
chr8 (368-535)||(26034637-26034804)
chr8 (433-542)||(24525612-24525721)
chr8 (105-227)||(20507634-20507764)
chr8 (87-164)||(24489694-24489771)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (231-524)||(17772991-17773285)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (231-539)||(36162632-36162940)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (368-505)||(45795477-45795614)
chr3 (379-470)||(45793821-45793912)
chr3 (368-470)||(45794206-45794308)
chr3 (379-489)||(45795071-45795181)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (415-498)||(8269425-8269508)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (415-496)||(1250665-1250747)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 560
Target Start/End: Original strand, 25030490 - 25031048
Alignment:
Q  19 caaaggatgaggagaggaagggaaaaaggaagcttgtgagcttggggtttgagaaaaaatttcaaaag-----------------tattgaaattagtac 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||                 |||||||||||||||    
T  25030490 caaaggatgaggagaggaagggaaaaaggaagcttgtgagcttggggtttgagaaaaattctcaaaaggaaccacattgaaaaggtattgaaattagtac 25030589  T
Q  102 aagattctataatttagtgagcttattagacactaactatctaactaacagaaaagctaacaaacttatatcatgaaacacgtctaaccgtgcaaatgaa 201  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25030590 aagattctataacttagtgagcttattagacactaactatctaactaacagaaaagctaacaaacttatatcatgaaacacgtctaaccgtgcaaatgaa 25030689  T
Q  202 accccgtcttaatcatcattagtttaacacaccttatggagacacagctgaatcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25030690 accccgtcttaatcatcattagtttaacacaccttatggagacacagctgaatcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaat 25030789  T
Q  302 cttctgatagaacagttcttgttagttaggtccattgatgtatcgnnnnnnncgagcattgtgtgtaaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaa 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25030790 cttctgatagaacagttcttgttagttaggtccattgatgtatcgaaaaaaacgagcattgtgtgtaaaacaagtccgttctgcaaaacatattcagcaa 25030889  T
Q  402 atgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25030890 atgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgt 25030989  T
Q  502 tcttaaaggtgatggttcctcctagcagcaacaagggacacaatgactcaattatattt 560  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25030990 tcttaaaagtgatggttcctcctaacagcaacaagggacacaatgactcaattatattt 25031048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 231 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 20507597 - 20507268
Alignment:
Q  231 caccttatggagacacagctgaatcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaatcttctgatagaacagttcttgttagttag 330  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  20507597 caccttatgaagacacagctgagtcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaagcttttgatagaacagttcttgtttgatag 20507498  T
Q  331 gtccattgatgtatcgnnnnnnncgagcattgtgtgtaaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatat 430  Q
    ||||||||| ||||||        |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20507497 gtccattgaagtatcgaaaaaaatgagcattgtgtgtaaaacaattccgttacgcaaaatatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatat 20507398  T
Q  431 ccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcctagcagc 530  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| |||    
T  20507397 ccttctatatgaatataggtcaggtgggattcaagacatttaggaactgatgttgactttggctcccatgttcttgaaggtgacagttcatcctagaagc 20507298  T
Q  531 aacaagggacacaatgactcaattatattt 560  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  20507297 aacaagccacacaatgactcaattatattt 20507268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 254 - 541
Target Start/End: Original strand, 25895469 - 25895756
Alignment:
Q  254 tcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaatcttctgatagaacagttcttgttagttaggtccattgatgtatcgnnnnnnn 353  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||   | ||| || |||  || |||||| |||||            
T  25895469 tcaaatttaagttggcaggtgacagagccccttggtatatcagttaatcttttgacagaaagatacttattcgttgtgtgcattgaagtatcaacaaaaa 25895568  T
Q  354 cgagcattgtgtgtaaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcag 453  Q
      |||||||| || |||||||||||||||| || || ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25895569 taagcattgtttgcaaaacaagtccgttcctcagaagatattcagcaaatgtaagctcgtcttcaaatccttgatatccttctatgtgaatataggtcag 25895668  T
Q  454 gtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcctagcagcaacaagggaca 541  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||| ||||    
T  25895669 gtgggatttgagacattcaggaaccgttgttgactctggctgccatgttcttaaaggtgatagtttctcctaccaacaacaagagaca 25895756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 238 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 30079056 - 30078752
Alignment:
Q  238 tggagacacagctgaatcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaatcttctgatagaacagttcttgttagttaggtccatt 337  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||| | |||||| |||  |||||||    
T  30079056 tggagacagagctgggtcaaatttaagttcacatgtaacagagccctttggtatgtcagttaatcttttgagagaacaatacttgtttgttttgtccatt 30078957  T
Q  338 gatgtatcgnnnnnnncgagcattgtgtgtaaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatccttcta 437  Q
    ||  ||||          |||||||| |  || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30078956 gaaatatcaacaaaaataagcattgtcttcaatacaagtccgttccgcaaaatatagtcagcaaatgccagctcatcttccaatccttgatatccttcta 30078857  T
Q  438 tgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcctagcagcaacaagg 537  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  ||||||||||||  | ||||||||    
T  30078856 tgtgaatataagtcaggtgggatttgagacattcaaaaactgttgttgactctggctcccatgttctcaatggtcgtggttcctcctaaaatcaacaagg 30078757  T
Q  538 gacac 542  Q
    |||||    
T  30078756 gacac 30078752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 368 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 25924258 - 25924073
Alignment:
Q  368 aaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaac 467  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||    
T  25924258 aaaacaagtccattccgcaaaatatattcagcaaatgccaactcatcttcacatccttgatatccttctatctgaatataggttaggtgggatttgagac 25924159  T
Q  468 atttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcctagcagcaacaagggacacaatgactcaat 553  Q
    ||  |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||    
T  25924158 atccaggaactgttattgactgtggctccaatgttcttaacggtgagtgttcctcctattagcaacaagggacaccgtgactcaat 25924073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 232 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 26038816 - 26038490
Alignment:
Q  232 accttatggagacacagctgaatcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaatcttctgatagaacagttcttgttagttagg 331  Q
    |||||| |||||| || ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| || |||||| |||| |    
T  26038816 accttaaggagacccatctgcatcaaagttaagttggcaagtgacagagccccttggtatatttgttaatcttttgatagaacggtacttgtttgttatg 26038717  T
Q  332 tccattgatgtatcgnnnnnnncgagcattgtgtgtaaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatc 431  Q
    |||| |||  | ||          |||||||| |  |||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  26038716 tccaatgaaatgtcaacaaaaataagcattgtctccaaaacaagtccgttacgcaaaataaattcggcaaatgtcagctcgtcttcaaatccttgatatc 26038617  T
Q  432 cttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcctagcagca 531  Q
    ||||||||  |||| |  ||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||| |    
T  26038616 cttctatgcaaatatacttcaggtgggatatgagacatctaggaacagttgttgattgtggctcccatgttcgtaaagacgatggttcctcctaccagaa 26038517  T
Q  532 acaagggacacaatgactcaattatat 558  Q
    ||| || |||  ||||||||| |||||    
T  26038516 acatggaacaagatgactcaaatatat 26038490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 368 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 26034804 - 26034637
Alignment:
Q  368 aaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaac 467  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  26034804 aaaacaagtccgttctgcaaaatatattcagcaaatgtcagctcatattcaagtccttgatacccttctatgtgaacataggtcaggtgggatttgagac 26034705  T
Q  468 atttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcctagcagcaacaa 535  Q
    ||| || |||||||||||||||  | | ||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||    
T  26034704 attcagaaactgttgttgacttcagttgccatgttctcaatggtggtggttcctcctaccagcaacaa 26034637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 433 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 24525721 - 24525612
Alignment:
Q  433 ttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcctagcagcaa 532  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| || |||| |||||||||  |||| ||||||||| || |||| | |||||||||  || |||    
T  24525721 ttctatgtgaatataggtcaggtgggacttgagacattcagaaactcttgttgactccggctgccatgttctcaatggtggttgttcctcctgccaacaa 24525622  T
Q  533 caagggacac 542  Q
    ||||||||||    
T  24525621 caagggacac 24525612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 105 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 20507764 - 20507634
Alignment:
Q  105 attctataatttagtgagcttattagacactaactat--------ctaactaacagaaaagctaacaaacttatatcatgaaacacgtctaaccgtgcaa 196  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||         ||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| | ||||     
T  20507764 attctataatttagtgagctttttagacaccaactacatcactaactatctaacataaaagctaagaaacctatatcatgaaacacttctaatcatgcag 20507665  T
Q  197 atgaaaccccgtcttaatcatcattagttta 227  Q
    | ||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  20507664 acgaaacccagtcttaaccatcattaattta 20507634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24489771 - 24489694
Alignment:
Q  87 tattgaaattagtacaagattctataatttagtgagcttattagacactaactatctaactaacagaaaagctaacaa 164  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |   | ||||||||||||||||||||    
T  24489771 tattaaaattagtacaaaattctataatttagtgagcttattagacaatatttgcatcactaacagaaaagctaacaa 24489694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 231 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 17773285 - 17772991
Alignment:
Q  231 caccttatggagacacagctgaatcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaatcttctgatagaacagttcttgttagttag 330  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||  | ||||||||||||    
T  17773285 caccttaaggagacacagttgaatcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcggttaatcttttgagggaacgatacttgttagttag 17773186  T
Q  331 gtccattgatgtatcgnnnnnnncgagcattgtgtgtaaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatc-ttcaaatccttgata 429  Q
     |||||||| ||||||         ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  17773185 atccattgaagtatcgaaaaatataagcattgtgtgcaaaacaagtccgttacgcaagatatattcagcaaatgccaggtcctccttcaaatccttgata 17773086  T
Q  430 tccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcct 524  Q
    |||||||||||||||| | ||||| | ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||    
T  17773085 tccttctatgtgaatatatgtcagattggattcgagacatttaggaactattgttgactttggctcccatgttccaaaaggcgacggttcctcct 17772991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 231 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 36162940 - 36162632
Alignment:
Q  231 caccttatggagacacagctgaatcaaatttaagttggcatgtgacagagccccttggtatatcagttaatcttctgatagaacagttcttgttagttag 330  Q
    ||||||| ||||| |||||||  ||||||| |||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||| |||||   ||      
T  36162940 caccttaaggagatacagctgggtcaaattcaagttgacacatgatagagccccttggtatgtcagttaatcttttgagagagcagtccttgtccttttt 36162841  T
Q  331 gtccattgatgtatcgnnnnnnncgagcattgtgtgtaaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatat 430  Q
    |||||||||  ||||          |||||||| |  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||     
T  36162840 gtccattgaaatatcaacaaaaataagcattgtcttcaaaaaaagtccgttccgcaaaatatattcagcaaatgtcagctcatcttcaagtccttgatac 36162741  T
Q  431 ccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcccatgttcttaaaggtgatggttcctcctagcagc 530  Q
    |||||||  |||||| | |||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||| || |||| ||||||||||||  |||    
T  36162740 ccttctaaatgaatatatgtcaagtgagatttgagacattgagaaactgttgttgactccggctgccatgttctcaatggtggtggttcctcctataagc 36162641  T
Q  531 aacaaggga 539  Q
    |||||||||    
T  36162640 aacaaggga 36162632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 368 - 505
Target Start/End: Original strand, 45795477 - 45795614
Alignment:
Q  368 aaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaac 467  Q
    |||||||||  | ||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||| ||    
T  45795477 aaaacaagtatgctccgcaaaatatattcggcaaatgacacctcatcttcaagttcttgatatccttctatgtgaacatagttcaagtgggatttgagac 45795576  T
Q  468 atttaggaactgttgttgactttggctcccatgttctt 505  Q
    ||||   ||| |||||||||| |  || ||||||||||    
T  45795577 atttgaaaacagttgttgactctaactgccatgttctt 45795614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 379 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 45793912 - 45793821
Alignment:
Q  379 gttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatt 470  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||  || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||    
T  45793912 gttccacaaaatatattcagcaaatatcaactcatcttcaagtctttgatatccttctatgtaaacaaaggtcaagtggaatttgagacatt 45793821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 368 - 470
Target Start/End: Original strand, 45794206 - 45794308
Alignment:
Q  368 aaaacaagtccgttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaac 467  Q
    |||||||||  | ||| ||||| |||||| ||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||    
T  45794206 aaaacaagtatgctccccaaaatatattcggcaaatgacacatcatcttcaagttcttgatatccttctatgtgaacataggtcaagtgggatttgagac 45794305  T
Q  468 att 470  Q
    |||    
T  45794306 att 45794308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 379 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 45795181 - 45795071
Alignment:
Q  379 gttccgcaaaacatattcagcaaatgccagctcatcttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaact 478  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||  ||  |||||||||| || ||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||| ||||| |  || |    
T  45795181 gttccacaaaatatattcagcaaatatcatttcatcttcaagtctttgatatccttctatgtaaacataggtcaagtgggatttgagacattcaaaaatt 45795082  T
Q  479 gttgttgactt 489  Q
    |||||||||||    
T  45795081 gttgttgactt 45795071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 415 - 498
Target Start/End: Original strand, 8269425 - 8269508
Alignment:
Q  415 ttcaaatccttgatatccttctatgtgaataaaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctccca 498  Q
    |||||||||||||  ||||||||| | |||| || ||| ||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8269425 ttcaaatccttgacttccttctattttaatatagatcatgtgggattcaagacatttaggaactgttattgactttggctccca 8269508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 415 - 496
Target Start/End: Original strand, 1250665 - 1250747
Alignment:
Q  415 ttcaaatccttgatatccttctatgtgaata-aaggtcaggtgggatttgaaacatttaggaactgttgttgactttggctcc 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||| ||| ||||  | ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  1250665 ttcaaatccttgatatccttctatgttaatattagatcatgtgtgattcaagacatttaagaactgttattgactttggctcc 1250747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University