View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17217_low_7 (Length: 420)
Name: NF17217_low_7
Description: NF17217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17217_low_7 |
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| [»] chr8 (4 HSPs) |
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| [»] chr5 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 122 - 420
Target Start/End: Original strand, 12163441 - 12163739
Alignment:
| Q |
122 |
gcaaacttatactattaaacagaattaatagacttacttatttttagaaacatttaaaaatttatacttatttgtttcataccattaaacataattgatt |
221 |
Q |
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| T |
12163441 |
gcaaacttatactattaaacagaattaatagacttacttatttttagaaacatttaaaaatttatacttatttgtttcataccattaaacataattgatt |
12163540 |
T |
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| Q |
222 |
gagataatatatgcacttaaattagaaactggttattctaagggttaaattagaaactgatataatattcatttaaattgagacatttctattaaaaatt |
321 |
Q |
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| T |
12163541 |
gagataatatatgcacttaaattagaaactgattattctaagggttaaattagaaactgatataatatgcatttaaattgagacatttctattaaaattt |
12163640 |
T |
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| Q |
322 |
gtgacgtatttttaataaaaatgcaatcaatcaaatacttattttttcctctattagaaaatgaattgtataatacaaatatataatattagtctttat |
420 |
Q |
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| T |
12163641 |
gtgacgtatttttaataaaaatgcaatcaatcaaatacttattttttcctctattagaaaatgaattgtataatacaaatatataatattagtctttat |
12163739 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 122 - 420
Target Start/End: Original strand, 12407869 - 12408167
Alignment:
| Q |
122 |
gcaaacttatactattaaacagaattaatagacttacttatttttagaaacatttaaaaatttatacttatttgtttcataccattaaacataattgatt |
221 |
Q |
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| T |
12407869 |
gcaaacttatactattaaacagaattaatagacttacttatttttagaaacatttaaaaatttatacttatttgtttcataccattaaacataattgatt |
12407968 |
T |
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| Q |
222 |
gagataatatatgcacttaaattagaaactggttattctaagggttaaattagaaactgatataatattcatttaaattgagacatttctattaaaaatt |
321 |
Q |
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| T |
12407969 |
gagataatatatgcacttaaattagaaactgattattctaagggttaaattagaaactgatataatatgcatttaaattgagacatttctattaaaattt |
12408068 |
T |
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| Q |
322 |
gtgacgtatttttaataaaaatgcaatcaatcaaatacttattttttcctctattagaaaatgaattgtataatacaaatatataatattagtctttat |
420 |
Q |
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| T |
12408069 |
gtgacgtatttttaataaaaatgcaatcaatcaaatacttattttttcctctattagaaaatgaattgtataatacaaatatataatattagtctttat |
12408167 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 29 - 104
Target Start/End: Original strand, 12163352 - 12163423
Alignment:
| Q |
29 |
aatggatttacaaaaccgttggnnnnnnncatttacaaaagtatactatataagtagctagatatatacagttgaa |
104 |
Q |
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| T |
12163352 |
aatggatttacaaaaccgttggaaaaaaacatttacaaacgtatactatataag----tagatatatacagttgaa |
12163423 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 29 - 104
Target Start/End: Original strand, 12407780 - 12407851
Alignment:
| Q |
29 |
aatggatttacaaaaccgttggnnnnnnncatttacaaaagtatactatataagtagctagatatatacagttgaa |
104 |
Q |
| |
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| T |
12407780 |
aatggatttacaaaaccgttggaaaaaaacatttacaaacgtatactatataag----tagatatatacagttgaa |
12407851 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 122 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 30323401 - 30323099
Alignment:
| Q |
122 |
gcaaacttatactattaaacagaattaatagacttacttatttttagaaacatttaaaaatttatacttatttgtttcataccattaaacataattgatt |
221 |
Q |
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| T |
30323401 |
gcaaacgtatactattaaacagaattaataggcttacttatttttaaaaacatttaaaaatttatacttatttgtttcataccattaaacataattgatt |
30323302 |
T |
|
| Q |
222 |
gagataatatatgcacttaaattagaaactggttattctaagggttaaattagaaactgatataatattcatttaaattgagac----atttctattaaa |
317 |
Q |
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| T |
30323301 |
gagataatatatgcatttaaattagaaactgatttttttaagggttaaattagaaactgatataatatgtatttaaattgagacattaatttctattaaa |
30323202 |
T |
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| Q |
318 |
aattgtgacgta-tttttaataaaaatgcaatcaatcaaatacttattttttcctctattagaaaatgaattgtataatacaaatatataatattagtct |
416 |
Q |
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| T |
30323201 |
tattgagacgtatttttttttaaaaatgcaatcaatcaaatactta-tgtttcctccattagaaaatgaattgtataatacaaatatataatattagtct |
30323103 |
T |
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| Q |
417 |
ttat |
420 |
Q |
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| T |
30323102 |
ttat |
30323099 |
T |
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