View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF17219_low_1 (Length: 553)
Name: NF17219_low_1
Description: NF17219
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17219_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 4124315 - 4123802
Alignment:
| Q |
23 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca |
122 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4124315 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca |
4124216 |
T |
|
| Q |
123 |
accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt |
222 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4124215 |
accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt |
4124116 |
T |
|
| Q |
223 |
tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc |
322 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4124115 |
tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc |
4124016 |
T |
|
| Q |
323 |
cagcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttc |
422 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4124015 |
ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttc |
4123916 |
T |
|
| Q |
423 |
aggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaattcattggagaactggtccatggaatggattg |
522 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4123915 |
aggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaattcattggagaactggtccatggaatggattg |
4123816 |
T |
|
| Q |
523 |
gtttttctcggaac |
536 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
4123815 |
gtttttctcggaac |
4123802 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 4153665 - 4153154
Alignment:
| Q |
23 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca |
122 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4153665 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaataagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca |
4153566 |
T |
|
| Q |
123 |
accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt |
222 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4153565 |
accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt |
4153466 |
T |
|
| Q |
223 |
tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc |
322 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4153465 |
tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttccggagcaacaatctgggatagtttcacacacc |
4153366 |
T |
|
| Q |
323 |
cagcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttc |
422 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4153365 |
ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttc |
4153266 |
T |
|
| Q |
423 |
aggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaattcattggagaactggtccatggaatggattg |
522 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| | |
|
|
| T |
4153265 |
aggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggaaagataaaaatattcattggagaacaggtccatggaatggaagg |
4153166 |
T |
|
| Q |
523 |
gtttttctcgga |
534 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
4153165 |
gtttttctcgga |
4153154 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 4134868 - 4134347
Alignment:
| Q |
15 |
cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaac |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4134868 |
cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgaacaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaac |
4134769 |
T |
|
| Q |
115 |
agagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaa |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||||| |
|
|
| T |
4134768 |
agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtatcatcatttggtcaa |
4134669 |
T |
|
| Q |
215 |
caaacatttcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagttt |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4134668 |
caaacatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagttt |
4134569 |
T |
|
| Q |
315 |
cacacacccagcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgat |
414 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||| ||||||||||| | |||| ||||||| |||| |||| ||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
4134568 |
cacacaccctgcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaataaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgat |
4134469 |
T |
|
| Q |
415 |
ccttcttcaggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaattcattggagaactggtccatgga |
514 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| | || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4134468 |
ccttcttcgggacattttacaattagtgttgaaagattggatgtaccagaagttttcatttggaaagataaaaaaatttattggagaactggtccatgga |
4134369 |
T |
|
| Q |
515 |
atggattggtttttctcggaac |
536 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
4134368 |
atggaagggtttttctcggaac |
4134347 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 4145670 - 4145149
Alignment:
| Q |
15 |
cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaac |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4145670 |
cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaac |
4145571 |
T |
|
| Q |
115 |
agagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaa |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| |
|
|
| T |
4145570 |
agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaa |
4145471 |
T |
|
| Q |
215 |
caaacatttcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagttt |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4145470 |
caaacatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagttt |
4145371 |
T |
|
| Q |
315 |
cacacacccagcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgat |
414 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| ||||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||| ||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
4145370 |
cacacacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgat |
4145271 |
T |
|
| Q |
415 |
ccttcttcaggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaattcattggagaactggtccatgga |
514 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| | || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4145270 |
ccttcttcgggacattttacaattagtgttgaaagattggatgtaccagaagttttcatttggaaagataaaaaaatttattggagaactggtccatgga |
4145171 |
T |
|
| Q |
515 |
atggattggtttttctcggaac |
536 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
4145170 |
atggaagagtttttctcggaac |
4145149 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 23 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 4164024 - 4163507
Alignment:
| Q |
23 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatca |
122 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4164024 |
tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca |
4163925 |
T |
|
| Q |
123 |
accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt |
222 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| |||| |
|
|
| T |
4163924 |
accactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggtagcatcatttggtcaacaagcatt |
4163825 |
T |
|
| Q |
223 |
tca--tc----ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttca |
316 |
Q |
| |
|
||| || ||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| | || || |||| |||| || ||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4163824 |
tcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctagatcaacaatttgggatagtttca |
4163725 |
T |
|
| Q |
317 |
cacacccagcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatcc |
416 |
Q |
| |
|
| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
4163724 |
ctcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatcttttgtatcaagaaaaagtgaaaatgatcc |
4163625 |
T |
|
| Q |
417 |
ttcttcaggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaattcattggagaactggtccatggaat |
516 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4163624 |
ttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagattggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaattcattggagaactggtccatggaat |
4163525 |
T |
|
| Q |
517 |
ggattggtttttctcgga |
534 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4163524 |
ggaacggtttttctcgga |
4163507 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University