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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1721_low_17 (Length: 369)
Name: NF1721_low_17
Description: NF1721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1721_low_17 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Original strand, 26073125 - 26073483
Alignment:
| Q |
1 |
tcaattactaccttttgtgagctagaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcag |
100 |
Q |
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| T |
26073125 |
tcaattactaccttttgtgagctagaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcag |
26073224 |
T |
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| Q |
101 |
ccctgatattagaaatggatgaatctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctcttt |
200 |
Q |
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| T |
26073225 |
ccctgatcttagaaatggatgaatctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactccccttt |
26073324 |
T |
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| Q |
201 |
aagaaagttatttccattccaagcactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaattta |
300 |
Q |
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| T |
26073325 |
aagcaaggtatttccattccaagcactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagttta |
26073424 |
T |
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| Q |
301 |
gtaattccccaatctttcaagcatttttctaaggctttacctatggtgtcacccctatg |
359 |
Q |
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| T |
26073425 |
gtaattccccaatctttcaagcatttttctaaggctttacctatggtgtcacctctatg |
26073483 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 1670577 - 1670219
Alignment:
| Q |
1 |
tcaattactaccttttgtgagctagaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcag |
100 |
Q |
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| T |
1670577 |
tcaattactaccttttgtgagctagaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcag |
1670478 |
T |
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| Q |
101 |
ccctgatattagaaatggatgaatctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctcttt |
200 |
Q |
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| T |
1670477 |
ccctgatcttagaaatggatgaatctataagagataatccatcaaaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactccccttt |
1670378 |
T |
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| Q |
201 |
aagaaagttatttccattccaagcactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaattta |
300 |
Q |
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| T |
1670377 |
aagcaaggtatttccattccaagcactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagttta |
1670278 |
T |
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| Q |
301 |
gtaattccccaatctttcaagcatttttctaaggctttacctatggtgtcacccctatg |
359 |
Q |
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| T |
1670277 |
gtaattccccaatctttcaagcatttttctaaggctttacctatggtgtcacccctatg |
1670219 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Original strand, 44271902 - 44272260
Alignment:
| Q |
1 |
tcaattactaccttttgtgagctagaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcag |
100 |
Q |
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| T |
44271902 |
tcaattactaccttttgtgagctagaaatgtttgcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcag |
44272001 |
T |
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| Q |
101 |
ccctgatattagaaatggatgaatctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctcttt |
200 |
Q |
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| T |
44272002 |
ccctgatcttagaaatggatgaatctataagagataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactccccttt |
44272101 |
T |
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| Q |
201 |
aagaaagttatttccattccaagcactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaattta |
300 |
Q |
| |
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| T |
44272102 |
aagcaaggtatttccattccaagcactcatatttctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagttta |
44272201 |
T |
|
| Q |
301 |
gtaattccccaatctttcaagcatttttctaaggctttacctatggtgtcacccctatg |
359 |
Q |
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| T |
44272202 |
gtaattccccaatctttcaagcatttttctaaggctttacctatggtgtcacctctatg |
44272260 |
T |
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