View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17243_high_2 (Length: 817)

Name: NF17243_high_2
Description: NF17243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17243_high_2
NF17243_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-804)||(48166607-48167410)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 760; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 760; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 48167410 - 48166607
Alignment:
Q  1 ttcctgaacatagtcacacacacataaataaaatcattgtttacattaacattggaatatagtgaatgattgatcaagggtagtgaagagtagagagcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48167410 ttcctgaacatagtcacacacacataaataaaatcattgtttacattaacattggaatatagtgaatgattgatcaagggtagtgaagagtagagagcat 48167311  T
Q  101 tactcaagagatgttgagcaagatttccattggcacagaactcatagacaagatatctttcgccatcttccatgcaacagccaaacaagcaaacaaggtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48167310 tactcaagagatgttgagcaagatttccattggcacagaactcgtagacaagatatctttcgccatcttccatgcaacagccaaacaagcaaacaaggtt 48167211  T
Q  201 tggatgacgaagtctagaaagaccagcaagttctcgagtgaaagaatcagaactagaggtgttactctttgtcaaatgcttgatggccacaacttgacca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48167210 tggatgacgaagtctagaaagaccagcaagttctcgagtgaaagaatcagaactagaggtgttactctttgtcaaatgcttgatggccacaacttgacca 48167111  T
Q  301 cttggcaaaacacctctaaacacttcacctgcactcccgcgtccaaggtttatcttttcattttcaaaattcatggcattttcaatttcagtttttgtga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48167110 cttggcaaaacacctctaaacacttcacccgcactcccgcgtccaaggtttatcttttcattttcaaaattcatggcattttcaatttcagtttttgtga 48167011  T
Q  401 accagtaaagtccagaccaagtagctatctgtttcaactggacgtgcttcttaacaggcttcttctttgatacacattttaccagaaaagcaataatcaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48167010 accagtaaagtccagaccaagtagctatctgtttcaactggacgtgcttcttaacaggcttcttctttgatacacattttaccagaaaagcaataatcaa 48166911  T
Q  501 taatgctaagatagctatcaccaacattgccaacacaagtttcttcattgatgattctaggttcacaaaacgaaattatgtcaatttcattgttagttta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48166910 taatgctaagatagctatcaccaacattgccaacacaagtttcttcattgatgattctaggttcacaaaacaaaattatgtcaatttcattgttagttta 48166811  T
Q  601 tttatgacagtctacaccattattagtggtgtatatttttcgtcnnnnnnnntcgtgaaatagactattaaacggacttaccaaaaagtcaggtcaaacc 700  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48166810 tttatgacaatctacaccattattagtggtgtatatttttcgtcaaaaaaaatcgtgaaatagactattaaacggacttaccaaaaagtcaggtcaaacc 48166711  T
Q  701 ttaaaaatgagcctatggcagactaataggacagattgaagcctaacattttcaaagcaagtcatgttcagcctagcaaagtttaacctagtctattttc 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48166710 ttaaaaatgagcctatggcagactaataggacagattgaagcctaacattttcaaagtaagtcatgttcagcctagcaaagtttaacctagtctattttc 48166611  T
Q  801 acct 804  Q
    ||||    
T  48166610 acct 48166607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University