View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17247_high_1 (Length: 686)

Name: NF17247_high_1
Description: NF17247
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17247_high_1
NF17247_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-664)||(43410562-43411247)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 564; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 43411247 - 43410562
Alignment:
Q  9 gagtgagatgaacaaaatagtttatgtaatcacgaagactacatg-----------tttggtatgatgctttgttaactaaaactctaattaaacaatat 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  43411247 gagtgagatgaacaaaatagtttatgtaatcacaaagactacatgagaagtaacagtttggtatgatgctttgttaactaaaactctaattaaacaacaa 43411148  T
Q  98 gatgtgtaattaacaaaataaagccgcagaatctaacttaacgagtaattaaatgaaaagcagtaaaggtatatgagctaacattgatgttatgtttgct 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43411147 gatgtgtaattaacaaaataaagccgcagaatctaacttaacgagtaattaaatgaaaagcagtaaaggtatatgagctaacattgatgttatgtttgct 43411048  T
Q  198 tgggaatttggatgctatacaatatacagacagaca------------caacacattcagatga---gaagttgtaagctagctag----gaggatggac 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    ||||||||||    
T  43411047 tgggaatttggatgctatacaatatacagacagacagacagacagacacaacacattcagatgatcagaagttgtaagctagctagctaggaggatggac 43410948  T
Q  279 tgctgctgctgctgttgcggaaagtgtttggaagattgagaggggaagcttgaaaaagagagagtctaatggtacgtgtgtgagatgatgtgtgcaagtc 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410947 tgctgctgctgctgttgcggaaagtgtttggaagattgagaggggaagcttgaaaaagagagagtctaatggtacgtgtgtgagatgatgtgtgcaagtc 43410848  T
Q  379 tttacattcttcaagatcagcatcacatgataacacaacccattctccttcatcatccaaatattttagaaccaagttgttcatatctgttaggttaaat 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410847 tttacattcttcaagatcagcatcacatgataacacaacccattctccttcatcatccaaatattttagaaccaagttgttcatatctgttaggttaaat 43410748  T
Q  479 cgccttgcaatctcaagctgcaaatctctaaatccccacattgcttgcaagctaaacctgattttttcatccgcgaaagttgccttcactctgaaagcac 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410747 cgccttgcaatctcaagctgcaaatctctaaatccccacattgcttgcaagctaaacctgattttttcatccgcgaaagttgccttcactctgaaagcac 43410648  T
Q  579 ccctttctaggagtgttgatgatgaagaattgttgttgttccaggccacagttggtcttggaggtaggatttgattattgttgttg 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43410647 ccctttctaggagtgttgatgatgaagaattgttgttgttccaggccacagttggtcttggaggtaggatttgattattgttgttg 43410562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University